biologie

Logiciels (logiciels libres en majorité) ou ressources (liées aux logiciels) utiles aux chercheurs et enseignants en biologie
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 09/05/12
  • Correction mineure : 09/05/12
Mots-clés

CarthaGène : logiciel de cartographie génétique

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows
  • Version actuelle : 1.2.2 - 8/10/2010
  • Licence(s) : CeCILL-B, Licence propriétaire - Le logiciel inclut optionnellement une bibliothèque de résolution du problème du voyageur de commerce (LKH) dont la licence propriétaire n'autorise qu'un usage académique (les paquets incluant cette bibliothèque sont estampillés "-nonfree"). Le reste du logiciel est distribué sous licence CeCILL.
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : M. Bouchez, P. Chabrier, T. Faraut, S. de Givry, C. Gaspin, D. Leroux, J.C. Nelson (Kansas S.U.), B. Servin, T. Schiex
  • Contact concepteur(s) : thomas.schiex@toulouse.inra.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : Génétique Cellulaire, UBIA, Kansas S.U.

 

Fonctionnalités générales du logiciel

CarthaGène est un logiciel de cartographie génétique multi-populations. Il recherche les ordres consensus maximisant la vraisemblance des données en utilisant un algorithme EM rapide pour l'estimation de vraisemblance et plusieurs algorithmes puissants de recherche d'ordre.

Contexte d’utilisation du logiciel

CarthaGène est utilisé par les biologistes pour déterminer les cartes génétiques (répartition de marqueurs génétiques sur les chromosomes d'une espèce et ordres relatifs) d'espèces animales et végétales.

Publications liées au logiciel

Publication de référence :

  • CARTHAGENE: multipopulation integrated genetic and radiated hybrid mapping S. de Givry, M. Bouchez, P. Chabrier, D. Milan, et T. Schiex. Bioinformatics, 21(8): 1703-1704 (2005). Année de la première version : 1995.

Autres publications :

  • O. Demeure, C. Renard, M. Yerle, T. Faraut, J. Riquet, A. Robic, T. Schiex, A. Rink, D. Milan. Rearranged gene order between pig and human in A QTL region on SSC 7. Mammalian Genome, 2003.
  • T. Schiex, C. Gaspin. Genetic algorithms for genetic mapping. In Proc. of EA'97, Nïmes, France, 1997.
  • D. Milan, T. Schiex , M. Yerle, A. Rink, C. Beattie, R. Hawken, L. Schook, H. Yasue, M. Fredholm, G. Rohrer. Integration of Genetic and Radiation Hybrid Maps of the Pig : the Second Generation IMpRH Maps. Plant, Animal & Microbe Genomes X Conference, San Diego, CA, January 12-16, 2002.
  • P. Chabrier, C. Gaspin, T. Schiex. Demonstration of carthagene, a genetic/radiated hybric mapping software. Plant & Animal Genome VIII Conference, San Diego, CA, Computer Demonstration, C11, January 2000.
  • T. Schiex, P. Chabrier, M. Bouchez, D. Milan. Boosting EM for Radiation Hybrid and Genetic Mapping In the proceedings of WABI'2001 (First Workshop on Algorithms in Bioinformatics), LNCS 2149, August 2001.
  • P. Chabrier, C. Gaspin, T. Schiex. Carthagene: A maximum likelihood Multiple population genetic/radiated hybrid mapping software. Plant & Animal Genome VIII Conference, San Diego, CA, Poster, P19, January 2000.
  • T. Schiex, C. Gaspin, V. Laurent, B. Mangin. Constructing and joining maximum likelihood genetic maps. In Proc. of EUCARPIA'97, Poznan, Poland, 1997.
  • T. Schiex, C. Gaspin. Cartagene: Constructing and joining maximum likelihood genetic maps. In Proc. of ISMB'97, Halkidiki, Greece, June 1997.
  • V. Laurent, E. Wajnberg, B. Mangin, T. Schiex, C. Gaspin, F. Vanlerberghe-Masutti. A composite genetic map of the parasitoid wasp trichogramma brassicae based on rapd markers. Genetics, 150, Sepember 1998.
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 07/05/12
  • Correction mineure : 07/05/12
Mots-clés

