biologie

Logiciels (logiciels libres en majorité) ou ressources (liées aux logiciels) utiles aux chercheurs et enseignants en biologie
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 26/10/13
  • Correction mineure : 26/10/13
Mots-clés

X!TandemPipeline : filtrage, édition, regroupement de résultats d'identifications MS

Une fiche Dév Ens Sup est en relation avec cette fiche, consultez-la pour plus d'informations : X!TandemPipeline
Description
Fonctionnalités générales

X!TandemPipeline est une interface graphique permettant la visualisation, l'analyse et l'export des résultats de recherche en banque de données, produits par le logiciel X!Tandem à partir d'informations MS/MS.

X!TandemPipeline utilise le logiciel X!Tandem pour le traitement des spectres MS/MS et l'identification des peptides dans une banque de données de séquences protéiques. Il offre la possibilité de définir facilement une liste complète de paramètres d'interrogation des banques de données et permet d'interroger plusieurs banques simultanément. Il permet de lancer plusieurs interrogations simultanément.

X!TandemPipeline permet également de filtrer les résultats d'identification selon des seuils statistiques ajustables, et de gérer efficacement la redondance d'information dans de très larges quantités de données grâce à un algorithme de regroupement original.

X!TandemPipeline est aussi une interface qui offre la possibilité de visualiser et d'éditer les résultats MS/MS.

Autres fonctionnalités
  • L'interrogation des listes de spectres peut être réalisée à partir de formats de "peak-lists" libres tels que mzXML, mgf, mzDATA, etc.
  • Le filtrage des résultats peut être effectué à partir de fichiers XML générés par X!Tandem ou à partir de fichiers DAT générés par le logiciel MASCOT
  • X!TandemPipeline est une interface permettant de filtrer des données de phosphoprotéomique complexes
  • X!TandemPipeline permet l'export des résultats sous différents formats (Microsoft Office 2010, OpenOffice et LibreOffice)
  • X!TandemPipeline permet l'export des résultats au format MassChroQml (compatible avec le logiciel MassChroQ) pour la quantification des peptides identifiés
  • X!TandemPipeline permet l'export des séquences des protéines identifiées dans un format standardisé de type FASTA
Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service
  • Analyse large-échelle des protéomes et phosphoprotéomes
  • Analyse comparée de grandes séries d'échantillons de type bandes de gel SDS-PAGE
Environnement du logiciel
Logiciels connexes

X!Tandem

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Plateforme PAPPSO

Références d'utilisateurs institutionnels
  • INRA
  • UR1268 BIA - Plate-forme IBiSA « Biopolymères, Biologie Structurale » (BIBS)
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Souscription possible à la liste de diffusion "pappso-tool" à http://pappso.inra.fr/mailinglist.php

Documentation utilisateur

Documentation en anglais disponible à http://pappso.inra.fr/bioinfo/xtandempipeline/docu...

Contributions
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 26/10/13
  • Correction mineure : 26/10/13
Mots-clés
Pour aller plus loin

MixNet/MixeR : statistiques : Mixture Models for Networks

Une fiche Dév Ens Sup est en relation avec cette fiche, consultez-la pour plus d'informations : MixNet/MixeR
Description
Fonctionnalités générales

MixNet signifie Mixture models for Networks. C'est un logiciel permettant d'établir une classification non supervisée des noeuds d'un graphe en utilisant un modèle de classification non supervisée fondé sur les mélanges de distributions. Ce modèle fait l'hypothèse que les noeuds du réseau d'intérêt sont répartis en plusieurs classes cachées (ou couleurs) qui mettent en lumière des profils de connectivité spécifiques. Nous proposons plusieurs algorithmes d'estimation des paramètres du modèle et des probabilités d'appartenance aux classes pour chaque noeud, ainsi qu'un critère statistique de choix du nombre de classes (couleurs).

