autre métier/activité

Logiciels (logiciels libres en majorité) ou ressources (liées aux logiciels) spécifiques à un métier ou une activité qui n'est pas présent dans la liste
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 10/07/13
  • Correction mineure : 10/07/13
  • Rédacteur de la fiche : Julie Josse - un des concepteurs du logiciel - Laboratoire de mathématique appliquée (AGROCAMPUS OUEST)
  • Relecteur(s) : Vincent Miele (LBBE)
    Delphine Charif (LBBE)
  • Contributions importantes : François Husson
  • Responsable thématique : Christelle Dantec (CRBM)
Mots-clés
Pour aller plus loin

FactoMineR : package du logiciel R dédié à l'analyse de données

Une fiche Dév Ens Sup est en relation avec cette fiche, consultez-la pour plus d'informations : FactoMineR
Description
Fonctionnalités générales

FactoMineR est un package du logiciel libre R dédié à l'analyse de données.

Il permet de réaliser les méthodes classiques (ACP, AFC, ACM, classification) et avancées (AFM, AFM Hiérarchique, AFM Duale).

De nombreux indicateurs et sorties graphiques sont disponibles.

Toutes les analyses peuvent être effectuées à l'aide d'un menu déroulant convivial.

La gestion des données manquantes en ACP, ACM et AFM est possible grâce à l'utilisation conjointe du logiciel libre R missMDA.

Interopérabilité
  • Il peut prendre en entrée des extensions csv, txt, xls.
  • Échanges possible avec Excel, SPSS, SAS, langage SQL.
Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service
  • FactoMineR est utilisé aussi bien en recherche qu'en enseignement et développement.

  • Il est utilisé par de nombreux organismes de recherche, des étudiants de différentes filières en France comme à l'étranger (dans plus de 70 pays).

  • FactoMineR s'adresse à un public aussi bien de statisticiens que de chercheurs ou étudiants d'autres disciplines scientifiques.

Environnement du logiciel
Plates-formes

Toutes les plates-formes

Logiciels connexes
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

Il existe un certain nombre de packages R dédiés aux analyses statistiques multivariées. Ces packages ont chacun leurs domaines d'application. Une brève revue est disponible à cette adresse: http://cran.r-project.org/web/views/Multivariate.html

Parmi ces packages, on peut citer deux packages de référence en écologie qui implémentent aussi les fonctions de bases en analyses multivariées (ACP, AFC, AD, ACM, ...) :

  • ade4 (http://pbil.univ-lyon1.fr/ADE-4/) qui propose des méthodes exploratoires et euclidiennes pour l'analyse des données en écologie (même point de vue géométrique que FactoMineR). Il dispose également d'une interface graphique ade4TkGUI. Une des spécificités d'ade4 est qu'il propose des méthodes pour les analyses k-tableaux ou encore des méthodes pour le couplage de tableaux (pcaiv, coinertie) toutes documentées dans des fiches techniques et thématiques.

  • vegan (http://cran.r-project.org/web/packages/vegan/index...), qui propose des méthodes d'analyses pour l'ecologie des communautés.

Dans ce contexte, la spécificité de FactoMineR est de proposer des méthodes d'analyses factorielles "avancées" non implémentées dans les autres packages. Par exemple : HCPC (combinant des méthodes de clustering), AFMH (analyse factorielle multiple hiérarchique) ou GPA (analyse procustéenne généralisée). Ce package propose aussi des sorties graphiques en 3D.

Environnement de développement
Type de structure associée au développement
Références d'utilisateurs institutionnels

Université de Rennes 2, Agrocampus, INRA, CNRS, IFREMER, CIRAD, L'OREAL, DANONE, SOREDAB, Unioversity of PRINCETON, Université de Barcelone, Universidad Nacional de la Patagonia, Agence de Conseil et de Recherche Océanographiques.....

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Groupe Google : factominer-users [at] googlegroups [dot] com

Documentation utilisateur
Contributions

Envoyer un mail à husson [at] agrocampus-ouest [dot] fr

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 29/08/12
  • Correction mineure : 29/08/12
Mots-clés

Saada : générateur de bases de données en astronomie

Description
Fonctionnalités générales

Saada (Système Automatique d’Archivage de Données Astronomiques) est un générateur de bases de données astronomiques. Il permet à des équipes ne disposant pas de moyens de développement de construire sans avoir à écrire de code, des bases de données complexes, comprenant des données hétérogènes (images, spectres…) organisées dans des collections multiples et éventuellement interconnectées.

Le rôle de Saada est de créer des bases de données vides, les Saada-DBs. Cette opération ainsi que les opérations de gestion des Saada-DBs ne requièrent pas de privilèges d'administrateur sur la machine hôte. La Saada-DB peut être hébergée sur n'importe quelle plateforme. Elle est indépendante de tout serveur central.