PFIM : evaluation et optimisation de protocoles de population

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : Windows
  • Version actuelle : PFIM INTERFACE 3.1 et PFIM 3.2.2 - Mars 2011
  • Licence(s) : GPL
  • Etat : diffusé, stable, en développement
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Caroline Bazzoli, Thu Thuy Nguyen, Anne Dubois, Sylvie Retout, Emanuelle Comets, Hervé Le Nagard, France Mentré
  • Contact concepteur(s) : caroline.bazzoli@imag.fr, thu-thuy.nguyen@inserm.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : INSERM-U738, LJK

 

Fonctionnalités générales du logiciel

PFIM (Population Fisher Information Matrix) est une fonction R permettant d’évaluer et d’optimiser des protocoles (nombre de sujets, nombre de prélèvements par sujet, allocation dans le temps) pour les modèles non linéaires à effets mixtes (approche de population). Cette fonction est basée sur le développement d'une approximation de la matrice d'Information de Fisher dans ces modèles.

Deux versions de PFIM (les plus récentes) sont actuellement à disposition de l'utilisateur :

  • une version disposant d'une interface (PFIM Interface 3.1),
  • une version R script (PFIM 3.2.2) demandant des connaissances en programmation R mais qui bénéficie des derniers développements méthodologiques réalisés dans le laboratoire.
Contexte d’utilisation du logiciel

PFIM est principalement utilisé pour aider au choix du protocole de recueil des données en pharmacologie lors de l’analyse des relations doses – concentrations – effets (pharmacocinétique / pharmacodynamique) des médicaments.

PFIM fait l'objet de recherche dans le domaine de la statistique (développement de la matrice d'Information de Fisher, UMR 738 INSERM-Université Paris-Diderot) mais également en pharmacologie.

Publications liées au logiciel

Méthodologie

  • Nguyen TT, Bazzoli C, Mentré F. Design evaluation and optimisation in crossover pharmacokinetic studies analysed by nonlinear mixed effects models, Nguyen TT, Bazzoli C, Mentré F, 2011, [Epub ahead of print].
  • Bazzoli C, Retout S, Mentré F. Design evaluation and optimisation in multiple response nonlinear mixed effect models: PFIM 3.0, Computer Methods and Programs in Biomedicine, 2010, 98 : 55-65.
  • Retout S, Comets E, Bazzoli C, Mentré F. Design optimisation in nonlinear mixed effects models using cost functions:application to a joint model of infliximab and methotrexate pharmacokinetics, Communication in Statistics: Theory and Methods, 2009, 38 : 3351–3368.
  • Bazzoli C, Retout S, Mentré F. Fisher information matrix for nonlinear mixed effects multiple response models: evaluation of the appropriateness of the first order linearization using a pharmacokinetic/pharmacodynamic model, Statistics in Medicine, 2009, 28 : 1940-1956.
  • Retout S, Comets E, Samson A, Mentré F. Design in nonlinear mixed effects models: optimization using the Fedorov-Wynn algorithm and power of the Wald test for binary covariates, Statistics in Medicine, 2007, 26: 5162-5179.
  • Retout S, Mentré F. Optimisation of individual and population designs using Splus, Journal of Pharmacokinetic and Pharmacodynamics, 2003, 30: 417-443.
  • Retout S, Mentré F. Further developments of the Fisher information matrix in nonlinear mixed-effects models with evaluation in population pharmacokinetics, Journal of Biopharmaceutical Statistics, 2003, 13: 209-227.
  • Retout S, Mentré F, Bruno R. Fisher information matrix for nonlinear mixed-effects models: evaluation and application for optimal design of enoxaparin population, Statistics in Medicine, 2002, 21: 2623-2639.
  • Retout S, Duffull S, Mentré F. Development and implementation of the population Fisher information matrix for evaluation of population pharmacokinetic designs, Computer Methods and Programs in Biomedicine, 2001, 65: 141-151.
  • Mentré F, Mallet A, Baccar D. Optimal design in random-effects regression models, Biometrika, 1997, 84 : 429-442.

