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Format FITS : Flexible Image Transport System (astronomie)

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 18/10/10
  • Correction mineure : 06/11/12
Mots-clés

Format FITS : Flexible Image Transport System (astronomie)

  • http://fits.gsfc.nasa.gov/
  • Type de ressource : résumé
  • Date de publication du document ou de l'événement : 1990
  • Auteur(s) ou responsable(s) : IAU (International Astronomical Union)

Acronyme :

FITS

Nom complet :

Flexible Image Transport System

Description courte :

Le format FITS, proposé à l'origine par la NASA et défini par l'IAU (International Astronomical Union), est un format dédié au stockage et à la manipulation de données scientifiques. C'est le format de données le plus couramment utilisé en astronomie mais aussi en physique des hautes énergies. Un fichier FITS est en général composé d'un en-tête ASCII lisible contenant l'ensemble des métadonnées associées à l'image et de données sous formes binaires contenant les mesures d'observation (courbes de lumières, cartes du ciel, image d'une galaxie, spectre, listes de photons,...). Le couple en-tête / données binaires est appelé HDU pour Header Data Unit.

Extension par convention :

.fits (parfois .fit ou .fts)

Documents de standardisation :

La première spécification (NOST 100-0.1) de ce format a été publiée en Décembre 1990.

La version la plus récente (IAUFWG 3.0), publiée en Juillet 2008, est décrite dans :
FITS Standard Document - Version 3.0 (July 2008) - PDF format

Avantages :

  • Standard, indépendant de la plate-forme utilisé
  • Format extensible

Inconvénients :

Le format autorisant les extensions personnalisées (propres mots-clés), un fichier FITS peut devenir illisible par certains logiciels car ne respectant plus strictement le standard. Ceci dit, dans la mesure ou le format définit des extensions communes et obligatoires à tout fichier FITS, les informations principales devraient être lisibles.

Utilisations recommandées :

Ce format est couramment employé en astronomie car il permet d'associer les informations d'observations (les mesures sous forme binaire) et les métadonnées associées sous forme ASCII (informations sur le satellite qui observe, données déjà connues sur la zone d'observation...). Ainsi, lorsque l'on récupère un fichier FITS de provenance inconnue, on peut savoir, grâce à ses métadonnées, de quelle observation il s'agit.

Logiciels de traitement :

De nombreux outils de manipulation et logiciels gratuits sont proposés par la NASA sur FITS resources.

Une librairie indispensable qui permet de lire et écrire des fichiers FITS à partir de programmes C ou Fortran : CFITSIO - A FITS File Subroutine Library.
Cette dernière a aussi été portée pour les langages C++ et Perl

Les fichiers FITS peuvent être exploités avec des logiciels de traitement d'image comme ESO-MIDAS ou SAOImage ds9.

Un excellent outil pour manipuler ces fichiers est TOPCAT. Il permet notamment d'exporter un fichier sous d'autres formats (TEXT, ASCII, CVS, HTML, VOTable, LaTeX,...) et comporte de nombreux outils d'édition, visualisation, recherche, concaténation, calcul d'histogramme,...et des outils de VO (Observatoire Virtuel) comme le "Cone Search" ou la possibilité de faire des requêtes sur des catalogues externes.

Structure du fichier FITS :

Un fichier de données au format FITS est constitué d'une ou plusieurs HDUs, chacune de ces HDU contenant deux parties : un en-tête lisible ASCII et un bloc de données binaires.
L'en-tête comporte une série de mots clés (header keywords) qui décrivent les données binaires de la HDU.

Le premier en-tête du fichier est appelé l'en-tête primaire (primary header). Les HDUs qui suivent la HDU primaire sont appelées extensions.
La HDU primaire doit forcément contenir un en-tête et peut contenir ou non des données binaires. Les extensions peuvent contenir indifféremment différents types de données tels que en-tête ASCII, tables binaires, images,...

L'en-tête est constitué de paires "mot clé / valeur" de longueur fixe 80 caractères. Le mot clé est généralement en majuscule. Certains mots clés de l'en-tête primaire sont obligatoires (appelés mandatory keywords).
Ces mandatory keywords sont : SIMPLE (T si le fichier est conforme au standard, F sinon), BITPIX (nombre de bits par pixel de données), NAXIS (dimension des données), NAXISn (nombre d'éléments dans la dimension n) et END (fin de l'en-tête).

A ces mots clés obligatoires, d'autres mots clés réservés (mais optionnels) peuvent être rajoutés comme DATE (date de création de la HDU), ORIGIN (Source de la création du fichier FITS), EXTEND (présence d'extensions ou non), DATE-OBS (date de l'observation), TELESCOP, INSTRUME, FILENAME, COMMENT,...

