biologie

Logiciels (logiciels libres en majorité) ou ressources (liées aux logiciels) utiles aux chercheurs et enseignants en biologie
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 01/09/11
  • Correction mineure : 03/10/11
Mots-clés

masschroq : analyse et quantification de données issues de la spectrométrie de masse

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows
  • Version actuelle : 1.1 - Septembre 2011
  • Licence(s) : GPL
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Olivier Langella, Edlira Nano, Benoît Valot et Michel Zivy.
  • Contact concepteur(s) : enano@moulon.inra.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : PAPPSO

 

Fonctionnalités générales du logiciel

MassChroQ (Mass Chromatogram Quantification) est un logiciel libre pour l'analyse et la quantification des données issues de la spectrométrie de masse. Il est plus particulièrement adapté à l'analyse de données protéomiques issues de la chromatographie liquide - spectrométrie de masse (LC/MS), permettant d'effectuer l'alignement des temps chromatographiques, l'extraction des XIC et la détection des pics.

Il est totalement configurable, ce qui permet d'adapter son analyse à vos données, on peut ainsi analyser une liste de masses indiquées, la totalité des peptides identifiés avec ou sans marquage isotopique, avec ou sans pré-fractionnement, avec un choix de plusieurs filtres du signal, avec un choix entre deux méthodes d'alignements, deux méthodes de détection etc.

MasshChroQ est rapide (environ 5 minutes par Go de données analysées), peu gourmand en ressources (il n'utilise au plus que 400 Mo de RAM) et permet une analyse automatique d'un grand nombre d'échantillons d'un coup. De plus toutes les données qu'il utilise et produit sont sous des formats ouverts (xml, gnumeric, csv, ods).

MassChroQ prend en entrée un fichier de format XML appelé masschroqML, dans lequel l'utilisateur indique les fichiers à analyser ainsi que les différentes étapes et paramètres de l'analyse qu'il souhaite effectuer sur ceux-ci. Vous trouverez de l'aide pour générer ce fichier sur le site web du logiciel. Quant aux données issues de la LC-MS, MassChroQ peut lire les formats ouverts standards mzXML et mzML. Les peptides identifiés peuvent lui être fournis par des fichiers tabulés, ou alors si vous utilisez X!Tandem pour l'identification, ils seront directement générés dans le masschroqML avec la "X!Tandem pipeline" (http://pappso.inra.fr/bioinfo/xtandempipeline/).

MassChroQ est un logiciel libre et gratuitement téléchargeable sous licence GPL.

Contexte d’utilisation du logiciel

MassChroQ est utilisé dans des laboratoires de protéomique généralement pour quantifier les peptides identifiés dans un ensemble d'échantillons analysés par LC-MS (Chromatographie Liquide - Spectromètrie de Masse). Les fichiers .raw issus des spéctromètres de masse sont d'abord convertis en mzXML ou mzML avec un outil approprié. Les peptides sont identifiés avec l'outil d'identification de votre choix. Puis l'utilisateur écrit le fichier masschroqML contenant les informations relatives à l'analyse qu'il veut effectuer (le chemin des fichiers mzXML, le type de l'alignment désiré, etc.). Le mieux est de partir d'un fichier masschroqML pré-rempli et de l'adapter à ses données. C'est dans ce fichier que l'utilisateur précise les marquages isotopiques effectués, les fractions similaires etc. Pour plus d'informations, une documentation complète, une FAQ et des exemples se trouvent sur la page web du logiciel.

Publications liées au logiciel
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 26/03/13
  • Correction mineure : 05/09/13
Mots-clés

DIRAC : cadre et composants pour créer des systèmes de calcul distribués

Une fiche Dév Ens Sup est en relation avec cette fiche, consultez-la pour plus d'informations : DIRAC
Description
Fonctionnalités générales

DIRAC, Distributed Infrastructure with Remote Agent Control, est un cadre logiciel pour créer des systèmes de calcul distribués. Il a été développé pour répondre aux besoins de l'expérience LHCb au CERN pour le traitement de ses données sur la grille de calcul. Maintenant le système offre une solution générale pour la gestion des tâches de calcul et des données distribuées. Il est léger, robuste et extensible, adaptable aux évolutions rapides de la grille. Il prend en compte des ressources hétérogènes ce que inclut les grilles de calcul, les clouds ou bien les grappes de processeurs indépendants. L'architecture modulaire de DIRAC permet l'adaptation facile des fonctionnalités aux nouveaux besoins des communautés des utilisateurs.

