autre métier/activité

Logiciels (logiciels libres en majorité) ou ressources (liées aux logiciels) spécifiques à un métier ou une activité qui n'est pas présent dans la liste
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 22/06/11
  • Correction mineure : 27/11/13
Mots-clés

GestionBureaux (GeBu) : gestion de l'occupation des bureaux d'un site

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Système : UNIX-like, Windows
  • Version actuelle : juin 2011
  • Licence(s) : choix en cours, contacter l'auteur
  • Etat : utilisé en interne
  • Concepteur(s) : Hélène Boyer (service administration), Pierre-Yves Duval (informaticien)
  • Contact concepteur(s) : duval@cppm.in2p3.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : CPPM

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Ce logiciel permet de gérer l'occupation des bureaux du laboratoire CPPM à travers une interface de type application WEB. La rotation importante de certaines catégories de personnel dans le laboratoire ; postdoc, stagiaires, CDD, visiteurs étrangers, thésards, apprentis … nécessite de leur affecter un bureau pour la période de leur séjour. Cette application permet le suivi de l'occupation des bureaux du CPPM. Elle aide à :

  • savoir qui occupe quel bureau et pour quelle période,
  • choisir un bureau libre pour un nouvel arrivant en fonction de ses dates de présence,
  • diffuser périodiquement par email ou à la demande des tableaux des arrivées/départs aux personnels chargés de préparer matériellement les postes de travail.
Contexte d’utilisation du logiciel

Le service administration du CPPM. Ce logiciel tourne sur un serveur interne au laboratoire et est écrit en PHP/MySQL.

Format SEED (Standard for the Exchange of Earthquake Data)

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 06/06/11
  • Correction mineure : 06/06/11
  • Fiches logiciel PLUME connexes : RDMSEED
Mots-clés

Format SEED (Standard for the Exchange of Earthquake Data)

  • Type de ressource : résumé
  • Auteur(s) ou responsable(s) : F. Beauducel (IPGP)
  • Contact pour plus d'informations : beauducel_@_ipgp.fr

SEED (Standard for the Exchange of Earthquake Data) est une norme internationale de format numérique pour l'échange de données sismologiques, conçu et utilisé par la communauté des sismologues principalement pour faciliter les échanges de données brutes entre institutions. C'est un format de données adapté à toutes mesures ponctuelles dans l'espace avec période d'échantillonnage fixe. Le format SEED est constitué de plusieurs en-têtes de métadonnées décrivant la chaîne d'acquisition (Dataless) et les volumes de données (Data Records). Il est aussi possible de stocker uniquement les données dans un volume “Data-only” appelé Mini-SEED ou mseed (voir http://www.iris.edu pour plus d'information).

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 20/04/11
  • Correction mineure : 14/05/13
  • Auteur de la fiche : Laurent Garnier (OSUR)
  • Responsable thématique : Dirk Hoffmann (Centre de Physique des Particules de Marseille (CPPM-IN2P3))

Geant4 : boîte à outils pour la simulation du passage des particules à travers la matière

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : Geant4.9.6p01 - 30 Novembre 2012
  • Licence(s) : Autre - Geant4 Software License : Installation, use, reproduction, display, modification and redistribution of this software, with or without modification, in source and binary forms, are permitted on a non- exclusive basis. Any exercise of rights by you under this license is subject to the following conditions (...)
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) :

    Logiciel développé au niveau mondial. Les principaux laboratoires collaborateurs se trouvent dans le domaine de la physique des hautes énergie :

    • KEK (Japon), CERN (Genève), SLAC (Etats-Unis), IN2P3 (France), INFN (Italie)
  • Contact concepteur(s) :

    http://geant4.web.cern.ch/geant4/collaboration/contacts.shtml

  • Laboratoire(s), service(s)... : CC-IN2P3, CENBG, CERN, IPHC, IPNO, LAL, LAPP, LLR, LPC Clermont, LPNHE, SOLEIL Synchrotron, et d'autres (voir http://geant4.in2p3.fr/spip.php?rubrique3&lang=en )

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Geant4 est une boîte à outils écrite en C++ pour la simulation du passage des particules à travers la matière.

La simulation passe par plusieurs étapes :

  • Construction et modélisation du détecteur/faisceau de particules
  • Lancement du simulateur :
    - Simule le passage des particules à travers la matière. Il prend en compte les interactions et les processus de désintégration radioactive possibles.
    -
    Réponse du détecteur: Enregistre une particule quand elle entre dans le volume lié au détecteur et simule la réponse réelle du détecteur.
    -
    Enregistrement des détails de chaque run (un run est une collection d'évènements - events).
  • Visualisation/Analyse des résultats : Geant4 offre plusieurs options pour la visualisation, incluant OpenGL, VRML, Coin3d, X11, Viewer multiplate-formes basé sur la librarie Qt, ...
Contexte d’utilisation du logiciel

Ses domaines d'application sont les hautes énergies, la physique des accélérateurs, ainsi que certaines études en médecine et sciences spatiales. Les principales expériences du CERN (ATLAS, LHCb, CMS...) utilisent Geant4 pour simuler la réponse de leurs détecteurs à un évènement donné.