La Saada-DB se compose de plusieurs collections définies par l'opérateur. Chaque collection est constituée d'une sous-collection pour chaque catégorie de données (images, spectre, liste de sources...).

Une fois créée, la Saada-DB peut être remplie avec des fichiers de données dont chaque mot-clé sera projeté dans une colonne de la base. La projection du format des fichiers lus dans la base relationnelle sous-jacente est automatique. Elle peut toutefois être paramétrée.

Les Saada-DBs peuvent être accédées par une interface WEB, par une API Java ou par des protocoles relevant de l'Observatoire Virtuel.

Les données chargées dans la base peuvent être reliées par des relations N-M persistantes. Les liens de ces relations sont utilisés pour la navigation ou pour des requêtes complexes.

Saada possède un langage de requêtes propre (SaadaQL) adapté au modèle de données. Une requête SaadaQL peut couvrir de multiples collections. Elle peut inclure des contraintes sur les attributs des éléments recherchés ainsi que des contraintes sur les liens partant de ces éléments. Cette dernière caractéristique dote les Saada-DBs d'une capacité de 'data-mining'.

Autres fonctionnalités

Toutes les fonctionnalités des Saada-DB peuvent être invoquées soit depuis l'interface graphique soit par script (ant). Cela permet d'intégrer la gestion d'une Saada-DB (création, peuplement et accès) dans un workflow.

A partir de la version 1.6 :

  • Saada peut s'appuyer sur une base embarquée (SQLite) de manière à dispenser l'utilisateur d'avoir à déployer une infrastructure client serveur.

  • Saada est doté d'une nouvelle interface WEB utilisant largement AJAX. Cette interface est capable d'interagir avec des outils d'analyse externes via le protocole SAMP de l'Observatoire Virtuel.

Interopérabilité

  • Une Saada-DB peut référencer n'importe quel fichier de données, mais seul le contenu des fichiers au format FITS ou VOTable sera ingéré.
  • La Saada-DB est construite sur une base relationnelle (PostgresQL, MySQL ou SQLite) qui reste accessible par des moyens standards.
  • Les Saada-DBs viennent avec 4 services OV natifs (SIA, SSA, Cone Search et TAP/ObsTap).
  • Les sélections de données peuvent être exportées au format FITS ou VOTable.
  • Les fichiers ingérés peuvent être téléchargés depuis l'interface Web.
  • Les fichiers sélectionnés peuvent être transmis à des application tiers via le protocole SAMP

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Le projet Saada est dédié à des équipes souhaitant mettre en ligne des données avec un minimum de développements.
Saada est capable de gérer des bases de tailles moyennes (~10e7 lignes/table)

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Saada ne peut charger des fichiers ASCII (TSV p.e.) que s'ils sont d'abords convertis en VOTable.

Environnement du logiciel
Plates-formes

Windows XP/Vista, Linux et MacOS X

Logiciels connexes
  • Tomcat : Serveur d'application Web

  • PostgresQL : SGBD

  • MySQL : SGBD

  • SQLite : SGBD

  • JQuery : Bibliothèque Javascript

  • JSE : Compilateur + runtime Java

  • Ant : Gestionnaire de dépendances entre tâches.

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Partie strasbourgeoise du Science Survey Consortium de la mission XMM-Newton.
Ce projet est le résultat de développements réalisés au sein de cette équipe XMM-Newton de l'Observatoire de Strasbourg pour héberger les données scientifiques de cette mission spatiale.

Eléments de pérennité

Saada est utilisé dans le cadre de la mission spatiale XMM-Newton. Son développement et son support font partie des tâches de services associées à la partie strasbourgeoise du Science Survey Consortium de la mission.

Références d'utilisateurs institutionnels
  • Observatoire Astronomique de Strasbourg

  • Observatoire Virtuel du Portugal

  • Observatoire de Grenoble

  • Observatoire de Paris

  • VO Argentina

  • ESO

  • University of Nottingham

  • Observatoire de Nice

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Le support se fait par messagerie électronique : laurent [dot] michel [at] astro [dot] unistra [dot] fr

Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)

Les développements portent actuellement sur les points suivants :

  • Nouvelle interface d'administration

  • Amélioration de l'interface avec l'Observatoire Virtuel

Contributions

D'éventuels contributeurs sont les bienvenus (prendre contact avec laurent [dot] michel [at] astro [dot] unistra [dot] fr)