  • MixNet correspond au programme en ligne de commande,
  • MixeR correspond au package R associé.
Autres fonctionnalités

Des éléments pour la représentation des résultats (réseaux avec classes colorées) sont proposés.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Analyse statistique de réseaux biologiques et sociaux.

Environnement du logiciel
Plates-formes
  • Unix-like (installation du package R ou du programme en ligne de commande)
  • Mac et Windows (installation du package R)
Logiciels connexes
  • R (optionnel sous les systèmes Unix-like)
  • Cytoscape (optionnel)
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

MixNet/MixeR est une réalisation conjointe des membres du groupe Statistics for Systems Biology.

Eléments de pérennité

MixNet/MixeR est developpé et maintenu sur la plateforme collaborative Mulcyber.

Environnement utilisateur
Documentation utilisateur
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 21/09/13
  • Correction mineure : 21/09/13
Mots-clés

cluster : classification hiérarchique, k-means... pour données de puces à ADN

Description
Fonctionnalités générales

Logiciel qui permet de réaliser différentes méthodes d'analyses non-supervisées de données de puces à ADN, cela comprend la classification hiérarchique, les cartes de Kohonen (SOMs), les nuées dynamiques (k-means) et l'analyse en composantes principales. Les méthodes de classification hiérarchique (lien unique, lien moyen et lien complet) peuvent être notamment réalisées en utilisant différentes mesures de similarité (distance de corrélation centrée ou non centrée, corrélation des rangs de Spearman, Tau de Kendall, ...). L'application originale de ce logiciel aux données de puces à ADN est publiée : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9843981

Autres fonctionnalités

Le logiciel permet aussi de filtrer les données (pourcentage de valeurs présentes, écart type, ...) et d'appliquer divers traitements (centrage médian des gènes, transformation logarithmique, ...) avant classification.

Interopérabilité

Les données d'expression initiales (fichier texte tabulé standard) correspondent à une matrice (gènes, échantillons) où chaque colonne correspond à une condition expérimentale et chaque ligne correspond à un gène. Généralement, la première colonne est réservée aux identifiants de sondes (ou gènes) et la première ligne aux identifiants des échantillons. Chaque élément de la matrice correspond à la valeur d’expression d'un gène dans un échantillon.

Pour réaliser une classification hiérarchique sur des données de RNA-Seq, se référer à la documentation de DESeq, DESeq2 et EdgeR (bioconductor, R) : http://www.bioconductor.org/

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Gourmand en mémoire vive - RAM : 4N² octets avec N = nombre de gènes

Environnement du logiciel
Logiciels connexes

Visualisation des résultats avec Treeview (http://rana.lbl.gov/EisenSoftware.htm) ou JavaTreeview (http://jtreeview.sourceforge.net/)

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Références d'utilisateurs institutionnels
  • Plate-forme Montpellier GenomiX
  • Plate-forme Puces à ADN de Nantes
  • Équipe Génomique et Biothérapies - Institut du thorax
Environnement utilisateur
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 05/11/12
  • Correction mineure : 24/11/13
  • Rédacteur de la fiche : Nicolas Darcel - AgroParisTech dept. Sciences de la Vie et Santé (AgroParisTech, INRA)
  • Relecteur(s) : Jessica Schwarz (Nutrition, Metabolism and Genomics Group, Division of Human Nutrition, Wageningen University)
    Julien Barthelemy (IJPB)
  • Responsable thématique : Christelle Dantec (CRBM)
Mots-clés
Pour aller plus loin
  • Fiches logiciel PLUME connexes :

Free-D : reconstitution 3D et analyse des structures biologiques

Une fiche Dév Ens Sup est en relation avec cette fiche, consultez-la pour plus d'informations :
Description
Fonctionnalités générales
  • Reconstitution tri-dimensionnelle statistique et exhaustive d'objets biologiques à partir de piles d'images (p.ex. coupes histologiques)
  • Calcul de densité de présence d'objets dans un territoire 3D
  • Représentations tri-dimensionnelles d'objets et de moyennes d'objets
  • Représentations tri-dimensionnelles et de cartes de densité d'objets dans un volume
  • 2D -> 3D
Autres fonctionnalités
  • Traitement des métadonnées
  • Segmentation et pointage
  • Comptage d'objet
Interopérabilité

Format des images : tiff ; le logiciel génère des descripteurs (métadonnées) donc ne modifie pas les images. il produit des fichiers ".txt" ainsi que des images des modèles (format .png).

