autre métier/activité

Logiciels (logiciels libres en majorité) ou ressources (liées aux logiciels) spécifiques à un métier ou une activité qui n'est pas présent dans la liste
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 15/09/08
  • Correction mineure : 12/05/12
Mots-clés

Orientation Library : collection de routines pour la manipulation de rotations / orientations

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 2.0.2 - 29 juin 2008
  • Licence(s) : GPL
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Romain Quey
  • Contact concepteur(s) : quey@emse.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : LGF

 

Fonctionnalités générales du logiciel

L'Orientation Library est une collection de routines pour la manipulation de rotations / orientations. Elle est utile à l'étude des rotations en général, mais contient également des outils spécifiques à l'étude des microstructures. Les routines peuvent être soient utilisées dans des logiciels tiers, soit lancées directement et individuellement par l'intermédiaire d'un programme exécutable inclus dans la distribution.

Les fonctionnalités de la librairie sont :

  1. Description (angles d'Euler, matrice de rotation, indices de Miller, figure de pôles (directe et inverse), axe / angle de rotation, quaternions, vecteur de Rodrigues)
  2. Génération (d'orientations et de désorientations aléatoires)
  3. Manipulation (combinaison de rotations, symétrie cristalline et symétrie de l'échantillon, désorientations, ...)
  4. Jeux d'orientations (moyenne, caractérisation de dispersions, filtrage...)
  5. Cartographie d'orientations...

La librairie est distribuée sous la forme d'une archive contenant le code source, le programme exécutable, ainsi qu'une documentation complète détaillant son installation et utilisation.

Contexte d’utilisation du logiciel

Dans la pratique, cette librairie est principalement utilisée dans le cadre de l'étude des microstructures mono ou polycristallines (matériaux cubiques). Elle est nécessaire au post-traitement de données (orientations) obtenues expérimentalement (EBSD) ou par la simulation (modèles de plasticité cristalline...). Les possibilités offertes dépassent notamment celles des logiciels commerciaux fournis avec les systèmes EBSD.

Publications liées au logiciel

R. Quey, D. Piot, J. Driver. Local Crystal Rotations of Bulk Grains by High-Resolution EBSD during Hot PSC of Al-0.1 % Mn Polycrystals. Proccedings of ICOTOM 15, June 2008.

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 19/10/13
  • Correction mineure : 19/10/13
Mots-clés
Pour aller plus loin

MPlayer : lecture audiovisuelle multi-plateformes

Description
Fonctionnalités générales

MPlayer est un lecteur multimédia sachant prendre en compte un grand nombre de formats.

  • Lecture multi format (au sens "container" / encapsulation / structure de contenu) :

    • CDRwin's .bin
    • DVD (chiffrés)
    • FILM (.cpk)
    • FLIC (FLI,FLC)
    • Matroska (MKV)
    • MPEG-1/2 (ES/PS/PES/VOB)
    • NSV (Nullsoft Streaming Video)
    • NuppelVideo
    • NUT
    • RealAudio/RealVideo (RAM,RM,RA)
    • RIFF AVI
    • RoQ
    • Ogg Xiph.org (OGG/OGM)
    • PVA
    • Quicktime (QT/MOV/MP4)
    • streaming via HTTP/FTP, RTP/RTSP, MMS/MMST, MPST, SDP
    • (S)VCD (Super Video CD)
    • TV (via V4L, ...)
    • Video For Windows (ASF/WMV/WMA)
    • VIVO
    • yuv4mpeg
  • Lecture multi-codec (liste à jour : http://www.mplayerhq.hu/DOCS/codecs-status.html)

    • via différentes librairies dont libavcodec (issue du projet FFmpeg) dont voici les principaux :

      • 3ivx
      • DV video
      • FLI/FLC
      • HuffYUV
      • Intel Indeo3 (3.1, 3.2)
      • MJPEG, AVID, VCR2, ASV2 et autres formats Matériels
      • MPEG-1 (VCD) et MPEG-2 (SVCD/DVD/DVB)
      • MPEG-4 et variantes dont DivX ;-), OpenDivX (DivX4), DivX 5 (Pro), XviD
      • RealVideo 1.0, 2.0 (G2)
      • RealVideo 3.0 (RP8), 4.0 (RP9) (libraries Real)
      • Sorenson v1/v3 (SVQ1/SVQ3), Cinepak, RPZA et autres codecs QuickTime
      • Windows Media Video 7/8 (WMV1/2)
    • via VFW ou DSHOW en utilisant les librairies win32 (.DLL) (ATTENTION, version i386 uniquement) :
      • Windows Media Video 9 (WMV3)
      • Intel Indeo 4.1 and 5.0
      • VIVO 1.0, 2.0, I263 et autres variantes H.263(+)
  • multiples formats de visualisation :

    • x11: X11 avec extension SHM
    • xv: X11 en utilisant "overlays"/accélération matérielle XVideo
    • xvmc: XVideo Motion Compensation
    • dga: X11 DGA extension (v1.0 et v2.0)
    • gl: OpenGL renderer
    • fbdev: framebuffer (console)
    • svga: SVGAlib
    • sdl (Simple Directmedia Layer)
    • aalib: mode texte
    • libcaca: mode texte couleur
    • vesa
    • directfb
  • multiples options de sortie audio :

    • sortie fichier PCM
    • alsa (mono, stereo, 5.1)
Autres fonctionnalités
  • "Streaming" : possibilité d'afficher une vidéo sans la télécharger à partir d'une URI
  • Dé-entrelacement et Inverse-Telecine
  • OSD (On-Screen Display / Incrustation à l'écran)
  • Image par image (via ".")
  • Télécommandable via réseau (socket)
  • Télécommandable via infra-rouge (LIRC)
  • Enregistrement de flux audio et video (streamdump)
  • Copie d'écran (export en images)
  • Visualisation en "ascii-art" via aalib ou libcaca
  • Visualisation de web-cam ou autre périphérique via v4l (mplayer tv://)
  • Diverses interfaces graphiques (gmplayer (Gnome), kmplayer (KDE), mplayerosx, (Mac OSX), ...)
Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service
  • visualisation de vidéos
  • enregistrement de flux “streaming” (streamdump)
  • visualisation automatique en plein écran de listes de lecture, e.g. pour diffusion lors d'expositions
Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes
  • de nombreux codecs sont supportés via les librairies win32 donc non compatibles avec une autre plate-forme que i386
  • le paramétrage est relativement complexe, mais la documentation assez complète (man), et les paramètres par défaut assez bien choisis
Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré
  • Debian GNU/Linux
  • Ubuntu
  • Fedora
Plates-formes
  • AIX 5.1, 5.2, 5.3 (testé sur 604e, POWER3, POWER4)
  • Linux 2.4, 2.6, 3.x (testé sur x86, x86_64, mips)
  • Solaris 8, 9, 10 (testé sur x86, x86_64, sparc)
  • BSD (testé sur arm, powerpc, sparc, x86)
  • OSX (PPC, Intel)
Logiciels connexes
  • MEncoder
  • libavcodec : bibliothèque de codecs pour encoder/décoder des données audio et vidéo ; fait partie du projet ffmpeg
  • ffmpeg : suite logicielle libre permettant d’enregistrer, convertir et diffuser des données audio et vidéo
    En outre, MPlayer est de base utilisable en ligne de commande, mais diverses interfaces graphiques sont disponibles :

