chimie

Logiciels (logiciels libres en majorité) ou ressources (liées aux logiciels) utiles aux chercheurs et enseignants en chimie
Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 23/04/13
  • Correction mineure : 23/04/13
Mots-clés

massXpert : simulation de données de biochimie et de spectrométrie de masse

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 3.4.0 - 25 12 2012
  • Licence(s) : GPL
  • Etat : diffusé, stable, utilisé en interne, en développement
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Filippo RUSCONI
  • Contact concepteur(s) : massxpert-maintainer@massxpert.org
  • Laboratoire(s), service(s)... : Régulations et dynamique des génomes

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Le logiciel massXpert permet la modélisation de chimies de polymère afin de s'en servir ensuite pour simuler des réactions de biochimie sur des polymères linéaires ainsi que de spectrométrie de masse.

Contexte d’utilisation du logiciel

Le logiciel massXpert est utilisé dans le cadre de la préparation d'expériences de chimie des biopolymères habituellement suivies d'expériences de spectrométrie de masse.

Publications liées au logiciel

Rusconi, F. (2009) massXpert 2 : a cross-platform software environment for polymer chemistry modelling and simulation/analysis of mass spectrometric data, Bioinformatics, 2009, 25:2741-2742, doi:10.1093/bioinformatics/btp504. http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/2...

Rusconi, F Manuel de spectrométrie de masse à l'usage des biochimistes (02/2011) - Editions tec et Doc/LAVOISIER - ISBN 2743013419

Manuel d'utilisation (format pdf) : http://massxpert.org/wiki/Main/UserManual

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 26/10/13
  • Correction mineure : 26/10/13
Mots-clés

X!TandemPipeline : filtrage, édition, regroupement de résultats d'identifications MS

Une fiche Dév Ens Sup est en relation avec cette fiche, consultez-la pour plus d'informations : X!TandemPipeline
Description
Fonctionnalités générales

X!TandemPipeline est une interface graphique permettant la visualisation, l'analyse et l'export des résultats de recherche en banque de données, produits par le logiciel X!Tandem à partir d'informations MS/MS.

X!TandemPipeline utilise le logiciel X!Tandem pour le traitement des spectres MS/MS et l'identification des peptides dans une banque de données de séquences protéiques. Il offre la possibilité de définir facilement une liste complète de paramètres d'interrogation des banques de données et permet d'interroger plusieurs banques simultanément. Il permet de lancer plusieurs interrogations simultanément.

X!TandemPipeline permet également de filtrer les résultats d'identification selon des seuils statistiques ajustables, et de gérer efficacement la redondance d'information dans de très larges quantités de données grâce à un algorithme de regroupement original.

X!TandemPipeline est aussi une interface qui offre la possibilité de visualiser et d'éditer les résultats MS/MS.

Autres fonctionnalités
  • L'interrogation des listes de spectres peut être réalisée à partir de formats de "peak-lists" libres tels que mzXML, mgf, mzDATA, etc.
  • Le filtrage des résultats peut être effectué à partir de fichiers XML générés par X!Tandem ou à partir de fichiers DAT générés par le logiciel MASCOT
  • X!TandemPipeline est une interface permettant de filtrer des données de phosphoprotéomique complexes
  • X!TandemPipeline permet l'export des résultats sous différents formats (Microsoft Office 2010, OpenOffice et LibreOffice)
  • X!TandemPipeline permet l'export des résultats au format MassChroQml (compatible avec le logiciel MassChroQ) pour la quantification des peptides identifiés
  • X!TandemPipeline permet l'export des séquences des protéines identifiées dans un format standardisé de type FASTA
Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service
  • Analyse large-échelle des protéomes et phosphoprotéomes
  • Analyse comparée de grandes séries d'échantillons de type bandes de gel SDS-PAGE
Environnement du logiciel
Logiciels connexes

X!Tandem

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Plateforme PAPPSO

Références d'utilisateurs institutionnels
  • INRA
  • UR1268 BIA - Plate-forme IBiSA « Biopolymères, Biologie Structurale » (BIBS)
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Souscription possible à la liste de diffusion "pappso-tool" à http://pappso.inra.fr/mailinglist.php

Documentation utilisateur

Documentation en anglais disponible à http://pappso.inra.fr/bioinfo/xtandempipeline/docu...

