biologie

Logiciels (logiciels libres en majorité) ou ressources (liées aux logiciels) utiles aux chercheurs et enseignants en biologie
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 22/02/11
  • Correction mineure : 12/04/12
Mots-clés

ANISEED : modélisateur du développement de l'ascidie

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : ANISEED V3.0 - 03/05/2007
  • Licence(s) : GPL
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Olivier Tassy, Fabrice Daian, Delphine Dauga, Daniel Sobral, Pierre Khoueiry
  • Contact concepteur(s) : Delphine.DAUGA@univmed.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : IBDML

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Le système ANISEED (Ascidian Network for In Situ Expression and Embrylogical Data) permet une représentation du développement embryonnaire de l'ascidie au niveau du génome (séquences cis-regulatrices, expressions géniques, annotations de protéines), de la cellule (morphologie, destin, induction, lignée) ou de l’embryon complet (anatomie, morphogenèse).

Le contenu de la base de données peut être exploré par l'intermédiaire d'un navigateur web classique. Une partie des données peut être affichée dans leur contexte génomique via un navigateur d’informations à l’échelle génomique (GBrowse).

Un module additionnel, appelé "3D virtual embryo",  permet de manipuler des représentations tridimensionnelles de l’embryon et de décrire quantitativement les formes et l’organisation des cellules. Ce module permet aussi de combiner les informations moléculaires et embryologiques contenues dans la base à l’embryon virtuel. 

Les ascidies sont des chordés invertébrés marins qui présentent un plan du corps larvaire semblable à celui des vertébrés. Leurs embryons se composent cependant d’un nombre très restreint de cellules et se développent avec un lignage constant. Ainsi, les embryons d’ascidies, permettent de décrire le développement, et les profils d’expression des gènes avec une résolution cellulaire, tout en étant phylogénétiquement proches des vertébrés.

Contexte d’utilisation du logiciel

ANISEED est le premier système intégratif pour l'ascidie et, de ce fait, est largement utilisé dans le secteur de recherche associé.
Au cours des deux dernières années, le système a reçu 51.000 visiteurs uniques, principalement de France, du Japon, des Etats-Unis, et d'Italie, pays regroupant un certain nombre de laboratoires ascidie.

De plus, le caractère générique du système ainsi que ses principes de conception peuvent servir d'exemple pour l'avenir des bases de données d'organisme modèle.

Publications liées au logiciel

Tassy, O., Dauga, D., Daian, F., Sobral, D., Robin, F., Khoueiry, P., Salgado, D., Fox, V., Caillol, D., et al. Digital representation of embryonic development: the ANISEED system.
Genome Research 2010 Oct;20(10):1459-68

Sobral, D., Tassy, O., and Lemaire, P. Highly divergent gene expression programs can lead to similar chordate larval body plans.
Curr Biol. 2009 Dec 15;19(23):2014-9.

Tassy, O., Daian, F., Hudson, C., Bertrand, V., and Lemaire, P. A quantitative approach to the study of cell shapes and interactions during early chordate embryogenesis.
Curr Biol. 2006 Feb 21;16(4):345-58.

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 15/02/11
  • Correction mineure : 15/02/11
Mots-clés

pDynamo : modélisation moléculaire et simulation des protéines

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, MacOS X
  • Version actuelle : 1.5.0 - 16/07/2010
  • Licence(s) : CeCILL-B
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Martin J. Field
  • Contact concepteur(s) : martin.john.field@gmail.com
  • Laboratoire(s), service(s)... : IBS, Pittsburgh Supercomputing Center

 

Fonctionnalités générales du logiciel

pDynamo est un logiciel de modélisation moléculaire écrit en Python et en C. Il est conçu pour faire les simulations des protéines et des autres macromolécules biologiques en utilisant les potentiels hybrides de la chimie quantique et de la mécanique moléculaire.

Contexte d’utilisation du logiciel

Modélisation de la dynamique et de la réactivité des protéines.