Applications de PFIM

  • Delavenne X, Zufferey P, Nguyen P, Rosencher N, Samama C.M,Bazzoli C, Mismett P, Laporte S. Pharmacokinetics of fondaparinux 1.5 mg once daily in a real-world cohort of patients with renal impairment undergoing major orthopaedic surgery. Pharmacokinetics and disposition, 2012, [Epub ahead of print].
  • Sherwin CM, Ding L, Kaplan J, Spigarelli MG, Vinks AA. Optimal study design for pioglitazone in septic pediatric patients. Journal of Pharmacokinetics and Pharmacodynamics, 2011, 38 : 433-447.
  • Guedj J, Bazzoli C, Neuman A.U, Mentré F. Design evaluation and optimization for models of hepatitis C
    viral dynamics. Statistics in Medicine, 2011, 30 : 1045-1056.
  • Bazzoli C, Retout S, Mentré F. Design evaluation and optimisation in multiple response nonlinear mixed effect models: PFIM 3.0, Computer Methods and Programs in Biomedicine, 2010, 98 : 55-65.
  • Retout, S., Comets, E., Bazzoli, C. et Mentré, F. Design optimisation in nonlinear mixed effects models using cost functions: application to a joint model of infliximab and methotrexate pharmacokinetics, Communication in
    Statistics: Theory and Methods, 2009, 38 : 3351–3368.
  • Bazzoli C, Retout S, Mentré F. Fisher information matrix for nonlinear mixed effects multiple response models: evaluation of the appropriateness of the first order linearization using a pharmacokinetic/pharmacodynamic model, Statistics in Medicine, 2009, 28 : 1940-1956.
  • Retout S, Comets E, Samson A, Mentré F. Design in nonlinear mixed effects models: optimization using the Fedorov-Wynn algorithm and power of the Wald test for binary covariates, Statistics in Medicine, 2007, 26 : 5162-5179.

Bioinfo-fr, blog de bioinformaticiens francophones

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 19/04/12
  • Correction mineure : 19/04/12
Mots-clés

Bioinfo-fr, blog de bioinformaticiens francophones

Bioinfo-fr.net est un site web, sous forme de blog, édité par et pour des bioinformaticiens francophones. L'objectif est de présenter cette discipline, et de "partager les connaissances". On y trouve ainsi une rubrique "Journal Club" (un focus sur quelques articles scientifiques), une rubrique "Formations" qui commence à répertorier les principales formations françaises en bioinformatique, et peut-être le plus précieux : la rubrique "Astuces" pour s'échanger les divers trucs et astuces (changement de format de fichiers, requêtes sql, etc ...)

Le ton général est très convivial : pas d'élistisme ici, on partage ce que l'on sait, et le style est alerte et plein d'humour, normal pour un "repaire des geekus biologicus" !

Le site est associé à une adresse IRC, qui constitue la "machine à café virtuelle" des bioinformaticiens francophones : retrouvez-les en direct sur http://webchat.freenode.net/?channels=bioinfo-fr.

Un excellent complément au thème "biologie" de PLUME !

 

Journée PLUME biologie 2012

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 08/04/12
  • Correction mineure : 09/11/12
Mots-clés

Journée PLUME biologie 2012

  • Type de ressource : événement
  • Date de publication du document ou de l'événement : 15 mai 2012
  • Auteur(s) ou responsable(s) : Jean-Luc Archimbaud, Emmanuel Courcelle, Christelle Dantec, Teresa Gomez-Diaz, David Rousse
  • Contact pour plus d'informations : Emmanuel Courcelle, Christelle Dantec

Logiciels issus de la recherche publique utilisés dans les sciences de la vie

L'objectif de cette journée PLUME est de braquer les projecteurs sur quelques logiciels développés pour les sciences de la vie, par des chercheurs ou des ingénieurs travaillant dans la recherche publique. Tous les logiciels présentés ici font l'objet d'une fiche PLUME "Développements ESR".

Cette journée s'adresse en premier lieu aux utilisateurs de logiciels : la plupart des logiciels présentés ici sont utilisés quotidiennement dans les laboratoires de biologie, les utilisateurs biologistes sont donc les premiers concernés. Le panel exposé est extrêmement large, puisqu'il va de la biologie moléculaire à la génomique, en passant par la spectrométrie de masse ou la biologie structurale : chacun devrait y trouver son compte.

Mais cette journée s'adresse aussi aux développeurs de logiciels : les logiciels présentés ici sont parfois le fruit de petites équipes, voire de développeurs solitaires, ou alors au contraire le résultat d'un travail collectif sur de nombreuses années. Chacun pourra confronter ses expériences, que nous souhaitons aussi diversifiées que possible. Nous aborderons également la question des licences: les logiciels "métiers" doivent-ils être obligatoirement des logiciels libres ?

