BioRica : décrire et simuler les systèmes multi-modèles en biologie

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.

Site web : http://biorica.gforge.inria.fr/
Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
Version actuelle : 0.9
Licence(s) : CeCILL
Etat : en développement
Support : maintenu, développement en cours
Concepteur(s) : Alice Garcia
Contact concepteur(s) : alice.garcia@inria.fr
Laboratoire(s), service(s)... : INRIA Bordeaux, LABRI

Fiche dév Ens Sup - Recherche

Création ou MAJ importante : 23/02/11
Correction mineure : 11/04/11
Auteur de la fiche : Alice Garcia (INRIA Bordeaux Sud Ouest - MAGNOME)
Responsable thématique : Christelle Dantec (CRBM)

Mots-clés

Laboratoires/Services : INRIA Bordeaux, LABRI
Tutelle : CNRS, ENSEIRB-MATMECA, INRIA, Univ Bordeaux 1, Univ Bordeaux 2
Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
Métier-activité : biologie, calcul scientifique
Domaine informatique : métier
Usage : informatique perso
Fonctionnalités principales : modélisation
Mots-clés proposés par l'auteur : Modèles hiérarchiques, modèles hybrides, modèles stochastiques, Systems biology

Fonctionnalités générales du logiciel

BioRica sert à décrire mathématiquement le comportement de systèmes biologiques complexes.

C’est une plateforme logicielle permettant la simulation de systèmes en biologie à partir de leur description. Il permet de réutiliser des modèles biologiques existants et de les combiner en modèles plus complexes.

Son originalité est de proposer la composition hiérarchique de modèles existants validés et d’y associer une sémantique rigoureuse.
Les modèles Biorica sont hybrides : composés d’éléments continus (décrits par des systèmes d’équations différentielles), ou discrets (décrits par des automates temporisés).

Contexte d’utilisation du logiciel

BioRica est destiné à des biologistes cherchant à décrire des phénomènes dynamiques complexes en réutilisant au maximum des modèles existants validés.

Exemples d'application :

Œnologie : modélisation de la fermentation en fonction des conditions de vinification.
Santé : modélisation d'un système immunitaire.

Publications liées au logiciel

Mixed-formalism hierarchical modeling and simulation with BioRica; Garcia Alice; Sherman David James; In 11th International Conference on Systems Biology, Oct. 10, 2010, Edinburgh, United Kingdom, P02.446; http://hal.inria.fr/inria-00529669