Publications liées au logiciel
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 06/10/11
  • Correction mineure : 25/11/13
Mots-clés

circos : visualisation synthétique de données de génomique comparée (ou tout autre réseau)

Description
Fonctionnalités générales

Circos a été conçu pour représenter des chromosomes et les liens entre ces chromosomes. La représentation adoptée est circulaire, ce qui permet selon l'auteur de représenter un maximum de données relationnelles tout en minimisant la surface utilisée.

Circos permet de représenter les chromosomes sous forme d'arcs de cercle et d'y ajouter tout type d'information (bandes cytogénétiques, gènes, exons, emplacement des régions promotrices, etc). À chaque élément peut être associé un nom, et une ou plusieurs couches d'informations supplémentaires placées de part et d'autre de l'arc de cercle représentant le chromosome. Il est possible de représenter des données se distribuant le long des chromosomes sous différentes formes (nuage de points, histogramme, diagramme...). Un exemple classique serait la représentation du taux de GC. Les liens entre les chromosomes (ou entre les sous-éléments des chromosomes) sont représentés sous la forme de rubans plus ou moins étroits, qui peuvent passer par l'intérieur ou l'extérieur du cercle défini par les chromosomes.

Il est également possible de dilater certaines zones des chromosomes afin de mettre en évidence des détails plus fins. Les idéogrammes en forme d'arc (les chromosomes) peuvent se placer à différentes distances du centre.

La configuration de la représentation se fait au moyen d'un fichier de type Apache, à partir duquel il est possible d'inclure d'autres fichiers. Les images générées peuvent être matricielles (format PNG) ou vectorielles (format SVG). En fonction de la complexité des données à tracer et du niveau de détails requis par l'utilisateur, le temps de génération et le poids des fichiers peuvent être important : de quelques minutes à plusieurs heures, et de quelques centaines de kilo-octets à quelques dizaines de méga-octets.

Autres fonctionnalités

Bien que le logiciel ait été écrit à la base pour la représentation des chromosomes, il permet de représenter n'importe quels liens sous forme circulaire. Le site du logiciel indique que Circos a été utilisé par les médias pour représenter le temps de parole des candidats à la présidence américaine, les liens entre les personnages de la série "Lost" ou encore les liens entres des tables d'une base de données.

Interopérabilité

Le fichier de configuration est de type Apache.
Les fichiers de données sont dans un format texte tabulé propre à Circos, mais proche du format Bed.
La sortie graphique utilise des formats graphiques standards (png ou svg).

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Circos a été intégré au site Narcisse (navigateur de génomes comparés) pour représenter les liens de synténies entre les chromosomes des organismes.
Actuellement, la représentation proposée est la plus simple (idéogrammes des chromosomes simples, pas d'autres graphiques que les liens, pas de label). Circos est capable de générer une carte de clic (map) qui nous permet de rediriger vers notre propre représentation. http://narcisse.toulouse.inra.fr/animals/cgi-bin/n... pour un exemple de Circos intégré à Narcisse

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Il est difficile de maitriser rapidement toutes les fonctionnalités. Si on est pressé, je recommande de partir de l'un des fichiers de configuration utilisé dans le tutoriel (très complet).

Environnement du logiciel
Plates-formes

Ce logiciel s'exécute sur tout système pouvant exécuter un programme Perl.
Ce logiciel demande d'installer des modules du CPAN.

Environnement de développement
Eléments de pérennité

Le logiciel est distribué sous licence GPL, une seule personne le développe.
Un groupe Google existe pour gérer les problèmes des utilisateurs.

