autre métier/activité

Logiciels (logiciels libres en majorité) ou ressources (liées aux logiciels) spécifiques à un métier ou une activité qui n'est pas présent dans la liste
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 27/03/14
  • Correction mineure : 27/03/14
  • Rédacteur de la fiche : Stéphane Poinsart - Un des développeurs de scenari - Unité d'Innovation 'Ingénierie des Contenus et Savoirs' (Université de Technologie de Compiègne)
  • Relecteur(s) : Fabien Baillon (Laboratoire RAPSODEE, École des Mines d'Albi)
    Franck Rouzé (SEMM - Université de Lille1)
  • Responsable thématique : Anne Durand (CLEO)
Mots-clés

Scenari : conception de chaînes éditoriales

  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Téléchargement
  • Version évaluée : 4.0
  • Langue(s) de l'interface : français, anglais
  • Licence : GPL, LGPL, CeCILL, Mozilla Public License

    Quadri-licence, choisissez au moins une licence si vous souhaitez redistribuer ou modifier le programme : GPL | LGPL | MPL | CeCILL
    Installateur packagé avec d’autres composants en fonction du système d’exploitation, sous d’autres licences (imagemagick, ffmpeg, jre java, xulrunner…)

  • Origine du développement : Mines Albi, Mines Paris Tech, Univ Lille 1, UTC
Une fiche Dév Ens Sup est en relation avec cette fiche, consultez-la pour plus d'informations : Scenari
Description
Fonctionnalités générales

Scenari est une technologie, méthodologie et un ensemble d'outils qui permettent de :

  • créer et modifier des chaînes éditoriales,
  • gérer des déclinaisons, adaptations, traductions d'une chaîne éditoriale par rapport à une autre chaîne de référence,
  • diffuser ses chaînes éditoriales en tant qu'application autonome, client/serveur, "pack" de modèle - pour linux, windows et MacOS X,
  • exploiter des packs de modèles (obtenir l'interface d'édition et les outils de génération).

Scenari suit le principe des Chaînes éditoriales, il se décline en 6 "M":

  • Modèle : guider et structurer l'écriture, homogénéiser la publication, contrôler la qualité
  • Multisupports : écrire une fois, publier sur plusieurs supports, maintenir un fond documentaire
  • Multiusages : découper le contenu en unités documentaires, réutiliser sans recopier, adapter pour différents contextes
  • Multimédias : intégrer tous types de contenus (du texte à l'audiovisuel), assurer l'accessibilité, structurer dans l'espace et le temps le document
  • Mise à jour : assurer la maintenance des contenus, des publications (par exemple dans le cas d'un site Web à remanier), permettre une démarche d'amélioration continue
  • Métier : utiliser le langage du domaine, archiver en langage non technique, être spécifique à l'usage dans un contexte métier.
Autres fonctionnalités

La suite logicielle Scenari se compose de :

  • SCENARIchain : outil auteur pour exploiter un modèle documentaire (en local ou à distance)
  • SCENARIclient : outil auteur pour exploiter un modèle documentaire (à distance seulement)
  • SCENARIserver et SCENARIserverLite : serveur de centralisation des contenus de plusieurs auteurs
  • SCENARIbuilder : outil de conception de modèle documentaire
  • SCENARIstyler : pack de modification de charte graphique pour un modèle documentaire existant

Les modèles peuvent également être diffusés en tant qu'application auteur autonome.

La version 4.0 offre en particulier de nouvelles fonctionnalités collaboratives (versionning, historique, gestion des droits...) lors des déploiements sur un SCENARIserver.

Interopérabilité

Format d'enregistrement des données saisies dans l'éditeur : XML.

Suivant les différentes applications pour prendre en charge chaque type de document :

  • Objets insérables en tant que ressource externe : png, gif, jpeg (opérations de redimensionnement), mpeg, avi, flv, mp4, webm, swf, ogg, wav, opus (avec player intégré aux publications web), odt, odg, ods, odf (convertis en image pour les publications web), doc, xls, pdf (lien vers un fichier)...
  • Importation : il est possible de créer des scripts XSL pour partir d'une autre source de contenu (de préférence, un autre format de type XML structuré), ils ne sont pas intégrés directement aux applications Scenari.
  • Sortie : HTML, SCORM 1.2 / 2004, ODT (indirectement PDF).
  • Export : il est possible de créer des scripts XSL et de les placer à l'intérieur des chaînes éditoriales Scenari (exemple : flux RSS).