Programme définitif

Matinée

9h30-10h00 - Accueil

10h00-10h15 - Présentation de PLUME

présentation en PDF Présentation au  format  PDF, Vidéo

par Emmanuel Courcelle, CNRS

10h15-10h30 - L'informatique à l'INRA

présentation en PDF Présentation au  format  PDF, Vidéo

par Laurent Perochon, INRA

10h30-11h00 - TASE

présentation en PDF Présentation au  format  PDF, Vidéo

Outil en ligne permettant la recherche de régions candidates par analyse de données SNP
Maxime Hébrard, INSERM

11h00-11h30 - ez-Rhizo

présentation en PDF Présentation au  format  PDF, Vidéo

Analyse de l'architecture racinaire de plantes en boite de Pétri
Patrick Armengaud, INRA

11h30-12h00 - serial cloner

présentation en PDF Présentation au  format  PDF, Vidéo

Manipuler & visualiser des séquences d'ADN, préparer des projets de clonage
Franck Perez, CNRS

12h00-12h30 - Licence libre ou propriétaire pour votre logiciel ?

présentation en PDF Présentation au  format  PDF, Vidéo

Teresa Gomez-Diaz, CNRS
Pour plus d'information, voir FAQ : licence & copyright pour les développements de logiciels libres de laboratoires de recherche et le thème PLUME patrimoine logiciel d'un laboratoire.

13h00 - 14h15 : Repas pris au restaurant du campus + café offert à l'entrée de l'amphi

Après-midi

14h15-14h45 - masschroq

présentation en PDF Présentation au  format  PDF, Vidéo

Analyse et quantification de données issues de la spectrométrie de masse
Olivier Langella, INRA

14h45-15h15 - eugene

présentation en PDF Présentation au  format  PDF, Vidéo

Prédicteur de gènes pour les organismes eucaryotes et procaryotes
Erika Sallet, INRA

15h15-15h45 - aniseed

présentation en PDF Présentation au  format  PDF, Vidéo

Modélisateur du développement de l'ascidie
Cyril Martin, CNRS

15h45-16h15 - carthagene

présentation en PDF Présentation au  format  PDF, Vidéo

Logiciel de cartographie génétique

Damien Leroux, INRA

16h15-16h45 - edna

présentation en PDF Présentation au  format  PDF, Vidéo

Environnement pour réaliser des programmes d'analyses de données en ligne
Jérôme Kieffer, ESRF

16h45-17h15 - Discussion finale. intérêt (ou non) de la thématique biologie de PLUME, d'autres journées, etc.

Vidéo

Comité de programme et d’organisation de cette journée PLUME

Informations pratiques

Date

Mardi 15 mai 2012

Lieu

Montpellier, amphithéâtre de la Délégation Régionale du CNRS, situé à environ 30-40 minutes de la gare.

Accès

Accès au CNRS (Bâtiment D)

Transports en commun depuis la gare SNCF: Tramway ligne 1, direction Mosson, arrêt St Eloi, puis bus ligne 22, direction Clapiers-Jacou, arrêt CNRS. (environ 40mn en tout)

Horaires de train : les horaires de la journée ont été choisis afin qu'il soit possible de faire le retour en train (et même éventuellement l'aller), au moins pour les personnes venant de Paris, Toulouse, Lyon, Marseille, ...

Support vidéo

L'ensemble de la journée sera retransmis en direct sur internet. Il sera possible de participer à distance via le chat.
Connectez-vous sur http://webcast.in2p3.fr/live/journee_plume_biologie_2012

Toutes les présentations seront filmées. Vidéos et présentations seront par la suite disponibles en vidéo à la demande à partir de cette fiche.

Inscriptions

Les inscriptions, closes à présent, étaient gratuites, repas compris via ce questionnaire.

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 05/03/12
  • Correction mineure : 05/03/12
Mots-clés

EuGène : prédicteur de gènes pour les organismes eucaryotes et procaryotes

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like
  • Version actuelle : v4.0a - 26 juillet 2011
  • Licence(s) : Autre - Artistic licence, compatible GPL
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Thomas Schiex
  • Contact concepteur(s) : eugene-help@lists.mulcyber.toulouse.inra.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : LIPM, UBIA

 

Fonctionnalités générales du logiciel

EuGène est un prédicteur des gènes pour des organismes eucaryotes et procaryotes, générique et extensible.