Exemple (extrait de l'en-tête primaire d'un fichier fits de l'instrument SECCHI/STEREO) :

SIMPLE  =                    T / Written by IDL:  Fri Sep  3 13:24:14 2010      
BITPIX  =                   32 / 32-bit twos complement binary integer          
NAXIS   =                    2 /                                                
NAXIS1  =                 1024 /                                                
NAXIS2  =                 1024 /
EXTEND  =                    T /                                                
DATE-OBS= '2010-09-01T23:29:57.153' /
...
ORIGIN  = 'NRL     '           /                                                
FILENAME= '20100901_232901_s4h1B.fts' /
DATE    = '2010-09-03T16:06:34.920' /                                           
INSTRUME= 'SECCHI  '           /
...
END

Enfin, de nouveaux mots clés peuvent être insérés dans l'en-tête (additional keywords). Ils doivent respecter le standard (longueur de la paire "mot clé / valeur" de 80 caractères) et ne pas rentrer en conflit avec les noms des mots clés obligatoires ou réservés.

Après le mot clé END, le HDU peut se poursuivre avec des données binaires.

Commentaires :

FITS est généralement classé dans la catégorie "Format d'image". Mais ce format n'est pas aussi limité que les autres formats d'images classiques (matrices de points en 2D ou 3D, la troisième dimension étant utilisé pour le codage des couleurs) dans la mesure où il peut être de dimension arbitraire.
Ainsi, un fichier FITS peut contenir plusieurs en-têtes différents associés à une même image. De même, un seul fichier peut contenir plusieurs images (par exemple, une image représentée sous plusieurs longueurs d'ondes différentes)

URL pour plus d'informations :

FITS Support Office

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 04/10/11
  • Correction mineure : 04/10/11
  • Rédacteur de la fiche : Jérôme Kieffer - ESRF Software group (ESRF Grenoble)
  • Relecteur(s) : Marine Cotte (ESRF)
  • Contributions importantes : Pierre Bleuet (ESRF) a aussi relu cette fiche offline.
  • Responsable thématique : Anne Facq (CRPP)
Mots-clés
Pour aller plus loin

PyMCA : analyse des spectres de fluorescence X, visualisation hyperspectrale

  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Téléchargement
  • Version évaluée : 4.4
  • Langue(s) de l'interface : anglais
  • Licence : GPL

    L'ESRF offre la possibilité d'acheter une licence non-GPL de PyMCA pour les sociétés qui souhaiteraient commercialiser un logiciel utilisant une bibliothèque de PyMCA.

  • Origine du développement : ESRF
Description
Fonctionnalités générales

PyMCA est à l'origine un logiciel de visualisation et d'analyse des données issues des analyseurs multi-canaux (MCA) utilisés pour collecter le signal de fluorescence X.
Il contient en particulier toutes les constantes physiques associées à la fluorescence X des éléments de la classification périodique et c'est (probablement) le seul logiciel qui gère convenablement la fluorescence des couches M (en plus des couches K et L).
Il dispose d'une routine d'optimisation («fit») très efficace des profils théoriques et du traitement par lot des spectres.

Autres fonctionnalités

La fluorescence X étant souvent associée à la cartographie, l'imagerie et à la tomographie, les développements récents de PyMCA se sont plutôt faits dans cette direction :

  • gestion de jeu de données hyperspectral / multidimensionnel, import / export dans des formats adaptés (HDF5),
  • représentation 3D, développements OpenGL,
  • corrélations entre les signaux de fluorescence et ceux d'autres techniques comme la diffraction.
Interopérabilité

PyMCA lit nativement tous les formats 2-colonnes (type CSV), en particulier le format SPEC ainsi que les images au format de l'ESRF (EDF). Les versions récentes ont vu l'apparition du format HDF5 et donc la manipulation de données hyperspectrales à 2, 3 ou 4 dimensions (ou plus).

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Le logiciel est utilisé sur un certain nombre de lignes de lumière de l'ESRF :

  • Pour la fluorescence X, son objet premier.
  • Pour ces capacités de visualisation des spectres, d'images, la sélection de régions d'intérêts
  • Pour le traitement par lots de données.
  • Pour la visualisation de l'espace réciproque en 3D.
Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Même si le support offert par l'auteur est d'excellente qualité, PyMCA reste un logiciel mono-développeur avec les risques que cela comporte (absence de code-review, ...)
L'API est faiblement documentée mais le code est bien lisible : certains développeurs re-utilisent des parties du code de PyMCA.

