OpenElectrophy : analyse de données électrophysiologiques intra ou extra cellulaire

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Fiche logiciel à valider
  • Statut de la fiche : Logiciel : Publié - A valider
  • Création ou MAJ importante : 16/07/2010
  • Correction mineure : 23/08/2013
  • Auteur : Samuel Garcia - Un des développeurs - Neuroscience Sensorielles Conportement Cognition (CNRS)
  • Contributions importantes :

    Nicolas Fourcaud-Trocmé

    Stéphane Gaëtan Roux


  • Responsable thématique : Christelle Dantec (CRBM)
Mots clés
Description
Fonctionnalités générales

OpenElectrophy est outil libre écrit en python destiné à l'analyse de données électrophysiologiques intra et/ou extra cellulaire. Situé entre un "framework", un "database management" et une "toolbox", il propose à la fois une interface graphique intuitive pour explorer en grande quantité et une base solide pour des analyses sous forme de script. OpenElectrophy propose notamment une implémentation de plusieurs méthodes de spike sorting ainsi qu'une approche nouvelle pour l'étude des oscillations basée sur la détection de lignes de crête sur un scalogram de Morlet.

Interopérabilité

Capable d'importer la majorité des formats d'acquisition en electrophysiologie.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Ce n'est pas juste un logiciel click n play. C'est aussi une toolbox python sur laquelle l'utilisateur devra s'appuyer pour écrire de nouvelles analyses.

Environnement du logiciel
Plates-formes

Linux/Windows

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Laboratoire NSCC (Laboratoire de Neurosciences Sensorielles, Comportement, Cognition), Lyon.
Les auteurs sont Samuel Garcia et Nicolas Fourcaud (NSCC) avec une contribution de Stéphane Gaëtan Roux (Ecole Normale Supérieure de Lyon).

Environnement utilisateur
Documentation utilisateur