  • libx264 : librairie implémentant la compression/décompression en h.264/AVC (encodage très populaire utilisé notamment sur les disques "blu-ray")
  • libtheora : librairie implémentant la compression/décompression en Theora (encodage populaire utilisé dans le monde de l'OSS, notamment dans le conteneur Vorbis (.ogm))
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Communauté de développeurs.

Eléments de pérennité

Le fork mplayer2 est à l'heure actuelle inclu dans la plupart des distributions GNU/Linux, aux côtés de mplayer. Il existe un risque qu'il remplace peu à peu son parent (l'utilisateur devra migrer d'un produit obsolète).

Références d'utilisateurs institutionnels
  • Laboratoire de Mathématiques de Bordeaux : visualisation d'animations permettant d'illustrer des résultats de calculs (en mathématiques appliquées).
  • Laboratoire sur le Langage, le Cerveau et la Cognition (L2C2) : pour ne pas avoir à visionner une vidéo un peu longue, utilisation en ligne de commande de mplayer qui permet de visualiser la vidéo à partir d'un temps donné (option -ss) et pour une durée donnée (option -endpos). L'appel en ligne de commande est très pratique, on peut l'invoquer depuis matlab ou tout autre programme maison.
  • Laboratoire de Mécanique des Contacts et des Structures : visualisation de vidéos relatives à différentes expérimentations (une vidéo avi est créée à partir d'une suite d'images jpeg en utilisant MEncoder).
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)
  • pour lire en "streaming" une vidéo :

    mplayer mon_url_com/mon_chemin/mavideo.avi

    mplayer -playlist mon_url_com/mon_chemin/ma_playlist.aspx

    mplayer mms://mon_uri.com/mon_chemin/mavideo.stream
  • pour enregistrer un flux sur le disque dur local :

    mplayer -dumpstream -dumpfile mon_dump.stream mms://mon_uri.com/mon_chemin/mavideo.stream
  • pour envoyer un flux video par ssh depuis machine1 sur machine2 :

    ssh user1@machine1 'cat monfichier.ogm' | mplayer -
  • pour copier la piste 1du dvd dans le lecteur /dev/cdrom dans le fichier stream.dump (format vob) :
    mplayer -dumpstream -dvd-device /dev/cdrom dvd://1
  • pour capturer une trame d'une vidéo dans le fichier 00000001.jpg :

    skip=50 # capturer l'image se trouvant à 50s après le début
    mplayer -ao null -frames 1 -ss $skip -vo jpeg infile.avi
Contributions
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 20/10/13
  • Correction mineure : 20/10/13
Mots-clés
Pour aller plus loin

MEncoder : encodage audiovisuel multi-plateformes

Description
Fonctionnalités générales

MEncoder, associé à MPlayer, permet le codage ou transcodage de fichiers audio et vidéo dans différents formats.
- Entrée multi-formats et multi-codecs
- Sortie multi-formats (au sens container via commande -of ) :

  • RIFF AVI
  • MPEG
  • Video for Windows (ASF)
  • WAV
  • Macromedia Flash video (SWF, FLV)
  • RealAudio/Video (RM/RAM)
  • NUT open container
  • Quicktime (MOV, MP4)
  • Sony Digital Video (DV)
  • RAW
  • AVCHD
Autres fonctionnalités
  • "Streaming" : possibilité d'enregistrer une vidéo à partir d'une URI
  • Multiples filtres vidéo en partie "temps réel", dont par exemple le désentrelacement et l'"Inverse-Telecine", ou la rotation
Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service
  • Conversion de vidéos
  • Conversion automatique de vidéos pour des infrastructures de vidéo à la demande
  • Création de vidéos à partir de séries d'images fixes
  • Découpage et concaténation de vidéos
  • Enregistrement de flux "streaming" (streamdump)
Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes
  • de nombreux codecs sont supportés via les librairies win32 donc non compatibles avec une autre plate-forme que i386
  • le paramétrage est assez complexe, mais la documentation relativement complète (man), et les paramètres par défaut assez bien choisis
  • la prise en charge des formats propriétaires (en particulier Flash Video (.flv), Real Media (.ra, .rm), Windows Media (.wma, wmv, .asf)) n'offre pas de garantie de compatibilité puisque les spécifications exactes ne sont pas publiées. Ainsi, il peut arriver que les fichiers résultants souffrent de décalages son/image (qui s'accroissent en cours de lecture en général, donc ne pas se fier au début de la séquence) ou qu'il soit impossible d'accéder à une position aléatoire dans le fichier. Ces mêmes symptômes peuvent être observés lorsque la combinaison de paramètres d'entrée n'est pas correcte, le diagnostic n'est donc pas aisé
Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré
  • Ubuntu
  • Fedora
  • Par ailleurs, il existe des paquets binaires non-officiels pour de nombreuses distributions (Redhat, Debian, etc.)
Plates-formes
  • AIX 5.1, 5.2, 5.3 (testé sur 604e, POWER3, POWER4)
  • Linux 2.4, 2.6, 3.x (testé sur x86, x86_64, mips)
  • Solaris 8, 9, 10 (testé sur x86, x86_64, sparc)
Logiciels connexes
  • MPlayer : MEncoder est contenu dans la distribution MPlayer
  • interfaces graphiques permettant une exploitation plus aisée de MEncoder : par exemple Super et MediaCoder (Windows), FFMPEGX (Mac)
  • libx264 : librairie implémentant la compression/décompression en h.264/AVC (encodage très populaire utilisé notamment sur les disques "blu-ray")
  • libtheora : librairie implémentant la compression/décompression en Theora (encodage populaire utilisé dans le monde de l'OSS, notamment dans le conteneur Vorbis (.ogm))
  • x264 : librairie d'encodage au format h.264
  • x265 : librairie d'encodage au format HEVC (h.265)
  • ffmpeg
  • VirtualDub (Windows)
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Communauté de développeurs.