Contributions

Journées Debian pour les instituts scientifiques

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 24/07/12
  • Correction mineure : 25/04/13

Journées Debian pour les instituts scientifiques

Pour fêter le passage à Debian 6, l'ESRF a organisé un atelier de trois jours, du 24 au 26 juin 2012 sur Debian au Synchrotron de Grenoble.

Deux jours de Sprint ont été centrés sur les logiciels HPC et les langages de programmation scientifique et ont été suivis d'une journée de conférences sur l'utilisation de Debian pour la science (ainsi que le déploiement dans certains instituts).

Au programme :

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 16/07/12
  • Correction mineure : 24/07/12
Mots-clés

ChemProducts : gestion de stock de produits chimiques

  • Site web
  • Système :
  • Téléchargement
  • Version évaluée : 1.1.3
  • Langue(s) de l'interface : français
  • Licence : Domaine public
  • Origine du développement : ICMMO
Description
Fonctionnalités générales

ChemProducts est une application Web qui permet la gestion d’un stock de produits chimiques (19333 conteneurs, repartis dans 10 laboratoires ). Chaque laboratoire possède un accès privé d’où il peut consulter, modifier, supprimer et ajouter des produits à son stock. Des recherches sont possibles par formule brute, numéro CAS, noms (officiel, usuel, acronyme), et surtout un module de recherche par sous structure est disponible (le dessin de tout ou un partie de la molécule est possible), élément introuvable dans les logiciels de ce type présent sur le marché.

De nombreuses informations (fournisseur, quantité, pureté mais aussi formule développée, phrases de risque et sécurité, fiche MSDS, emplacement des produits et produits en prêts) sont disponibles pour chaque conteneur. A chaque produit est associé un lien permettant l'acces direct au produit chez chaque grand fournisseur de produits chimiques (ACROS, ALDRICH, TCI, ...)

La sécurité a été mise en avant avec un module « hygiène et sécurité » qui permet la gestion des risques et sécurité mais aussi la mise en avant et l'actualisation des produits CMR. Le Service Hygiène et Sécurité (H&S) a donc un compte personnel permettant de consulter et de modifier l'ensemble des conteneurs à risque.

Enfin, à partir de ChemProducts, chaque personnel commande en ligne ses produits et est prévenu par courriel de l’avancée de sa commande, de sa mise en attente ou de sa disponibilité.
L'ensemble des fichiers de stock est disponible au format Excel.
Utilisé par d'autres entités, il fait l'unanimité. Il associe les critères de sécurité indispensables aux manipulations mais aussi la facilité de recherche de produits difficilement accessibles par les logiciels actuellement sur le marché. Le module de commande permet un suivi inégalable.

Autres fonctionnalités

Différentes fonctionnalités :

  • Recherche par :
    • Structure
    • CAS
    • Nom
    • Formule Brut
    • Réference interne
  • Commande en ligne

  • Ressource H&S

  • Exportation au format Excel

ChemProducts permet également d'accéder directement au tarif fournisseur associé à son organisme pour chaque produit.
Elle permet de regrouper en une seule base le stock de plusieurs laboratoires tout en restant propre à chaque laboratoire.

Sa transposition en format excel, permet d'obtenir en quelques secondes un listing accessible à tous et permettant de faire des inventaires très rapidement.

Un fonction "Poubelle" permet de répertorier sur une même liste tous les produits à détruire par enlèvement par le service H&S.
Enfin, un autre point important est la gestion par un "administrateur" et un "super-administrateur" répartissant les accès utiles et des fonctionnalités différentes.