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 19/05/11
  • Correction mineure : 19/05/11
  • Rédacteur de la fiche : Nicolas Grima - concepteur du logiciel - Laboratoire de Physique des Océans (CNRS, IFREMER, IRD, Université de Bretagne Occidentale (UBO))
  • Relecteur(s) : Bruno Blanke (Laboratoire de Physique des Océans - Brest)
  • Contributions importantes : Bruno Blanke (Laboratoire de Physique des Océans - Brest)
  • Responsable thématique : Violaine Louvet (Institut Camille Jordan)
Mots-clés
Pour aller plus loin
  • Fiches logiciel PLUME connexes : NEMO

Ariane : analyse lagrangienne de la dynamique de modèles numériques de circulation océanique

Une fiche Dév Ens Sup est en relation avec cette fiche, consultez-la pour plus d'informations : Ariane
Description
Fonctionnalités générales

Ce logiciel (sous licence CeCILL) permet de décrire de façon lagrangienne la dynamique de l'océan à partir d'un ensemble de particules numériques déplacées dans le champ de vitesse de Modèles de Circulation Générale Océanique ("Ocean General Circulation Models", OGCM).

Ariane est un outil informatique écrit en Fortran 90/95 et dédié au calcul de trajectoires dans le champ de courant 3D, variable dans le temps, produit par des OGCM comme OPA-NEMO, ROMS, SYMPHONIE..., ou virtuellement tout autre modèle dont les équations discrétisées reposent sur la conservation des volumes. Le schéma d'advection (transport) est en effet particulièrement adapté à la représentation faite des courants océaniques par un OGCM et au suivi des masses d'eau qui leur sont associées.
Les mouvements des masses d'eau sont calculés à partir du déplacement de multiples particules numériques. L'algorithme est rapide et précis, car il repose sur des calculs analytiques. Chaque segment de trajectoire respecte localement la relation de continuité et la méthode permet des intégrations temporelles à rebours.

L'application Ariane est mise librement à disposition de toute la communauté scientifique. Elle est développée dans un esprit d'utilisation simple, pour une utilisation intensive sur des supercalculateurs et un portage facile sur différentes architectures.

Autres fonctionnalités

L'application Ariane est utilisée comme outil diagnostic pour l'analyse des sorties des modèles OPA-NEMO, ROMS et SYMPHONIE. Toutefois, n'importe quel champ de transport défini sur une grille de type C (suivant la classification d'Arakawa) est virtuellement utilisable comme champ en entrée pour Ariane, en vue de calculs lagrangiens.

Ariane est par défaut une application qui s'utilise en mode offline, c'est-à-dire que l'application ne fonctionne pas en même temps que le modèle de circulation océanique, mais après lui, à partir de la relecture de variables (vitesses et traceurs) stockées dans des fichiers au format netCDF.

L'application Ariane a été écrite pour un certain nombre de diagnostics lagrangiens. Voici certaines de ses fonctionnalités :

  • le mode "QUALITATIVE" : quelques particules (typiquement moins d'une centaine) voient leurs positions successives enregistrées sur fichier tout le long de leurs trajectoires.
  • le mode "QUANTITATIVE" : un nombre conséquent de particules (jusqu'à plusieurs millions) ont leurs trajectoires calculées entre différentes sections océaniques, de manière à quantifier les échanges de volume entre ces sections.
  • les modes "FORWARD" et "BACKWARD" permettent une intégration dans le temps dans le sens direct ou à rebours (pour identifier par exemple le devenir ou l'origine de certaines masses d'eau).
  • les domaines périodiques et les bassins fermés sont gérés par l'application.
  • des informations sur la température, la salinité, la densité... peuvent être échantillonnées le long des trajectoires, voire utilisées pour contrôler la durée des intégrations lagrangiennes, si ces champs sont disponibles en sortie du modèle de circulation océanique.
Interopérabilité

NetCDF : Ariane utilise le format netCDF pour les fichiers de données en entrée et pour les résultats en sortie.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Ariane est un outil largement utilisé par la communauté nationale et internationale se servant de modèles numériques de circulation océanique (principalement OPA-NEMO et ROMS).
Avec une centaine d'utilisateurs identifiés, 664 visites du site web provenant de 57 pays en 2008 (avec une concentration en France et aux USA), le logiciel Ariane est utilisé de façon quasi quotidienne.
À titre indicatif, ce logiciel est à la source de 4 à 6 publications de rang A par an au Laboratoire de Physique des Océans (Brest).

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Un travail important a été apporté à l'écriture de ce logiciel pour son installation qui repose sur les outils classiques que sont les "autotools" : ./configure, make, make check, make install, make clean.
Toutefois, l'utilisateur peut rencontrer certains problèmes à l'installation si la bibliothèque netCDF n'a pas été compilée avec le même compilateur que celui envisagé pour compiler Ariane.