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

L'utilisation principale de Free-D dans notre équipe est la reconstitution tri-dimensionnelle de régions du système nerveux central à partir des données obtenues par l'immunohistochimie. Le logiciel est aussi bien utilisé par des chercheurs que des ingénieurs, techniciens ou doctorants. Très simple d'utilisation, les fichiers d'aide sont bien documentés. Notre équipe de recherche travaille à produire une cartographie statistique et exhaustive des motifs d'activation dans le cerveau en réponse à des stimulations d'origine digestive. Facile à manipuler et intuitif, Free-D nous a permis d'établir des cartes d'activation neuronale précises à partir de données provenant de plusieurs animaux.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Des outils statistiques avancés intégrés sont manquants (notamment des tests statistiques d'objectivisation de recouvrement de territoires tri-dimentionnels)

Environnement du logiciel
Plates-formes

Linux (Debian, Ubuntu, Fedora, Suse),
Mac : Mac OSX 10.6
Windows

Logiciels connexes

des greffons pour gérer des piles d'image (voir sur le site web)

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

des plugins sous image J, mais ils restent moins performants

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Laboratoire de recherche INRA

Environnement utilisateur
Documentation utilisateur

Sur le site web, simple et actualisée régulièrement

Contributions

S'adresser aux membres de l'équipe de recherche

JeBiF : Jeunes Bioinformaticiens de France

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 20/09/12
  • Correction mineure : 22/03/13
Mots-clés

JeBiF : Jeunes Bioinformaticiens de France

Depuis 2008, JeBiF constitue une structure nationale, associée au Student Council de l’International Society for Computational Biology (ISCB) en tant que Regional Student Group, permettant le rassemblement des jeunes acteurs exerçant dans le domaine de la bioinformatique.

JeBiF s’est défini plusieurs objectifs, dont :

  • Le rassemblement des jeunes acteurs de la bioinformatique en France dans le but de créer une communauté active à portée nationale et internationale.
  • La stimulation des synergies locales et nationales en favorisant la mise en place de projets collaboratifs entre la recherche publique et les entreprises privées et en encourageant les partenariats entre ses membres afin de développer les activités scientifiques.
  • La promotion de la communauté française des bioinformaticiens auprès des institutions publiques, des entités privées et à l’international.
  • La communication auprès du grand public de cette discipline et des formations associées.
  • La défense et la promotion du doctorat.

Pour favoriser les rencontres entre acteurs de la bioinformatique, JeBiF organise différents types d’événements incluant :

  • les journées JeBiF consacrées aux Jeunes Bioinformaticiens à l’occasion des Journées Ouvertes de Biologie, Informatique, Mathématiques (JOBIM) organisées par la SFBI.
  • les petits-déjeuners JeBiF, organisés en sous forme de tables rondes, sont l’occasion de préparer l’insertion professionnelle en bioinformatique.
  • les JeBiF pubs, ce sont des soirées décontractées organisées dans différentes villes par les membres actifs. On y discute de tout et de rien, et même de bioinformatique...

Le site internet JeBiF permet de prendre connaissance de l'association, de son historique, ses statuts, son conseil d'administration et surtout de suivre son actualité.