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré
  • Très facile d'installation sous windows puisque c'est la plateforme principale de développement et d'utilisation
  • Intégré à Fedora Linux depuis la version 12
  • Intégré à debian wheezy (testing) et sid (unstable)
  • Intégré à ubuntu 11.04 (natty)
  • Des paquets de tests pour la version SVN de PyMca pour Debian testing et Ubuntu Lucid Lynx sont également disponibles (architectures i386 et AMD64)
  • Installation python standard depuis les sources sur les systèmes Unix (sudo python setup.py install)
  • Une version compilée est également disponible pour MacOS X sur PPC et x86 (Universal binary)
Plates-formes

Windows / Unix / MacOS :

PyMCA est un programme python avec les routines de calculs écrites en C et une interface graphique réalisée avec pyQt4 / pyQwt5. Il repose par ailleurs sur numpy (Fiche Fiche Plume).
Il peut utiliser Matplotlib (Fiche Fiche Plume) pour afficher des graphiques de meilleure qualité ; utiliser OpenGL pour visualiser des objets tridimensionnels et les importer/exporter en format HDF5 si les bibliothèques sont présentes.

Logiciels connexes
  • Spec: Le contrôleur de ligne utilisé à l'ESRF (entre autre).
  • EDNA: PyMca est utilisé pour visualiser les données réduites "on-line" par EDNA
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Projet sourceforge public, mono-développeur, financé par un centre de recherche Européen, l'ESRF.
L'auteur du logiciel est V. Armando Solé.

Eléments de pérennité
Références d'utilisateurs institutionnels

L'article décrivant le logicel a été cité 53 fois (en juillet 2010) :
V.A. Solé, E. Papillon, M. Cotte, Ph. Walter, J. Susini, A multiplatform code for the analysis of energy-dispersive X-ray fluorescence spectra, Spectrochim. Acta Part B 62 (2007) 63-68.

PyMCA est utilisé par le Centre de Recherche et de Restauration des Musées de France au Louvre pour analyser la composition des pigments de peinture en relation avec la restauration des toiles.

Autres laboratoires académiques :

  • En France : Université de Bordeaux ; AIFIRA; Synchrotron Soleil ; CEA/DRT-Leti;
  • En Allemagne : Synchrotron Desy
  • En Italie : Synchrotron Elletra
  • En Belgique : Université d'Anvers
  • Aux États-Unis : Cornell Hi-Energy Synchrotron Source (CHESS)
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Une communauté d'utilisateurs est maintenue autour de PyMCA par son auteur via une liste de diffusion

Documentation utilisateur

La documentation utilisateur est disponible en anglais.

Divers (astuces, actualités, sécurité)

Compatible avec les format Spec, EDF, HDF5 et Nexus (plus d'autres)

Contributions
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 21/07/10
  • Correction mineure : 07/10/11
Mots-clés

VLE : Virtual Laboratory Environment - plate-forme de multi-modélisation et de simulation

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 1.0.0 - 15 septembre 2011
  • Licence(s) : GPL
  • Etat : validé (au sens PLUME), diffusé, stable, en développement
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Gauthier Quesnel Eric Ramat Guillaume Ansel Patrick Chabrier Raphael Duboz David Duvivier Cyril Marcq Daniel Salomé Ronan Trépos Aurélien Ansel Philippe Blangi Romain Hennuyer David Versmisse Geoffroy Weisenhorn
  • Contact concepteur(s) : quesnel@users.sourceforge.net
  • Laboratoire(s), service(s)... : LIL, UBIA

 

Une fiche logiciel décrit plus en détail ce développement, consultez la pour plus d’informations : VLE
Fonctionnalités générales du logiciel

VLE est une plate-forme de modélisation et de simulation de systèmes dynamiques basée sur le formalisme à événement discret DEVS (de l'anglais Discrete Event System Specification). L'environnement VLE propose un ensemble de bibliothèques, les VFL (VLE Foundation Libraries), sur lesquelles reposent un certain nombre de programmes avec un simulateur, une interface graphique de modélisation et de développement de modèles et des outils annexes pour analyser et visualiser les sorties des simulations, et un service-web. Les VFL sont suffisamment bien conçues pour permettre la construction de nouveaux simulateurs, modèles ou de nouveaux programmes de modélisation et d'analyse.

Contexte d’utilisation du logiciel

L'objectif de VLE est de permettre au modélisateur de systèmes dynamiques de réaliser le cycle de modélisation et de simulation. Le modélisateur construit ainsi un laboratoire virtuel pour réaliser des expériences in silico. La plate-forme est majoritairement utilisé dans un contexte agronomique avec les modèles issus de l'INRA, mais également des modèles épidémiologiques, des modèles d'agents sociaux. Les modèles peuvent alors être exploités via les outils comme R, python, ou via des interfaces web.