Publications liées au logiciel

Extrait de geant4.in2p3.fr :

2011

  • Investigation of Low-Energy Proton Effects on Aptamer Performance for Astrobiological Applications, M. Baqué, A. Le Postollec, C. Ravelet, E. Peyrin, G. Coussot, I. Desvignes, S. Incerti, P. Moretto, M. Dobrijevic, O. Vandenabeele-Trambouze (link)
  • Physical models implemented in the Geant4-DNA extension of the Geant4 toolkit for calculating initial radiation damage at the molecular level, C. Villagrasa, Z. Francis, S. Incerti, published in Rad. Prot. Dos. 143, 2-4 (2011) 214-218 (link)
  • Molecular scale track structure simulations in liquid water using the Geant4-DNA Monte Carlo processes, Z. Francis, S. Incerti, R. Capra, B. Mascialino, G. Montarou, V. Stepan, C. Villagrasa, Appl. Radiat. Isot. 69 (2011) 220-226 (link)

2010

  • Comparison of Geant4 very low energy cross section models with experimental data in water, S. Incerti, A. Ivanchenko, M. Karamitros, A. Mantero, P. Moretto, H. N. Tran, B. Mascialino, C. Champion, V. N. Ivanchenko, M. A. Bernal, Z. Francis, C. Villagrasa, G. Baldacchino, P. Guèye, R. Capra, P. Nieminen, C. Zacharatou, Med. Phys. 37 (2010) 4692-4708 (link)
  • The Geant4-DNA project, S. Incerti, G. Baldacchino, M. Bernal, R. Capra, C. Champion, Z. Francis, S. Guatelli, P. Guèye, A. Mantero, B. Mascialino, P. Moretto, P. Nieminen, A. Rosenfeld, C. Villagrasa and C. Zacharatou, Int. J. Model. Simul. Sci. Comput. 1 (2010) 157–178 (link)
  • Effect of a magnetic field on the track structure of low-energy electrons: a Monte Carlo study, M. U. Bug, E. Gargioni, S. Guatelli, S. Incerti, H. Rabus, R. Schulte, A. B. Rosenfeld, Eur. Phys. J. D (2010) 1-8 (link)

...

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 14/03/11
  • Correction mineure : 14/05/13

Open melodie : indexation collaborative de grandes masses de données structurées en ligne

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 1.2 - 31 mars 2011
  • Licence(s) : GPL
  • Etat : diffusé en beta, utilisé en interne
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : José Paumard
  • Contact concepteur(s) : Jose.Paumard@gmail.com
  • Laboratoire(s), service(s)... : L2TI

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Qu'est-ce qu'Open melodie ?

Une plateforme logicielle open source et libre de droits

Open melodie est un logiciel serveur, accessible en ligne.
Open melodie est open source, disponible sous licence GPL, donc libre de droits pour toutes les applications, commerciales ou non.

Open melodie peut être installé en environnement Linux / Java / MySQL. L’ensemble des interfaces d’administration et d’accès sont compatibles avec tous les navigateurs récents. Aucune acquisition de licence onéreuse n’est donc nécessaire pour utiliser Open melodie, ni côté client, ni côté serveur.

Gérer ses données avec Open melodie

Open melodie est un outil complet de gestion de données en ligne. À la différence d'autres logiciels, (Access ou Filemaker par exemple), aucune donnée n'est enregistrée sur le poste client. On peut donc commencer un travail sur un poste et le terminer sur un deuxième, sans transfert de fichier.

Travailler en équipe

Afin d'autoriser le travail à plusieurs mains sur de grandes masses de données, Open melodie définit un modèle de sécurité avancé. Il est entre autres possible de déléguer des pouvoirs d'indexation à d'autres personnes, sur tout ou partie de ses données. 

Publier ses données une fois validées

De la version de travail, entièrement privée, à la version publique, destinée à être citée dans une publication, l'indexeur a le contrôle
total de la sécurité de ses données.

Présenter ses données dans sa propre interface

La plateforme propose des connecteurs XML qui permettent à des interfaces tierces d'accéder aux données. Les projets utilisant cette plateforme peuvent donc publier leurs données sous leur propre identité visuelle. Ce principe de double accès est utilisé pour le projet MAVI depuis plus de 6 ans.

Open melodie aujourd’hui

Open melodie est utilisé depuis près d'un an par l’équipe du MAVI (Musée Achéménide Virtuel et Interactif). Environ 25 mille objets ont été indexés, soit plus de 250 mille éléments d’indexation. L'application complète est disponible en ligne à l'adresse http://www.openmelodie.org/. L'ensemble des ressources disponibles en ligne (documentations HTML et PDF, présentations, screencasts) sont accessibles de cette adresse.

Contexte d’utilisation du logiciel

Open melodie est actuellement utilisé activement depuis environ un an par deux équipes : 

Ces deux projets utilisent une instance d'Open melodie installée sur un serveur privé du collège de France. 