Références d'utilisateurs institutionnels
  • Laboratoire sur le Langage, le Cerveau et la Cognition( L2C2 - Lyon) pour la conversion sous différents formats de vidéos enregistrées lors d'expériences.
  • Laboratoire de Mécanique des Contacts et des Structures (Lyon) pour la création de vidéos à partir d'une suite de fichiers jpeg.
  • Institut de mathématiques de Bordeaux pour la création d'animation à partir d'images fixes.
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)
  • Pour copier le contenu d'un dvd dans le lecteur et le comprimer en h.264/mp3 (options par défaut)
    mencoder dvd:// -oac mp3lame -ovc x264 -x264encopts bitrate=5000 -o monfichier.avi
  • Même chose que ci-dessus mais en deux passes :
    mencoder dvd:// -oac copy -ovc x264 -x264encopts bitrate=5000:pass=1 -o /dev/null
    mencoder dvd:// -oac mp3lame -ovc x264 -x264encopts bitrate=5000:pass=2 -o monfichier.avi
  • Pour créer une vidéo à partir d'images jpeg à raison d'une image par seconde (fps=1) et d'un fichier son :
    mencoder mf://fic1.jpg,fic2.jpg,fic3.jpg -mf fps=1:type=jpeg -ovc lavc -lavcopts vcodec=wmv2 -audiofile son.wav -oac copy -o monfichier.avi
  • Pour encoder une vidéo au format lisible sur un ipod touch ou iphone :
    mencoder fichier_in.avi -sws 9 -of lavf -lavfopts format=mp4 -vf scale=640:-11,dsize=640:-11,harddup -ovc x264 -x264encopts bitrate=850:vbv_maxrate=1500:vbv_bufsize=2000:nocabac:me=umh:trellis=1:level_idc=30:global_header:threads=0 -oac faac -faacopts mpeg=4:object=2:br=160:raw -channels 2 -srate 48000 -o fichier_out.mp4
    ATTENTION : cette commande ne marche plus bien pour des versions récentes de mencoder, suite à des bogues introduites dans le module lavf. On pourra notamment utiliser Handbrake, e.g. : HandBrakeCLI -i $infile.avi -O -I -q 0.8 -Z preset "Apple Universal" -o $outfile.mp4
  • pour extraire une partie d'une vidéo, e.g. de 00'15" à 00'45" sans réencodage ("lossless") :
    mencoder $infile -ovc copy -oac copy -ss 15 -endpos 30 -o $outfile
Contributions

Différents types de contributions sont acceptés : participation aux développement, participation aux traductions de manuels, ....

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 20/02/13
  • Correction mineure : 02/03/13
  • Rédacteur de la fiche : Cécile Laube - UMR5206 - Triangle
  • Relecteur(s) : Pierre Vernus (Laboratoire de recherche historique Rhône-Alpes)
    Nemo Peeters (LIPM Toulouse)
  • Contributions importantes : Olivier Langella - UMR de GENETIQUE VEGETALE (INRA, CNRS, Université Paris Sud, AgroParisTech)
  • Responsable thématique : Raphaël Tournoy (Centre pour la Communication Scientifique Directe)
Mots-clés

Zotero : gestion, citation, partage de ses données bibliographiques

Description
Fonctionnalités générales

Zotero permet de récupérer, gérer, citer, partager des données bibliographiques très facilement.

Base de données :

L'alimentation des « collections » de références se fait très simplement directement à partir des sites web, à la volée. De nombreux sites sont compatibles : pubmed, amazon, nature, plos, Wos, JSTOR, sudoc, cairn, persée, … (http://www.zotero.org/translators).

L’alimentation peut également se faire par import ou par renseignement d’un identifiant–clé (ISBN pour les livres ou DOI pour les articles de revue), et bien-sûr par saisie directe.

Les types de documents référencés sont variés : article de revue, livre, thèse, etc.. mais aussi illustration (compatible pour la récupération à la volée depuis Flickr) ou page web (archivage des pages web à temps « t » avec possibilité d'annoter et de surligner le contenu de la capture).

Les références bibliographiques sont présentées dans une arborescence qui permet le classement dans des « collections » et « sous-collections ».

Chaque référence bibliographique dans Zotero peut contenir des URLs, des notes, des liens vers les fichiers PDF (possibilité de télécharger automatiquement les fichiers PDF). La base de données peut aussi stocker les fichiers PDF eux mêmes (ceux-ci sont indexés en plein-texte). Stockage en ligne gratuit jusqu’à 300 Mo.

Citation de ses références dans un traitement de texte, création de bibliographies

Création de listes bibliographiques formatées : les collections de références peuvent être formatées directement par Zotero dans des fichiers texte de type RTF, HTML ou copier dans le presse-papiers.

Zotero permet également l'insertion de références dans les logiciels de traitement de texte "Microsoft Word" ou "OpenOffice.org". Les références insérées sont numérotées et formatées avec le style bibliographique de son choix. La bibliographie étant dynamique, il est possibile de changer de style une fois le texte écrit. De même, la correction d’une entrée dans votre bibliothèque sera prise en compte et répercutée dans la citation.

De nombreux styles sont disponibles (http://www.zotero.org/styles), y compris des styles francophones et SHS (rechercher par exemple ceux dont le nom contient  "France" ou "French").

D'autres styles francophones sont par ailleurs présents sur d'autres sites web.

En France,  la plateforme "CSL France - styles pour Zotero" centralise les besoins d'écriture de styles francophones : http://www.boiteaoutils.info/p/csl-france-styles-pour-zotero.html

Nomadisme

Zotero (Zotero pour Firefox) stocke l'ensemble de ses réglages, des fichiers et la base de données dans un seul répertoire (par défaut dans le profil utilisateur de Firefox). Un point très intéressant est que l'on peut facilement placer ce répertoire où l'on veut, on peut le sauvegarder, le mettre sur une clé USB pour le transporter chez soi... très pratique.

La "sync" (apportée par la V2) permet également la sauvegarde de ses données sur un serveur distant (et le partage entre plusieurs utilisateurs d’une même bibliothèque), ainsi que les fichiers reliés (PDF, images, capture d'écran)

Possibilité de travail en monoposte

Zotero Standalone (V3) s'installe également en monoposte. Possibilité de synchronisation avec un serveur distant.