Le modélisateur choisit les formats qu'il souhaite exploiter et il détermine les modalités de fonctionnement.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

A l'Université de Lille1, le service multimédia (SEMM) a choisi d'utiliser le socle technologique Scenari pour sa production de documents multimédia. Nombres de contenus ont été réalisés avec la chaîne éditoriale Opale réalisée avec cette technologie. Le SEMM a également créé plusieurs chaînes éditoriales adressant des usages différents :

  • une première chaîne dédiée à la granularisation du contenu d'Université En Ligne
  • une deuxième dédiée à la production de contenus pour l'UNT Unisciel
  • une troisième créée dans le cadre d'un partenariat avec l'université du Maine sur la production de contenus de physique pour les niveaux licence/master (projet Numeliphy)
  • une dernière pour une production CNL (Contenu Numérique en Ligne) de l'université de Lille1.
Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

Il existe un repository apt non officiel pour les distributions linux Debian et Ubuntu.

Plates-formes

Configuration logicielle :

  • Windows : 2000, 2003, XP, Vista, 7, 8...
  • Linux : .tgz ou .deb, 32 et 64 bits
  • MacOS X

Configuration matérielle :

  • Processeur 1 GHz ou supérieur
  • 1Go de ram ou plus en fonction des usages
  • environ 150 Mo d'espace disque disponible par programme Scenari installé
Logiciels connexes
  • OpenOffice 3.3 ou LibreOffice 3.3 nécessaire pour générer les documents papier (se référer à la page de téléchargement pour la compatibilité précise de chaque version)
  • LaTeX peut être utilisé en option pour le rendu des formules mathématiques et l'intégration sous forme d'images aux publications.
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

Il existe d'autres systèmes d'édition, de publications ou diffusion de documents (LaTeX, docbook, CMS, LMS, éditeurs XML, programmes bureautiques...) pouvant avoir des points communs en répondant à certains besoins aussi couverts par Scenari :
http://scenari-platform.org/trac/scenari/wiki/Comp...

Mais ce qui rend Scenari unique est le fait de disposer d'une interface et d'une méthodologie de construction des chaînes éditoriales.

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

L'entreprise Kelis (10 salariés) est l'éditeur des outils qui forment le noyau de Scenari. L'Université de Technologie de Compiègne est le porteur historique du projet.

Différents acteurs soutiennent des projets qui déclenchent des nouveaux usages ou des évolutions de Scenari : établissements universitaires (le Groupe École des Mines, l'Université de Sciences et Technologies de Lille 1, ...), UNT (UNIT, UNISCIEL...), UNR, secteurs publics, entreprises...

En 2013 est créée l'association de la communauté Scenari pour rassembler ses membres et organiser la gouvernance du projet.

Eléments de pérennité

Scenari est soutenu par un large réseau de partenaires (établissements d'enseignement supérieur, services publics, grands comptes, PME, utilisateurs individuels). Dans le monde universitaire, différents points-relais ont acquis des compétences pour effectuer des développements de nouveaux modèles ou des formations.

La communauté scenari-platform rassemble :

  • des utilisateurs des chaînes éditoriales Scenari,
  • des modélisateurs qui paramètrent des chaînes éditoriales,
  • des développeurs qui conçoivent et codent les outils logiciels Scenari.

scenari-platform.org est la plateforme d'animation des utilisateurs de Scenari, elle a bénéficié du soutien du Réseau National des Technologies Logicielles.

Références d'utilisateurs institutionnels
  • Environ 4000 téléchargements par mois d'outils ou chaînes éditoriales Scenari (tous produits confondus)
  • Acteurs ou utilisateurs des technologies Scenari : Université des Sciences et Technologies de Lille 1, Université Bordeaux1, Université du Maine, Université de Valenciennes et du Hainaut-Cambrésis, Université d'Angers, Université Nancy 1, Université Paris-Dauphine, Université Marc Bloch, Université de Nantes, Ecole des Mines d'Albi-Carmaux, Ecole des Mines de Paris, Ecole des Mines de Douai, Ecole Nationale des Sciences Géographiques, Ecole Nationale Supérieure des Ingénieurs des Etudes des Techniques d'Armement...
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
  • forum : http://scenari-platform.org/forum
  • newsletter (environ 2 mails par mois) : envoyer un mail vide à announce-subscribe [at] scenari-platform [dot] org et répondre à la confirmation.
Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)

Scenari est plus un cadre de travail qu'un produit directement utilisable. Le mieux pour le découvrir est de commencer par essayer une chaîne éditoriale basée sur Scenari et déjà prête à l'emploi, exemple :

  • Opale (fiche plume) : une chaîne éditoriale de production de contenus pédagogiques.
  • DokielGuide : une chaîne éditoriale de production de documentation logicielle pour la création d'un guide utilisateur.
  • OptimOffice : une chaîne éditoriale de production de documents génériques, avec un champ d'application proche de celui de la bureautique.
Contributions
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 17/12/08
  • Correction mineure : 12/05/12
Mots-clés

TSkim : outil de filtrage de fichiers ROOT

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.