Des contacts sont en cours avec deux autres projets :

  • un premier, Biblindex, porté Laurence Mellerin et Dominique Gonnet (Sources Chrétiennes, Maison Orient et Méditerranée)
  • un second, dont le nom reste à définir, porté par Patrick Goujon (Centre Sèvres). 
Publications liées au logiciel
  • Le corpus de textes babyloniens achéménides sur www.achemenet.com : nouveaux processus de mise en ligne, José Paumard et Gauthier Tolini, 55ème Rencontres Assyriologiques Internationales (RAI), 9 juillet 2009, Collège de France, Paris.
  • Circe Italie et Open melodie, José Paumard, Journée d'études CIRCE, 5 avril 2008, INHA, Paris.
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 04/03/11
  • Correction mineure : 04/03/11
Mots-clés

RDMSEED : fonction pour lire des fichiers au format miniSEED depuis Matlab (sismologie)

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Licence(s) : BSD
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : F. Beauducel (IPGP)
  • Contact concepteur(s) : beauducel_@_ipgp.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : IPGP

 

Fonctionnalités générales du logiciel

L'objectif de cette fonction est de lire directement les fichiers de données au Fiche Plume format miniSEED depuis l'environnement Matlab. Tous les "data record" sont importés dans un tableau de structure permettant d'accéder à chaque bloc de données et champs des en-têtes individuellement (très utile pour les fichiers multi-canaux ou le contrôle de la conformité du fichier), ou de concaténer les données avec un simple cat(1,X.d). Les références temporelles sont également converties au format Matlab datenum.

La fonction lit tous les fichiers miniSEED utilisant les deux compressions les plus courantes Steim-1 et Steim-2. Les formats génériques FDSN ont également été implémentés (ASCII, 16/24/32-bit integers, IEEE floats et doubles), ainsi que les anciens formats multiplexés GEOSCOPE (24-bit, 16/3 ou 16/4-bit gain ranged). Tous ces formats devraient fonctionner bien que certains n'ont pu être testés sur des données réelles (voir l'aide pour plus de détail).

La fonction détecte automatiquement le codage big/little-endian.

Les "blockettes" reconnues sont 1000, 1001 et 100. S'il n'y a pas de Blockette 1000 (qui est pourtant obligatoire dans la norme SEED...), des paramètres par défaut sont utilisés (4096-byte record length, big-endian et compression Steim-1), qui peuvent être définis en arguments.

En ajoutant des arguments de sortie supplémentaires, on peut analyser la qualité des flux de données (détection des trous ou des données redondantes). Sans argument de sortie (ou en ajoutant l'argument d'entrée 'plot'), la fonction affiche les données sous forme graphique.

Le décodage de la compression Steim-1/2 a été optimisé pour Matlab. La méthode de codage proposée, aussi vectorisée que possible, est environ 30 fois plus rapide qu'un code avec de simples boucles "for ... end".

Pour obtenir l'aide complète et détaillée, taper "help rdmseed" ou "doc rdmseed".

Contexte d’utilisation du logiciel

Traitement de données sismologiques.

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 08/12/10
  • Correction mineure : 02/12/11
Fiche archivée
Cette fiche devait être publiée comme 'logiciel en test'. Mais l'outil a été abandonné car l'auteur de l'outil et rédacteur de cette fiche ne dispose plus du temps ni de la motivation nécessaire pour continuer le développement seul, et d'autres outils similaires ont vu le jour et sont supportés par une communauté. Elle est donc archivée.
Mots-clés

OpenWebReader : agrégateur de flux en ligne (rss, atom, rdf)

Cette fiche n'est plus à jour. Elle a été archivée pour la raison exposée ci-contre.
Description
Fonctionnalités générales

OpenWebReader est un agrégateur de flux multi-utilisateurs en ligne. Il supporte la découverte automatique de flux, c'est à dire qu'il vous suffit de lui donner l'url d'un site web, et il se chargera de trouver et d'importer un ou plusieurs flux, que ce soit au format RSS, ATOM, RDF ou via un fichier OPML.
Les flux sont par la suite classables par catégories à l'aide de drag'n'drop.
La mise à jour des flux se fait de manière automatique sans que l'utilisateur n'ait à s'en charger.

Autres fonctionnalités

Deux niveaux de droits sont disponibles : simple utilisateur ou administrateur (qui gère les utilisateurs, le cache et la maintenance).
Compatible avec le protocole OpenSearch.
Supporte l'authentification OpenID.
Affichage des icônes des flux (favicon).
Interface en AJAX afin d'optimiser le temps de chargement et le parcours des flux et des nouvelles.
Le logiciel supporte le code HTTP 304 (not-modified) afin de limiter les transferts de données.
Il comprend également un moteur de recherche en texte intégral.