L'installation en monoposte permet d'écrire ses documents en toute indépendance de Firefox.

Autres fonctionnalités

Travail coopératif possible : possibilité de bibliothèque partagée entre plusieurs utilisateurs possédant des logins distincts

  • Bouton de localisation des ressources (recherche par défaut dans WorldCat mais possibilité de personnaliser)
  • Détection automatisée des doublons (depuis la V3)
  • Page CV (si ouverture de compte)
  • Stockage en ligne des fichiers reliés aux références (service payant au-delà de 300 Mo)
Interopérabilité

Zotero permet  d'importer les bibliographies dans les formats : Zotero RDF, MODS (Metadata Object Description Schema), BibTeX, RIS, Refer/BibIX, Unqualified Dublin Core RDF

et d'exporter dans les formats : Zotero RDF, MODS, Refer/BibIX, RIS, unqualified Dublin Core DRF, Wikipedia citations templates, BibTeX

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

J’utilise Zotero régulièrement, principalement en aide aux chercheurs et aux doctorants du laboratoire. J’utilise également Refworks (commercial).

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

L'importation des fichiers de bibliographie provenant d'autres logiciels peut parfois se révéler compliquée. Suivant le logiciel d'origine, sa version, l'export aux formats d'échanges (bibtex, reference manager, RIS) est plus ou moins bien faite (perte des données de certains champs (résumés, DOI…))

Peu d'index accessibles en mode "modification globale" : de façon générale, peu d'outils pour garder sa base "propre" (pas d'index titre de revue par exemple), si ce n'est la toute nouvelle fonctionnalité de détection des doublons (avec la version 3.0)

Tous les styles de bibliographie ne sont pas pris en charge ( http://www.zotero.org/styles), et modifier un style existant peut s'avérer compliqué (connaissances XML requises).

 

Environnement du logiciel
Plates-formes

Firefox 3.5+ for Windows, Mac, ou GNU/Linux.
Zotero n'est pas compatible avec les versions précédentes de Firefox.

Depuis la V3, Zotero est disponible sous deux configurations:

  • Zotero pour Firefox
  • Zotero Standalone ( Windows, Mac OS X et GNU/Linux). Pour la version Standalone, outre la connexion Firefox, des connecteurs pour Google Chrome et Safari sont également disponibles.

Plugins traitement de texte : non compatible avec Word 2010 Starter Edition. Pour  Mac en version Standalone, la configuration requise est Mac OS X 10.6 ou plus récent.

Logiciels connexes
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement
Eléments de pérennité

Ce logiciel libre est soutenu financièrement et a du succès.

Références d'utilisateurs institutionnels
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)
  • Ipad/Iphone : il existe depuis la V3 une application mobile (payante) ZotPad,  pour un accès basique aux références de sa bibliothèque (application non testée)
  • SPIP :  le plugin ZotSpip permet de synchroniser un site web sous SPIP avec une bibliothèque (personnelle ou partagée) Zotero
  • Certains URFIST proposent des formations pour gérer ses références bibliographiques avec Zotero.
Contributions

Une page https://www.zotero.org/getinvolved/ recense les contributions possibles.

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 25/12/12
  • Correction mineure : 25/12/12
Mots-clés

Open-PALM : Projet d'Assimilation par Logiciel Multiméthode : coupleur dynamique parallèle

Description
Fonctionnalités générales

Open-PALM est un coupleur très largement utilisé par la communauté scientifique dans des domaines très différents comme l’assimilation de données, le couplage de modèles parallèles, l’emboitement de modèles. C’est un coupleur dynamique (un composant peut être lancé au cours de la simulation et rendre ses ressources lorsqu’il a terminé) et parallèle (Open-PALM attribue le nombre de processus nécessaires à chaque unité de calcul et autorise un parallélisme de tâche). Il offre ainsi une très grande souplesse pour essayer différentes stratégies de couplage et équilibrer les charges sur un calculateur.
La programmation des applications Open-PALM se fait au travers d’une interface graphique utilisateur (IHM PrePALM). Dans cette interface, on s’applique dans un premier temps à définir l’algorithme de couplage : nombre de composants, organisation séquentielle ou parallèle, codage des boucles autour des composants, gestion des ressources. Dans un second temps les communications effectives entre les composants sont décrites. Tous les mécanismes de synchronisation, de gestion de la mémoire, inhérents au calcul parallèle sont présents à ce niveau pour programmer des applications fonctionnelles et efficaces.

Autres fonctionnalités

Pour optimiser les développements, Open-PALM offre une boîte à outil qui interface les opérations d’algèbre linéaire comme des gradients conjugués pour la minimisation ou toutes les routines de base des librairies mathématiques les plus utilisées (BLAS et LAPACK). Cette boîte à outil s’enrichit peu à peu de fonctions génériques comme l’interpolation spatiale des données. Toutes ces opérations sont accessibles directement via l’interface graphique PrePALM.
Open-PALM offre de plus la possibilité de suivre en temps réel et de manière graphique l’évolution des calculs et l’utilisation des ressources cpu et mémoire.
Le coupleur peut aussi être facilement instrumenté pour calculer les performances globales de l’application parallèle. Des statistiques sur le temps cpu ou elapsed passé à l’exécution des composants, dans les communications, etc, permettent d’optimiser les applications couplées dans leur phase de mise au point.
Il dispose également d'outils de débogage pour visualiser le contenu des champs échangés, rejouer l’application pour voir à quel moment une erreur est survenue.
Pour les utilisateurs ne disposant pas de MPI-2 sur leur machine de calcul, Open-PALM est disponible dans une version MPI-1.
Les utilisateurs ont la possibilité de coupler des codes de calculs dont le code source n'est pas disponible en utilisant des librairies dynamiques.
Une librairie d'interpolations parallèles, développées par l'ONERA, est interfacée dans Open-PALM

Interopérabilité

Les différents langages compilés (C, C++, Fortran) sont supportés. Les langages interprétés comme Perl, Python, Tcl ou octave le sont également.
PrePALM permet de faire de la lecture / écriture sur des fichiers NetCDF.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Open-PALM compte maintenant plus de deux cent utilisateurs en France et à l’étranger qui se répartissent pour moitié sur des problèmes d’assimilation de données (océanographie, hydrologie, chimie, neutronique ) et pour une autre moitié sur des problème de couplage multi-physique plus classiques (mécanique de fluides et des structures, rayonnement, approche par composants, optimisation de forme, imbrication de modèles,…).

