Format BED : Browser Extensible Data (Génome)

Ressource Plume
  • Création ou MAJ importante : 05/12/09
  • Correction mineure : 20/10/10
  • Auteur de la fiche : Christelle Dantec (CRBM)
  • Fiches logiciel PLUME connexes : Galaxy, GBrowse, MACS
Mots clés

 

Version : pas de version

Extension (importante sous Windows) : .bed

Type de document : Fichier texte tabulé : Browser Extensible Data

Document de standardisation : Page descriptive sur le site de UCSC

Description courte :

Format pour décrire les coordonnées d'éléments du génome (gènes, transcrits, séquences ...).

Avantages :

Inconvénients:

Lorsqu'on récupère un fichier bed, on ne sait pas automatiquement quelles informations seront présentes.

Logiciels de traitement les plus connus :

Format connexe :

Commentaire :

UCSC, qui a développé ce format, numérote la première position sur un génome à 0 et non à 1. Les fichiers bed peuvent donc avoir un décalage de 1 dans les positions 'start' et 'end' selon le logiciel qui l'aura généré. Toujours vérifier le système de numérotation.