Populations : génétique des populations

• Calcul de distances génétiques entre populations ou individus basé sur les fréquences allèliques.
• Reconstruction d'arbre phylogénétiques (UPGMA ou Neighbour Joining) à partir de matrices de distances, avec ou sans bootstrap sur les locus ou individus.
• Calculs de fréquences allèliques, Fstats.
• Lecture et conversion de données entre les formats Populations, Genepop, Immanc, microsat, LEA Likelihood Estimation of Admixture, Admix (G. Bertorelle), Genetix, Fstat (Jérôme Goudet)

'Populations' est apprécié pour le grand nombre de méthodes de distances disponibles :

• DAS, shared allele distance, http://bioinformatics.org/%7Etryphon/populations/f..., (Chakraborty et Jin., 1993)
• Nei, minimum genetic distance, http://bioinformatics.org/%7Etryphon/populations/f..., Dm (Nei,1987)
• Nei, standard genetic distance, http://bioinformatics.org/%7Etryphon/populations/f..., Ds (Nei, 1987)
• Cavalli-Sforza and Edwards, Dc (1967)
• Nei et al's, Da (1983)
• Latter, Fst (1972)
• Prevosti et al.'s, Cp (1975)
• Rogers', Dr (1972)
• Reynolds J. unweighted, Dru (1983)
• Reynolds J. weighted, Drw (1983)
• Reynolds J. least squares, Drl (1983)
• Microsatellites distances
• Goldstein et al., dmu2 (1995a)
• Average Square Distance ( ASD , Goldstein, Slatkin 1995)
• Shriver et al's, Dsw (1995)
• Lev A. Zhivotovsky, DR (1999)

Les formats principaux supportés en lecture et écriture sont Populations, Genepop, Génétix.
Populations permet la conversion des données entre ces 3 logiciels, et l'export dans les formats : Immanc, microsat, LEA Likelihood Estimation of Admixture, Admix (G. Bertorelle), Fstat (Jérôme Goudet).

L'absence d'interface graphique, la nécessité d'utiliser un outil annexe pour visualiser les arbres phylogénétiques (treeview par exemple).

Debian Wheezy

Windows, Unix.
Des paquets logiciels sont disponibles pour Ubuntu à cette adresse :
https://launchpad.net/~olivier-langella/+archive/ppa
A partir des sources (outils gnu), Populations peut être compilé sur plateformes Intel 64 bits, Macintosh (Powerpc), stations Sun ...

Treeview (http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html) très utile pour visualiser les arbres phylogénétiques produits par Populations. Ce logiciel n'est pas requis pour le bon fonctionnement de Populations.

• Génétix (gratuit, http://www.genetix.univ-montp2.fr/genetix/intro.htm)
• Genepop (gratuit, http://genepop.curtin.edu.au/)
• Phylip (gratuit, http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html)
• Arlequin (gratuit, http://cmpg.unibe.ch/software/arlequin35/)

Je développe Populations en temps que particulier sur le site :
http://www.bioinformatics.org/
Le développement est ouvert à toute personne inscrite sur le site.

Le code source est très portable (C++ standard et bibliothèque QT 4.5).
Les erreurs rapportées sont corrigées et les patchs appliqués (serveur subversion de bioinformatics.org).
Depuis la première version en 1999, le code évolue toujours. Dans la version en développement 1.2.32 (janvier 2010), la compilation est maintenant gérée par Cmake, et la bibliothèque Qt est utilisée pour sa portabilité et ses fonctionnalités XML. La version Windows devrait bénéficier de ces améliorations.

UMR de GENETIQUE VEGETALE (http://moulon.inra.fr/)
LEGS (http://www.legs.cnrs-gif.fr/)
Populations est souvent cité dans les travaux scientifiques relatifs à la génétique des populations (49 citations en 2006).

http://bioinformatics.org/~tryphon/populations

Populations est très apprécié pour sa facilité d'utilisation (bien qu'il ne soit pas équipé d'une interface graphique).
Une attention particulière est portée sur la gestion des erreurs pour guider l'utilisateur (problème de format de données, opération impossible).
La disponibilité des sources permet de le recompiler facilement pour profiter au maximum de capacités des gros calculateurs (par exemple) ce qui est apprécié pour certains calculs très gourmands.
Populations n'a pas de limite sur le nombre de populations, individus, locus traités.

En m'envoyant des corrections, rapports de bugs, complément de documentation. ou en s'inscrivant sur http://bioinformatics.org/ pour directement travailler sur le code source (C++).