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Open-PALM dispose d'une interface graphique très conviviale, le coupleur a été conçu pour développer un couplage dynamique parallèle de façon intuitive. Cependant, il offre un tel nombre de possibilités et de réglages qu'un nouvel utilisateur a généralement besoin d'une formation pour se familiariser avec les différentes fonctionnalités du coupleur.
La formation de base dure trois jours et se tient régulièrement au CERFACS. Sur demande elle peut être organisée chez les utilisateurs.
Des sessions spécifiques ciblées sur des domaines d'applications précis peuvent être organisées sur demande.

Environnement du logiciel
Plates-formes

Linux, UNIX, Super calculateurs, Mac OSX

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

PALM est un coupleur développé par l'équipe Global Change and Climate Modeling du CERFACS, URA CNRS 1875.
Le CERFACS est une Société Civile qui travaille à la résolution, par la modélisation et la simulation numérique, des problèmes scientifiques nécessitant le recours aux moyens de calcul les plus puissants. Il associe de manière interdisciplinaire, pour la recherche comme pour la formation avancée, des physiciens, des mathématiciens appliqués, des numériciens et des ingénieurs.

Références d'utilisateurs institutionnels
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Le support (installation et utilisation) est assurée par l'équipe de développement d'Open-PALM dans la mesure où l'utilisateur a suivi la formation.
Pour la formation, voir http://www.cerfacs.fr/globc/PALM_WEB/EN/BECOMEAUSE...

Documentation utilisateur

La documentation (version Fr et En) est accessible ici :
http://www.cerfacs.fr/globc/PALM_WEB/EN/DOCUMENTS/...

Contributions

Prendre contact avec l'équipe Open-PALM du CERFACS, palm [at] cerfacs [dot] fr

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 18/11/10
  • Correction mineure : 18/11/10
Mots-clés

Qtiplot : tableur et traceur de graphes 2D et 3D

Description
Fonctionnalités générales

Qtiplot est un logiciel qui implémente d'abord les fonctionnalités d'un tableur : à partir d'une table de 2 colonnes et plus, on pourra tracer des graphes 2D de corrélation entre les valeurs respectives des paramètres contenues dans ces colonnes.
Il permet également, en utilisant du calcul matriciel de tracer des graphes 3D, possède des fonctions d'analyse des données : statistiques par colonnes, par rangées, tri des données, de lissage, permet de dériver ou d'intégrer des données, de calculer et tracer des transformées de Fourier rapides.

Autres fonctionnalités
  • Importation de projets Origin
  • Utilisation de scrypts Python ou muParser
  • Une fonctionnalité intéressante pour les biochimistes est de pouvoir faire des régressions non linéaires de données expérimentales pondérées par les barres d’erreurs (permet de déterminer des paramètres de fixation protéine/ligand ou des paramètres de cinétique enzymatique).
Interopérabilité

Les scripts muParser sont inclus dans plusieurs logiciels scientifiques du domaine public :

  • kst : traceur de données scientifiques pour Linux KDE, muParser est utilisé par le plugin Marquardt Levenberg
  • Transition Maker 2 : crée des séquences de transition pour le traitement video (MS Windows)
  • Trininaut : un lanceur de programmes avec des extra features (Platform: WinXP, Win2K)
  • muParser est utilisé dans l'application DS4' MatriX , un logiciel pour gérer les systèmes de laser. (Platform: Linux)
  • Geodes Geodes est un nouveau logiciel dynamique géometrie pour Mac OS X.

Les projets et fichiers matrices, feuilles de calcul et graphes d'Origin (*.OPJ, *.OGM, *.OGW et *.OGG, ) peuvent être importés sous Qtiplot ; en revanche l'exportation de fichiers Qtiplot vers d'autres formats, si elle est prévue (il existe une option de menu pour cela) ne semble pas encore implémentée dans la version décrite.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

QtIplot est utilisé en remplacement d'Origin sur les machines Linux ou sous Windows quand il y a trop d'utilisateurs pour le nombre de licences.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Problèmes liés à l'installation :

  1. Installation à partir d'installeurs binaires

    • Il n'est possible de télécharger des binaires pour Linux, Windows et Mac-OS qu'en souscrivant un contrat de maintenance "single-user binaries maintenance contract" ou "multi-user binaries maintenance contract" pour un coût assez faible (20 € pour une licence seule , 150 € pour 10 licences, 250 € pour un nombre illimité d'installations) avec un support technique minime (respectivement 2 heurs, 12 heures et 24 heures par an).
    • Installation sous Windows : la version QtiPlot 0.9.2 nécessite l'installation préalable de Python 2.5 ;
    • lors de l'installation de la version 0.9.7.3 , j'avais déjà Python 2.5 préinstallé mais je suppose qu'il est toujours nécessaire d'installer Python 2.5 préalablement.
    • Installation sous Linux : des binaires aux formats RPM ou DEB sont téléchargeables, pour les versions 0.9 , 0.9.1 et 0.9.2 . Pour Fedora 6 et 7 il est indispensable d'installer Python 2.5 au préalable car la version disponible dans la distribution est antérieure.
    • même remarque pour l'installation des versions 0.9.7 sous Linux que pour l'installeur Windows.
  2. Installation par compilation de l'application
    Qtiplot est disponible gratuitement à partir des sources, toutefois sa compilation sous Linux n'est pas triviale et nécessite un grand nombre de dépendances dont beaucoup ne sont pas fournies selon les distributions.

Dépendances:
QtiPlot utilise les bibliothèques : Qt (4.4.0), Qwt (5.1.1), QwtPlot3D, GSL, muParser, zlib (1.2.3), et liborigin.
Pour permettre l'utilisations de scripts Python, QtiPlot utilise Python 2.5, SIP (4.7.6) et PyQt (4.4.2).

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

Disponible dans les dépôts universe d’Ubuntu.
Les versions 0.9.7.3 sont téléchargeables sous forme binaire pour Windows, MacOS X et linux (tar.bz2) , pour Linux les installeurs 0.9.7.1 sont disponibles en fichiers rpm et deb.

Plates-formes

Windows, Linux, MacOS-X, systèmes i386 et x86_64

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Ce projet a été initié par Ion Vasilief en 2000. Depuis 2006, de nouveaux contributeurs l'ont rejoint et le projet est hébergé par BerliOS Developper.