 

Fonctionnalités générales du logiciel

De nombreuses expériences de physique des particules et d'astroparticules stockent leurs données au sein de fichiers ROOT (http://root.cern.ch), sous forme de listes (TTree) dont les éléments sont les données attachées aux événements physiques successifs mesurés.

TSkim est un outil destiné à faciliter le repérage et l'extraction des données liés aux évènements considérés comme "intéressant" par l'utilisateur. A partir d'une configuration décrivant le lot de données à traiter, les critères définissant les évènements intéressants, et la structure des données, TSkim va :

  • établir la liste des fichiers ROOT concernés,
  • établir la liste des éléments interessants dans les différents fichiers,
  • charger les bibliothèques de description des données, dans la version appropriée,
  • extraire les données proprement dites.

Cet outil n'est utile qu'aux utilisateurs de ROOT, et n'a été validé que sur plate-forme linux.

Contexte d’utilisation du logiciel

Actuellement utilisé par l'expérience FERMI pour filtrer ses données.

Publications liées au logiciel

Présentation en français sur le site du RI3.
Publication à venir
au printemps 2009 .

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 12/12/08
  • Correction mineure : 26/10/10
Mots-clés

Gdhe : visualisation 3D en robotique et systèmes embarqués

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, MacOS X
  • Version actuelle : 3.8.1 - Mai 2010
  • Licence(s) : BSD
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Matthieu Herrb
  • Contact concepteur(s) : gdhe at laas.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : LAAS

 

Fonctionnalités générales du logiciel

GDHE est un outil de visualisation 3D pour les applications de type robotique.

Il est entièrement programmable à l'aide du langage de scripts Tcl/Tk et utilise la bibliothèque OpenGL pour l'affichage des primitives 3D.

Gdhe permet de construire une représentation du modèle 3D d'un environnement et de le faire évoluer dans le temps. Gdhe se comporte comme un serveur qui reçoit des requêtes de mise à jour de sa représentation depuis des clients.

Les clients sont soit des modules fonctionnels qui interagissent avec l'environnement et produisent des données issues de capteurs ou d'actionneurs, soit des processus de simulation qui permettent de produire des informations d'état sur un environnement virtuel.

L'utilisation d'un langage de script pour décrire le modèle du monde permet de programmer le mode de représentation des données avec une grande souplesse, tout en fournissant un environnement prêt à l'emploi avec des paramètres par défaut adaptés pour rendre Gdhe très facile à utiliser. Un mécanisme de greffons en langage C permet de réaliser des extensions plus complexes, ou plus critiques d'un point de vue performances.

Gdhe dispose de moyens d'enregistrement des séquences de commandes reçues et des images produites, afin de produire des copies d'écran ou des séquences animées.

Contexte d’utilisation du logiciel

Gdhe a été développé initialement pour la visualisation d'applications robotiques. Il peut également être utilisé pour représenter tout type de données tri-dimensionnelles évoluant en temps réel.

MODELIA : Modélisation et Logiciels d’intérêt commun appliqués à l’Agriculture

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 05/12/08
  • Correction mineure : 09/11/12

MODELIA : Modélisation et Logiciels d’intérêt commun appliqués à l’Agriculture

Ce site est le site de travail du Réseau Mixte Technologique Modélisation et Logiciels d'intérêt commun appliqués à l'Agriculture. Ce réseau a pour vocation à organiser les échanges autour de la modélisation pour l'agriculture entre la recherche publique, les instituts et centres techniques agricoles et l'enseignement.

Les ressources informatiques du site modelia sont diffusées dans sa rubrique « Ingénierie d’un projet informatique ». Elles concernent la valorisation et le transfert des modèles agronomiques issus de travaux de recherche.

Ces ressources informatiques comprennent des fiches (fiches d'informations, de synthèse, de recommandations…) traitant de thèmes d'ingénierie de projet informatique, génie logiciel, méthodologie de développement, technologies informatiques.

A titre d’illustration, quelques sujets abordés : réutilisation logicielle, qualification logicielle, valorisation, transfert, modélisation, UML, aspects juridiques et licences informatiques, méthodologie et processus de développement, avant-projet, montage de projet, développement logiciel, documentation, choix informatiques, forge, dispositifs d’accompagnement en développement informatique et en valorisation logicielle…

Ces ressources informatiques comprennent également quelques supports de formation.