Références d'utilisateurs institutionnels

http://mkweb.bcgsc.ca/circos/in_literature/
Cette page liste les publications ayant utilisé une représentation de Circos.
Circos a été présenté au "Bioinformatics and Comparative Genome Analysis course" (http://www.pasteur.fr/~tekaia/BCGA2010/BCGA2010_Pr...) à l'institut Pasteur.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 28/01/11
  • Correction mineure : 28/01/11
Mots-clés

PyroCleaner : nettoyer des lectures issues de pyroséquencage

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like
  • Version actuelle : 1.0
  • Licence(s) : GPL
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, sans développement en cours
  • Concepteur(s) : Plateforme Bioinformatique, Genotoul (http://bioinfo.genotoul.fr)
  • Contact concepteur(s) : support.genopole@toulouse.inra.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : Genotoul

 

Fonctionnalités générales du logiciel

PyroCleaner est un script python permettant de nettoyer les lectures issues du séquenceur 454 afin de faciliter l'exécution d'un assembleur. Il filtre les séquences dupliquées et supprime les séquences selon des critères tels que la taille, la complexité et le nombre de bases indéterminées (N). Il permet aussi de nettoyer les séquences paired-end et génère 2 fichiers, un premier avec les paired-ends validés et un second pour les séquences shotgun.

PyroCleaner accepte les formats de fichiers sff, fasta et fastq et peut générer ces mêmes formats en fonction des paramètres utilisés.

Contexte d’utilisation du logiciel

Pyrocleaner est utilisé en routine afin de nettoyer les données génomiques obtenues par du séquençage 454. Il a par exemple été utilisé afin de nettoyer l'ensemble des données 454 lors de l'assemblage du génome de la tomate.

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 27/01/11
  • Correction mineure : 28/04/11
Mots-clés

TASE : outil en ligne permettant la recherche de régions candidates par analyse de données SNP

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système :
  • Version actuelle : 5.0.1 - 14/04/2011
  • Etat : utilisé en interne
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : M.HEBRARD, C.HAMEL, G.MANES, I.MOUGENOT
  • Contact concepteur(s) : maxime.hebrard@inserm.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : INSERM-U583, LIRMM

 

Fonctionnalités générales du logiciel

TASE est un outil en ligne dédié à l'étude de familles atteintes d'une maladie héréditaire.

  • A partir de données "génome entier" du type SNP (Single nucleotide polymorphism) , TASE recherche des régions candidates susceptibles de contenir le gène responsable de la maladie.
  • TASE analyse les données de puces à ADN de 10K jusqu'à 900K.
  • TASE présente une interface web permettant une utilisation par navigation et clic.

Il est écrit en Javascript et Perl-cgi.

Autres fonctionnalités :

  • Affichage de l'arbre généalogique générés à l'aide du logiciel cranefoot
  • Tests spécifiques selon le profil de la famille : transmission autosomique dominante ou récessive, famille consanguine ou non.
  • Choix des individus à inclure dans chaque test, et modification de leur statut possible (sain ou malade).
  • Choix des chromosomes à analyser.
  • Visualisation graphique des résultats génome entier ou chromosome spécifique.
Contexte d’utilisation du logiciel

Mon laboratoire étudie des familles atteintes de rétinopathie pigmentaire. Ce sont des maladies monogéniques très hétérogènes.
TASE permet une analyse des données génome entier de type SNP afin de définir des régions candidates.
Ces régions sont ensuite étudiées par des méthodes de séquençage direct afin d'identifier les mutations causales.

Possibilités :

  • Transmission autosomique dominante :
    • Identification du gène responsable de la maladie parmi l'ensemble des gènes connus.
    • Découverte de nouveaux loci ou gènes pour les grandes familles.
  • Transmission autosomique récessive :
  • Identification du gène responsable de la maladie parmi l'ensemble des gènes connus pour de très petites familles (jusqu'à 3 individus suffisent).

Article OPAL - Conception d'une ferme de calcul pour la plateforme bioinformatique ATGC - nov 2010

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 26/01/11
  • Correction mineure : 01/12/11
Mots-clés

Article OPAL - Conception d'une ferme de calcul pour la plateforme bioinformatique ATGC - nov 2010

L’augmentation de la quantité de données biologiques crée des besoins en infrastructure de calcul. L'équipe de recherche Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique (MAB) développe des méthodes et des outils pour la biologie moléculaire à grande échelle. Ces travaux sont valorisés et distribués sur la plateforme ATGC. Les besoins de l'équipe sont liés à deux usages : un usage de production et un usage dédié aux expérimentations. L'équipe RéseauX du Service Technique Informatique (STI-RX) du Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM) a répondu aux besoins de la plateforme en proposant une architecture basée sur Sun Grid Engine et Mosix. L'équipe MAB est autonome sur certaines tâches de gestion, notamment par le biais d'un outil développé en interne : nadm.