Elle permet également au service achat de poster des messages notamment pour signaler des dates limites de commande ou fermeture du service.

Interopérabilité

Exportation possible sous .csv et .xls

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service
  • Le 20 mai 2008, le LSOM crée un programme de gestion pour sa réserve de produits chimiques. Le programme est une application web accessible pour tous les ordinateurs (Mac ou PC) connectés au réseau local, ne nécessite pas d'installation et fonctionne aussi bien avec Firefox et Safari qu'avec des navigateurs plus exotiques comme par exemple Internet Explorer.

  • Le 1er juin 2008, le LSOM a ouvert le projet à l'ensemble de l'institut afin que tous les labos puissent bénéficier d'une interface commune et avoir connaissance du contenu de la réserve des autres labos. De plus, le service hygiène et sécurité est lui aussi intégré au projet et bénéficie d'un compte spécial grâce auquel il peut facilement accéder à l'ensemble des réserves.

  • Très vite le LCBB a adhéré au projet et le contenu de sa réserve est accessible en ligne depuis le 26 août 2008.

  • Le LRMN a adhéré au projet le 10 septembre 2008, et le contenu de sa réserve a été mis en ligne dans les jours qui ont suivi.

  • Le LSB a adhéré au projet le 7 novembre 2008, et le contenu de sa réserve a été mis en ligne dans la journée. Quelques heures après, le LCI a adhéré au projet.

  • Le LCPSN a adhéré au projet le 24 février 2009, et le contenu de sa réserve a été mis dans les jours qui ont suivis.

  • Le LEMHE a adhéré au projet le 24 février 2009, et le contenu de sa réserve a été mis dans les jours qui ont suivis.

  • Le contenu de la réserve du LCOM est mis en ligne à partir du 10 avril 2009.

  • La fréquence d'utilisation est quotidienne et tous les utilisateurs en sont pleinement satisfaits. Les fonctionnalités les plus appreciées sont :

    • le module de commande: à tout instant, on connait l'avancée de sa commande et tout est regroupé au service des achats. De plus, on a accès directement aux fiches produits chez les plus grands fournisseurs de produits chimiques avec les réductions appliquées à chaque produit en quelques secondes,
    • la recherche par différentes caractéristiques permet une large gamme de moyens. Notamment, celle par structure et sous structure permet d'accéder à un panel de produits.
Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Les produits ne peuvent être recherchés par structure que s'ils ont été préalablement rentrés par un administrateur. Actuellement au laboratoire nous avons plus de 6500 structures identifiées.

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

Il est nécessaire d'installer l'application via le lien cité ci-dessus. Une procédure détaillée est jointe

Plates-formes

Les utilisateurs de Mac et PC se connectent au logiciel via le réseau local

Logiciels connexes

Le logiciel Java, nécessaire pour pouvoir lire et dessiner les structures des molécules. Téléchargement gratuit depuis http://www.java.com/fr/

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Nous sommes un laboratoire de recherche en synthèse organique, http://www.icmmo.u-psud.fr/Labos/LSOM/index.php

Eléments de pérennité

Notre laboratoire a, dans un premier temps, développé cette application puis nous l'avons utilisée au sein de de notre équipe afin de la mettre au point et faire les modifications utiles à son utilisation.
Ce n'est que quelques mois plus tard que nous l'avons ouvert à toutes les équipes de notre Institut. Aujourd'hui, c'est une application centrale qui gère toutes les bases de données. C'est devenu aussi l'outil principal de commande pour le service achat et de gestion des risques et sécurité pour le service H&S

Références d'utilisateurs institutionnels
Environnement utilisateur
Documentation utilisateur

Un notice de d'utilisation "rubrique aide" est inclue à l'application ainsi que la procédure d'installation.