Les fonctionnalités principales de DIRAC sont :

  • Gestion de productions MC (Monte Carlo), du traitement de données et de tâches d'analyse :
    - Utilisation des jobs pilots - le concept introduit par DIRAC
    - Gestion des politiques de la communauté des utilisateurs
    - Agrégation des ressources hétérogènes de façon transparente pour les utilisateurs
    - Système de récupération des échecs
  • Gestion de données :
    - Opérations sur les fichiers et enregistrement dans les catalogues de répliques et de métadonnées
    - Utilisation des catalogues standards grille (LFC, catalogue des fichiers d’une VO) ou de catalogue DIRAC performant avec la possibilité de définir les métadonnées d'utilisateurs. Plusieurs catalogues peuvent être utilisés simultanément
    - Distribution automatique de données
    - Contrôle d'intégrité de données
    - Monitoring des ressources de stockage
  • Gestion de productions massives :
    - Création et soumission automatiques de jobs pour le traitement de données selon des scénarios prédéfinis

DIRAC est une "solution de grille" générale et complète pour une ou plusieurs communauté d'utilisateurs.

Autres fonctionnalités
  • Service d'accounting de toutes les opérations
  • Portail Web
  • - Soumission et monitorage des jobs, récupération des résultats
    - Monitorage de tous les services de DIRAC
    - Accès aux données d'accounting

  • Journalisation des événements pour tous les composants de DIRAC
  • Service pour la configuration de tous les composants de DIRAC
  • Le cadre logiciel DIRAC respecte les standards de sécurité de la grille (DISET, DIRAC Secure Transport Extension)
Interopérabilité

DIRAC permet l'intégration de ressources hétérogènes ce qui donne une solution au problème d'interopérabilité entre différentes grilles de calcul, clouds et clusters locaux

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Installation actuellement utilisée pour les formations EGI et potentiellement disponible comme instance de test pour d’autres organisations virtuelles.

Depuis mai 2012, un service mutualisé et multidisciplinaire de France Grilles est offert aux utilisateurs France Grilles sur la base de DIRAC. Une dizaine d'organisations virtuelles regroupant des utilisateurs utilisent ce service dont l'organisation virtuelle "nationale" de France Grilles.
L'équipe des administrateurs est distribuée sur plusieurs sites, des agréments entre les différents partenaires sont en cours de mise en place pour formaliser le fonctionnement du service.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Dans un contexte d'utilisation hors de l'expérience LHCb :

- documentation incomplète
- absence de liste de diffusion ou de discussion
- support limité

Environnement du logiciel
Plates-formes

UNIX, MAC pour le client DIRAC, UNIX pour le serveur DIRAC

Logiciels connexes

Intergiciel gLite :
nécessaire pour l'utilisation des ressources WLCG.

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

PanDA, AliEn, GlideIn WMS, Phedex

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Projet international dans le cadre de LHCb :
10-12 développeurs venant de France, Espagne, Allemagne, Russie et le CERN

Eléments de pérennité
  • Utilisé dans le cadre de LHCb : prévision d'utilisation pendant toute la durée d'exploitation de données du LHC
  • Développement de nouvelles fonctionnalités assez fréquent pour les besoins de LHCb
  • Adopté par d'autres communautés (HEP, astroparticules, biologie, France Grilles, etc.)
Références d'utilisateurs institutionnels

WLCG, GISELA, CERN, KEK, Université de Barcelona, CREATIS (INSA Lyon), Centre de Calcul de l'IN2P3, France Grilles

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Les utilisateurs disposent d'un forum et d'un système de tickets.

Il existe également une liste de discussion pour les utilisateurs dans le cadre de LHCb : dirac-grid-l@in2p3DOTfr.

Pour les développeurs, il existe un forum.

Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)
  • Interface utilisateur en ligne de commande ou par un portail web.
  • DIRAC est programmé principalement en Python et les APIs sont fournis dans ce langage.
Contributions

Dans le cadre de LHCb ou dans le cadre d'un autre projet utilisant DIRAC. DIRAC est un projet "open source" ouvert aux contributions des développeurs intéressés.