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 19/01/11
  • Correction mineure : 03/05/13
Mots-clés

Stockoptions : gestionnaire de containers virtuels pour le laboratoire

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système :
  • Version actuelle : 1.0 - 01-09-10
  • Licence(s) : CeCILL - logiciel référencé DL 04007-01par le CNRS
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Marie-Claire DAGHER
  • Contact concepteur(s) : marie(tiret)claire(point)dagher(at)ujf(tiret)grenoble(point)fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : TIMC-IMAG

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Fonctionnalités

Gestionnaire de tables mysqlFiche Plume qui représentent des containers divers

  • Création automatique de tables mysql standard avec le nom des champs modifiables
  • Ces tables sont répertoriées dans une table, ce qui permet l'affichage automatique en page d'accueil d'un dossier web
  • Possibilité d'afficher, d'éditer les tables, de les archiver sous format csvFiche Plume
  • Les tables peuvent être publiques ou privées, peuvent être protégées par mot de passe
  • Les tables sont attribuées à un utilisateur d'après l'annuaire des membres du laboratoire
  • Un système d'administration de la table mère permet de modifier les droits
  • Les tables gérées par le logiciel peuvent correspondre à diverses activités d'un laboratoire (réunions, commandes, absences, stocks de réactifs, étagères d'un congélateur, etc...)
  • Un système de vote, permet de mimer le rangement des données de la table dans un système mimant une boite de réactifs, on peut ensuite modifier le rangement par des flèches.

Langage

  • Le logiciel est développé en php
  • Son utilisation nécessite un accès internet et une base de données mysql
  • Il est téléchargeable et doit être transféré sur un serveur
  • Son installation crée automatiquement les tables mysql nécessaires
  • Un administrateur désigné comme superutilisateur gère les droits d'accès
  • Pour personnaliser certains containers, une intervention sur la base de données (avec Phpmyadmin par exemple) peut être nécessaire
Contexte d’utilisation du logiciel

Il existe de nombreux outils de gestion de contenu collaboratifs (planning, documents, etc...) renseignables à distance grâce à un interface web.
Stockoptions est particulièrement adapté à la diversité des activités d'un laboratoire de biologie. Ainsi les containers peuvent être aussi bien des commandes, que des absences, que des planning de réunions, mais surtout, ils peuvent mimer des boites de réactifs et des lieux de stockage, grâce à la possibilité d'avoir une représentation graphique correspondant à une boite de l lignes et k colonnes (par exemple étagères d'un congélateur, boite carrée, plaque 96 puits), et de modifier le rangement.
Dans notre laboratoire, les commandes sont gérées à distance par une secrétaire grâce à ce système.
Le contenu des réfrigérateurs et divers lieux de stockage commence à être répertorié dans des containers pour permettre une mise en commun des informations et leur pérennité dans le temps, sachant que le personnel change souvent.

Fiche logiciel à valider
  • Création ou MAJ importante : 04/12/10
  • Correction mineure : 04/12/10
Mots-clés

TONTO : boite à outils de chimie computationnelle

Ce logiciel est en cours d'évaluation par la communauté PLUME. Si vous utilisez ce logiciel en production dans notre communauté, merci de déposer un commentaire.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Téléchargement
  • Version évaluée : version 2.3, révision 3470
  • Langue(s) de l'interface : anglais
  • Licence : GPL

    TONTO est "copyleft" : il est régit par la licence GNU la moins restrictive. Il est libre officiellement et pour toujours.