Publications liées au logiciel

G. Quesnel, R. Duboz and É. Ramat, The Virtual Laboratory Environment - An Operational Framework for Multi-Modelling, Simulation and Analysis of Complex Systems, Simulation Modelling Practice and Theory, (17), 641-653, April 2009.

Quesnel G., Duboz R., Ramat E., and Traoré M.K.. VLE: A Multimodeling and Simulation Environment. Proceedings of the Summer Simulation Multiconference (SummerSim’07), San Diego, California, USA, July 15-18, 2007, pp. 367-374.

G. Quesnel, R. Duboz, D. Versmisse et É. Ramat, DEVS Coupling of Spatial and Ordinary Differential Equations: VLE framework, proceedings of the Open International Conference on Modeling and Simulation - OICMS 2005, Clermont-Ferrand, France, 281-294.

G. Quesnel, D. Versmisse et E. Ramat. Coupling of physical models and socials models: multi-modeling and simulation with VLE, dans Joint Conference on Multi-Agent Modeling for Environmental Management, CABM-HEMA-SMAGET 05, 21-25 mars Bourg Saint Maurice, France.

G. Quesnel, R. Duboz and É. Ramat, DEVS wrapping: A study case, In proceedings of Conceptual Modeling and Simulation CMS 2004 conference, 28-30 octobre 2004, Genoa, Italy, pp 374-382.

G. Quesnel, R. Duboz et E. Ramat, VLE Environnement de modélisation et de simulation de systèmes hétérogènes : Applications aux systèmes multi-agents, Actes des douzièmes Journées Francophones sur les Systèmes Multi-Agents (JFSMA) - Systèmes multi-agents défis scientifiques et nouveaux usages. Olivier Boissier et Zahia Guessoum eds. Paris, 23-26 novembre 2004.

Fiche logiciel à valider
  • Création ou MAJ importante : 20/07/10
  • Correction mineure : 25/05/12
Mots-clés
Pour aller plus loin

OpenERP : progiciel de gestion intégré (PGI - ERP)

Ce logiciel est en cours d'évaluation par la communauté PLUME. Si vous utilisez ce logiciel en production dans notre communauté, merci de déposer un commentaire.
Description
Fonctionnalités générales

OpenERP est un logiciel de la famille des ERP pour "Enterprise Resource Planning" ou en français des PGI pour "Progiciel de Gestion Intégré". La principale fonctionnalité de ces logiciels est d'essayer de répondre à tous les besoins de la gestion informatisée d'une entreprise (mais aussi d'une entité de recherche ou d'enseignement) avec un seul logiciel et une seule base de données.

Les deux principaux avantages d'un logiciel de ce type sont :

  • de centraliser toutes les données et tous les logiciels,
  • et d'utiliser un logiciel déjà conçu.

Et par conséquent son principal défaut est de répondre parfois approximativement aux besoins.

Autres fonctionnalités

Un des intérêts d'OpenERP est de proposer un très grand choix de modules (environ 350).
L'administrateur choisit les modules qu'il désire proposer aux utilisateurs sur le serveur OpenERP. Ensuite les clients au travers soit d'une interface Web soit d'un client léger accèdent aux modules sur lesquels les droits sont positionnés par l'administrateur.

L'utilisation d'OpenERP peut se faire dans des contextes tels que : la gestion financière, l'achat/vente et vente sur internet, la gestion de projet, la gestion d'un service (planification, organisation, coût de fonctionnement, etc ), la gestion de stock d'un magasin, la gestion des ressources humaines, la gestion de contacts, la gestion des équipements informatiques, la gestion de la documentation (GED) et bien d'autres utilisations que l'on peut trouver ici http://openerp.com/discover/features.html .

OpenERP peut aussi aider un service à rationaliser son fonctionnement dans le cadre d'une démarche qualité.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Le contexte d'utilisation et donc d'exploitation au LAAS se limite uniquement au module de gestion de stock pour la gestion interne du magasin. Le choix a été fait de sous-traiter l'installation et les paramétrages du fonctionnement à une entreprise. L'authentification pour accéder au module est réalisée par un double contrôle LDAP et base de données relationnelle du personnel du laboratoire.
Les clients du magasin consultent l'état du stock depuis une interface web (logiciel complémentaire Magento), réalisent l'enlèvement depuis un client léger en Java installé sur un poste Windows muni d'un lecteur code barre dans le magasin.
Les gestionnaires du magasin gèrent l'état de stock et la facturation aux différents services du laboratoire depuis leurs postes de travail.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Bien que l'ensemble soit complètement libre (modules développés dans le cadre d'OpenObject) , écrit dans un langage de script (Python) il reste difficile :

  • d'installer OpenERP sur une version Linux Ubuntu récente (peut-être du à la version 5.6 de Python),
  • d'entrer dans les modules pour les adapter.