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 16/02/12
  • Correction mineure : 16/02/12
Mots-clés
Pour aller plus loin

ergatis : moteur de workflow

Description
Fonctionnalités générales

Ergatis est un outil web qui permet de créer, d'exécuter, de superviser des pipelines d'analyses.
Il contient des composants bioinformatiques pré-intégrés mais peut très bien intégrer n'importe quel type de composants s'exécutant en ligne de commande.
Cette interface est basée sur l'outil workflow du TIGR (The Institute for Genomic Research) et peut donc être utilisée aussi bien sur une seule machine que sur un cluster de calcul (ordonnancé avec SGE, CONDOR, PBS ...).

Autres fonctionnalités
  • Ergatis gère les itérations sur une liste de fichiers
  • Il permet d'enregistrer des pipelines pré-configurés pour les relancer ou de ré-exécuter des pipelines déjà joués
  • L'accès aux fichiers d'entrée se fait directement par le chemin absolu sur le serveur (pas besoin d'uploader les données contrairement à Galaxy)
  • L'authentification LDAP est très bien gérée.
Interopérabilité

Les composants fournis sont basés sur les formats BSML.
L'implémentation actuelle comprend un support pour le chargement des données dans le projet de bases de données suivant le schéma CHADO.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Sur la plateforme Bioinformatique Genotoul, plusieurs pipelines de traitement de données NGS ont été mis en place pour injecter les données dans notre système NG6. Nous avons aujourd'hui des pipelines pour traiter des données 454 et Illumina, le démultiplexage est intégré et permet ensuite de lancer chaque composant en parallèle sur les différents lots dé-multiplexés.

Au sein de l'équipe de Génomique des Systèmes Intégrés du laboratoire LMGM, ergatis a été utilisé pour la composition et l'exécution d'un pipeline d'analyses bioinformatiques. Le pipeline est décomposé en tâches, certaines pouvant être exécutées en parallèle, correspondant à des programmes en ligne de commande développés par l'équipe. Une fois le système pris en main, la création de nouveaux nœuds de traitement correspondant à des programmes en ligne de commande est aisée. L'interface d'ergatis permet la composition de workflows à partir des nœuds de traitement disponibles, avec des traitements en série ou en parallèle. Cette interface est plutôt destinée à des utilisateurs connaissant les logiciels sous-jacents aux traitements effectués (notamment les entrées/sorties de chaque tâche).

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes
  • La limitation principale est la gestion des structures conditionnelles qui n'est pas faite
  • Les données sont stockées dans un répertoire commun
  • De plus Ergatis est largement moins ergonomique que Galaxy, un biologiste devra être formé pour pouvoir utiliser cette interface
  • Enfin ergatis est assez lourd et compliqué à installer (très nombreuses dépendances).
Environnement du logiciel
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Ergatis fait partie des logiciels distribués par le projet GMOD (http://www.projet-plume.org/fr/ressource/gmod)

Eléments de pérennité

Le fait qu'Ergatis fasse partie de gmod est en soi un gage de pérennité.

Références d'utilisateurs institutionnels

Plateforme Bioinformatique - Unité BIA - INRA Toulouse : utilisation quotidienne.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
  • Liste de diffusion utilisateur ergatis-users [at] lists [dot] sourceforge [dot] net
  • Liste de diffusion développeur ergatis-devel [at] lists [dot] sourceforge [dot] net
  • Support sur la forge : http://sourceforge.net/projects/ergatis/support
Documentation utilisateur
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 21/11/11
  • Correction mineure : 23/08/13
Mots-clés

QTLMap : détection de QTL en population consanguine (agronomie)

Une fiche Dév Ens Sup est en relation avec cette fiche, consultez-la pour plus d'informations :
Description
Fonctionnalités générales
  • Détection de QTL (Quantitative Trait Loci - locus de caractères quantitatifs) en familles de demi-frères ou mélange de demi-frères/plein frères
  • Supporte des données à distribution gaussienne, discrètes ou données de survie (modèle de Cox)
  • Supporte les analyses eQTL
Autres fonctionnalités
  • Prise en compte de 1 ou 2 QTL liés dans la population
  • Analyses unicaractères ou multi-caractères (techniques multivariées par analyses discriminantes)
  • Les effets d'environnement (fixes et covariables) et leurs interactions avec le QTL peuvent également être inclus dans l'analyse
  • Prise en compte de variances familiales hétérogènes
  • Probabilités de transmission des allèles grands-parentaux et détermination d'haplotypes adaptés aux SNP
  • Détermination empirique des seuils par permutations des phénotypes ou simulation sous l'hypothèse nulle
  • Détermination de la puissance et de la précision de design QTL
  • Prise en compte du déséquilibre de liaison entre familles et de liaison dans les familles (LDLA analyses)
Interopérabilité

QTLmap est développé en fortran 95 et utilise OpenMP API (programmation parallèle).