Eléments de pérennité

Alors que les premières versions n'existaient qu'en anglais et en allemand, puis en russe et en espagnol, les versions 0.9.7 de Qtiplot sont disponibles également en français, en suédois en bientôt en japonais.
Qtiplot 0.9.8.3 existe aussi en version beta pour Windows et MacOS-X.
Sous Debian et les distributions qui en dérivent (Ubuntu / kubuntu ...) qtiplot peut être installé automatiquement avec la commande "apt-get install qtiplot"

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Il existe 3 forums anglophones hébergés par l'Université de Berlin : https://developer.berlios.de/forum/?group_id=6626

  • Developers : relatif à la programmation,
  • General Discussion : pour tous les sujets,
  • Help : pour les besoins d'aide et partager les "trucs et astuces".
Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)

QtiPlot peut être integré à LaTeX, standard de fait de publication scientifique: les feuilles de calcul peuvent être exportées sous forme de tables .tex et les plots peuvent être exporté comme figures .tex utilisant les systèmes graphiques TikZ/Pgf .

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 18/02/13
  • Correction mineure : 16/03/13
  • Rédacteur de la fiche : David Allouche - un des concepteurs du logiciel - BIA toulouse (INRA, INRIA, CNRS)
  • Relecteur(s) : Emmanuel Courcelle (LIPM)
  • Contributions importantes : Christophe Caron (MIG INRA Jouy-en-Josas)
  • Responsable thématique : Christelle Dantec (CRBM)
Mots-clés
Pour aller plus loin
Fiche en recherche de repreneur
Cette fiche est en recherche d'un repreneur. Si vous êtes intéressé(e)s, contactez-nous !

BioMAJ : moteur de workflows pour la synchronisation des données (en biologie notamment)

Une fiche Dév Ens Sup est en relation avec cette fiche, consultez-la pour plus d'informations : BioMAJ
Description
Fonctionnalités générales

BioMaJ (Biologie Mise A Jour) est un moteur de workflows dédié à la synchronisation puis au traitement de données. L’application peut gérer une masse de données importante et des workflows de post-traitements relativement complexes: typiquement, l'indexation de banques de données peut constituer un post-traitement. Une des motivations de son développement a été la mise en place d'une démarche qualité pour la maintenance des données de séquence biologiques.
Initialement conçue pour traiter des données de biologie, BioMaJ est généraliste et peut être utilisée dans tout domaine ayant à gérer des données massives et distribuées, qui nécessitent des consolidations puis des traitements.
Elle peut également être utilisée simplement pour synchroniser les données entre un appareillage disposant d’un server ftp et un serveur central unix: l’avantage est alors une traçabilité complète des sessions réalisées. Enfin dans un autre registre BioMaJ peut être utilisé pour déployer des données sur une frontale de calcul en vue de leur traitement. Ce mode d'utilisation est maintenant facilité par son interface graphique (biomajwatcher), qui permet selon son groupe et ses droits :

  • d’administrer,
  • de consulter,
  • de post-traiter,
  • ou de planifier la mise à jour de source de données publiques (visibles de tous) ou privées (visibles uniquement d'un utilisateur ou d'un groupe) 

L'application est disponible pour les principales distributions linux.

Autres fonctionnalités
  • Synchronisation
    • Support de protocoles variés (ftp, sftp, rsync , local copy, AmazonS3, Http direct URL download)
    • Sélection de tout ou parti des données de la source via des expressions régulières.
    • Reprise sur erreur lors de la synchronisation et des post-traitements
    • Vérification de l'intégrité des données transférées
    • Multi threading
    • Normalisation de l'organisation des versions et des données
  • Post processing
    • Formalisme facile mais avancé de description de workflows (D.A.G)
    • Post-process d'indexation prêts à l'emploi pour de multiples applications bioinformatiques (blast, srs, fastacmd, readseq, etc.)
    • Intégration aisée de script de post- traitements personnel dans le langage de votre choix
  • Supervision
  • interface d'analyse des log
    • Génération automatique de rapports d'exploitation du logiciel au format html
    • incluant différentes statistiques représentées sous forme de Graphes, notamment :
    • de suivi d'évolution du dépôt global
    • de suivi d'évolution individuelle pour chaque source maintenue
    • Envoi d'un courriel lors de l'exécution d'un cycle de mise à jour
    • Interrogation en ligne du contenu du dépôt

Un éventail important de fichiers de description de workflows pour la récupération et l'indexation de banques de données biologiques est disponible sur le site du projet (Genbank, PDB, EMBL, Swissprot, génomes complets, tant eucaryotes que procaryotes, ....). Des scripts d'indexation ou de conversion de format pour une dizaine d'outils bioinformatiques sont également mis à disposition.

la dernière version inclut des nouvelles interfaces pour :
* la consultation et l'administration (Bmajwatcher)
* la maintenance de banque privées visible par un utilisateur
* le déport automatique de calcul de post-processus via un système de queue
* la gestion des dépendances entre banques
* une interface permettant la planification des mises à jours de banques
* l'application supporte maintenant la connexion aux cloud Amazon et google

Interopérabilité

BioMAJ est compatible avec les OS de base UNIX disposant de java 1.6.x et ant 1.7.
BioMAJ n'est pas compatible avec les OS Microsoft car l'application utilise des liens symboliques ( sur des fichiers et des répertoires).

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

BioMaJ est déjà utilisée par trois plates-formes bioinformatique depuis 2007, ou il maintient environ une soixantaine de banques biologiques (genbank , embl, swissprot, genomes, pdb ...) occupant plusieurs Téraoctets.
En résumé BioMaJ permet de:

  • Réaliser le mirroring de données distantes ou locales
  • Automatiser des traitements sur les données (via des post-processus fournis ou vos propres script de traitement)
  • Si on inverse le référentiel, l'application peut être utilisée pour déployer des données en vue de leur traitement sur un serveur distant
  • Il peut être aussi utilisé pour maintenir la mise à jour de logiciel non distribué sous aptitude ou yum

Vous pouvez consulter un rapport d'exécution en cliquant ici.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes
  • Le mode block de rsync n'est pas supporté.
Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

debian sid , ubuntu

Plates-formes
  • BioMaJ a été développé en Ant et java, elle supporte donc une grande variété de systèmes UNIX : distributions linux, solaris, MacOS X, BSD.
  • L'application ne fonctionne pas sous les OS Microsoft car elle utilise des liens dans la phase de synchronisation des données.
Logiciels connexes
  • Java
  • ant
  • wget
  • tar
  • gzip
  • bzip
  • unzip
  • tomcat
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

Pas d'équivalent incorporant l'ensemble des fonctionnalités.