Interopérabilité

API REST native (supporte en entrée les formats XML, JSON, et en sortie HTML, XML ou JSON).
Passerelle RSS.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Le logiciel a besoin d'avoir accès à la crontab de l'utilisateur du serveur web ainsi qu'à l'interface CLI de PHP.
Des extensions de PHP sont requises pour pouvoir faire fonctionner OpenWebReader convenablement :

  • PDO
  • mbstring
  • XMLReader
  • libxml
  • gettext
  • date
  • Intl
  • SPL
  • JSON
  • PCRE
  • cURL (optionnel, mais conseillé et requis si le serveur ne peut ouvrir de socket vers un serveur externe avec la fonction file_get_contents())
  • Imagick (optionnel, mais recommandé afin de pouvoir vérifier l'intégrité des icones des flux)
  • finfo (optionnel, mais fortement recommandé afin de contrôler l'intégrité et la validité des fichiers chargés)
Environnement du logiciel
Plates-formes

UNIX-like, actuellement testé avec succès sur Debian, Ubuntu, freeBSD, Arch Linux
Serveur web Apache2 ou nginx
PHP 5.3
MySQL 5

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

Google Reader, Gregarius, TinyTiny RSS

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

un développeur (auteur de cette fiche Plume)

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

irc://irc.freenode.net/#openwebreader

Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)

Une démonstration en ligne est disponible à l'adresse http://demo.openwebreader.org. Le login et le mot de passe sont respectivement demo/demo. Pour des raisons de sécurité, le logiciel a été bridé pour cette démonstration. Il n'acceptera pas le chargement de fichier OPML, cependant vous pouvez toujours donner à OpenWebReader l'url d'un fichier OPML distant. Le compte d'accès est un compte 'utilisateur' et non 'administrateur'.

Contributions

Toute contribution est bienvenue. Un dépôt GIT est disponible à l'adresse http://git.openwebreader.org/.
Vous pouvez envoyer un patch à contact [at] openwebreader [dot] org, ou tout simplement venir en discuter sur irc://irc.freenode.net/#openwebreader.

Format VOTable : standard d'échange de données (astronomie)

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 02/12/10
  • Correction mineure : 18/09/12
Mots-clés

Format VOTable : standard d'échange de données (astronomie)

Acronyme :

VOTable

Nom complet :

Le VO de l'acronyme signifie Virtual Observatory

Description courte :

Le format VOTable est un standard basé sur XML pour l'échange de données tabulaires.
Il a été créé par l'IVOA (International Virtual Observatory Alliance) pour répondre au besoin de partager de très gros volumes de données dans le cadre de l'Observatoire Virtuel (ensemble de catalogues de données en astronomie, souvent distants et hétérogènes, mais devant être interrogeables ou consultables à partir d'un seul point d'entrée unique en utilisant des méthodes et formats standardisés).
Un fichier VOTable est un ensemble de tables et contient des métadonnées (qui décrivent les informations relatives au fichier et la définition de chacun des champs) et des données qui peuvent être stockés sous 3 formats différents : TABLEDATA (XML), BINARY ou FITS.

Extension par convention :

.vot ou .xml

Version actuelle ou version décrite dans la fiche :

1.2

Documents de standardisation :

La première recommandation (version 0.1) a été publiée le 18 novembre 2001.

La version la plus récente (version 1.2), publiée le 30 novembre 2009, est décrite dans :
http://www.ivoa.net/Documents/VOTable/20091130/REC-VOTable-1.2.pdf

Avantages :

  • Basé sur un standard (XML)
  • Interopérabilité

Utilisations recommandées :

Ce format est très utilisé par la communauté scientifique en astronomie dans le cadre des systèmes d'Observatoires Virtuels.

Logiciels de traitement :

La liste des outils permettant de créer ou manipuler des fichiers VOTable est disponible ici :
VOTable Software

On y trouve notamment :

- des librairies écrites dans différents langages (Java, C++, Perl, PHP et Python) ;

- des applications qui acceptent ce format en entrée ou en sortie (Aladin, TOPCAT,...).

Formats connexes :

XML 1.0

Structure du fichier VOTable :

Un fichier VOTable est une ressource (RESOURCE) composée d'une ou plusieurs tables (TABLE). Chaque table contient une description de la table (PARAM, DESCRIPTION), la définition de chacun des champs de la table (FIELD) et les données (DATA).
Les données peuvent être stockées de trois façons :
- TABLEDATA : les données sont au format XML (avec balises TR et TD), donc la table est lisible mais très verbeuse ;
- BINARY : les données sont sous format binaire ;
- FITS : les données sont contenues dans un fichier FITS.

Cette dernière possibilité vient du fait que le format VOTable a, dès le départ, été conçu pour rester compatible avec le format FITS, très utilisé en astronomie (accès au contenu des tables FITS sans réécriture des données).

A noter aussi qu'un fichier VOTable peut être composé de plusieurs ressources, chacune pouvant contenir des tables de données de structure différente.