SFBI, Société Française de BioInformatique

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 20/09/12
  • Correction mineure : 22/03/13
Mots-clés

SFBI, Société Française de BioInformatique

  • http://sfbi.fr
  • Type de ressource : projet / groupe, site web
  • Date de publication du document ou de l'événement : 2005
  • Auteur(s) ou responsable(s) : Conseil d'Administration composé de bioinformaticiens
  • Contact pour plus d'informations : contact@sfbi.fr

La Société Française de BioInformatique (SFBI) a été créée en 2005 pour promouvoir la recherche pluri- et inter-disciplinaire en Bioinformatique, à l'interface entre la Biologie moléculaire, l'Informatique, les Mathématiques et la Physique.

La SFBI a vocation à rassembler les chercheurs, enseignants et ingénieurs francophones qui travaillent sur des questions relevant de la bioinformatique, pour des rencontres et des échanges scientifiques.

La SFBI assure l'organisation des Journées Ouvertes de Biologie, Informatique, Mathématiques (JOBIM), conférence nationale annuelle de bioinformatique qui réunit de 300 à 500 personnes. Dans cette conférence sont présentés regulièrement des développements logiciels de la communauté, voir par exemple la séance Software Tools de JOBIM 2011 ou les démonstrations logicielles de JOBIM 2008.

La SFBI gère et diffuse la liste bioinfo et assure également la diffusion d'offres de recrutements, de stages et de thèses, et d'informations sur les formations en bioinformatique, sur les manifestations scientifiques nationales et internationales relevant de la bioinformatique.

Le site de la SFBI se veut une vitrine de la recherche et de la formation en bioinformatique en France. Son site internet donne la possibilité aux membres de la communauté de contribuer en ajoutant des informations (évènements, laboratoires et équipes de recherche, thèses et HDRs, offres d'emploi, stages, thèses, ...) ou en participant aux divers forums. Il contient la liste des plates-formes appartenant au Réseau National en Bioinformatique (ReNaBi).

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 12/09/12
  • Correction mineure : 12/09/12
Mots-clés

myProMS : validation, quantification et partage des données de spectrométrie de masse protéomique

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like
  • Version actuelle : 2.7.2 - 06/09/2012
  • Licence(s) : Licence propriétaire - Utilisation académique libre.
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Patrick Poullet, Guillaume Arras, Florent Yvon, Falaye Camara
  • Contact concepteur(s) : myproms@curie.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : INSERM-U900

 

Fonctionnalités générales du logiciel

myProMS est un outil multi-utilisateur (serveur web et base de données) dédié à la gestion, au traitement et au partage des données d'identifications protéiques issues de la spectrométrie de masse. Il accepte les résultats des moteurs de recherche Mascot (avec lequel il communique directement) et Proteome Discoverer.

Les données importées sont organisées en projet dont l'accès est dépendant des droits de chaque utilisateur. Les données d'identification peuvent être validées manuellement ou automatiquement selon différents critères. Une fois validées, les données deviennent accessibles aux différents collaborateurs du projet qui peuvent les analyser pour en extraire des informations biologiques pertinentes. Des fonctionnalités telles que la comparaison (de groupes) d'échantillons et l'enrichissement d'annotations sont proposées pour aider les utilisateurs dans l'interprétation des résultats.

Contexte d’utilisation du logiciel

myProMS est utilisé par les plates-formes et laboratoires de spectrométrie de masse qui souhaitent centraliser, traiter et partager avec leurs collaborateurs les résultats d'identification générés par les moteurs de recherche tels que Mascot et Proteome Discoverer.

Publications liées au logiciel
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 12/09/12
  • Correction mineure : 26/10/13
Mots-clés

X!TandemPipeline : filtrage, édition, regroupement de résultats d'identifications MS

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 3.3.0 - 7 juillet 2012
  • Licence(s) : GPL - v3
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Benoit Valot, Olivier Langella
  • Contact concepteur(s) : benoit.valot@moulon.inra.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : Génétique Végétale

 

Une fiche logiciel décrit plus en détail ce développement, consultez la pour plus d’informations : X!TandemPipeline
Fonctionnalités générales du logiciel

X!TandemPipeline est un logiciel libre qui propose une interface graphique pour visualiser et manipuler des résultats d'identifications de protéines par spectrométrie de masse (MS/MS).