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Utilisation en routine pour des analyses QTL
Avantages majeurs :

  • Facile d'utilisation
  • Calculs rapides
  • Support technique rapide et efficace
  • Possibilité de travailler en interface web ou en ligne de commande sous environnement Unix-like
Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Estimation des intervalles de confiance toujours en développement

Environnement du logiciel
Environnement de développement
Références d'utilisateurs institutionnels

UR631 Station d'Amélioration Génétique des Animaux
UMR1313 Génétique Animale et Biologie Intégrative
UMR598 INRA-AgroCampus Rennes – Génétique Animale

Plateforme bioinformatique Genotoul (http://bioinfo.genopole-toulouse.prd.fr/)
Plateforme bioinformatique Genouest (http://www.genouest.org/)
Centre de Traitement de l'Information Génétique

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

qtlmap-users [at] listes [dot] inra [dot] fr

Documentation utilisateur
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 07/03/12
  • Correction mineure : 11/09/12
  • Auteur de la fiche : Franck Perez (Institut Curie - Dynamique et Compartimentation Cellulaires)
  • Responsable thématique : Christelle Dantec (CRBM)
Mots-clés

serial cloner : manipuler & visualiser des séquences d'ADN, préparer des projets de clonage

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.

 

Une fiche logiciel décrit plus en détail ce développement, consultez la pour plus d’informations : Serial Cloner
Fonctionnalités générales du logiciel

Serial Cloner permet de produire :

  • des cartes de restriction graphiques et textuelles où les sites de restrictions et 'Features' sont visibles,
  • de trouver les sites uniques, absents,
  • de produire des cartes de restriction "silencieuses".

Il est aussi possible de réaliser des restrictions et PCR virtuelles, de préparer des adaptateurs ou shRNA et de réaliser des clonages par ligation ou par recombinaisons homologues. Serial cloner produit aussi des alignements de séquences en local ou via le NCBI. Une interface Web est incluse, utile notamment pour récupérer des séquences sur les serveurs de l'EBI ou du NCBI. La version 2.5 gère aussi les séquences protéiques.

L'interface a été pensée pour permettre un accès rapide aux paramètres de présentation et aux différentes fonctions.

Les fichiers produits sont lisibles par DNA Strider et un export au format GenBank et Fasta est possible. Les fichiers au format texte, fasta, GenBank, EMBL, Ape, pDRAW MacVector et Vector NTI peuvent être importés.

Serial Cloner existe pour MacOSX et WIndows (XP, Vista, Seven). Une version Linux, moins avancée, est aussi disponible.

Contexte d’utilisation du logiciel

Serial Cloner est utile pour prévoir et mener à bien des projets de biologie moléculaire et pour garder les références des constructions utilisées au laboratoire.

Publications liées au logiciel

Site hébergeur : http://www.serialbasics.com/Serial_Cloner.html

  • Cité dans le livre "Plasmids: Current Research and Future Trends", par Georg Lipps, Caister Academic Press, 2008
  • Cité dans le livre "Advanced Intelligent Computing Theories and Applications", Springer-Verlag Berlin and Heidelberg GmbH & Co. K, 201
  • Une critique sur BiteSizeBio : http://bitesizebio.com/2009/10/08/free-molecular-b...
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 20/04/11
  • Correction mineure : 14/05/13
  • Auteur de la fiche : Laurent Garnier (OSUR)
  • Responsable thématique : Dirk Hoffmann (Centre de Physique des Particules de Marseille (CPPM-IN2P3))

Geant4 : boîte à outils pour la simulation du passage des particules à travers la matière

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : Geant4.9.6p01 - 30 Novembre 2012
  • Licence(s) : Autre - Geant4 Software License : Installation, use, reproduction, display, modification and redistribution of this software, with or without modification, in source and binary forms, are permitted on a non- exclusive basis. Any exercise of rights by you under this license is subject to the following conditions (...)
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) :