Hormis cette limitation, les difficultés liées à l'emploi du logiciel sont étroitement associées aux limites physiques (taille mémoire, espace disque) de la machine utilisée, au regard de la complexité des diagnostics lagrangiens envisagés.

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

Ce logiciel est indépendant de toute autre distribution.

Plates-formes

Ce logiciel fonctionne (et a été testé) de l'ordinateur portable aux supercalculateurs (IDRIS), en passant par les stations de travail, les mésocentres et les centres régionaux de calcul sur des systèmes d'exploitation UNIX, Linux et MacOS.

Logiciels connexes

Ariane est un logiciel d'analyse pour le post-traitement des sorties de modèles de circulation océanique.
Il a été développé pour le modèle OPA-NEMO et a été adapté aux modèles ROMS et SYMPHONIE. Il peut toutefois être utilisé au prix de modifications mineures avec d'autres modèles numériques s'ils sont discrétisés sur une grille de type C (suivant la classification d'Arakawa) : MITgcm, MPIgcm, etc. Une étape intermédiaire d'interpolation est nécessaire pour des modèles travaillant sur une grille de type B : MOM, POP, etc.

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Équipe scientifique.

Eléments de pérennité

Le logiciel Ariane a reçu de la part du CNRS un soutien au travers de son autorisation à le diffuser sous licence CeCILL et du dépôt du code source à l'Agence pour la Protection des Programmes.
Son auteur et son développeur actuel (Nicolas Grima et Bruno Blanke, Laboratoire de Physique des Océans) sont des agents du CNRS.

Références d'utilisateurs institutionnels

Ariane est un outil largement utilisé par la communauté nationale et internationale travaillant en mode recherche avec des modèles numériques de circulation océanique tels OPA-NEMO et ROMS.
Avec une centaine d'utilisateurs identifiés, 664 visites du site web provenant de 57 pays en 2008 (avec une concentration en France et aux USA), le logiciel Ariane est utilisé de façon quasi quotidienne.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur
Contributions

Le code source du logiciel répond en termes de contributions à celles définies par la licence CeCILL.
Toute contribution additionnelle est évidemment la bienvenue.

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 11/05/12
  • Correction mineure : 22/07/13
Mots-clés
Pour aller plus loin
  • Fiches logiciel PLUME connexes : , , ,

FEMM : solveur éléments finis pour le calcul de champs électromagnétiques en basse fréquence

Description
Fonctionnalités générales
FEMM (Finite Element Method Magnetics) est un logiciel éléments finis 2D cartésien et 2D axisymétrique dédié à la résolution de problèmes électromagnétiques dans le domaine des basses fréquences. Il fonctionne sous Windows mais il peut-être utilisé sous LINUX via Fiche Plume Wine (testé avec Ubuntu Hardy Heron et Wine 1.0) (plus d'infos sur le site du logiciel FEMM).

Il est constitué de trois modules principaux :

  • Un module "Pré-processeur et Post-processeur". Ce module permet, au travers d'une interface graphique, la saisie de la géométrie et la définition du problème en vue de sa résolution par la méthode des éléments finis. La saisie de la géométrie peut se faire avec la définition de points clefs que l'on relie pour former des régions ou par l'importation de structures AUTOCAD au format DXF. Ce module intègre également des outils de post-traitement : visualisation et différents calculs inhérents au problème (inductance, flux, pertes Joule, etc...)
  • Un module de maillage (logiciel Triangle) qui permet d'obtenir une triangulation de chaque région du domaine de calcul.
  • Un module de résolution par éléments finis : ce solveur 2D cartésien et axisymétrique permet de résoudre des problèmes d'électrostatique linéaires, de magnétostatique linéaires et non linéaires, de magnétodynamique en régime harmonique linéaires et non linéaires et de thermique en stationnaire.

Il peut être utilisé sans interface graphique au travers du langage script "LUA".

Autres fonctionnalités
Ce logiciel est dédié aux problématiques du génie électrique : ses menus utilisent le vocabulaire du domaine et il possède  un ensemble de pré et de post-traitement dédié à ces problématiques (introduction de la courbe B(H) pour les matériaux magnétiques non linéaires, conditions de périodicité, calcul des pertes par effet Joule, visualisation des champs électromagnétiques, calcul de forces électromagnétiques, etc ....). Il est possible de mettre en place un couplage magnétique-thermique via le langage script LUA. Par contre il ne possède pas de techniques permettant la prise en compte du mouvement dans les actionneurs électro-mécaniques (par exemple mouvement du rotor par rapport au stator). Il existe une bibliothèque de matériaux magnétiques.
Interopérabilité

La version FEMM 4.2 contient une boite à outils, qui permet d'interfacer FEMM avec Fiche Plume Octave, Matlab, Mathematica ou Fiche Plume Scilab.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Au LGEP : modélisation de systèmes électromagnétiques (machines tournantes, circuit magnétique...).