  • Origine du développement : J. A. Dieudonné
Description
Fonctionnalités générales

En tant qu'utilisateur, TONTO permet de faire les types de calcul suivants :

  • Hartree-Fock/Fonctionnelle de la densité.
  • Calculs de fonctions d'ondes moléculaires produits de géminales non-orthogonales.
  • Cartes de densité de charge, de spin, de courant orbital, de courant solénoïdal, de courant irrotationnel, de potentiel électrique, et des représentations de densité ELF, de fonction de mobilité de Fermi pour tout type de bases gaussiennes et de matrices densités moléculaires.
  • Représentations de densités comme ci-dessus pour des ensembles de molécules ordonnées, sans interactions pour tout groupe d'espace.
  • Représentations de densités comme ci-dessus moyennées sur un état vibrationnel pour des molécules diatomiques.
  • Analyses de populations de Mulliken et Roby.
  • Décomposition de l'énergie SCF en contributions orbitales et paires d'orbitales.
  • Intensités de diffraction élastiques de rayons X et de neutrons polarisés calculés pour des fonctions d'ondes moléculaires sans interactions ordonnées pour tout groupe d'espace.
  • Fit de fonctions d'ondes moléculaires sans interactions ordonnées pour tout groupe d'espace à des données expérimentales de diffraction élastiques de rayons X et de neutrons polarisés.

En tant que programmeur, TONTO donne accès aux outils suivants :

  • Caractéristiques orientées objet automatiques telles que surcharge automatique, routine pre- et post-conditionnées, héritabilité, types paramétrisés, et closures.
  • Outils d'édition avancés comme la reconnaissance et la coloration syntaxique, module de reconnaissance de routines et de navigation.
  • Documentation en ligne HTML, compréhensive, pour chaque module.
  • Une procédure intégrée de compilation et de construction.
  • La possibilité de faire du déboggage personnalisé et des exécutables optimisés, avec notamment vérification automatique des fuites de mémoire, rapports d'erreurs complets comportant les tracebacks des routines et la gestion des appels à la pile.
Autres fonctionnalités

Pour le programmeur, les modules disponibles définissent des objets adaptés pour :

  • la gestion des erreurs, de la mémoire, des appels à la pile et le chronométrage,
  • la manipulation des types de base (entier, double précision, et chaînes de caractères),
  • la manipulation des fichiers binaires, textes, et d'archives,
  • la manipulation des types de tableaux multidimensionnels de toutes sortes,
  • la construction de grilles rectilinéaires pour des plots,
  • la construction de grilles d'intégration pour la DFT,
  • la construction d'isosurfaces 3D,
  • l'utilisation des groupes ponctuels et de leur représentations irréductibles,
  • l'utilisation des groupes d'espace pour traiter la symétrie des cristaux et de leurs mailles élémentaires,
  • l'utilisation de l'extrapolation DIIS pour les vecteurs et les matrices,
  • la manipulation des bases de fonctions gaussiennes, de couches, paires et quadruplets de couches construits à partir de ces bases --- y compris la plupart des intégrales dont vous pouvez avoir besoin un jour,
  • la construction de schémas d'interactions de configurations en champ moyen pour des fonctions produits de géminales et de spectres électroniques pour ces mêmes fonctions
  • la manipulation des types atom et molecule comportant les principaux attributs de ces concepts en chimie quantique.
Interopérabilité

TONTO comprend des interfaces pour les fichiers d'archives d'autres programmes tels que Gaussian, Gamess, ...

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Un permanent développe et utilise ce code au laboratoire ainsi que des étudiants et des visiteurs pour faire des calculs de géminales ou pour calculer des observables relativistes ou cristallographiques. La structure modulaire de TONTO et son langage objet permet à des étudiants de première année tout à fait novices de développer du code et de faire des calculs très facilement.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Les seules méthodes correlées implémentés sont les méthodes DFT et GMFCI, il n'y a pas de routine d'optimisation de géométrie ni de dérivées de l'énergie. Il n'y a pas de modèle de solvatation.

Environnement du logiciel
Plates-formes

Unix

Logiciels connexes

CrystalExplorer logiciel de visualisation qui utilise TONTO comme plateforme (http://www.hirshfeldsurface.net/). Originellement payant, ce logiciel est maintenant gratuit si utilisé pour des recherches à des fins non commerciales et non confidentielles.