Les principales fonctionnalités sont :

  • Identification de protéines avec le logiciel X!Tandem
  • Chargement de résultats d'identification au format Mascot (.dat) ou X!Tandem
  • Application de filtres statistiques sur les peptides ou les protéines
  • Calcul de taux de faux positifs (FDR)
  • Filtrage de la redondance, regroupement des protéines par fonction
  • Mode "Phopshoprotéomique" pour traiter efficacement les peptides phosphorylés
  • Interface graphique pour visualiser, filtrer, éditer les résultats
  • Export des données au format Open Document (compatible MS Office 2010 ou LibreOffice)
  • Support de la quantification avec l'export au format MassChroQml (MassChroQ)
  • Facile à installer sur tous les systèmes
  • Support via la liste "pappso-tools [at] listes [dot] inra [dot] fr"
Contexte d’utilisation du logiciel

X!TandemPipeline est utilisé au quotidien dans plusieurs plateformes de protéomique. Il permet de fournir des résultats d'identification pertinents très rapidement. Sa faible emprunte de mémoire et sa rapidité d'exécution pour le filtrage et le regroupement des données permettent son utilisation avec les données de spectrométrie les plus récentes (haute résolution, plusieurs Giga octets de données).

Note aux développeurs : la conception de X!TandemPipeline est très modulaire. De nombreux outils utilisés dans ce logiciel sont développés de manière indépendante et peuvent être facilement réutilisés (libodsstream, libproteomicsvg). Ils sont déjà partagés en interne pour le développement des logiciels PAPPSO et toute idée de réutilisation sera la bienvenue... voire même de contributions sur le site SourceSup.

Publications liées au logiciel

Ludovic Bonhomme, Benoit Valot, Francois Tardieu, Michel Zivy. “Phosphoproteome Dynamics Upon Changes in Plant Water Status Reveal Early Events Associated with Rapid Growth Adjustment in Maize Leaves.” Molecular & Cellular Proteomics: MCP (July 10, 2012). http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22787273.

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 11/09/12
  • Correction mineure : 24/11/13
Mots-clés
Pour aller plus loin
  • Fiches logiciel PLUME connexes : , ,

Serial Cloner : outil d'analyse et de visualisation de séquences d'ADN

Une fiche Dév Ens Sup est en relation avec cette fiche, consultez-la pour plus d'informations :
Description
Fonctionnalités générales

Serial Cloner est un logiciel d'analyse et de visualisation de séquences d'ADN.

Il permet d’une part d’annoter des séquences et de les analyser :

  • analyse : la fenêtre de séquence permet de rechercher des séquences de nucléotides, ou d'acides aminés, des ORF ou des sites de restriction. Il est aussi possible d'analyser la composition en nucléotides ou le Tm d'un fragment ;
  • alignements : localement ou par la fenêtre d'accès internet sur le site BLAST2seq NCBI server ;
  • annotations : l’ajout peut se faire manuellement ou bien automatiquement en utilisant une base de données de séquences enregistrées ou à partir de Genebank. La base de données peut être modifiée ou complétée par l’utilisateur. Les annotations sont visibles dans la fenêtre de visualisation de la séquence ADN mais aussi sur la carte graphique ;
  • traduction : elle peut se faire directement dans la fenêtre de visualisation (permettant par exemple de sélectionner un fragment d’ADN à traduire et de calculer la masse moléculaire de la protéine correspondante ou bien au contraire de sélectionner le fragment d'ADN correspondant à une partie de la protéine seulement). Elle est aussi visible dans la carte de séquence où il est possible d’afficher les 3 phases de traduction, les codons mais aussi les sites de restriction ;
  • visualisation graphique : elle permet une manipulation très intuitive de la séquence. Les fragments peuvent être sélectionnés, extraits ou digérés en vue d’une ligation par exemple

D’autre part, Serial Cloner permet de réaliser virtuellement des sous clonages par enzymes de restriction ou par recombinaison (préparation d’adaptateurs, d’oligonucléotides, PCR puis digestion et ligation ou bien recombinaison) ou de préparer la synthèse de shRNA.
Pour les adaptateurs et les shRNA, il est par exemple possible d'afficher directement les oligonucléotides à commander pour obtenir la construction désirée.