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes
  • Ce logiciel est limité à deux dimensions.

  • La prise en compte du mouvement s'effectue a l'aide du script LUA et nécessite un remaillage. Cela génère du bruit numérique.

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

MSVC++ 6.0

Plates-formes
  • WINDOWS

  • GNU/LINUX au travers de WINE (testé sous UBUNTU Hardy Heron et Wine 1.0) : voir le site du logiciel pour plus d'informations et la fiche Fiche Plume Wine. Par contre, seule une utilisation avec l'interface graphique est possible, l'utilisation avec le langage script LUA semble poser des problèmes.

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
  • FLUX2D (logiciel commercial développé par CEDRAT (France))
  • OPERA2D (logiciel commercial développé par la société Vector Field (Royaume Uni))
  • MAXWELL2D (logiciel commercial développé par la société ANSOFT (USA))
  • JMAG (lociciel commercial développé par la société JMAG (Japon))
  • ANSYS (logiciel commercial plus généraliste orienté multiphysique)
  • COMSOL (logiciel commercial éléments finis plus généraliste orienté multiphysique)
  • SIMAP (logiciel de recherche plus particulièrement spécialisé dans l'étude des machines synchrones à aimants permanents développé au LGEP)
  • FreeFem++ (logiciel LGPL)
Environnement de développement
Type de structure associée au développement
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur
Contributions
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 29/12/09
  • Correction mineure : 31/03/10
  • Auteur de la fiche : Nicolas Grima (Laboratoire de Physique des Océans - Brest)
  • Responsable thématique : Violaine Louvet (Institut Camille Jordan)
Mots-clés

Ariane : analyse lagrangienne de la dynamique de modèles numériques de circulation océanique

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like
  • Version actuelle : Ariane-v2.2.x_xx - décembre 2009
  • Licence(s) : CeCILL - Enregistrement nécessaire pour l'accès au code source.
  • Etat : validé (au sens PLUME), diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Bruno Blanke et Nicolas Grima
  • Contact concepteur(s) : Bruno.Blanke(at)univ-brest.fr, Nicolas.Grima(at)univ-brest.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : LPO

 

Une fiche logiciel décrit plus en détail ce développement, consultez la pour plus d’informations : Ariane
Fonctionnalités générales du logiciel

Ce logiciel (sous licence CeCILL) permet de décrire de façon lagrangienne la dynamique de l'océan à partir d'un ensemble de particules numériques déplacées dans le champ de vitesse de Modèles de Circulation Générale Océanique ("Ocean General Circulation Models", OGCM).

Ariane est un outil informatique écrit en Fortran 90/95 et dédié au calcul de trajectoires dans le champ de courant 3D, variable dans le temps, produit par des OGCM comme OPA-NEMO, ROMS, SYMPHONIE..., ou virtuellement tout autre modèle dont les équations discrétisées reposent sur la conservation des volumes. Le schéma d'advection (transport) est en effet particulièrement adapté à la représentation faite des courants océaniques par un OGCM et au suivi des masses d'eau qui leur sont associées.
Les mouvements des masses d'eau sont calculés à partir du déplacement de multiples particules numériques. L'algorithme est rapide et précis, car il repose sur des calculs analytiques. Chaque segment de trajectoire respecte localement la relation de continuité et la méthode permet des intégrations temporelles à rebours.

L'application Ariane est mise librement à disposition de toute la communauté scientifique. Elle est développée dans un esprit d'utilisation simple, pour une utilisation intensive sur des supercalculateurs et un portage facile sur différentes architectures.

Contexte d’utilisation du logiciel

Ariane est un outil largement utilisé par la communauté nationale et internationale se servant de modèles numériques de circulation océanique (principalement OPA-NEMO et ROMS).
Avec une centaine d'utilisateurs identifiés, 664 visites du site web provenant de 57 pays en 2008 (avec une concentration en France et aux USA), le logiciel Ariane est utilisé de façon quasi quotidienne.

Publications liées au logiciel

À titre indicatif, ce logiciel est à la source de 4 à 6 publications de rang A par an au Laboratoire de Physique des Océans (Brest).

Voir également : http://stockage.univ-brest.fr/~grima/Ariane/doc.html

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 26/09/11
  • Correction mineure : 26/09/11
Mots-clés
Pour aller plus loin

THESIAS : génétique statistique : test d'association haplotypes - phénotype chez des individus non apparentés

  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows
  • Téléchargement
  • Version évaluée : 3.1
  • Langue(s) de l'interface : anglais
  • Licence : Autre

    Il s'agit d'une licence "INSERM" qui a en principe toutes les caractéristiques d'une licence libre. La licence est dans les .zip.