Le mieux semble être de commencer par une formation qui est proposée par le concepteur initial d'OpenERP.

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

OpenERP est proposé dans une version installable pour Windows. Elle met en place automatiquement PostGreSQL, Python, le serveur et le client. "Quinze minutes" après ont peut utiliser OpenERP.
On trouve aussi beaucoup d'exemples de configuration pour Linux Ubuntu et Fédora, mais l'installation est bien moins aisée car beaucoup de modules Python sont nécessaires et l'installation reste manuelle. Par contre l'installation du serveur et du client est automatique. On peut trouver des paquets Ubuntu mais la version des paquets est assez ancienne.

Plates-formes

Windows XP, Ubuntu et Fedora.

Logiciels connexes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Le logiciel a été initialement conçu par la société Tiny.

Eléments de pérennité

L'environnement a atteint un niveau de fiabilité satisfaisant de part sa durée d'existence, le grand nombre d'utilisations en exploitation et la communauté de développeurs impliqués sur le projet.
OpenERP est traduit dans plus de 20 langues, installé plus de 700 fois par jour, supporté par une multitude d'entreprise en France qui proposent des formations, des paramétrages et des installations.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

On peut accéder à ces services :

Il est proposé aussi des formations données par des sociétés agrées.

Documentation utilisateur
Contributions

La communauté de développement met à disposition des développeurs des services :

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 19/07/10
  • Correction mineure : 24/05/13
Mots-clés

Scenari : conception de chaînes éditoriales

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 4.0 - 2013
  • Licence(s) : GPL, LGPL, CeCILL, Mozilla Public Licence
  • Etat : validé (au sens PLUME), diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) :

    La majorité des développements du "noyau" Scenari est aujourd'hui réalisée par la société Kelis (directeur technique : sylvain.spinelli@kelis.fr), composée majoritairement d'ingénieurs issus de l'UTC. L'UTC coordonne le projet et en est le porteur historique, elle assiste à la diffusion de Scenari dans le monde universitaire et recueille les suggestions utilisateurs, aidée par un réseau de points relais régionaux. Ont également contribué par des financements ou participation aux développements de certaines fonctionnalités ou sous-projets : les UNT UNIT et UNISCIEL, l'école des mines d'Albi, l'université de Lille 1, l'école des mines de Paris

  • Contact concepteur(s) : info@scenari-platform.org
  • Laboratoire(s), service(s)... : Mines Albi, Mines Paris Tech, Univ Lille 1, UTC, Kelis, UNT Unisciel, UNT UNIT

 

Une fiche logiciel décrit plus en détail ce développement, consultez la pour plus d’informations : Scenari
Fonctionnalités générales du logiciel

Scenari est une technologie, une méthodologie et un ensemble d'outils qui permettent de :

  • créer et modifier des chaînes éditoriales,
  • gérer des déclinaisons, adaptations, traductions d'une chaîne éditoriale par rapport à une autre chaîne de référence,
  • diffuser ses chaînes éditoriales en tant qu'application autonome, client/serveur lourds, extension Firefox, "pack" de modèle - pour linux, windows et MacOS X,
  • exploiter des packs de modèles (obtenir l'interface d'édition et les outils de génération).

Scenari suit le principe des Chaînes éditoriales, il se décline en 6 "M":

  • Modèle : guider et structurer l'écriture, homogénéiser la publication, contrôler la qualité
  • Multisupports : écrire une fois, publier sur plusieurs supports, maintenir un fond documentaire
  • Multiusages : découper le contenu en unités documentaires, réutiliser sans recopier, adapter pour différents contextes
  • Multimédias : intégrer tous types de contenus (du texte à l'audiovisuel), assurer l'accessibilité, structurer dans l'espace et le temps le document
  • Mise à jour : assurer la maintenance des contenus, des publications (par exemple dans le cas d'un site Web à remanier), permettre une démarche d'amélioration continue
  • Métier : utiliser le langage du domaine, archiver en langage non technique, être spécifique à l'usage dans un contexte métier.
Contexte d’utilisation du logiciel

Université de Technologie de Compiègne :
L'équipe Ingénierie des Contenus et Savoirs réalise des projets avec des partenaires publics et privés, dans l'enseignement supérieur, la formation professionnelle ou d'autres domaines d'activité. Scenari est l'outil central de la majorité des chantiers de production documentaire.