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

BioMAJ est le fruit d'une collaboration entre des membres issus de 3 équipes de recherche françaises :

Eléments de pérennité
  • Technologie java
  • Protocoles de communication standards
Références d'utilisateurs institutionnels

L’application est utilisée sur trois plates-formes bioinformatiques françaises (INRA, INRIA, CNRS) pour assurer la maintenance des principales banques de données biologiques mises à disposition par la communauté scientifique internationale.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur
  • Un manuel d'utilisation complet ainsi qu'un tutoriel d'installation sont disponibles sur le site.
  • L'application est distribuée avec un ensemble d'exemples de workflows de maintenance des principales banques de données biologiques.
  • Plusieurs post-processus sont également disponibles.
Contributions

L'objectif de la fiche plume est de promouvoir l'utilisation de BioMAJ et éventuellement de mutualiser les workflows de maintenances de sources de données pour les banques de données publiques (en biologie ou autres disciplines: chimie , physique, spatial, ...).
Les besoins de contribution sont :

  • Ecriture de nouveaux workflows pour des sources de données publiques en biologie, mais surtout dans d'autres disciplines
  • Ecriture de scripts de pré ou post-processus pour effectuer des traitements métiers sur les données.
  • Développement d'interfaces hommes-machines pour l'édition de workflows.

Si vous voulez contribuer, vous pouvez contacter les membres du projet à l'adresse mail : biomaj_AT_genouest.org

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 12/08/11
  • Correction mineure : 12/08/11
Mots-clés
Pour aller plus loin

VTK : The Visualization ToolKit, visualisation de gros volumes de données 2D ou 3D

  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Téléchargement
  • Version évaluée : 5.4.2
  • Langue(s) de l'interface : anglais
  • Licence : BSD

    Copyright Notice VTK has a generous open-source copyright modelled after the BSD license. Yes, you can use VTK in commercial products. The complete text of the copyright follows.
    Copyright (c) 1993-2005 Ken Martin, Will Schroeder, Bill Lorensen
    All rights reserved.

Description
Fonctionnalités générales

La librairie VTK est une puissante bibliothèque graphique permettant de visualiser de gros volumes de données 2D ou 3D. Très fréquemment utilisée dans de nombreux domaines (physique, chimie, médecine, mathématiques...), elle bénéficie d'une évolutivité très importante et de développeurs très réactifs. VTK est une librairie écrite en C++ dont le rendu des images utilise OpenGL ( http://www.opengl.org/ ), elle peut être utilisée soit directement via les langages C++, Python, TcL ou Java, soit indirectement via des interfaces graphiques telles que Paraview (écrite en TcL) ou Mayavi (écrite en Python).

Autres fonctionnalités

Librairie multiplateformes : Unix, MAC OS X et Windows.
Utilisable sur une architecture parallèle.
Gestion du niveau de détail des images produites.
Possibilité de suivre un calcul en temps réel grâce à une visualisation en directe des résultats.

Interopérabilité

On peut nativement utiliser la librairie VTK via les langages interprétés suivants : Tcl-Tk, Python ou Java.
Plusieurs types de fichiers de données sont supportés (AVS, EnSight,...). VTK possède également ses propres fichiers d'entrée/sortie : soit dans un format "traditionnel", soit dans un format utilisant des balises XML (à préférer).

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Visualisation des maillages et de ce que l'on calcule dessus (Mathématiques, Physique, Mécanique des Fluides, Géophysique, ...).
Visualisation de molécules (Biologie Moléculaire, Chimie) ou visualisation de résultats issus de méthodes particulaires (Mécanique des Fluides).
Visualisation d'images médicales (Médecine).

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

Mandriva par exemple mais il est généralement préférable de compiler la librairie manuellement (nécessite l'utilitaire cmake), les distributions Debian et Ubuntu récentes.
MacOs : package fink ou darwinports

Plates-formes

Unix, MAC OSX et Windows

Logiciels connexes

Paraview : interface graphique écrite en TcL ( http://www.projet-plume.org/fr/fiche/parallel-visu... ).
Mayavi : interface graphique écrite en Python ( https://svn.enthought.com/enthought/wiki/MayaVi ).
VisIt : http://www.projet-plume.org/fr/fiche/visit-visuali...

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Kitware, Inc.

Eléments de pérennité

C'est la librairie graphique la plus utilisée actuellement. Très large communauté d'utilisateurs et de développeurs.

Références d'utilisateurs institutionnels

Laboratoire de Mathématiques de l'Université Paris-Sud
Ecole Centrale de Paris (MAS)
Librairie disponible dans de nombreux centres de calcul : IDRIS, CRIHAN,...

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Une liste de diffusion très active : http://public.kitware.com/mailman/listinfo/vtkusers

Documentation utilisateur

Une documentation html et de très nombreux exemples de codes : http://www.vtk.org/doc/nightly/html/
Deux livres :
The Visualization Toolkit An Object-Oriented Approach To 3D Graphics, 4th Edition, Will Schroeder, Ken Martin, Bill Lorensen, ISBN 1-930934-19-X, Kitware, Inc. publishers.
The Visualization Toolkit User's Guide Kitware, Inc., ISBN 1-930934-18-1, Kitware, Inc publishers.
Un petit cours avec exemples et TP pour démarrer : http://www.math.u-psud.fr/~faure/

Contributions
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 10/04/10
  • Correction mineure : 13/01/11
Mots-clés
Pour aller plus loin
  • Fiches logiciel PLUME connexes : ,

phpMyResa : réservation de ressources (salles...)

Une fiche Dév Ens Sup est en relation avec cette fiche, consultez-la pour plus d'informations :
Description
Fonctionnalités générales

Gestion de la réservation de ressources (salles de réunion, salles de cours, véhicules, matériel multimédia…)

Autres fonctionnalités

Les demandes de réservation sont validées par le gestionnaire du type de ressource qui est prévenu par mail. Un mot de passe associé à la réservation permet au propriétaire d'effectuer des modifications ou d'annuler.
L'intégration d'un calendrier au format iCal est proposée.

Interopérabilité

Webservices au format SOAP en cours de développement. Utilisation prévue avec INDICO ( http://indico.cern.ch ) et le système de gestion de vidéoconférences RMS ( http://rms.in2p3.fr )

Environnement du logiciel
Plates-formes

Toute plate-forme Web (Linux, Mac, Windows)
Nécessite l'installation d'un serveur web, de PHP et d'une base de données mysql (postgresql et oracle sont aussi supportées)

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

Une liste est disponible sur le site : http://www.ecdeveloppement.net/grr.htm
sinon :
- mrbs : http://mrbs.sourceforge.net/
- grr : http://grr.mutualibre.org/ (Gestion et Réservation de Ressources), issu initialement de mrbs

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

EPST : CNRS-IN2P3

Eléments de pérennité

Utilisation dans la majorité des laboratoires de l’IN2P3. Evolution permanente du logiciel.