Exemple (extrait du fichier VOTable en TABLEDATA d'une étoile observée par le télescope spatial CoRoT) :

<?xml version='1.0'?>
<VOTABLE version="1.1"
 xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
 xsi:schemaLocation="http://www.ivoa.net/xml/VOTable/v1.1 http://www.ivoa.net/xml/VOTable/v1.1"
 xmlns="http://www.ivoa.net/xml/VOTable/v1.1">
<!--
 !  VOTable written by STIL version 2.8 (uk.ac.starlink.votable.VOTableWriter)
 !  at 2010-11-05T12:36:23
 !-->
    <RESOURCE>
        <TABLE name="EN2_STAR_CHR_0102708694_20071023T223035_20080303T093502.fits" nrows="348670">
         <PARAM arraysize="*" datatype="char" name="EXTNAME" value="BINTABLE">
            <DESCRIPTION>name of the extension</DESCRIPTION>
         </PARAM>
         <FIELD arraysize="23" datatype="char" name="DATE" unit="yyyy-mm-jjThh:mi:ss"/>
         <FIELD datatype="double" name="DATEJD" unit="COROT JULIAN DAY"/>
         <FIELD datatype="double" name="DATEHEL" unit="COROT JULIAN DAY"/>
         <FIELD datatype="int" name="STATUS"/>
         <FIELD datatype="float" name="REDFLUX" unit="ELECTRONS"/>
         <FIELD datatype="float" name="REDFLUXDEV" unit="ELECTRONS"/>
         <FIELD datatype="float" name="GREENFLUX" unit="ELECTRONS"/>
         <FIELD datatype="float" name="GREENFLUXDEV" unit="ELECTRONS"/>
         <FIELD datatype="float" name="BLUEFLUX" unit="ELECTRONS"/>
         <FIELD datatype="float" name="BLUEFLUXDEV" unit="ELECTRONS"/>
         <FIELD datatype="float" name="WHITEFLUX" unit="ELECTRONS PER PIXEL"/>
         <FIELD datatype="float" name="JCFW" unit="ELECTRONS"/>
<FIELD datatype="float" name="BG" unit="ELECTRONS"/>
         <FIELD datatype="float" name="CORREC_RED" unit="ELECTRONS"/>
         <FIELD datatype="float" name="CORREC_GREEN"/>
         <FIELD datatype="float" name="CORREC_BLUE"/>
         <DATA>
             <TABLEDATA>
                <TR>
<TD>2007-10-23T22:30:35.000</TD>
<TD>2852.4376628083655</TD>
<TD>2852.4392856502645</TD>
<TD>1</TD>
<TD>931972.75</TD>
<TD>21487.277</TD>
<TD>148447.31</TD>
<TD>7812.389</TD>
<TD>218506.67</TD>
<TD>13792.4795</TD>
<TD>1298926.8</TD>
<TD>0.0</TD>
<TD>448.1599</TD>
<TD>0.0</TD>
<TD>0.0</TD>
<TD>0.0</TD>
</TR>
                  ...(348670 lignes de données <TR>)...
                </TABLEDATA>
            </DATA>
        </TABLE>
    </RESOURCE>
</VOTABLE>

A noter que depuis la version 1.1, chaque champ de la table (TABLEDATA) peut être défini avec sa propre balise (pour remplacer la simple balise TD). Cela permet de lever une limitation initiale du format VOTable et d'exploiter les outils de requêtes propres à XML comme xPath ou xQuery.
Pour cela, il faut utiliser la balise <XMLDATA> et rajouter un ID dans la définition des champs. Pour reprendre l'exemple ci-dessus avec uniquement les 3 premiers champs, cela donnerait :

         <FIELD arraysize="23" datatype="char" name="DATE" ID="DATE" unit="yyyy-mm-jjThh:mi:ss"/>
<FIELD datatype="double" name="DATEJD" ID="DATEJD" unit="COROT JULIAN DAY"/>
<FIELD datatype="double" name="DATEHEL" ID="DATEHEL" unit="COROT JULIAN DAY"/>
...
<DATA>
  <TABLEDATA><XMLDATA>
    <TR>
<DATE>2007-10-23T22:30:35.000</DATE>
<DATEJD>2852.4376628083655</DATEJD>
<DATEHEL>2852.4392856502645</DATEHEL>
...

Commentaires :

Grâce au standard XML utilisé, un fichier VOTable peut facilement être mis en forme à l'aide d'une feuille de style XSLT et manipulé par des outils standards. Aussi, et même s'il est moins performant que le format BINARY, le stockage des données sous le format TABLEDATA reste le plus utilisé car lisible par n'importe quel éditeur ou tableur classique.
Dans ce contexte d'utilisation, ce format peut permettre, par exemple, d'effectuer des fouilles systématiques sur un catalogue complet de données astronomiques (ce que l'on appelle aussi le data mining).

URL pour plus d'informations :

Working Group IVOA VOTable

Accessibilité Web : choix des contrastes, couleurs et typographie

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 25/11/10
  • Correction mineure : 30/11/10
Mots-clés

Accessibilité Web : choix des contrastes, couleurs et typographie

Le choix de la conformité d'un site Web

Pour que toute personne puisse consulter un site web confortablement, le consortium W3C/WAI a rédigé plusieurs directives dont l'une est destinée à spécifier l'accessibilité des contenus Web pour tous ;  la WCAG 2.0. S'adressant en particulier aux concepteurs web, cette directive prend en compte les difficultés de perception visuelle des internautes, en caractérisant les contrastes colorimétriques associés à une taille minimum de caractères. Cependant, comment un concepteur web peut-il respecter ces critères de conformité et quelle méthode adopter pour répondre aux différentes déficiences visuelles des internautes ?