  • Origine du développement : INSERM-U937
Description
Fonctionnalités générales

Ce programme permet de tester l’association entre des haplotypes dérivés d'au maximum 20 polymorphismes (ou SNPs : Single Nucleotide Polymorphisms) et des variables qualitatives, quantitatives, polytomiques (au plus 5 modalités) et de survie chez des individus non apparentés. Pour des SNPs situés sur le chromosome X, seules les variables binaires et quantitatives peuvent être analysées. L'ajustement sur des covariables (au maximum 10) est également possible.
Il estime les fréquences haplotypiques et leurs effets sur le phénotype étudié.
Il permet également de tester :

  • si l'effet d'un SNP dépend de son environnement haploytpique,
  • l'hypothèse d'additivité faite par défaut,
  • l'interaction entre l'haplotype et des covariables.

Les génotypes manquants peuvent être inférés sur la base du déséquilibre de liaison et des génotypes observés. Par défaut, les individus avec moins de n-2 génotypes manquant seront inclus dans l'analyse.
L'utilisateur peut également demander le calcul du déséquilibre de liaison (D' et r²).

Autres fonctionnalités

Pour chaque SNP, le programme estime les fréquences alléliques et teste l'hypothèse de l'équilibre de Hardy-Weinberg.

Interopérabilité

Le fichier d'entrée doit être au format texte avec un séparateur de champs espace, tabulation ou point virgule et avec un individu par ligne. L'ordre des colonnes n'a pas d'importance car l'utilisateur doit préciser la localisation des variables d'intérêt (phénotype, covariables, SNPs).
Le fichier de sortie est au format texte et html.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Au sein du laboratoire, les 2 utilisateurs sont des statisticiens. Toutefois, la documentation est claire et bien illustrée mettant ce logiciel à la portée des biologistes.
Nous l'utilisons dans le cadre d'étude de gènes candidats de susceptibilité à l'obésité et au diabète.
Ce logiciel est disponible dans le laboratoire depuis 2005. Nous l'avons surtout utilisé à la suite des études de liaison en génome entier. L'utilisation que nous en faisons actuellement est plus ponctuelle.

Environnement du logiciel
Plates-formes

Linux (32 bits)
Windows
Environnement Java

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Logiciel développé au sein de l'unité INSERM U937 (anciennement U525).

Eléments de pérennité

David Trégouet, l'auteur du logiciel, assure que celui-ci demeurera toujours en accès libre et gratuit. Les sources C du logiciel peuvent être obtenues auprès de David Trégouët (david [dot] tregouet [at] upmc [dot] fr)

Références d'utilisateurs institutionnels
  • CNRS UMR8090
  • INSERM UMR744

Ci-dessous une liste non exhaustive de travaux pour lesquels Thesias a été utilisé :
1. Wootton PT, et al. Tagging-SNP haplotype analysis of the secretory PLA2IIa gene PLA2G2A shows strong association with serum levels of sPLA2IIa: results from the UDACS study. Hum Mol Genet. 2006;15:355-61.
2. Vaxillaire M, et al. Genetic Analysis of ADIPOR1 and ADIPOR2 Candidate Polymorphisms for Type 2 Diabetes in the Caucasian Population. Diabetes; 2006:856-61.
3. Tschritter O, et al. A new variant in the human Kv1.3 gene is associated with low insulin sensitivity and impaired glucose tolerance. J Clin Endocrinol Metab. 2006;91:654-8.
4. Rossi GP, et al. The T-786C endothelial nitric oxide synthase genotype predicts cardiovascular mortality in high risk patients. J Am Coll Cardiol; 2006.
5. Qi L, et al. Adiponectin genetic variability, plasma adiponectin, and cardiovascular risk in patients with type 2 diabetes. Diabetes. 2006;55:1512-6.
6. Qi L, et al. Genetic variation in IL6 gene and type 2 diabetes: Tagging-SNP haplotype analysis in large-scale case-control study and meta-analysis. Hum Mol Genet. 2006.
7. Perdu J, et al. Alpha1-antitrypsin gene polymorphisms are not associated with renal arterial fibromuscular dysplasia. J Hypertens. 2006;24:705-10.
8. Niemi M, et al. Effect of SLCO1B1 polymorphism on induction of CYP3A4 by rifampicin. Pharmacogenet Genomics. 2006;16:565-568.
9. Mineharu Y, et al. Association Analysis of Common Variants of ELN, NOS2A, APOE and ACE2 to Intracranial Aneurysm. Stroke. 2006.
10. Min JL, et al. Association of matrilin-3 polymorphisms with spinal disc degeneration and with osteoarthritis of the CMC1 joint of the hand. Ann Rheum Dis. 2006.
11. Inoue K, et al. Search on Chromosome 17 Centromere Reveals TNFRSF13B as a Susceptibility Gene for Intracranial Aneurysm. A Preliminary Study. Circulation. 2006.
12. Gonzalez A, et al. Specific haplotypes of the CALPAIN-5 gene are associated with polycystic ovary syndrome. Hum Reprod. 2006;21:943-51.
13. Meyre D, et al. Variants of ENPP1 are associated with childhood and adult obesity and increase the risk of glucose intolerance and type 2 diabetes. Nat Genet. 2005;37:863-7.
14. Serrano NC, et al. Endothelial NO synthase genotype and risk of preeclampsia: a multicenter case-control study. Hypertension. 2004;44:702-7.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Toute question ou problème peut être reporté à D. Trégouët (david [dot] tregouet [at] upmc [dot] fr)