Ainsi, il est capable d'intégrer de nombreuses sources d'information de différentes natures :

  • il utilise des modèles probabilistes (comme les modèles de Markov) pour discriminer les régions codantes des non codantes ;
  • il intègre les résultats de prédicteurs de signaux (site d'épissage, début de traduction) ;
  • il peut également prendre en compte des similarités de séquences (EST, ARNm, protéines) et les résultats de prédicteurs de gènes existants;
  • il produit la prédiction la plus cohérente avec toutes les informations intégrées.
    Toutes les informations ci-dessus peuvent être lues au format natif EuGène ou au format standard GFF3.

EuGène est capable de prédire :

  • des variants d'épissage alternatif,
  • des ARN ne codant pas pour des protéines (ARNnc) depuis la version 3.6,
  • des gènes chevauchants, des ARNnc antisens et des opérons en mode procaryote, depuis la version 4.0.

Le logiciel est écrit en C++. Les résultats sont disponibles sous plusieurs formats (GFF3, HTML, etc)

Contexte d’utilisation du logiciel

EuGène a été utilisé pour l'annotation structurale de nombreux génomes :
Medicago truncatula,
Arabidopsis thaliana,
Arabidopsis lyrata,
Meloidogyne incognita,
Botrytis cinerea,
Laccaria bicolor,
Physcomitrella patens,
Populus trichocarpa,
Ostreococcus tauri,
Ostreococcus lucimarinus,
Micromonas pusilla (RCC299, CCMP1545, RCC809),
Bathycoccus,
Ectocarpus siliculosis,
Pichia postoris,
Tetranychus urticae,
Solanum lycopersicum,
Solanum tuberosum,

et plus récemment de la bactérie
Sinorhizobium meliloti.

Publications liées au logiciel

Genome Annotation in Plants and Fungi: EuGene as a model platform. S. Foissac, J. Gouzy, S. Rombauts, C. Mathé, J. Amselem, L. Sterck, Y. Van de Peer, P. Rouzé and T. Schiex. Current Bioinformatics 2008, 3, 87-97.

Integrating alternative splicing detection into gene prediction.S. Foissac, T. Schiex. BMC Bioinformatics 2005, 6:25

EuGene'Hom: a generic similarity-based gene finder using multiple homologuous sequences. S. Foissac, P. Bardou, A. Moisan, MJ. Cros, T. Schiex. Nucleic Acid Res. 2003, vol. 31, n. 13

EuGene: An Eucaryotic Gene Finder that combines several sources of evidence. T. Schiex, A. Moisan and P. Rouzé. Computational Biology, Eds. O. Gascuel and M-F. Sagot, LNCS 2066, pp. 111-125, 2001.

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 30/01/12
  • Correction mineure : 13/08/12
Mots-clés

SITools2 : système d'accès aux données scientifiques

Description
Fonctionnalités générales

SITools2 est une plate-forme web conviviale permettant de mettre en place un système de recherche et d'accès aux données à partir d'une ou plusieurs bases de données existantes. SiTools2 permet de prendre en compte et de s'adapter aux structures de nombreuses bases de données qui sont gérées dans divers centres scientifiques, et permet d'éviter des processus lourds et complexes de migration de données.

L'architecture de cette plate-forme est composée :

  • d'un serveur de données exposant des ressources, 
  • d'une interface web pour l'administrateur permettant de configurer l'ensemble des fonctionnalités du serveur, 
  • d'une interface web pour les utilisateurs comportant un portail qui liste les projets, avec un bureau pour chaque projet qui expose l'ensemble des services mis à disposition par l'administrateur, 
  • d'un mécanisme de plugins permettant aux développeurs d'ajouter des fonctionnalités métiers aussi bien au niveau du serveur qu'au niveau du client et de les partager avec une communauté d'utilisateurs. 

SITools2 s'articule autour de trois concepts importants :

  • la source de données : infrastructure contenant les données (actuellement une base de données relationnelle accessible via l'API JDBC),
  • le jeu de données : exposition d'un sous-ensemble de la source de données par l'intermédiaire d'un service web,
  • le projet : ensemble de jeux de données.

Des services peuvent être ensuite définis à partir de ces trois concepts :

  • définition et exposition du formulaire de recherche,
  • définition et exposition de la recherche OpenSearch,
  • définition et exposition des fonctions de conversion (unité, fonction de transfert),
  • définition et exposition des fonctions de filtrage,
  • définition et exposition de dictionnaires de données,
  • définition et exposition de flux RSS,
  • définition et exposition des plugins.