Divers (astuces, actualités, sécurité)

L'initiative Blue Obelisk : promouvoir le développement et l'utilisation des données, standards et logiciels ouverts en chimie

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 02/01/12
  • Correction mineure : 02/01/12
Mots-clés

L'initiative Blue Obelisk : promouvoir le développement et l'utilisation des données, standards et logiciels ouverts en chimie

L'initiative Blue Obelisk a été lancée en 2005 afin de promouvoir le développement et l'utilisation des données, standards et logiciels ouverts (ODOSOS) en chimie.

Depuis 6 ans, cette initiative a permis à de nombreux développeurs de se rencontrer et de collaborer autour de projets (logiciels, ressources) ouverts, dont voici quelques exemples :

  • Avogadro
  • Bioclipse
  • Chemistry Development Kit
  • JChemPaint
  • JOELib
  • Kalzium
  • Openbabel
  • OpenSMILES
  • UsefulChem

Chaque année, le projet décerne un prix pour récompenser les initiatives marquantes dans la promotion des données, standards et logiciels ouverts.

Un article scientifique a été publié en octobre 2011. Il détaille l'activité et les réalisations de Blue Obelisk au cours des cinq dernières années.

Fiche logiciel à valider
  • Création ou MAJ importante : 05/12/11
  • Correction mineure : 08/03/13
Mots-clés

Chimithèque : Gestion de stock de produits chimiques

Ce logiciel est en cours d'évaluation par la communauté PLUME. Si vous utilisez ce logiciel en production dans notre communauté, merci de déposer un commentaire.
Description
Fonctionnalités générales

Chimithèque est une application qui a été conçue de manière générique, c'est à dire qu'elle essaie de répondre aux besoins de l'ENS, Ecole Normale Supérieure de Lyon, mais aussi d'autres établissements. Elle a été pensée de manière générale par des chimistes et biologiste pour être utilisée par d'autres chimistes et biologistes dans et hors ENS.

Ce logiciel est composé de Fiches Produit et de Fiches de Stockage.

  • une fiche produit contient des informations générales relatives au produit : nom, synonymes, N° CAS, formule brute, formule linéaire, lien vers la FDS (fichier enregistré ou lien internet), pictogrammes de danger et phrase de danger et de prudence (nouvelle et ancienne législation)...
  • une fiche stockage contient des informations concernant un flacon présent dans l'établissement : lieu de stockage, conditionnement, date d'entrée, code barre généré automatiquement, nom du fournisseur, référence du fournisseur.

Il est possible de faire des recherches par nom, formule brute, numéro CAS ou par localisation mais aussi selon leur dansgerosité (tous les inflammable ou tous les CMR, ...)

C'est un outil important pour les services hygiène et sécurité puisqu'il permet de faire des recherches par rapport aux dangers physiques et aux dangers pour la santé.

L'accès aux données enregistrées dans Chimithèque peut être restreint pour certains utilisateurs grâce à un système de droit assez fin : par défaut, tous les utilisateurs ont la possibilité de voir les fiches produit. Ensuite pour chaque utilisateur on peut choisir de lui donner le droit de voir, modifier, créer et/ou supprimer les fiches produit, fiches de stockage, utilisateurs, entrepôts, ... Un utilisateur pouvant créer des utilisateurs ne peut évidemment pas donner plus de droits qu'il n'en a.
Les administrateurs de l'entité ont tous les droits et appartiennent automatiquement à toutes les entités.

Autres fonctionnalités

Chaque utilisateur appartient à une ou plusieurs entité (correspondant à des labos ou équipes de recherche). On définit une ou plusieurs personne(s)  "manager" pour chacune des entité, qui sera/seront la/les personne(s) à contacter.

Dans chaque entité, on peut avoir plusieurs entrepôts dans lesquels on va stocker les produits (fiches de stockage liées à une fiche produit et à un entrepôt)

Pour toute personne ayant les droits correspondants :

  • chaque fiche produit peut être modifiée (création d'un historique), clonée (permettant la création rapide d'une fiche pour un produit ayant seulement une spécificité différente) ou supprimée si elle est orphenile (c'est à dire si aucune fiche de stockage lui est liée).
  • chaque fiche de stockage peut être modifiée (historique), clonée, supprimée (création de fiches de stockage archivées), marquée pour destruction ou empruntée.