Références d'utilisateurs institutionnels

995 téléchargements : IN2P3, CNRS, Education Nationale, rectorats, lycées, mairies, associations diverses, …
Des téléchargements depuis l'étranger sont maintenant visibles

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

phpmyresa-l [at] in2p3 [dot] fr (en français)

Documentation utilisateur

Dans chaque installation il existe un lien ‘Aide ?’ et un lien ‘Tutorial’ – en anglais et en français

Divers (astuces, actualités, sécurité)

Il faut se créer un compte pour pouvoir télécharger le logiciel.
La version 4.0 intègre une procédure d'installation et de mise à jour, ainsi qu'une interface de configuration.

Contributions

Logiciel en PHP, le code est fourni, donc possibilité de contributions

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 16/11/12
  • Correction mineure : 11/02/15
  • Rédacteur de la fiche : Teresa Gomez-Diaz - LIGM (Université Paris-Est Marne-la-Vallée, CNRS, ESIEE)
  • Relecteur(s) : Sébastien Paumier (IGM-LabInfo)
  • Contributions importantes : Sébastien Paumier (Université Paris-Est Marne-la-Vallée) et responsable du projet logiciel a participé à la rédaction. La relecture a été faite par Patrick Watrin (UCL Belgique) et Denis Maurel (Université de Tours) mais off-line.
  • Responsable thématique : Raphaël Tournoy (Centre pour la Communication Scientifique Directe)
Mots-clés
Pour aller plus loin
  • Mots-clés principaux : corpus

Unitex : traitement de corpus utilisant des technologies à états finis

  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Téléchargement
  • Version évaluée : 3.0 - sept. 2012
  • Langue(s) de l'interface : anglais
  • Licence : LGPL

    Le code d'Unitex est en LGPL.
    Les ressources linguistiques distribuées avec le logiciel sont sous licence LGPLLR, une licence développée par l'Université de Marne-la-Vallée et validée par la FSF comme l'équivalent de LGPL pour des données linguistiques.
    http://igm.univ-mlv.fr/~unitex/lgpllr.html

  • Origine du développement : LIGM
Une fiche Dév Ens Sup est en relation avec cette fiche, consultez-la pour plus d'informations : Unitex
Description
Fonctionnalités générales

Ce système permet de construire des ressources linguistiques telles que des dictionnaires électroniques et des grammaires et de les utiliser pour effectuer des recherches complexes dans des textes et de construire des concordances.

Autres fonctionnalités
  • Traitement de l'ambiguïté lexicale par automates
  • Utilisation de tables de lexique-grammaire
Interopérabilité

Tous les formats utilisés sont décrits en détails dans le manuel d'utilisation.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Unitex est utilisé au laboratoire LIGM pour la construction et la maintenance de ressources linguistiques (dictionnaires et grammaires).
Il permet également d'exploiter ces ressources en les appliquant sur des textes, ce qui autorise la recherche d'expressions complexes et la construction de concordanciers.
Cet aspect du système est à la base de nombreuses applications, dont les plus importantes sont le repérage de séquences (par exemple, entités nommées), l'extraction d'informations, le filtrage et le routage de documents, etc.
Il est au centre du projet Infomagic : http://fr.wikipedia.org/wiki/Infomagic

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Les versions ultérieures à la version 1.2 requièrent Java 1.6.

Environnement du logiciel
Plates-formes

Système multi-plateforme testé avec succès sur toutes les versions de Windows, ainsi que sous Linux, MacOS et Sparc.
Note : les versions <= 1.2 ne supportent pas Windows Vista.

Logiciels connexes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Développement coopératif grâce à un serveur SVN. Le principal développeur est Sébastien Paumier (Université Paris-Est), et d'autres personnes collaborent au développement, en particulier à Paris-Est (Marne-la-Vallée), Münich, Louvain-la-Neuve, Tours, ainsi que dans certaines universités brésiliennes.

Eléments de pérennité

La combinaison logiciel libre+développement coopératif via SVN permet d'éviter une dépendance de l'auteur principal. De plus, les langages de programmation utilisés (C/C++ et Java) ont été choisis pour leur portabilité et leur stabilité d'utilisation dans le temps.

Références d'utilisateurs institutionnels

Utilisé pour la recherche dans une cinquantaine d'universités et centres de recherche, notamment :

Utilisé comme base de travail pour le projet Outilex : http://www.projet-plume.org/relier/outilex

Très utilisé à Louvain-la-Neuve, dans des projets industriels et de recherche :

Utilisé dans le projet Prolex à Tours : http://tln.li.univ-tours.fr/Tln_Unitex.html

Utilisé pour enseigner aux Universités de Munich, Tours, Paris 7, Algarve, Lisbonne, Belgrade....

La liste d'entreprises qui utilisent Unitex et d'autres collaborateurs institutionnels complètent ces informations.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

La liste unitex-users [at] univ-mlv [dot] fr n'est plus active, les messages ont été archivés :
http://igm.univ-mlv.fr/~unitex/index.php?page=15

Forum Unitex-Gramlab :
https://groups.google.com/forum/#!forum/unitex-gramlab
http://igm.univ-mlv.fr/~unitex/index.php?page=5

Système de suivi des anomalies d'Unitex-Gramlab :
http://gforgeigm.univ-mlv.fr/tracker/?group_id=33
http://igm.univ-mlv.fr/~unitex/index.php?page=6

Documentation utilisateur

Manuel d'utilisation de la version 3.1beta en anglais : http://igm.univ-mlv.fr/~unitex/UnitexManual3.1.pdf
Manuel d'utilisation de la version 3.1beta en français : http://igm.univ-mlv.fr/~unitex/ManuelUnitex3.1.pdf

Anciennes versions :
Manuel d'utilisation de la version 2.1 en anglais : http://igm.univ-mlv.fr/~unitex/UnitexManual2.1.pdf
Manuel d'utilisation de la version 2.0 en anglais : http://igm.univ-mlv.fr/~unitex/UnitexManual2.0.pdf
Manuel d'utilisation de la version 1.2 en français et anglais, plus une traduction partielle en portugais.

Contributions

Il y a une page web qui décrit la marche à suivre pour apporter une contribution linguistique ou informatique :
http://igm.univ-mlv.fr/~unitex/your_contribution.html

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