    Logiciel développé au niveau mondial. Les principaux laboratoires collaborateurs se trouvent dans le domaine de la physique des hautes énergie :

    • KEK (Japon), CERN (Genève), SLAC (Etats-Unis), IN2P3 (France), INFN (Italie)
  • Contact concepteur(s) :

    http://geant4.web.cern.ch/geant4/collaboration/contacts.shtml

  • Laboratoire(s), service(s)... : CC-IN2P3, CENBG, CERN, IPHC, IPNO, LAL, LAPP, LLR, LPC Clermont, LPNHE, SOLEIL Synchrotron, et d'autres (voir http://geant4.in2p3.fr/spip.php?rubrique3&lang=en )

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Geant4 est une boîte à outils écrite en C++ pour la simulation du passage des particules à travers la matière.

La simulation passe par plusieurs étapes :

  • Construction et modélisation du détecteur/faisceau de particules
  • Lancement du simulateur :
    - Simule le passage des particules à travers la matière. Il prend en compte les interactions et les processus de désintégration radioactive possibles.
    -
    Réponse du détecteur: Enregistre une particule quand elle entre dans le volume lié au détecteur et simule la réponse réelle du détecteur.
    -
    Enregistrement des détails de chaque run (un run est une collection d'évènements - events).
  • Visualisation/Analyse des résultats : Geant4 offre plusieurs options pour la visualisation, incluant OpenGL, VRML, Coin3d, X11, Viewer multiplate-formes basé sur la librarie Qt, ...
Contexte d’utilisation du logiciel

Ses domaines d'application sont les hautes énergies, la physique des accélérateurs, ainsi que certaines études en médecine et sciences spatiales. Les principales expériences du CERN (ATLAS, LHCb, CMS...) utilisent Geant4 pour simuler la réponse de leurs détecteurs à un évènement donné.

Publications liées au logiciel

Extrait de geant4.in2p3.fr :

2011

  • Investigation of Low-Energy Proton Effects on Aptamer Performance for Astrobiological Applications, M. Baqué, A. Le Postollec, C. Ravelet, E. Peyrin, G. Coussot, I. Desvignes, S. Incerti, P. Moretto, M. Dobrijevic, O. Vandenabeele-Trambouze (link)
  • Physical models implemented in the Geant4-DNA extension of the Geant4 toolkit for calculating initial radiation damage at the molecular level, C. Villagrasa, Z. Francis, S. Incerti, published in Rad. Prot. Dos. 143, 2-4 (2011) 214-218 (link)
  • Molecular scale track structure simulations in liquid water using the Geant4-DNA Monte Carlo processes, Z. Francis, S. Incerti, R. Capra, B. Mascialino, G. Montarou, V. Stepan, C. Villagrasa, Appl. Radiat. Isot. 69 (2011) 220-226 (link)

2010

  • Comparison of Geant4 very low energy cross section models with experimental data in water, S. Incerti, A. Ivanchenko, M. Karamitros, A. Mantero, P. Moretto, H. N. Tran, B. Mascialino, C. Champion, V. N. Ivanchenko, M. A. Bernal, Z. Francis, C. Villagrasa, G. Baldacchino, P. Guèye, R. Capra, P. Nieminen, C. Zacharatou, Med. Phys. 37 (2010) 4692-4708 (link)
  • The Geant4-DNA project, S. Incerti, G. Baldacchino, M. Bernal, R. Capra, C. Champion, Z. Francis, S. Guatelli, P. Guèye, A. Mantero, B. Mascialino, P. Moretto, P. Nieminen, A. Rosenfeld, C. Villagrasa and C. Zacharatou, Int. J. Model. Simul. Sci. Comput. 1 (2010) 157–178 (link)
  • Effect of a magnetic field on the track structure of low-energy electrons: a Monte Carlo study, M. U. Bug, E. Gargioni, S. Guatelli, S. Incerti, H. Rabus, R. Schulte, A. B. Rosenfeld, Eur. Phys. J. D (2010) 1-8 (link)

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Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 07/03/11
  • Correction mineure : 27/10/11
Mots-clés

ActivPlanning : système de réservation pour équipements mutualisés

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Système : Windows
  • Version actuelle : 5.0 - 10/02/2011
  • Licence(s) : choix en cours, contacter l'auteur - Logiciel gratuit pour les structures académiques, pour les autres, me contacter.
  • Etat : validé (au sens PLUME)
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Michel MORCIANO
  • Contact concepteur(s) : michel.morciano@unistra.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : LBP