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 26/11/08
  • Correction mineure : 06/05/12
Mots-clés

DOLMEN : outil de simulation numérique 3D pour le contrôle non destructif par courants de Foucault

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like
  • Etat : utilisé en interne
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Yahya Choua, Guillaume Krebs, Yann Le Bihan, Alexandro Ospina, Laurent Santandréa, Houda Zaidi
  • Contact concepteur(s) : Le-bihan[at]lgep.supelec.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : LGEP

 

Fonctionnalités générales du logiciel

DOLMEN est un outil logiciel métier orienté "contrôle non destructif par courants de Foucault". Il est basé sur une résolution numérique des équations de Maxwell en régime quasi-stationnaire 3D à l'aide de la méthode des éléments finis. Les deux formulations classiques électrique et magnétique en potentiels combinés (T-Phi et A-V) sont programmées pour le régime harmonique. Ce code résulte de nombreux travaux de recherche sur les formulations éléments finis en électromagnétisme menés par le département MOdélisation et COntrôle de Sytèmes ElectroMagnétiques (MOCOSEM) du LGEP depuis la fin des années 80. Son développement a été initié lors du projet européen VERDICT.

Son architecture logicielle s'appuie sur une approche orientée objet en langage C++. Les éléments finis utilisés sont des éléments de Whitney tétraédriques du premier ordre avec des degrès de liberté aux noeuds et aux arêtes. Un traitement particulier sur le terme source en courant et l'utilisation d'une méthode itérative permettent de ne pas utiliser de conditions de jauge pour garantir l'unicité de la solution. Différentes techniques numériques propre à cette problématique ont été développées :

  • Prise en compte de défauts fins (type fissures).
  • Prise en compte du mouvement de la sonde (mortar élément, technique overlapping).
  • Génération de maillage et adaptation de maillage automatique basé sur un estimateur d'erreur qui utilise la complémentarité entre les deux formulations électromagnétiques.
  • Prise en compte d'éléments géométriques fins (entrefer faible, bobines de faible épaisseur, défauts fins) à l'aide d'éléments coques ou la technique d'overlapping.
  • Calcul distribué (utilisation de Parallel Python).
  • Sonde à émission-réception.

Le processus de calcul est piloté par un script Python. Le maillage est généré par le mailleur NETGEN.

Contexte d’utilisation du logiciel

Ce code est utilisé dans le cadre de projets de recherche académiques ou industriels dans le domaine du contrôle non destructif par courants de Foucault. (Projet européen VERDICT 2003-2006, Pôle de compétitivité SYSTEM@TIC PARIS-REGION, projet SIMCO-IMPACT, collaboration avec Dassault, CEA, LSS, Univ. Budapest, ...). Ces recherches concernent par exemple l'évaluation de nouvelles méthodes numériques, la validations d'autres méthodes numériques, caractéristion et optimisation de dispositifs de contrôle, la mise en place de base de données (reconstruction de défaut), etc...

Publications liées au logiciel

A contribution to connect non-conform meshes with overlapping finite elements, H. Zaidi, L. Santandréa, G. Krebs, Y. Le Bihan, "IGTE", Graz, AT, 19 September 2010, pp. 1-6, Proceedings of IGTE.

Electromagnetic Field Computation in Magnetic and Conductive Thin sheets, A. Ospina Vargas, L. Santandréa, Y. Le Bihan, C. Marchand, Sensor Letters", Vol. 7, Issue: 3, June 2009, pp. 480-485.

Crack modelling in ECT with combined potential formulations, Y. Choua, L. Santandréa, Y. Le-Bihan, C.Marchand, IEEE Transactions on magnetics, April 2007, Volume 43, Issue 4, pp. 1789-1792.

Parallel computing for eddy current testing simulation, L. Santandrea, G. Savel, Y. Le Bihan, A. Razek, Conférence CEM, Aachen (avril 2006).

Adaptive Mesh Refinement and Probe Signal Calculation in Eddy Current NDT by Complementary Formulations, M. Bensetti, Y. Choua, L. Santandréa, Y. Le Bihan, C. Marchand, IEEE Transaction on magnetics, juin 2008, volume 44, issue 6, pp. 1646-1649.

Using Mortar Element Method for Eddy Current Testing Finite Element Computations, L. Santandrea, Y. Choua, Y. Le Bihan, C. Marchand, COMPUMAG, Aachen (juin 2007).

Modélisation du contrôle non destructif par courants de Foucault de milieux de faible épaisseur, Alejandro Ospina, Laurent Santandrea, Yann Le-Bihan, Claude Marchand, congrés NUMELEC, Liège (décembre 2008).