Comme tout système d'accès, il est important de pouvoir sécuriser l'accès à certaines ressources selon le profil de l'utilisateur. C'est pourquoi SITools2 implémente une gestion complète des utilisateurs (information personnalisable, espace de stockage sur le serveur de données) et permet de sécuriser l'ensemble des ressources en fonction du rôle de chaque utilisateur.

Autres fonctionnalités

Le nombre de données à archiver augmente de façon exponentielle depuis plusieurs années. Ce point a été considéré lors de la conception de SITools2 afin de lui permettre de rechercher des données le plus efficacement possible. Le passage à l'échelle ("scalabilité") de l'application est assurée par une architecture REST.

La réponse du serveur est au format de JSON permettant ainsi de réduire les échanges entre le client et le serveur. 

De plus, la plateforme web a été conçue pour permettre un déploiement aisé par l'intermédiaire d'un processus d'installation qui fonctionne en mode graphique ou en mode ligne de commande.

Interopérabilité

SITools2 est basé entièrement sur une architecture REST, lui permettant de s'interfacer avec n'importe quel langage de programmation. SITools2 supporte également le standard "OpenSearch". D'autres standards d’interopérabilité en astronomie et en observation de la Terre sont en cours d'implémentation.

L'intégration de ces standards et services (Simple Cone Search en astronomie par exemple), ainsi que les formats de sortie pris en charge nativement (csv, bientôt VOTable), permettent à SITools2 d'être utilisé dans le cadre de l'Observatoire Virtuel.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

SITools2 est utilisé dans les laboratoires partenaires du CNES.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Les limitations sont les suivantes :

  • les bases de données supportées sont les suivantes : MySQL, PostgreSQL
  • JAVA >= 6 
  • SITools2 ne possède pas une fonction d'insertion de données
  • problèmes d'affichage avec IE 7

Les difficultés :

  • connaître JAVA pour le développement du serveur de données
  • connaître le framework Ext-JS pour le développement du client

Fonctionnalités importantes non couvertes (version 0.9) :

  • la recherche sur différents jeux de données n'est pas actuellement supportée.
Environnement du logiciel
Plates-formes

Unix like, Mac-OS, Windows

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

CNES

Eléments de pérennité

Maintenance supportée par le CNES.

Références d'utilisateurs institutionnels

LAM, IAS, DLR, ETH, Telespazio, EUSOC.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Deux listes de diffusion sont disponibles :

  • pour les développeurs : sitools2-developers [at] lists [dot] sourceforge [dot] net 
  • pour les utilisateurs : sitools2-users [at] lists [dot] sourceforge [dot] net
Documentation utilisateur

La documentation est disponible à cette URL : http://sitools2.sourceforge.net/tuto/tuto.html

Contributions

Pour contribuer au logiciel, veuillez contacter jean-christophe [dot] malapert [at] cnes [dot] fr

L'initiative Blue Obelisk : promouvoir le développement et l'utilisation des données, standards et logiciels ouverts en chimie

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 02/01/12
  • Correction mineure : 02/01/12
Mots-clés

L'initiative Blue Obelisk : promouvoir le développement et l'utilisation des données, standards et logiciels ouverts en chimie

L'initiative Blue Obelisk a été lancée en 2005 afin de promouvoir le développement et l'utilisation des données, standards et logiciels ouverts (ODOSOS) en chimie.

Depuis 6 ans, cette initiative a permis à de nombreux développeurs de se rencontrer et de collaborer autour de projets (logiciels, ressources) ouverts, dont voici quelques exemples :

  • Avogadro
  • Bioclipse
  • Chemistry Development Kit
  • JChemPaint
  • JOELib
  • Kalzium
  • Openbabel
  • OpenSMILES
  • UsefulChem

Chaque année, le projet décerne un prix pour récompenser les initiatives marquantes dans la promotion des données, standards et logiciels ouverts.

Un article scientifique a été publié en octobre 2011. Il détaille l'activité et les réalisations de Blue Obelisk au cours des cinq dernières années.

