OpenBabel : boite à outils pour logiciels de chimie

Fiche PLUME
  • Création ou MAJ importante : 27/10/2009
  • Correction mineure : 01/06/2011
  • Auteur : Jérôme Kieffer - ESRF
  • Responsable thématique : Anne Facq (CRPP)
  • Relecteur 1 : Lionel Nauton
  • Relecteur 2 : Harald Bock
Mots clés
Description
Fonctionnalités générales

OpenBabel est un logiciel qui permet de faire communiquer entre eux de nombreux logiciels de chimie théorique, libres ou non, payants ou non, au total plus de 90 formats différents. Il a commencé par être une ré-implémentation libre du traducteur de fichiers chimique Babel. Plus qu’un simple "wrapper", il intègre aujourd’hui une multitude de fonctionnalités de reconnaissance des systèmes chimiques qui en font le couteau suisse de tous les chimistes computationnels, ainsi que des biologistes structuralistes.

Autres fonctionnalités

Reconnaissance de la chiralité, optimisation de géométrie par champ de force, ...

Il existe des interfaces pour de nombreux langages de programmation comme Perl et Python mais aussi Ruby, Java, ....

Interopérabilité

OpenBabel est initialement un outil d'interopérabilité, il supporte donc un grand nombre de formats d'entrée et de sortie (plus de 90 formats, cf. la liste des formats supportés dans la partie commentaire à la fin de cette fiche).

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

J'utilise essentiellement OpenBabel pour convertir les formats de fichiers entre les différents moteurs de modélisations (MOPAC, Gaussian, ...) et les formats reconnus par les logiciels de visualisation de molécules graphiques (PyMol, Jmol, Chimera, Coot, etc).

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Utilisation plutôt en ligne de commande (Shell UNIX) même si des interfaces graphiques existent en particulier sous Windows et MacOS.

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

Linux : Debian, Fedora, Ubuntu, RedHat, ...

Plates-formes

Toutes les plateformes (irix, i386, ia64, x86_64, etc...)

Logiciels connexes

30 logiciels connexes parmi lesquels OSRA, Ghemical, Fox, chemtool, gabedit, GaussSum, cclib, etc...

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Projet d'universitaires majoritairement

Eléments de pérennité

Vivacité du développement (très actif depuis 10 ans)

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Liste de discussion dédiée : openbabel-discuss [at] lists [dot] sourceforge [dot] net
Computational Chemistry List : http://www.ccl.net/chemistry/

Documentation utilisateur

http://openbabel.org/wiki/Guides
dans les distributions ou il est intégré : man babel

Contributions