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 13/10/08
  • Correction mineure : 04/11/11
Mots-clés

Molecular Modelling Toolkit : bibliothèque de simulation moléculaire

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 2.5.24 - septembre 2008
  • Licence(s) : CeCILL-C
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Konrad Hinsen
  • Contact concepteur(s) : hinsen@cnrs-orleans.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : CBM

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Bibliothèque logicielle de simulation moléculaire :

  • manipulation d'objets chimiques
  • calcul d'énergies d'interaction
  • dynamique moléculaire
  • modes normaux
  • minimisation d'énergie
  • solvatation
  • gestion de trajectoires
  • interface à la visualisation
Contexte d’utilisation du logiciel

MMTK est développé en langages Python, Pyrex et C. Les programmes et bibliothèques nécessaires à son utilisation sont :

  • Python >= 1.5
  • Numerical Python >= 20 ou NumPy >= 1.0
  • netCDF >= 3.4
  • ScientificPython >= 2.6
  • Compilateur C
Publications liées au logiciel

Journal of Computational Chemistry, volume 21, numéro 2, pages 79-85, 2000

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 13/10/08
  • Correction mineure : 04/11/11
Mots-clés

DomainFinder : détermination et caractérisation des domaines dynamiques dans les protéines

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 2.0.4 - avril 2008
  • Licence(s) : CeCILL-C
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Konrad Hinsen
  • Contact concepteur(s) : hinsen@cnrs-orleans.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : CBM

 

Fonctionnalités générales du logiciel
  • Calcul de flexibilité dans une protéine
  • Identification de domaines dynamique dans une protéine

Le langage de développement est Python. Les programmes et librairies nécessaires à l'installation sont :

  • Python >= 1.5
  • Numerical Python >= 20
  • ScientificPython >= 2.4
  • netCDF >= 3.4
  • MMTK >= 2.4
  • Tcl/TK >= 7
Contexte d’utilisation du logiciel

DomainFinder est destiné aux chercheurs en biologie structurale ou en biophysique qui cherchent à obtenir des informations sur la flexibilité d'une protéine à partir de sa structure.

Publications liées au logiciel

Proteins, volume 34, numéro 3, pages 369 - 382, année 1999.

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 02/10/08
  • Correction mineure : 18/08/09
  • Auteur de la fiche : Konrad Hinsen (Centre de Biophysique Moléculaire)
  • Responsable thématique : Violaine Louvet (Institut Camille Jordan)
Mots-clés

ScientificPython : librairie générale pour le calcul scientifique en Python

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 2.7.9 - août 2008
  • Licence(s) : CeCILL-C
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Konrad Hinsen
  • Contact concepteur(s) : hinsen@cnrs-orleans.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : CBM

 

Fonctionnalités générales du logiciel
  • parallélisme (BSP, MPI)
  • interface netCDF
  • géométrie (vecteurs, tenseurs, transformations, champs vectoriels et tensoriels, quaternions)
  • dérivées automatiques
  • interpolation linéaire en plusieurs dimensions
  • polynomes et fonctions rationnelles
  • statistique
  • histogrammes
  • conversion d'unités
  • entrée/sortie en quelques formats populaires
  • visualisation 3D par VRML
  • widgets Tk et Qt

Les langages utilisés pour ce développement sont Python, Pyrex et C.

Contexte d’utilisation du logiciel

Les programmes et logiciels nécessaires à l'installation sont :

  • Python >= 1.5
  • Numerical Python >= 20 ou NumPy >= 1.0
  • netCDF >= 3.4
  • Compilateur C
Publications liées au logiciel

Parallel Processing Letters 13, 3 (2003) 473-484

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 14/05/13
  • Correction mineure : 15/11/13
  • Rédacteur de la fiche : Thomas Boudier - Institut de Biologie Intégrative (Université Pierre et Marie Curie)
  • Relecteur(s) : Eddie Iannuccelli (LGC INRA Toulouse)
    Nicole Quenech'du (LPPA)
  • Contributions importantes : Nicolas Lebas, contributeur initial de la fiche ImageJ, a souhaité passer la main en Mars 2013.
  • Responsable thématique : Emmanuel Courcelle (LIPM)
Mots-clés

ImageJ : analyse d'images multiplateformes

Description
Fonctionnalités générales

ImageJ est un logiciel libre multiplateforme d’analyse et de traitement d’images, inspiré à l’origine du logiciel NIH Image pour Macintosh.

Un certain nombre de traitements d'images basiques sont disponibles par défaut : seuillage, filtrage, morphologie mathématique, comptage d'objets... Beaucoup d'autres fonctionnalités sont disponibles sur le web sous forme de plugins ou de macros.