Les outils de conception

Choix du contraste

Pour aider les concepteurs graphiques à élaborer une charte graphique web conforme aux directives, le web fournit de nombreux outils très visuels. Pour mesurer les rapports de contrastes théoriques entre une couleur de police et un arrière plan, le concepteur peut recourir au site Colour Contrast Check. Ce site propose 3 palettes ; la 1ère fixe une couleur de texte, la 2ème fixe la couleur d'arrière plan, une 3ème palette de contrôle permet de vérifier le niveau de luminosité, de contraste et le niveau d'accessibilité WCAG.
En complément, le site Color contrast verification tool permet de mesurer le niveau de contraste pour une taille de caractères donnée.
RQ : Si un contraste élevé facilite la perception, un contraste trop élevé fatigue aussi l'œil, ces outils facilitent  le dosage en fonction des critères objectifs et subjectifs.

Ex : Pour prétendre au niveau AAA d'accessibilité, la directive WCAG impose un rapport de contraste de 7:1 pour des caractères inférieurs à 18 points.

Choix colorimétrique, pour un site bien vu

Pour concevoir sa charte graphique, le concepteur web peut s'appuyer sur le site colorschemedesigner.
A partir d'une roue de couleurs, il choisit une ou plusieurs teintes majoritaires pour son site. Puis ajuste la luminosité, la saturation et le contraste pour obtenir sa palette de couleurs en valeurs hexadécimales. Des outils de simulation permettent de visualiser instantanément le résultat d'une page web sur fond blanc ou noir. D'autres outils simulent des déficiences visuelles incitant le concepteur à revoir éventuellement ses choix pour une meilleure perception des nuances. Après validation des choix, le concepteur peut mémoriser la palette couleurs en différents formats.

Choix typographique

Pour effectuer des choix typographiques sur une page web, le concepteur peut s'appuyer sur le site typetester. Ce site propose 3 colonnes comparatives pour effectuer des choix de polices, de tailles de caractères, de couleurs et de mise en page. Le résultat s'affiche en-dessous où se déclinent toutes les formes d'affichage de la police choisie.
Rq : Avant de valider ses préférences typographiques, le concepteur web doit aussi prévoir dans les feuilles de styles (CSS) des polices alternatives installées systématiquement dans les navigateurs.

Fiches Plume connexes

  • Web Accessibility Initiative (WAI),
    - Groupe d'experts travaillant à l'élaboration des directives concernant l'accessibilité web, en savoir + En savoir plus
  • Référentiel Général d'Accessibilité pour les Administrations (RGAA),
    - La législation française a élaboré un référentiel d'accessibilité pour les administrations, en savoir + En savoir plus

Autre ressources

  • Guide accessibilité web :
    - Ce guide propose une méthode pour prendre en compte tous les critères d'accessibilité en vue d'obtenir une certification, en savoir + En savoir plus
  • Yellowpipe Internet Services :
    - Site facilitant la conversion des couleurs hexadécimales en RVB et vice versa, en savoir + En savoir plus
  • Améliorer l'accessibilité web par la typographie :
    - Site destiné aux concepteurs web pour les aider à faire des choix typographiques, en savoir + En savoir plus
  • Visionner le choix typographie avec différents navigateurs, en savoir + En savoir plus
Fiche logiciel à valider
  • Création ou MAJ importante : 03/11/10
  • Correction mineure : 13/04/12
  • Rédacteur de la fiche : Jerome Kieffer - un des développeurs du logiciel - ESRF (ESRF)
  • Contributions importantes : Olof Svensson (ESRF)
  • Responsable thématique : Christelle Dantec (CRBM)
Mots-clés
Pour aller plus loin
Fiche en recherche de relecteurs
Cette fiche est en recherche de relecteurs. Si vous êtes intéressé(e)s, contactez-nous !

EDNA : environnement pour réaliser des programmes d'analyses de données en ligne

Ce logiciel est en cours d'évaluation par la communauté PLUME. Si vous utilisez ce logiciel en production dans notre communauté, merci de déposer un commentaire.
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  • Système :
  • Téléchargement
  • Version évaluée :
  • Langue(s) de l'interface :
  • Licence : GPL, LGPL

    Le kernel EDNA est LGPLv3+ tout comme certaines applications.
    Certaines applications sont GPLv3+

  • Origine du développement : EMBL, ESRF, SOLEIL Synchrotron
Une fiche Dév Ens Sup est en relation avec cette fiche, consultez-la pour plus d'informations : EDNA
Description
Fonctionnalités générales

EDNA est une plate-forme, un framework pour développer des applications massivement parallèles (multi-threadées) pour faire de l'analyse de données en ligne pour les synchrotrons (et autres). Chaque application EDNA est composée de plugins d'exécution (qui font des choses), de plugins de contrôle qui servent à chaîner (en parallèle ou en série) des plugins d'exécution et qui constituent donc la logique de l'application et enfin les lanceurs qui initialisent l'environnement de travail et lancent les plugins.