 

Fonctionnalités générales du logiciel

ActivPlanning est un logiciel "full web" de gestion de planning. Il peut etre utilisé pour la gestion de salles, d'objets à utilisation commune, mais il a été plus particulièrement construit pour répondre à la demande de laboratoires de recherche voulant mutualiser des équipements.
ActivPlanning permet de facturer l'utilisation selon le critère "temps", "expérience" ou "demande de travail" dans le cas d'un planning intemporel.
Une gestion des consommables utilisés est intégrée au logiciel.
Une fonction permet l'exportation des données vers Excel.

ActivPlanning inclut un module permettant au responsable d'un équipement de proposer à la personne qui réserve de spécifier (jusqu'à) plusieurs dizaines de paramètres de conditions expérimentales.
La personne qui réserve peut aussi attacher un ou des fichier(s) (maximum 5) à la réservation à destination du responsable de l'équipement qui, à son tour peut attacher un second fichier en retour.
Des outils intégrés à l'application permettent à l'administrateur de construire le formulaire de conditions experimentales par l'ajout d'objets : menus déroulants, cases à cocher etc...

Les paramètres de conditions expérimentales, ainsi que les fichiers attachés restent attachés à la réservation, ils sont archivés et toujours disponibles en ligne.

Le logiciel ActivPlanning s'est enrichi d'un gestion fine des utilisateurs à travers leur profil. Ceux-ci disposent de droits et de privilèges sur les plannings de réservation. Un utilisateur peut être administrateur, gestionnaire (moins de droits), simple utilisateur ou utilisateur "dégradé" (sa réservation doit être validée par le responsable de l'équipement avant d'apparaitre). Enfin un utilisateur peut se voir interdire de réserver un ou plusieurs appareils, voir tous les appareils.

ActivPlanning, ainsi que sa présentation ont été voulues volontairement simplissimes pour l'utilisateur final. Néanmoins, il est possible de modifier la charte graphique ainsi que personnaliser facilement le contenu.

Le système tient en temps réel un état d'utilisation des plannings en pourcentage sur le mois et l'année.
Il permet aussi de connaitre le temps d'utilisation et le pourcentage d'utilisation de chaque équipe.

Des sous fonctions peuvent être activées :
Limiter une éventuelle monopolisation d'un appareil en instaurant un quota glissant par équipe.
Suppression sous condition de la réservation par l'utilisateur.

Une fonction est en développement: facturation par projet.

Contexte d’utilisation du logiciel

ActivPlanning est généralement initié soit par le responsable du plateau technique qui veut dématérialiser les réservations et faciliter le reporting et la facturation, soit par la structure gérant l'ensemble des plateformes d'une structure de type centre de recherche ou IFR.

L'application nécessite peu de ressources informatiques, au minima un pc serveur avec windows xp ou 2008 server (production).
ActivPlanning n’a besoin d’aucun logiciel additionnel pour fonctionner.

La base de donnée de type SQL est crée avec Microsoft access. Il n'est pas nécessaire de posséder une licence access sur le serveur.
La sauvegarde des données du système est la même que pour les autres postes du parc et le serveur ActivPlanning peut intégrer un protocole existant.
Une instance d'ActivPlanning peut gérer plusieurs dizaines de plannings, il est possible de multiplier les instances sur un serveur.

Contexte d'utilisation: ActivPlanning est en production, outre les 2 instances de la faculté de pharmacie de Strasbourg, à l'institut Gustave Roussy (villejuif), à l'IFR02 (Hopital bichat, Paris18), au centre de recherche de la Pitié Salpétrière ainsi qu'à la faculté de médecine d'Angers.

Diffusion du logiciel.
ActivPlanning n'est pas disponible en libre acces en téléchargement mais si une structure académique désire l'avoir, je peux le transmettre.
Dans la majorité des cas, je propose de faire une démonstration sur site, puis en cas favorable, je propose une installation "clé en main" qui comporte si besoin l'aide à la définition du devis du serveur, l'installation du système, la configuration et adaptation à la charte graphique et la formation des utilisateurs aux fonctions d'administration du logiciel, à la gestion des comptes d'utilisateurs et à la facturation.