Autres fonctionnalités

ImageJ est un logiciel évolutif pour lequel il est possible d’ajouter des fonctionnalités sous la forme de plugins Java, de javascripts ou de macros (instructions propres à ImageJ). De nombreux plugins sont disponibles sur différents sites. Outre le site principal qui regroupe de nombreux plugins, un site wiki communautaire est disponible sur le site de TUDOR. La distribution Fiji vise à faciliter l'installation de ces plugins et à ajouter des fonctionnalités de scriptings dans d'autres langages (closure, python, ruby, ...). Des modules de visualisation 3D sont présents comme VolumeViewer ou 3D Viewer qui utilise Java3D pour un rendu interactif. Pour la partie filtrage et analyse 3D, une suite 3D a été développée.

Interopérabilité

Le logiciel lit et exporte les images dans les formats les plus courants (TIFF, BMP, JPG, GIF, PNG, PGM, FITS et ASCII...). L'ouverture des fichiers aux formats propriétaires de microscopie (Leica, Zeiss, ...) ainsi que DICOM sont disponibles avec le plugin LOCI-bioformats, ce plugin lit les données images ainsi que les métadonnées (longueur d'ondes, objectifs, ...) associées aux images.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

ImageJ est devenu de fait la référence en traitement et analyse d'images en biologie. Il fait l'objet de nombreuses formations, une conférence internationale lui est consacrée tous les deux ans. Nous l'utilisons quotidiennement pour l'analyse automatique 3D en utilisant et développant nos propres plugins et macros. ImageJ n'ayant pas été développé à la base pour une utilisation multidimensionnelle (3D, 4D et 5D), les bibliothèques de classes ne sont pas très faciles à utiliser dans ce cas ; les programmeurs chevronnés apprécieront la nouvelle mouture ImageJ2, toujours en version beta.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Les limitations sont surtout dues au langage de programmation dans lequel ImageJ a été écrit : Java.
Il est donc un peu lent (surtout pour de gros traitements) et parfois gourmand en mémoire. De plus, certains systèmes limitent la taille maximum de mémoire allouée pour la machine virtuelle Java.

La possibilité d'écrire soi-même ses propres plugins est un plus mais demande une connaissance du langage Java.

Environnement du logiciel
Plates-formes

Toutes les plate-formes sur lesquelles Java est utilisable.

Logiciels connexes

Fiji (intègre de nombreux plugins et une installation simplifiée)

MacBiophotonics distribution (seulement pour Windows)

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

BioImageXD (licence GPLv2)

ICY (licence GPLv3)

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Développement principalement académique, avec quelques développements industriels.

Eléments de pérennité

Large communauté d'utilisateurs et de contributeurs à travers le monde.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Les différentes listes de diffusion sont disponibles ici.

Documentation utilisateur

http://imagej.nih.gov/ij/docs/index.html

Les éditions Springer proposent des livres de traitement et analyse d'images basés sur ImageJ, pour à la fois les utilisateurs et les développeurs Java (voir le site des auteurs).

Contributions

Le site Wiki de TUDOR permet facilement de contribuer soit en rédigeant de la documentation (tutorial, vidéo, ...) soit en déposant son plugin ou sa macro. Les développeurs chevronnés apprécieront le GIT de Fiji.

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 22/01/13
  • Correction mineure : 22/01/13
  • Rédacteur de la fiche : Laure Coquart - CERFACS (CNRS, Météo-France, EADS, CNES, EDF, SAFRAN, ONERA, TOTAL)
  • Relecteur(s) : Arnaud Caubel (LSCE IPSL)
    Marie-Alice Foujols (IPSL)
  • Contributions importantes : Cette fiche a été rédigée initialement par Sophie Valcke. Elle est reprise avec son accord par Laure Coquart.
  • Responsable thématique : Véronique Baudin-RC (LAAS)
Mots-clés

OASIS : couplage des codes représentant les composantes du système climatique

Une fiche Dév Ens Sup est en relation avec cette fiche, consultez-la pour plus d'informations : OASIS
Description
Fonctionnalités générales

Le couplage de codes numériques, c'est-à-dire l'échange synchronisé d'informations entre ces codes, a acquis depuis les années 1990 une importance de tout premier plan dans plusieurs domaines scientifiques tels que la modélisation du climat, l'assimilation de données, et la mécanique des fluides et des structures. Dans ce cadre, l'équipe "Modélisation du Climat et de son Changement Global" du CERFACS (Centre Européen de Recherche et de Formation Avancée en Calcul Scientifique) développe le logiciel OASIS conçu et utilisé pour coupler des modèles représentant les différentes composantes du système climatique (modèles de circulation générale atmosphérique, de circulation générale océanique, de glace de mer, de sol, d'hydrologie, etc.) en gardant le système modulaire, cad en gardant autonomes les différentes composantes. Il en est actuellement à la version OASIS3-MCT.