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 16/05/13
  • Correction mineure : 16/05/13
Mots-clés

Avogadro : éditeur et visualiseur de molécules

Description
Fonctionnalités générales

Avogadro est un logiciel multi-plateforme conçu pour l'édition et la visualisation avancée de molécules. Imaginé pour le calcul scientifique, la modélisation moléculaire, la bio-informatique, la science des matériaux ainsi que pour quelques autres activités de recherche connexes, Avogadro se démarque par sa flexibilité et son caractère évolutif de par son robuste système de plugins.

Une description du logiciel est aussi donnée sur le site de Framasoft : http://www.framasoft.net/article5022.html

Autres fonctionnalités

Ce logiciel permet également de se familiariser avec les bases de la mécanique moléculaire en proposant différents champs de force (MMFF94, MMFF 94s, UFF et Ghemical) et deux types d'optimisations de géometrie, comme la méthode du gradient conjugué, ou la méthode de la plus grande pente.

Il permet de faire des recherches de conformères de façon systèmatique ou aléatoire, avec ou sans contraintes sur les différents atomes des molécules étudiées (mais pas de rotation dans les cycles), ainsi que de visualisation des spectres infrarouges (format .out ou turbomole).

Interopérabilité

Les formats de fichier suivants sont supportés en entrée et en sortie :

  • CML (en entrée et en sortie)
  • CIF (en entrée)
  • GAMESS-US (en entrée et en sortie)
  • GAUSSIAN (en entrée et en sortie)
  • HyperChem (en entrée)
  • MDL Mol (en entrée et en sortie)
  • NWChem (en entrée et en sortie)
  • PDB (en entrée et en sortie)
  • PDF (en sortie)
  • PNG (en sortie)
  • Pov-Ray (en sortie)
  • SVG (en sortie)
  • Sybyl Mol2 (en entrée et en sortie)
  • XYZ (en entrée et en sortie)

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Le logiciel est utilisé pour la visualisation et l'édition de structures moléculaires obtenues dans le cadre du projet Chemical Structures.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Problème de locale

Problème rencontré sur les plateformes linux nativement installées en français concernant l'interprétation du point et de la virgule, qui entraine un bug graphique, ce problème peut être réglé en re-initalisant la locale:

$ LANG=C LC_ALL=C LC_NUMERIC=C avogadro

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré
  • Debian
  • Ubuntu
  • Gentoo
  • Fedora
  • FreeBSD
  • OpenSUSE
  • ArchLinux
  • Mandriva

La page Distribution du Wiki Avogadro donne plus de détails sur les distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré.

Plates-formes
  • FreeBSD
  • Linux
  • Mac OS X
  • Microsoft Windows
Logiciels connexes
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Le logiciel Avogadro est développé et maintenu par un groupe de développeurs dont plusieurs sont issus du laboratoire de Geoffrey Hutchison.

Eléments de pérennité

Le code source du logiciel est librement accessible depuis la plate-forme SourceForge et est activement maintenu. Ce logiciel est également l'une des briques d'un laboratoire de recherche. Enfin, l'équipe de développement est ouverte à de nouveaux contributeurs (la page Developer sur le wiki Avogadro leur est destinée). Ces trois éléments constituent une base très importante pour la pérennité d'un logiciel.

Références d'utilisateurs institutionnels

Le nombre de téléchargement du logiciel Avogadro a été estimé l'an dernier à un peu plus de 4300 par mois.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Il existe quatre listes de diffusion :

  • avogadro-announce
  • avogadro-devel
  • avogadro-discuss
  • avogadro-translations

Les bugs peuvent être remontés à l'équipe de développement via le gestionnaire de ticket de la plate-forme SourceForge.

Documentation utilisateur

De nombreuses documentations sont disponibles sur la page Documentation du Wiki Avogadro (en anglais).

Contributions

La page Developer sur le wiki Avogadro explique comment contribuer au logiciel.

 

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 28/09/11
  • Correction mineure : 31/07/13
Mots-clés

OpenLayers : bibliothèque javascript pour applications cartographiques

Description
Fonctionnalités générales

OpenLayers permet d'afficher sur une page web des données géographiques sous forme d'une carte glissante.

Il est possible d'intégrer des données issues de plusieurs sources en utilisant les standards TMS, WMS ou WFS (définis par l'Open Geospatial Consortium) et de nombreux formats : WKT, JSON, KML, GML, OSM…

Des contrôles graphiques peuvent être ajoutés pour interagir avec la carte glissante : zoom, affichage et masquage de couche, réglage de l'opacité, ajout de primitives géométriques…

Autres fonctionnalités

La documentation de l'API est générée via Natural Docs : http://dev.openlayers.org/releases/OpenLayers-2.10...