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

Il existe de nombreux logiciels de chimie quantique, chacun ayant ses spécificités :

  • Gaussian09, Gamess, Turbomole, Orca, ... Les leaders de la chimie quantique sur molécules.
  • Vasp, Wien2k, Quantum Espresso les logiciels de DFT sur onde planes (cristaux)
  • Crystal09 spécialisé dans les structures 3D sur base localisés
  • MPQC bases localisées, open source, orienté objet en C++
  • BigDFT basé sur des ondelettes, open source et écrit en Fortran

TONTO est différent des autres packages de chimie computationnelle parce qu'il est orienté en premier lieu, mais pas exclusivement, vers les calculs de cristallographie quantique. Le but de ce domaine est d'obtenir des fonctions d'onde précises en incorporant des données cristallographiques de rayons X, de neutrons polarisés,... C'est aussi le seul code implémentant la méthode GMFCI de géminales non orthogonales.

Une autre caractéristique importante de TONTO est qu'il est implémenté dans un langage orienté-objet, appelé Foo, qui est traduit par un préprocesseur en Fortran95. Foo rend automatique la maintenance et la documentation de TONTO. En particulier, la documentation en ligne (web) est générée directement à partir du code.

Il n'y a aucune garantie que Foo demeure traduit en Fortran95. Une traduction en C, ou dans un autre langage orienté-objet, serait relativement aisée et peut s'avérer souhaitable à une date ultérieure si Fortran cessait d'être la meilleure option pour la rapidité des calculs numériques. Par conséquent, on peut espérer une longévité importante pour le code.

La caractéristique la plus intéressante de TONTO est qu'il est libre. Les modules de TONTO peuvent être utilisés sans modification pour son propre travail, qu'il soit à visée commerciale ou non.

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

TONTO est un projet GPL initié par D. Jayatilaka et D. Grimwood hébérgé sur SourceForge. Tout le monde peut devenir développeur après accord du chef de projet et soumettre des modifications via subversion.

Eléments de pérennité

Le nombre de développeurs est passé de 2 à une dizaine en 10 ans.
Le plus grand nombre des utilisateurs sont les utilisateurs du logiciel CrystalExplorer qui connaît un franc succès dans des disciplines différentes (ex. matière condensée) de celle d'origine (la chimie quantique).

La maintenance du langage Foo représente un risque pour la pérennité du logiciel : le même groupe de développeurs doit à la fois développer le langage informatique et le logiciel métier, deux activités contradictoires qui nécessitent des compétences fort différentes.

Références d'utilisateurs institutionnels

Difficile à tracer actuellement, je connais des utilisateurs dans les institutions suivantes : University of Western Australia, University of Liverpool, University of Manchester, Université de Nice, Université libre de Berlin. A signaler aussi une trentaine de personnes appartenant à diverses institutions ayant demandé une licence pour CrystalExplorer qui utilise TONTO comme plate-forme.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Liste de diffusion ou de discussion, support et forums sont accessible facilement à partir du site du logiciel sur SourceForge.

Documentation utilisateur

Une documentation en anglais est générée à partir du code téléchargé par un "make documentation".
Il s'agit d'un système de fichiers HTML permettant de naviguer dans le manuel (très clair avec plein d'exemples) et dans le code (fichiers foo et f95).

Contributions

Ouvrir un compte sur SourceForge, et contacter les administrateurs du projet en indiquant votre souhait de contribuer.

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 23/11/10
  • Correction mineure : 23/11/10
Mots-clés

Populations : calculs de distances génétiques entre populations ou individus

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows
  • Version actuelle : 1.2.32 - 24 février 2010
  • Licence(s) : GPL
  • Etat : validé (au sens PLUME)
  • Support : maintenu, sans développement en cours
  • Concepteur(s) : Olivier Langella
  • Contact concepteur(s) : olivier.langella@moulon.inra.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : Génétique Végétale

 

Une fiche logiciel décrit plus en détail ce développement, consultez la pour plus d’informations : Populations
Fonctionnalités générales du logiciel
  • Calcul de distances génétique entre populations ou individus basé sur les fréquences allèliques.