Lanceurs

EDNA dispose de trois types de lanceurs :

  • Ligne de commande tout naturellement, en donnant la structure de donnée en XML sur la ligne de commande
  • DeviceServeur Tango qui communique via CORBA avec des interfaces graphiques (par exemple)
  • Un lanceur parallèle qui permet de lancer des plugins en parallèle sur un grand nombre de données

Plugins d'exécution

EDNA dispose de près d'une centaine de plugins d'exécution qui, soit appellent un programme externe, soit utilisent une bibliothèque python (Numpy, Scipy, PIL...) pour traiter des données. Ils forment la boîte à outil scientifique de EDNA.

Plugins de contrôle

Ce sont des enchaînements d'autres plugins pour réaliser des tâches plus ou moins complexes.

Autres fonctionnalités

La robustesse de EDNA est en grande partie due à sa politique de tests très stricte des plugins qui sont mis en commun.
Ceci assure la non régression d'une part et la pérennité des application écrites avec EDNA.

Interopérabilité

EDNA est écrit en python. Le projet est testé quotidiennement sous linux avec C-Python et occasionnellement avec Jython. Il fonctionne également nativement sous MacOSX avec C-Python.
Le portage sous Windows est une Arlesiène: le noyau EDNA fonctionne sous windows mais en l'absence de demande, de développeurs et de logiciels scientifiques en ligne de commande pour cet environnement, la priorité pour ce portage est minimale.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Nous développons des applications de traitement de données en ligne pour le synchrotron ESRF en utilisant EDNA:

MXv1

Application permettant la caractérisation rapide de cristaux de protéines à partir de quelques clichés de diffraction X. Une stratégie d'acquisition des données est calculée en quelques secondes.

Diffraction Computed Tomography

Application de tomographie à partir d'un micro-faisceau X utilisant le diffraction des cristallites contenus dans le matériau. Elle nécessite une intégration azimutale et l'assemblage d'un grand nombre de données avant la reconstruction tomographique. L'approche multi-threadée de EDNA a permis de passer le temps de calcul de dizaines d'heures à quelques minutes.

BioSaxs

L'application de la diffraction X aux petits angles sur des protéines en solution est en cours de développement entre le Synchrotron Diamond (UK), l'EMBL de Hambourg (D) et l'ESRF (Eu).

Photographie numérique

Le plus gros reproche fait à EDNA c'est qu'il nécessite un très bon niveau tant en science pour comprendre les applications qu'en méthodes de programmation, ce qui limite le nombre de personnes qui peuvent développer avec cet outil. En choisissant un exemple non-scientifique (la dé-RAW-tisation de photos numériques) pour le tutoriel EDNA, nous espérons faciliter l'apprentissage de EDNA pour augmenter la communauté de développeurs autour de cette plate-forme.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

EDNA apporte beaucoup d'importance aux méthodes de programmation, à la qualité du code (revue de code croisée), sa maintenabilité tout ceci prime toujours sur les performances brutes ou la vitesse de développement.

Quand j'ai commencé à travailler avec EDNA (avant de travailler pour EDNA), voici les défauts que je lui ai trouvé :

  • La modélisation de structures de données (UML) est obligatoire, sans elle rien n'est possible ce qui est frustrant.
  • Conventions de code très strictes, souvent empruntées au java (ce qui déstabilise le développeur python)
  • Structure des classes assez abstraites et grand nombre de niveau d'héritages (mais cela s'améliore ...)
  • Nécessité d'une revue de code pour toute modification du noyau, même pour une seule ligne.
  • Perte de temps lié à l'écriture des tests (pourtant on y gagne en maintenabilité).
Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

aucune à ce jour.

Plates-formes

Unix-like

Logiciels connexes
  • PyMca

  • MxCube
  • BlissFramework
  • Tango
  • Mosflm
  • XDS
  • Best
  • CCP4
  • ...
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement
  • Comité de direction qui gouverne les développements liés au noyau principalement.
  • Gestion de projet pour chaque application.
  • Serveur Web avec Wiki, SVN, Bugzilla.
  • Tests et création de paquets automatiques toutes les nuits.
  • Documentation de l'API en ligne, tutoriel

Une dizaine de développeurs actifs répartis entre l'ESRF, Diamond, CCP4 et Desy.

Eléments de pérennité

Deux développeurs à temps plein en France (permanents).
Les lignes de cristallographie des protéines de l'ESRF dépendent d'EDNA pour leur analyse de données: le projet doit être maintenu.

Références d'utilisateurs institutionnels

ESRF, Diamond, CCP4.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)

Une interface graphique pour EDNA, basée sur Passerelle est en développement.

Contributions
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 18/10/10
  • Correction mineure : 13/08/12
Mots-clés
Pour aller plus loin
  • Fiches logiciel PLUME connexes : GDL

ESO-MIDAS : système de traitement d'images (astronomie)

Description
Fonctionnalités générales

Le système ESO-MIDAS fournit des outils généraux pour le traitement des images et la réduction des données en mettant l'accent sur les applications astronomiques.