Interopérabilité

Un grand nombre de formats de stockage et d'échange sont pris en charge : GPX, GeoJSON, KML, WKT, GML… Voir la documentation en ligne pour une liste exhaustive.
OpenLayers est une bibliothèque JavaScript et fonctionne donc sur tout navigateur web suffisamment récent.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Saisie et affichage de données géo-localisées pour des besoins ponctuels.

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

Cette bibliothèque est disponible en paquet sous Debian GNU/Linux, mais s'intègre très facilement par l'inclusion d'un unique fichier JavaScript.

Plates-formes

JavaScript côté client.

Logiciels connexes
  • Un serveur web
  • Un navigateur supportant le JavaScript
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Communauté de développeurs

Eléments de pérennité
  • Le projet est soutenu par l'OSGEO (Open Source Geospatial Foundation), qui héberge son site de développement (http://trac.osgeo.org/openlayers/) et sa liste de diffusion.

  • Releases fréquentes depuis plusieurs années (2.8 en 2009, actuellement 2.10 stable et 2.11 en beta).

  • Blog des développeurs et site de l'ACI ou ICA.

Références d'utilisateurs institutionnels

Utilisé par le projet OpenStreetMap, de nombreuses collectivités locales pour publier leur SIG ([CRAIG](http://www.craig.fr/), [GéoBretagne](http://www.geobretagne.fr/web/guest/le-visualiseur)) et divers projets de recherche pour publier des résultats.

Cette bibliothèque est également intégrée dans des projets plus complets comme GeoExt, GeoServer ou encore MapFish.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)
Contributions
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 28/09/11
  • Correction mineure : 28/09/11
Mots-clés

MoPro : analyse de la structure et densité électronique moléculaire (cristallographie)

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows
  • Version actuelle : 2011 - septembre 2011
  • Licence(s) : Licence propriétaire - Le logiciel (binaires seuls) est téléchargeable après enregistrement sur le site de mopro pour un usage non commercial.
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Christian Jelsch
  • Contact concepteur(s) : christian.jelsch@uhp-nancy.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : CRM2

 

Fonctionnalités générales du logiciel
  • Affinement de la structure cristallographique et de la densité électronique à très haute résolution (d=0.5 Angstrom)
  • Affinement de la structure cristallographique des petites molécules à résolution usuelle

La densité électronique est alors modélisée avec un modèle d'atomes multipolaires, ce qui est plus précis que le modèle d'atomes sphériques et neutres. Il en résulte une meilleure estimation des coordonnées atomiques et facteurs de température, le facteur R est meilleur.

Le logiciel comprend une banque de données ELMAM2 qui décrit la densité électronique des fonctions chimiques communes.

MoProSuite comprend :

  • MoProGUI interface graphique du logiciel (langage JAVA)
  • Import2Mopro, MoPro (affinement cristallographique) & VMoPro (visualisation des propriétés moléculaires)
  • MoProViewer (visualisation des molécules et interface graphique)
Contexte d’utilisation du logiciel

MpPro est utilisé pour :

  • Les structures cristallographies de petites molécules et protéines. Toutefois, pour ce qui est des macromolécules, MoPro n'est pas encore mûr pour une utilisation en routine. Les auteurs sont ouverts à l'établissement de collaborations avec les biologistes pour approfondir ce point.
  • Détermination de la densité électronique moléculaire.
  • Calcul de propriétés moléculaires : potentiel électrostatique avec modèle d'atome multipolaire, moment dipolaire, énergies d'interaction électrostatique.
Publications liées au logiciel
  • Jelsch, C., Guillot, B., Lagoutte, A. & Lecomte, C., (2005). J. Appl. Cryst. 38, 38-54.
    Advances in Proteins and Small Molecules. Charge Density Refinement Methods using software MoPro.
  • Guillot B., Viry L., Guillot R., Lecomte C. & Jelsch C. J. Applied Crystallography (2001). 34, 214-223.
    Refinement of proteins at subatomic resolution with MOPRO.
  • Domagala, S. & Jelsch, C. (2008). J. Applied Cryst. 41, 1140–1149
    Optimal local axes and symmetry assignment for charge-density refinement
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