  • Reconstruction d'arbre phylogénétiques (UPGMA ou Neighbour Joining) à partir de matrices de distances, avec ou sans bootstrap sur les locus ou individus.

  • Calculs de fréquences allèliques, Fstats.

  • Lecture et conversion de données entre les formats Populations, Genepop, Immanc, microsat, LEA Likelihood Estimation of Admixture, Admix (G. Bertorelle), Genetix, Fstat (Jérôme Goudet)

Contexte d’utilisation du logiciel

Populations est utilisé dans de nombreuses études sur la structuration de populations, diversité génétique, étude des introgressions. La publication originale montre une application du logiciel sur les populations d'abeilles des Landes.

Populations est utilisé dans de nombreux contextes différents :

  • étude génétique sur des champignons pathogènes :
    Dutech, C, O Fabreguettes, X Capdevielle, et C Robin. “Multiple introductions of divergent genetic lineages in an invasive fungal pathogen, Cryphonectria parasitica, in France.” HEREDITY 105, n°. 2 (Août 2010): 220-228.
  • culture de végétaux (mangues) :
    Hirano, R, TH Oo, et KN Watanabe. “Myanmar mango landraces reveal genetic uniqueness over common cultivars from Florida, India, and Southeast Asia.” GENOME 53, n°. 4 (Avril 2010): 321-330.
  • diversité génétique d'espèces de poissons :
    Stott, W, JA VanDeHey, et BL Sloss. “Genetic diversity of lake whitefish in lakes Michigan and Huron; sampling, standardization, and research priorities.” JOURNAL OF GREAT LAKES RESEARCH 36 (2010): 59-65.
Publications liées au logiciel

Perrier, C., J. Strange, O. Langella, W.S. Sheppard, et L. Garnery. “Diversité génétique, introgressions mitochondriales et nucléaires dans une population d'abeilles des landes de gascogne.” Actes du BRG, n°. 4 (2003): 79-100.

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 07/02/12
  • Correction mineure : 07/02/12
Mots-clés

SHELX : résolution et affinement de structures cristallographiques

  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version évaluée : 97-2 (oui shelxl est stable depuis 14 ans)
  • Langue(s) de l'interface : anglais
  • Licence : Autre

    Shelx est disponible en licence académique open-source et commerciale ($2500 pour les entreprises, commercialisée par Bruker AXS)

Description
Fonctionnalités générales

Suite d'outils pour la résolution et l'affinement de structures cristallographiques (plus particulièrement les petites molécules):

  • shelxs pour réaliser le phasage initial, il peut utiliser soit les méthodes directes, soit la méthode des atomes lourds (Patterson)
  • shelxl pour les affinements au moindre carrés et les cartes de densités électroniques résiduelles (cartes de Fourier).
  • shelxd et shelxe sont des outils semblables à shelxs mais pour les macromolécules (je n'en sais pas plus).
  • shelXle une interface graphique (Qt/C++, licence LGPL) a été ajoutée en 2011 (enfin!)
Autres fonctionnalités

La version commerciale de SHELX, SHELXTL, contient, en plus, deux autres programmes :

  • xprep : pour préparer les fichiers d'entrée et analyser la symétrie des données (Détermination du groupe d'espace).
  • xp : pour visualiser (en 3D) la structure. xp peut être remplacé par mercury (du CCDC) pour les petites molécules ou coot (du CCP4) pour les macromolécules.
Interopérabilité

Format d'entrée :

hkl : fichier ascii, 5 colonnes de nombres (3 entiers, 2 réels) contenant h, k, l, F², sigma(F²); une réflexion par ligne, la dernière ligne du fichier ne contenant que des champs nuls.

Format de sortie : res, lu par beaucoup d'autres programmes.