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 04/03/11
  • Correction mineure : 04/03/11
Mots-clés

PlayMOBY : environnement de déploiement et de surveillance de web-services BioMOBY

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like
  • Version actuelle : 20110201 - 2011/02/01
  • Licence(s) : CeCILL
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Sébastien Letort, Sébastien Carrere, Jérôme Gouzy.
  • Contact concepteur(s) : sebastien.carrere@toulouse.inra.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : LIPM

 

Fonctionnalités générales du logiciel
  • PlayMOBY est un environnement de déploiement, d'exécution et de surveillance de web-services BioMOBY.
  • PlayMOBY se compose de scripts et bibliothèques écrits en Perl.
  • PlayMOBY utilise la description Mobyle (Neron et al., 2009, cf. aussi http://www.projet-plume.org/fr/relier/mobyle) des services pour les déployer sur un ou plusieurs annuaire BioMOBY.
  • L'exécution du web-service ne demande aucun développement BioMOBY, le tout étant masqué par des modèles (templates).
  • Lors du déploiement, des données de test peuvent être embarquées permettant d'exécuter des tests fonctionnels sur les web-services. Un rapport est généré à chaque exécution de test fonctionnel et des alertes sont envoyées s'il y a non conformité.
Contexte d’utilisation du logiciel

Déploiement automatisé de web-services bioinformatiques dans le cadre des projets LeGOO , HeliaGene, Narcisse, iANT et BIOS (http://lipm-bioinfo.toulouse.inra.fr/biomoby)

Publications liées au logiciel

Néron B, Ménager H, Maufrais C, Joly N, Maupetit J, Letort S, Carrere S, Tuffery P, Letondal C. (2009) Mobyle: a new full web bioinformatics framework. Bioinformatics. 25(22):3005-11.

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 23/02/11
  • Correction mineure : 11/04/11
Mots-clés

BioRica : décrire et simuler les systèmes multi-modèles en biologie

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 0.9
  • Licence(s) : CeCILL
  • Etat : en développement
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Alice Garcia
  • Contact concepteur(s) : alice.garcia@inria.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : INRIA Bordeaux, LABRI

 

Fonctionnalités générales du logiciel

BioRica sert à décrire mathématiquement le comportement de systèmes biologiques complexes.

C’est une plateforme logicielle permettant la simulation de systèmes en biologie à partir de leur description. Il permet de réutiliser des modèles biologiques existants et de les combiner en modèles plus complexes.

Son originalité est de proposer la composition hiérarchique de modèles existants validés et d’y associer une sémantique rigoureuse.
Les modèles Biorica sont hybrides : composés d’éléments continus (décrits par des systèmes d’équations différentielles), ou discrets (décrits par des automates temporisés).

Contexte d’utilisation du logiciel

BioRica est destiné à des biologistes cherchant à décrire des phénomènes dynamiques complexes en réutilisant au maximum des modèles existants validés.

Exemples d'application :

  • Œnologie : modélisation de la fermentation en fonction des conditions de vinification.
  • Santé : modélisation d'un système immunitaire.
Publications liées au logiciel

Mixed-formalism hierarchical modeling and simulation with BioRica; Garcia Alice; Sherman David James; In 11th International Conference on Systems Biology, Oct. 10, 2010, Edinburgh, United Kingdom, P02.446; http://hal.inria.fr/inria-00529669

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 22/02/11
  • Correction mineure : 22/02/11
Mots-clés

FATAL : génération automatique de portail Web pour l'annotation fonctionnelle

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like
  • Licence(s) : CeCILL
  • Etat : diffusé en beta
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Sébastien CARRERE
  • Contact concepteur(s) : sebastien.carrere@toulouse.inra.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : LIPM

 

Fonctionnalités générales du logiciel

FATAL automatise le déploiement de portails web nécessaires à l'analyse fonctionnelle de séquences. FATAL a été développé en particulier pour l'analyse de transcrits (clusters d'ESTs typiquement) et peptides associés, mais peut être utilisé pour analyser tout type de séquence.

Le principe est le suivant : à partir d'un lot de séquences et d'un fichier de configuration, FATAL construit un portail web ainsi qu'un lot de scripts afin de :

  1. exécuter des analyses fonctionnelles (interpro, blasts), stocker et indexer les résultats,
  2. générer un portail web comprenant les outils standards de la bioinformatique (navigateur, moteur de recherche, serveur blast, serveur PatScan).
Contexte d’utilisation du logiciel
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