Documentation utilisateur
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 26/11/09
  • Correction mineure : 12/05/12
Mots-clés

COMAPI : simulation numérique des phénomènes couplés magnétique - électrique - mécanique

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows
  • Licence(s) : Contacter Xavier Mininger
  • Etat : utilisé en interne
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Karim AZOUM, Mondher BESBES, Frédéric BOUILLAULT, Nicolas GALLOPIN, Xavier MININGER,
  • Contact concepteur(s) : mininger@lgep.supelec.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : LGEP

 

Fonctionnalités générales du logiciel

CoMaPi (Couplage Magnetostrictif Piézoélectrique) est un logiciel de simulation numérique, basé sur la méthode des éléments finis 2D, et développé au LGEP. Il permet de modéliser les comportements couplés magnétiques, mécaniques et électriques des systèmes comprenant des matériaux actifs (matériaux magnétostrictifs et piézoélectriques). Ce logiciel a été réalisé sous environnement MATLAB. Il est composé de trois solveurs 2D : magnétostatique, électrique et mécanique. Il permet de prendre en compte la non-linéarité des déformations dues à l'effet de magnétostriction. Il s'utilise à travers une interface graphique.

Contexte d’utilisation du logiciel

Ce logiciel a été développé pour intégrer et valider des lois de comportement dans l'objectif de modéliser des matériaux magnétostrictifs. Il a été mis en place et utilisé au cours de plusieurs thèses de doctorat et a été utilisé lors de plusieurs collaborations nationales et internationales.

Publications liées au logiciel
  • X. Mininger, N. Galopin, X. Ojeda, F. Bouillault et M. Gabsi : Modeling of Magnetoelastic and Piezoelectric Coupling: Application to SRM Noise Damping, IEEE Transactions on Magnetics, vol.45, n°3, pages 1218-1221 (Mars 2009).
  • N. Galopin, K. Azoum, M. Besbes, F. Bouillault, L. Daniel, O. Hubert et F. Alves : Caractérisation et modélisation des déformations induites par les forces magnétiques et par la magnétostriction, Revue Internationale de Génie Electrique, vol.9, n°4, pages 499-514 (2006).
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 20/10/09
  • Correction mineure : 19/03/10
Mots-clés

HyDiag : moteur générique de diagnostic à base de modèles pour les systèmes hybrides

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Système : UNIX-like, MacOS X
  • Version actuelle : 1.0 - Février 2009
  • Licence(s) : choix en cours, contacter l'auteur
  • Etat : utilisé en interne
  • Support : non maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Mehdi Bayoudh, Louise Travé-Massuyès
  • Contact concepteur(s) : bayoudh@laas.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : LAAS

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Contexte :
Pour le besoin en autonomie en général, et pour les satellites autonomes en particulier, un moteur de diagnostic en ligne capable de doter le système d'une conscience de son état de santé est plus que nécessaire afin de pouvoir décider des meilleurs actions de réparation et/ou de reconfiguration. Dans ce contexte, HyDiag est un moteur générique de diagnostic en ligne pour les systèmes dynamiques complexes combinant à la fois une dynamique continue et une dynamique discrète, appelés «systèmes hybrides».

Fonctionnalités :
Hydiag permet l'estimation en ligne, et en temps échantillonné, de l'état de croyance (ensemble des états discrets possibles) du système hybride, à partir des signaux continus d'entrée et de sortie, et des événements discrets observables.