Université de Lille1 :
A l'Université de Lille1, le service multimédia (SEMM) a choisi d'utiliser le socle technologique Scenari pour sa production de documents multimédia. Nombres de contenus ont été réalisés avec la chaîne éditoriale Opale qui utilise cette technologie. Le SEMM a également créé plusieurs chaînes éditoriales pour des usages différents :

  • une première chaîne dédiée à la granularisation du contenu d'Université En Ligne
  • une deuxième dédiée à la production de contenus pour l'UNT Unisciel
  • une troisième créée dans le cadre d'un partenariat avec l'université du Maine sur la production de contenus de physique pour les niveaux licence/master (projet Numeliphy)
  • une dernière pour une production CNL (Contenu Numérique en Ligne) de l'université de Lille1.
Publications liées au logiciel
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 31/03/11
  • Correction mineure : 13/08/12
Fiche archivée
Cette plate-forme a une nouvelle version SITools2 décrite dans une autre fiche logiciel, plus récente que celle-ci.
Mots-clés

SITools : système d'accès aux données scientifiques

Cette fiche n'est plus à jour. Elle a été archivée pour la raison exposée ci-contre.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version évaluée : 4.5
  • Langue(s) de l'interface : anglais
  • Licence :

    Bien que le logiciel soit utilisé par plusieurs laboratoires qui travaillent en collaboration avec le CNES, la licence n'est pas encore choisie. Des négociations sont en cours, l'objectif est GPL.

Description
Fonctionnalités générales

SITools est un système d'accès aux données scientifiques utilisé en astronomie. Il assure la présentation et la dissémination des données. Il permet principalement, à partir d'une ou plusieurs bases de données scientifiques gérées sous MySQL, PostgreSQL ou Oracle, d'effectuer des requêtes intelligentes sur les données avec des critères de recherche et de tri.
Il est composé d'une couche de logiciels libres et d'un ensemble d'applications web Java (webapps) entièrement configurables.

SITools est composé de 3 modules nécessaires à son fonctionnement :

  • Le module CATALOGUE, qui définit comment accéder aux bases de données que l'on interroge. Ces catalogues peuvent être des jeux de données correspondant à des tables ou des vues de la base de données, des méta-données (équivalent aux données de la base d'administration du Système SiTools) ou des fichiers de données brutes. Il est possible de configurer autant de catalogues que nécessaire.
  • Le module REPOSITORY, qui établit les liaisons entre les catalogues utilisés (définis dans le module CATALOGUE) et les services associés (définis plus loin). Les utilisateurs et les droits d'accès aux jeux de données sont gérés dans ce module ainsi que les synonymes et les convertisseurs (fichiers de configuration XML).
  • Le module SITOOLS, qui est l'interface web par laquelle les utilisateurs accèdent aux données (IHM). Il est composé essentiellement de fichiers JSP simples à modifier pour permettre la personnalisation de l'interface. On peut par exemple rajouter un panel à l'interface de base, modifier le menu principal ou personnaliser le code couleur de l'interface.

À ces modules de base on peut ajouter des service nommés SVA (Services à Valeur Ajoutée) qui fonctionnent comme des plugins pour étendre les fonctionnalités de SITools ou permettre d'appliquer des traitements en ligne sur les données interrogées.

L'ensemble de ces modules et services peut être installé sur une architecture répartie entre plusieurs machines.

A noter qu'une version 64 bits existe depuis février 2011.

Autres fonctionnalités

SITools s'appuie sur le concept de services connectés entre eux (via un bus virtuel Web Services en SOAP) et inclut des services de base (interrogation de catalogues de jeux de données depuis une interface web) ainsi que des services à valeur ajoutée (SVA) : conversion de format, compression, tracé de graphique à la carte, tracé 3D, data-mining,...

Ces SVA peuvent déjà exister (livrées avec SITools ou développées par d'autres laboratoires) mais il est possible de développer ses propres SVA selon ses besoins. Un SVA est lui même une application web Java mais qui peut appeler un programme développé dans un autre langage (perl, python, C...). Cela permet notamment de pouvoir intégrer des programmes déjà développés en interne.

Interopérabilité

SITools peut interroger des catalogues hébergés sur des systèmes distants (il suffira d'avoir les bons droits d'accès aux jeux de données et de définir le lien d'accès dans un fichier du module catalogue). Dans ce cas, il est souvent nécessaire de spécifier des synonymes pour les données qui décrivent la même chose mais dont le nom du champ dans les tables sont différents (par exemple une valeur de magnitude qui est stockée dans le champ 'magnitude' dans le jeu de données A et 'magnit' dans le jeu de données B).
A l'inverse, les jeux de données hébergés par SITools peuvent être interrogés par d'autres systèmes d'accès aux données, notamment par le développement de requêtes Web Services.