OASIS est constitué d'une bibliothèque de communication complètement parallèle, permettant de synchroniser les codes à coupler et d'échanger les champs de couplage à l'interface de ces modèles. Pour OASIS3, un exécutable séparé effectue les interpolations, i.e. les transformations requises pour exprimer, sur la grille du code cible, les champs de couplage fournis par le code source sur sa propre grille, tandis qu'il n'y a plus d'exécutable du coupleur dans OASIS3-MCT: tout est calculé dans les modèles.

Autres fonctionnalités

OASIS peut coupler un nombre quelconque de codes numériques, échanger un nombre quelconque de champs de couplage entre ces codes, et effectuer des transformations (temporelles ou spatiales) spécifiques à chaque champ. Un envoi ou une réception d'un champ de couplage peut aussi avoir comme cible ou source un fichier de données sur disque; la bibliothèque de communication d'OASIS effectue alors automatiquement les entrées-sorties.

Pour être couplé par OASIS, un code doit bien entendu inclure un certain nombre d'appels aux routines de la bibliothèque de communication d'OASIS (initialisation, déclaration des champs de couplage et des maillages, envoi et réception des champs, terminaison).
Tous les paramètres de couplage (codes à coupler, envoi et réception à activer, sources et cibles, fréquence de couplage, transformations, etc.) sont définis par l'utilisateur dans des fichiers de configuration texte.
Les codes numériques couplés par OASIS peuvent être parallèles et chaque processus du code source et du code cible participe alors directement à l'échange des champs de couplage.

Deux versions d'OASIS co-existent actuellement, OASIS3 et OASIS3-MCT.

Avec OASIS3, évolution du coupleur développé depuis une vingtaine d'années au CERFACS (donc stable et bien validé), l'intégralité du champ de couplage est rassemblée par l'exécutable du coupleur qui effectue la recherche des voisins pour la transformation du champ de couplage de la grille source à la grille cible (qui permet de créer le fichier de poids et d'adresses de la transformation), puis le champ transformé est distribué aux différents processus du modèle cible; de plus, les champs de couplage doivent être bi-dimensionnels. La dernière version d'OASIS3 permet cependant l'utilisation de plusieurs exécutables OASIS3 au sein d'un même modèle couplé et donc une parallélisation champ par champ du couplage.

Une nouvelle version du coupleur, OASIS3-MCT, a été mise à disposition des utilisateurs en Août 2012 (donc encore en cours de validation). OASIS3-MCT a été développé dans le cadre du projet Européen IS-ENES en interfaçant OASIS3 avec la bibliothèque américaine MCT (Model Coupling Toolkit) développée par le Laboratoire National d'Argone, pour s'affranchir du goulot d'étranglement observé avec OASIS3 lorsque la résolution des modèles et le nombre de processeurs augmentent. Comme il n'y a plus d'exécutable du coupleur il n'y a plus de centralisation du champ source et du champ cible sur un seul processeur. En utilisant d'une part le fichier de poids et d'adresses permettant de caratériser la transformation du champ de couplage de la grille source à la grille cible, et d'autre part les décompositions parallèles du domaine source et cible, MCT réalise un couplage entièrement parallèle entre le modèle source et le modèle cible. Le calcul du fichier de poids et adresses est calculé sur un seul processeur d'un des modèles ou lu s'il existe déja mais il n'y a pas de calcul des poids en parallèle dans OASIS3-MCT. Par ailleurs, cette nouvelle version permet d'échanger facilement des champs 3D.

Interopérabilité

OASIS permet de coupler des codes numériques écrits en Fortran.
Les fichiers de données, éventuellement utilisés en entrée/sortie, doivent être au format NetCDF et respecter la convention CF (Climate and Forecast, http://cf-pcmdi.llnl.gov/ )

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Le CERFACS développe le coupleur OASIS depuis une vingtaine d'années. En France, OASIS est utilisé au CERFACS, à Météo-France et à l'IPSL (Institut Pierre Simon Laplace) principalement pour coupler des modèles de circulation générale atmosphérique (ARPEGE, LMDZ, WRF) et des modèles de circulation générale océanique (NEMO, OPA, ROMS). OASIS a aussi aujourd'hui acquis une reconnaissance internationale et est utilisé par environ 30 autres groupes de recherche en modélisation climatique en Europe mais aussi aux Etats-Unis, au Canada, au Japon et en Australie.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Contrairement au coupleur PALM ), OASIS ne permet pas de couplage "dynamique" dans le sens où les codes à coupler doivent être démarrés au début de la simulation couplée et doivent s'exécuter durant toute la simulation.