Shelx propose par ailleurs des sorties au format CIF (mot clé ACTA) et PDB (mot clé WPDB)

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Les programmes SHELX sont utilisés par la majorité des cristallographes travaillant sur les petites molécules.

La version commerciale est principalement distribuée par Bruker.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Nécessite un minimum d'apprentissage à cause de l'absence d'interface graphique:

«L'interface» est, en fait, un fichier d'instructions ".ins" qui contient des mots clés et décrit la structure.
Les réflexions sont dans un fichier ".hkl", avec 5 colonnes de nombres correspondant à h, k, l, F² et sigma(F²)
le fichier de sortie est un fichier ".res", identique au format ".ins" mais contenant les modifications apportées par le programme.
Les logs détaillés sont dans le fichier ".lst"  Comme le travail est itératif, il est important de bien maîtriser un éditeur de texte (vi, nedit, jedit, notepad) ainsi que les commandes de copie et de déplacement de fichiers de son système d'exploitation.

Récement une interface graphique (shelXle) a été apportée à SHELX ; elle est décrite dans J. Appl. Cryst. (2011) 44, 1281-1284.

Il faut noter qu'il existe d'autres éditeurs graphiques : sxgraph sous le logiciel WINGX (sous licence académique). Il ne s'agit pas d'un logiciel en lui même mais d'un guide qui permet d'utiliser différents programmes de résolution, d'affinement, de dessin, de calculs géométriques etc.

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

Il peut être intégré dans le logiciel WINGX après avoir demandé les licence (académiques) à Georges Sheldrick (pour SHELX) et Louis Farrugia (pour WINGX).

Plates-formes

Unix, VAX, Windows, MacOSX, tout ce qui compile du fortran 95.
L'interface graphique shelXle est en Qt/C++

Logiciels connexes
  • Intégration des clichés de diffractions (en amont dans le workflow) : Mosflm, XDS, Denzo, Saint, Eval.
  • Résolution de structure par méthode directe : SIR concurrent de shelxs.
  • Visualisation (en aval dans le workflow) : Mercury, Ortep, coot, pymol ...
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

L'un des plus connus après SHELXL est le programme CRYSTALS développé à Oxford.

Il en existe bien d'autres en particulier le programme JANA
qui est plus spécifique des cristaux apériodiques et des phases incommensurables.

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Laboratoire académique
http://shelx.uni-ac.gwdg.de/

Eléments de pérennité
Références d'utilisateurs institutionnels

ESRF, Université de Strasbourg et de nombreux autres ...

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Tutorial en Anglais (j'ai résolu ma première structure en suivant ce tutoriel)

Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)

Première page de l'IUCr : SHELX makes an impact

The recent release of Thomson Reuters' Journal Citation Report for 2009, reporting an impressive impact factor of 49.9 for Acta Crystallographica Section A: Foundations of Crystallography, has excited much comment amongst crystallographers. The primary cause of this high impact factor is a single feature article by George Sheldrick, A short history of SHELX [Acta Cryst. (2008). A64, 112-122]. Published in a special issue to celebrate 60 years of Acta Crystallographica and the IUCr, it gives an account of the development of the SHELX system of computer programs from 1976 to date.

The article has provided the crystallographic community with a citable reference when one or more of the programs, amongst the most widely used in structure determination, are employed in the course of a crystal structure study. Most citations have been made by small-molecule crystallographers, but citations have also come from articles reporting the structure of biological macromolecules.

Until the publication of this article, the programs in the SHELX package were typically referenced by citing the unpublished computer programs themselves. The total number of citations in the Thomson Reuters statistics (6653 by the end of June 2009 - by any measure a significant achievement) is, of course, dwarfed when the total number of articles that have cited the unpublished programs is considered. A search of Crystallography Journals Online shows that over the years more than 43,000 articles published in IUCr Journals alone have referenced SHELX programs.

This article and its citations will be considered in the impact factor calculation for Acta Crystallographica Section A this year and next year. The journal impact factor that will be reported in 2012 is therefore likely to return to a more normal level of about 2.0-2.5.

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