L’interface graphique de Serial Cloner combinée avec l'aide sous forme de bulles permet une prise en main rapide et intuitive.

Interopérabilité

Formats lus par Serial Cloner :

  • Vector NTI
  • MacVector
  • ApE
  • DNAstar
  • pDRAW32
  • GenBank

Formats enregistrés par Serial Cloner :

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Serial Cloner est utilisé quotidiennement dans notre laboratoire pour l’analyse de séquences et la préparation de sous clonages. La compatibilité des fichiers avec d’autres logiciels courants du même type permet également d’échanger des données de façon transparente avec d’autres utilisateurs.

Utilisable sur plusieurs plate-formes et gratuit, il peut facilement être installé sur tous les postes de travail. La prise en main est simple et intuitive grâce à l’interface graphique et à l’aide sous forme de bulles.

Environnement du logiciel
Plates-formes

Programme fonctionnant sous :

  • Mac
  • Windows
  • Linux

La version sous linux n'est validée que sous ubuntu, et il y a moins de fonctionnalités sous linux que sous Mac et windows.

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Développement assuré par une seule personne.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Un forum est disponible pour toutes questions ou suggestions et les réponses aux problèmes sont généralement apportées très rapidement.
http://serialbasics.free.fr/forum/

Documentation utilisateur

Il n'existe pas de documentation mais une fenêtre d'aide peut être affichée au cours de l'utilisation. Elle donne tous les détails des fonctions et les astuces permettant une utilisation optimale.

Big Data et Open Source

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 09/07/12
  • Correction mineure : 09/07/12
Mots-clés

Big Data et Open Source

Le document Big Data & Open source : une convergence inévitable ?, placé sous licence CC BY-SA 3.0, explique la place du logiciel libre dans le domaine du Big Data.

Le Big Data designe, dans la définition empruntée à Wikipedia un grand ensemble de données dont la taille rend difficile la manipulation avec des outils classiques, c'est donc un domaine où recherche et innovation sont d'actualité.

Le document de S. Fermigier indique 4 enjeux technologiques majeurs :

  • Volume : les données dépassent les limites de la scalabilité verticale des outils classiques, nécessitant des solutions de stockage distribués et des outils de traitement parallèles.
  • Variété : les données sont hétérogènes ce qui rend leur intégration complexe et coûteuse.
  • Vélocité : les données doivent être traitées et analysées rapidement eu égard à la vitesse de leur capture.
  • Variabilité : le format et le sens des données peut varier au fil du temps.

Pour chacun de ces points, une liste des solutions open source est présentée, ce qui contient, entre autres, les logiciels Fiche Plume Lucene, Fiche Plume MySQL, Fiche Plume PostgreSQL et Fiche Plume R.

Dans le domaine scientifique, on voit émerger des sous-disciplines (“data science”) fondées sur le traitement massif de données scientifiques qui sont de plus en plus omniprésentes dans la génomique, l'astronomie, la physique des particules et astroparticules, la climatologie, etc. Le document mentionne la place du Big Data et les attentes de l'Agence Nationale de la Recherche (ANR) dans la recherche publique en France.

Référence. Les questions juridiques relatives aux données et aux bases de données sont traitées (par exemple) dans le Framabook : Option Libre. Du bon usage des licences libres de Benjamin Jean (chapîtres I-1.4 et II-1.2.5.2, et de façon plus synthétique dans la page 147).

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