SiTools peut ainsi être utilisé comme interface pour l'Observatoire Virtuel (VO - Virtual Observatory). Dans ce contexte, il est possible de développer des SVA qui permettent de faire des requêtes dans les protocoles VO connus (SIAP, VOQL,...) et de transformer les résultats au format VOTable Fiche Plume.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

L'outil SITools est utilisé pour la mise à disposition de données provenant de missions spatiales pour lesquelles l'Institut d'Astrophysique Spatiale a en charge l'exploitation des données.
Cette mise à disposition peut être publique (cas des données des observations SOHO et STEREO, ainsi que des données publiques de CoRoT) mais aussi à accès restreint (cas des données de CoRoT et Planck).

Pour exemple, l'interface des données publiques de CoRoT est disponible ici.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

La principale limitation peut venir de la prise en main de l'outil. Outre les pré-requis nécessaires à l'installation de SITools (posséder une machine avec un serveur Apache Tomcat opérationnel et un SGBD), l'administration et la personnalisation de l'interface nécessitent des compétences en développement.
Le CNES estime à environ 1 semaine la mise en place d'une version simple d'un serveur de données.
À noter que l'installation est nettement simplifiée aujourd'hui grâce à l'installateur graphique (non présent dans les anciennes versions).

Environnement du logiciel
Plates-formes

Linux, MacOS, MS Windows

Logiciels connexes
  • SITools est basé sur une architecture J2EE et ses composants fonctionnent grâce au conteneur d'applications Apache Tomcat Fiche Plume : Apache/Tomcat/Struts
  • Java (JVM et JDK)
  • PostgreSQL Fiche Plume ou MySQL Fiche Plume
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Le développement du logiciel est une action R&T du CNES. Actuellement, la maîtrise d'œuvre est confiée à Cap Gemini.

Eléments de pérennité

Le chef de projet de SITools au CNES négocie actuellement le passage du logiciel en licence GPL.

Cependant, la version actuelle de cet outil arrive sur sa dernière année de maintenance (2011). Le CNES travaille actuellement sur une nouvelle génération de l'outil (baptisée SITools2) dont la licence s'oriente sur GPLv3 pour la partie IHM et CeCILL pour la partie serveur.
Cette nouvelle génération est basée sur une nouvelle architecture et utilisera des technologies innovantes orientées web services RESTful (en remplacement des services SOAP actuels).

Références d'utilisateurs institutionnels

Institut d'Astrophysique Spatial
Laboratoire d'Astrophysique de Marseille
Centre d'Etude Spatiale des rayonnements
CNES

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Le support est assuré par le chef de projet au CNES par messagerie électronique : sitools [at] gmail [dot] com.
Il existe aussi un forum en ligne pour poser des questions techniques, proposer une évolution ou alerter d'un bogue rencontré lors de l'installation ou de l'utilisation du logiciel.

Documentation utilisateur

La documentation utilisateur est accessible en ligne :
http://vds.cnes.fr/sitools/documents/Online_Doc_Si...
Elle inclut un ensemble de tutoriaux et de présentations sur SITools.

Divers (astuces, actualités, sécurité)

Le logiciel peut être utilisé pour d'autres types de jeux de données que ceux utilisés en astronomie. Ainsi, la base de données de démonstration fournit avec le logiciel est un jeu de fruits/légumes/fleurs.

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 07/06/10
  • Correction mineure : 30/06/10

phpMyResa : réservation de ressources (salles...)

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 4.0.3 - 10 mai 2010
  • Licence(s) : GPL - v2
  • Etat : validé (au sens PLUME), diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Comité de pilotage : Daniel Charnay, Frédéric Melot, Patricia Warin-Charpentier. Page sur les contributeurs
  • Contact concepteur(s) : phpmyresa@cc.in2p3.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : CC-IN2P3, LPNHE, LPSC

 

Une fiche logiciel décrit plus en détail ce développement, consultez la pour plus d’informations : phpMyResa
Fonctionnalités générales du logiciel

Gestion de la réservation de ressources (salles de réunion, salles de cours, véhicules, matériel multimédia…).

Une fiche de logiciel validé décrit plus en détail ce logiciel, consultez la pour plus d’informations.

Contexte d’utilisation du logiciel

Utilisation dans la majorité des laboratoires de l’IN2P3.

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 11/05/10
  • Correction mineure : 11/05/10

G'MIC : outil de manipulation d'images génériques

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.

 

Fonctionnalités générales du logiciel

G'MIC est l'acronyme de GREYC's Magic Image Converter

Ce logiciel permet de concevoir et d'appliquer des séquences de traitement sur des signaux ou des images.