Environnement du logiciel
Plates-formes

OASIS3-MCT
- BULL (CERFACS)
- Linux PC (CERFACS, France)
- HP Proliant (CERFACS, France)
- Intel Xeon Cluster Thunder (MPI-M, Hamburg)
- IBM Power 6 Blizzard (DKRZ, Hamburg)
- IBM Power 7 (MetOffice, Angleterre)
- Vargas (IDRIS, France)
- ADA (IDRIS, France)
- Curie (TGCC-CEA, France)

OASIS3.3
- SGI Altix ICE (CINES)
- NEC SX8 and SX9 (Météo-France)
- Ekman cluster (Stockholm) : 1268 nodes (chacun avec 2 quadripro AMD Opteron)
- IBM power6 machines (AIX) (UK Met Office / Hadley Centre)
- CRAY XT platforms
- IBM Power4 à l'Environment Canada, ECMWF, MPI
- SGI Origin et IBM Power 3 à l'IRI
- SGI à JPL (NASA)
- Earth Simulator SX5 à JAMSTEC
- SGI O3400 et Compaq à l'Université de Tasmanie
- SX6 à l'IPSL, IFM-GEOMAR CGAM, INGV, DMI
- VPP5000 à l'IPSL, Météo-France, CERFACS
- SX4, SX5 au Lodyc-ISAO
- CRAY XD1 au CERFACS
- PC Linux au CERFACS
- VPP700 au CERFACS, ECMWF
- NEC-SX au MPI-M
- CRAY C-90 au MPI-M
- T3E au IFM-GEOMAR CGAM
- SGI O3800 au SMHI
- SGI IRIX64 au KNMI

(voir détails sur le site d'OASIS https://verc.enes.org/oasis)

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

CERFACS : Centre Européen de Recherche et de Formation Avancée en Calcul Scientifique, http://www.cerfacs.fr/
CNRS: Centre National de la Recherche Scientifique, http://www.cnrs.fr/

Eléments de pérennité

Le CERFACS développe OASIS depuis plus de 20 ans et entend continuer à le faire sans limite dans le temps. Une collaboration active avec le CNRS qui y consacre une personne à temps plein est en cours depuis 6 ans. OASIS3-MCT a été développé dans le cadre du projet Européen IS-ENES, et devrait continuer au-delà d'IS-ENES (IS-ENES 2).

Références d'utilisateurs institutionnels

France: CERFACS, METEO-FRANCE, IPSL (LOCEAN, LMD, LSCE), OMP, LGGE, IFREMER
Europe: ECMWF + communauté Ec-Earth
Allemagne: MPI-M, IFM-GEOMAR, HZG, U. Frankfurt, AWI, TU Cottbus
Angleterre: MetOffice, NCAS/U. Reading, ICL
Danemark: DMI
Norvège: U. Bergen, NERSC
Suède: SMHI, U. Lund
Ireland: ICHEC, NUI Galway
Pays-Bas: KNMI
Suisse: ETH Zurich
Italie: INGV, ENEA, CASPUR
République tchèque :CHMI
Espagne: U. Castilla, BSC
Tunisie: Inst. Nat. Met
Japon: JMA, JAMSTEC, U. Hiroshima
Chine: IAP-CAS, Met. Nat. Centre, SCSIO
Corée: KMA
Australie: CSIRO, BMRC, Australian National U.
Nouvelle Zélande: NIWA
Canada: RPN-Environment Canada, UQAM
USA: Oregon State U., Hawaii U., JPL, MIT, U. Mississippi
Perou: IGP

OASIS3 est utilisé dans 5 modèles de climat Européens qui ont participés au dernier exercice de l'IPCC, l'AR5.
OASIS3-MCT est utilisé dans de vrais modèles couplés au Cerfacs (France), à l'IPSL (France), au MPI-M (Allemagne), au BoM (Australie), au MetOffice (Angleterre) dans un modèle à haute résolution, à BTU-Cottbus (Allemagne) dans un modèle réalisant des échanges 3D.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Le guide utilisateur peut être téléchargé à partir du site web d'OASIS (https://verc.enes.org/oasis) en même temps que les sources. Un tutorial est aussi fourni avec les sources. Toute la documentation est en anglais.

Documentation utilisateur

Les guides utilisateur d'OASIS3_3 et d'OASIS3-MCT sont disponibles à l'adresse https://verc.enes.org/oasis/oasis-dedicated-user-s... en version pdf ou html.

Contributions

Tout utilisateur peut contribuer au développement d'OASIS en faisant remonter leurs routines modifiées aux développeurs du CERFACS.

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