En outre, il contient des paquets d'applications pour la photométrie stellaire ou d'objets étendus, la décomposition et l'affinage des images, ainsi que des traitements spécifiques pour l'instrumentation de l'ESO à la Silla et le Very Large Telescope (VLT) à Paranal.

Le nom officiel, l'ESO-Midas (European Southern Observatory - Munich Image Data Analysis System), est une marque déposée. ESO-MIDAS est disponible sous la GNU General Public License (GPL), et peut être mis en œuvre sous les systèmes UNIX/Linux et Mac OSX.

Autres fonctionnalités

Applications de base :

  • Affichage d'image : composé de toutes les fonctions habituelles a attendre d'un système de traitement de l'image, comme l'affichage et la récupération des données en mode plein écran ou divisé, de zoom et de défilement, l'obtention des valeurs du curseur, la modification des tables de consultation, le clignotement, etc.
    Le noyau de ce paquet est l' "Image Display Interfaces library" (IDI) ;
  • Affichage graphique : fournit les fonctionnalités nécessaires à la présentation des données sous forme graphique, ainsi que la réduction de données interactives. Le module graphique est autonome, sur la base de l' "Astronet Graphic Library" (AGL) ;
  • Traitement d'image général : comprend les opérations arithmétiques typiques comme le filtrage, le rééchantillonnage, interpolation, rotation, extraction/insertion, FFT, etc ;
  • Table File System : fournit un ensemble complet de fonctions pour le traitement des données tabulaires. Il s'agit notamment de la lecture, rédaction, édition, recherche, tri, régression, etc ;
  • Fitting Pakage : offre les outils nécessaires pour s'adapter à des fonctions non-linéaires, et pour modéliser des distributions de données, à la fois dans les formats des tables et des l'images ;
  • Data I/O : pour le transfert des données sur disque.

Langage de Commande :

  • Midas utilise un langage de commande (MCL). Une suite de commandes regroupées dans un fichier peut constituer une procédure. Le langage de commande MIDAS fournit les outils pour construire des procédures complexes à partir des commandes existantes.
  • En général, MCL offre les fonctionnalités de base d'un langage de programmation comme: définition des paramètres, boucles, instructions conditionnelles et de branchement, variables globales/locales, appels de procédures avec des paramètres et des fonctions intégrées.
  • MCL est un langage interprété, les étapes de compilation et de liaison ne sont pas nécessaires avant l'exécution d'une procédure MCL.

API de programmation :
Midas propose également une bibliothèque de fonctions (API) en Fortran ou C, permettant de développer ses propres applications de traitement d'images, en s'appuyant sur le format interne des image Midas.

Interopérabilité

Midas utilise un format interne (BDF pour les images et TBL pour les tables).
Les données en ASCII peuvent être traduites en format interne.
Le format FITS (http://www.projet-plume.org/fr/ressource/fits) est le format de données le plus couramment utilisé en astronomie mais aussi en physique des hautes énergies.
Les fichiers au format FITS sont traduits en format interne avec les commandes simples suivantes :

INDISK/FITS toto.fits toto.bdf
INDISK/FITS toto.fits toto.tbl

Les fichiers au format interne sont traduits en format FITS avec :

OUTDISK/FITS toto.bdf toto.fits
OUTDISK/FITS toto.tbl toto.fits
Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

MIDAS s'est surtout développé dans la communauté astronomique en Europe. Il a été utilisé par les chercheurs et les spécialistes du traitement de données de notre laboratoire dès les années 80, pour l'analyse des images et des données astronomiques. Peu à peu d'autres langages, en particulier IDL, sont venu le remplacer. Mais MIDAS, qui est toujours maintenu par l'ESO, est encore utilisé par des chercheurs qui trouvent ce logiciel bien adapté à leurs besoins.

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

Aucune : Eso-Midas doit être téléchargé depuis le site de téléchargement ftp://ftp.eso.org/pub/midaspub/

Plates-formes

La version 09SEPpl1.2 de MIDAS a été installée et vérifiée sur les plateformes suivantes :
Intel/Linux OpenSUSE 11.2
Intel/Linux Kubuntu 9.10
Intel/Linux Fedora 12
Intel/Linux Mandriva 2010
Intel/Linux Debian 4.0 Etch
Intel/Linux ScientificLinux 5.3
Intel/Linux Linux Mint 7
Intel/Linux gOS 3.1
Intel/Linux AltLinux 5.1
Intel/Linux Toorox 06.2009
Intel/Linux openmamba 1.1
Intel/Linux Sabayon 5.1
AMD 64/Linux OpenSUSE 11.2
AMD 64/Linux CentOS
AMD 64/Linux Sabayon 3.5
AMD 64/Linux Mandriva 2010
AMD 64/Linux Kubuntu 9.10

PowerPC/Mac OSX 10.4
Intel/Mac OSX 10.5

EeePC/Linux Mandriva 2008 Spring

Intel/Win 2000, Win XP (via cygwin)

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

ESO : European Southern Observatory - http://www.eso.org/public/

Eléments de pérennité

ESO-Midas est développé et maintenu depuis les années 1980.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur

La documentation est très complète, voir : http://www.eso.org/sci/data-processing/software/es...

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