Ces traitements peuvent être variés, et concernent aussi bien les aspects géométriques, colorimétriques et fréquentiels des images, que leur analyse statistique et leur exploration/visualisation. Une particularité de ce logiciel est qu'il est capable de manipuler et visualiser des données très génériques, comprenant les images 1D/2D/3D (volumétriques) et/ou multi-spectrales, à types de valeurs/couleurs quelconques (entiers 8/16/32 bits, flottants 32/64 bits), ou encore des objets 3D maillés.

Les traitements sont décrits par un langage de script spécifique, dédié à la modélisation de pipelines d'opérations sur des images. D'un point de vue technique, le logiciel se base sur un interpréteur de ce langage pour effectuer ses opérations.

Contexte d’utilisation du logiciel

G'MIC fonctionne en mode ligne de commande, ou en mode graphique (sous forme d'un greffon pour GIMP), et peut être potentiellement intégré comme bibliothèque de traitement d'images dans le code source de logiciels libres tiers.

  • Son utilisation en mode ligne de commande est intéressante pour traiter ou convertir de manière automatisée un grand nombre de données image. De ce point de vue, il peut être comparé à ImageMagick.
  • Son utilisation sous forme de greffon GIMP permet d'enrichir ce logiciel de retouche d'images en proposant une liste de filtres prêts à l'emploi (notamment des débruiteurs, des réhausseurs de contraste, des outils de manipulation colorimétrique ou d'application d'effets artistiques). Il est également possible à l'utilisateur d'utiliser cette plateforme pour intégrer plus facilement ses propres filtres dans GIMP. Un forum regroupant communauté active d'utilisateurs de ce greffon s'est créé.
  • Il peut être utilisé à des fins pédagogiques pour l'introduction au traitement des images. Il contient un shell intégré permettant de lancer toute la panoplie de commandes disponibles de manière interactive, avec une visualisation temps réel des résultats obtenus.
Publications liées au logiciel
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 01/07/13
  • Correction mineure : 01/08/13
Mots-clés

CASSIS : analyse et traitement de données astrophysiques

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 3.4 - 01 Aout 2013
  • Licence(s) : choix en cours, contacter l'auteur
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Jean-Michel Glorian, Samuel Adam, Romaric Benech, Cedric Chappert, Ludovic Deveaux, Damien Faral, Thomas Floquet, Sebastien Fort, Alexandre Girard, Nicolas Guegan, Alain Klotz, Rose Neriere, Guillaume Pelouas, Brice Quillerie, Ngoc thach Ta, Laure Tamisier, Samuel Thiriot.
  • Contact concepteur(s) : Jean-Michel@irap.omp.eu
  • Laboratoire(s), service(s)... : IRAP

 

Fonctionnalités générales du logiciel
  • Affichage de spectres astrophysiques
  • Identification de raies de transitions de molécules
  • Création de spectres théoriques de type LTE et Radex
  • Utilisation des bases de données atomiques et moléculaires JPL, CDMS, NIST

  • Ecrit en Java, utilise sqlite Fiche Plume

Contexte d’utilisation du logiciel
  • Utilisé pour le traitement des données de l'observatoire Herschel en version standalone
  • Utilisé dans le logiciel HIPE en version plugin pour traiter des données de l'observatoire Herschel
Publications liées au logiciel
  • Pagani, Vastel, Hugo et al., 2009, A&A 494, 623, "Chemical modeling of L183 (L134N): an estimate of the ortho/para H2 ratio"
  • Hezareh, Houde, McCoey et al., 2008, ApJ 684, 1221, "Simultaneous Determination of the Cosmic Ray Ionization Rate and Fractional Ionization in DR 21(OH)"
Mots-clés

libregraphicsmeeting-2010

La cinquième édition du "libre graphics meeting" aura lieu à Bruxelles du 27 au 30 mai 2010.

Tout est sur le site de la manifestation
http://libregraphicsmeeting.org/2010/index.php?p=f...

Tutoriaux, conférences, rencontres autour des logiciels graphiques et de la culture libre entre développeurs et utilisateurs.

Les logiciels concernés comme par exemple Gimp http://www.projet-plume.org/fr/fiche/gimp , Scribus http://www.projet-plume.org/fr/fiche/scribus , Blender, Inkscape http://www.projet-plume.org/fr/fiche/inkscape et plusieurs autres sont listés dans la partie projet du site et le programme est à ce jour en cours de finalisation.

Le site annonce également "d'importants travaux sur les systèmes de gestion ouverte de la couleur et le standard vectoriel SVG pour l'impression et le web" et "des activités spécifiques pour les étudiants des écoles d'art et de design".

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