Utilisation :
Hydiag est un moteur de diagnostic à base de modèles, son utilisation nécessite donc un travail préalable de modélisation, qui requiert une certaine connaissance du domaine du diagnostic à base de modèles et plus précisément de l’approche de diagnostic présentée dans [1]. Le modèle du système hybride doit être introduit sous forme d’automate de comportement. Les relations testables (Relations de Redondance Analytique) doivent être renseignées et peuvent être calculées dans le cas d’une dynamique continue sous-jacente de type linéaire, par un petit programme de calcul matriciel développé sous Matlab Simulink.

Deux fichiers «modèles» contenant d’un côté, les informations sur la dynamique discrète, et de l’autre côté les informations sur la dynamique continue, doivent être renseignés.
Le fichier d’entrée contient les valeurs des entrées/sorties continues ainsi que l’événement discret observé, à chaque période d’échantillonnage. La taille de ces trois vecteurs, le temps de simulation ainsi que la période d’échantillonnage sont fixés en entête de ce fichier d’entrée.

Le fichier de sortie contient l’état de croyance (ensemble des modes possibles ainsi que l’information sur l’occurrence de faute) à chaque temps d’échantillonnage.

Le choix du contexte de simulation : les noms des fichiers d’entrée, de sortie, des deux fichiers «modèles», ainsi que la fenêtre temporelle et la sensibilité (la précision) du filtre sont précisées en ligne de commande au lancement du programme.

Conception :
Le programme est développé en langage objet C++, à partir d’une spécification UML qui pourrait être fournie afin de mieux comprendre le fonctionnement. Les grands principes de l’approche théorique de diagnostic pour les systèmes hybrides, qui est derrière, sont fournis dans [1]. Pour plus de détails, il faut se référer au mémoire de thèse [2].

Contexte d’utilisation du logiciel

Utilisation interne.

Publications liées au logiciel

[1] Hybrid systems diagnosis by coupling continuous and discrete event techniques, Mehdi Bayoudh, Louise Travé-Massuyès and Xavier Olive. In Proceeding of the 17th IFAC World Congress, (IFAC-WC’08), pages 7265-7270, Séoul, Corée du Sud, July, 2008.

[2] Active diagnosis of hybrid systems guided by diagnosability properties - application to autonomous satellites, Mehdi Bayoudh. Mémoire de thèse de l’université de Toulouse, institut national polytechnique, Février 2009. Pages 1-135. Rapport LAAS n° 09134.

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 11/09/09
  • Correction mineure : 22/03/10

SOFA : bibliothèque C++ interactive de simulation en mécanique

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Licence(s) : LGPL
  • Etat : diffusé en beta
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : INRIA, LJK
  • Contact concepteur(s) :
  • Laboratoire(s), service(s)... : INRIA, LJK

 

Fonctionnalités générales du logiciel

SOFA est une bibliothèque open-source, modulaire, développée en C++, pour la simulation en mécanique.

Tous les détails sont accessibles sur la fiche Fiche Plume en anglais.

Fiche logiciel à valider
  • Création ou MAJ importante : 11/09/09
  • Correction mineure : 08/03/12
  • Rédacteur de la fiche : Stéphane Lebon - Laboratoire d'Acoustique de l'Université du Maine (CNRS, Université du Maine)
  • Responsable thématique : Jean-Luc Archimbaud (UREC puis DSI CNRS)
Mots-clés

Comedi : pilotes de cartes d’acquisition de signaux pour Linux

Ce logiciel est en cours d'évaluation par la communauté PLUME. Si vous utilisez ce logiciel en production dans notre communauté, merci de déposer un commentaire.
Description
Fonctionnalités générales

Bibliothèque (sous la forme de codes sources en C) permettant de compiler des pilotes pour des cartes d'acquisition de données sous Linux. On trouve des pilotes pour les principales cartes du commerce (NI, Avantech, Data Translation,…).

Une fois les pilotes compilés et intégrés au noyau, on peut développer ses propres applications avec l'interface de son choix.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Utilisation quotidienne sur cinq PC instrumentés d'une carte NI PCI 6143 (8voies simultanées 16bits 250kech/s)
Programmes développés sous GNU Octave ou en langage C.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Catalogue de cartes supportées limité. Notamment les derniers modèles des constructeurs ne sont pas supportés.
Liste complète ici : http://www.comedi.org/hardware.html
Pour l'instant je n'ai testé qu'un seul modèle de carte (NI PCI6143). J'utilise le programme KTimeTrace comme programme de test (ancien mais fonctionnel).

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

Nécessite un noyau Linux 2.6

Plates-formes

Ubuntu 8.10

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

Aucun à ma connaissance

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Trois développeurs principaux : David Schleef, Frank Mori Hess, Ian Abbott

Eléments de pérennité

Projet commencé en 2000

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur
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