 

Interopérabilité

Possibilité d'export CSV (ou HTML) des résultats d'une recherche.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Actuellement, 150 personnes environ utilisent cette application au sein de l'ENS. Ces utilisateurs sont des biologistes, chimistes, personnels hygiène et sécurité, géologues.
Un peu plus de 4000 fiches produits ont été saisies et environ 2800 fiches produits ont des fiches de stockage associées.
Les retours que nous avons eu sont positifs : assez simple d'utilisation, pas de soucis particulier.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Ce que Chimithèque n'est pas :

  1. une base de données de tous les produits chimiques existants dans le monde: l'application est fournie avec X fiches produit (pour X voir sur la page principale) et ces fiches peuvent être échangées grâce à une fonctionnalité d'import/export
  2.  une application immédiatement connectable a des appareils comme de scanners à code barre ou d'autres applications
Environnement du logiciel
Plates-formes

Linux

Environnement de développement
Références d'utilisateurs institutionnels

Actuellement, nous savons que l'application est utilisée à :

  • l'École Nationale supérieure de chimie de Clermont-Ferrand
  • Université de Montpellier
  • IUT de Besançon-Vesoul

Certainement prochainement :

  • Université de St Etienne
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)

Possibilité de s'inscrire à la liste de diffusion destinée aux établissements extérieurs à l'ENS (infos de mises à jours) : https://listes.cru.fr/sympa/info/chimitheque

Fiche logiciel à valider
  • Création ou MAJ importante : 22/11/11
  • Correction mineure : 22/11/11
Mots-clés

pyFAI : intégration azimuthale de clichés de diffraction de rayons X 2D (poudre) vers un diffractogramme 1D

Ce logiciel est en cours d'évaluation par la communauté PLUME. Si vous utilisez ce logiciel en production dans notre communauté, merci de déposer un commentaire.
Description
Fonctionnalités générales

PyFAI (pour Python Fast Azimuthal Integration) a été écrit afin d'unifier plusieurs conventions utilisées dans différents logiciels d'intégration azimuthale déjà existants. Son objectif est également d'accélérer l'intégration en utilisant de nouveaux algorithmes ainsi que la programmation sur carte graphique. Actuellement, PyFAI permet de :

  • calibrer la position du détecteur (distance à l'échantillon et rotations) et la taille réelle de ses pixels,
  • effectuer l'intégration azimuthale et obtenir un diffractogramme 1D de la forme Intensité=f(2theta),
  • obtenir une intégration 2D de la forme Intensité=f(2theta,chi).
Autres fonctionnalités

Utilisation possible de masques permettant de ne prendre en compte qu'une partie de l'image 2D.

Interopérabilité

PyFAI utilise la géométrie du logiciel SPD (P. Boesecke). Il est compatible avec la géométrie utilisée par Fit2D (A. Hammersley).

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

PyFAI est utilisé au Service de Caractérisation de Matériaux et Composants du CEA-Leti sur un équipement de caractérisation X multitechnique (prototype unique) comprenant différents détecteurs de rayons X dont une caméra CCD pilotée sous SPEC et Tango.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

PyFAI est encore un jeune logiciel en développement. Les fonctionnalité déjà présentes sont satisfaisantes mais néanmoins toujours en cours d'amélioration (implémentation d'algorithmes générant moins de bruit sur le signal ou plus rapides).

Environnement du logiciel
Plates-formes

Linux, Windows

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

Fit2D et SPD couvrent à eux deux la plupart des fonctionnalités de PyFAI.

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

L'équipe de développement est décrit dans la forge epn-campus

Références d'utilisateurs institutionnels

CEA et ESRF

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Divers (astuces, actualités, sécurité)

Format d'entrée des fichiers : binaires EDF ou tout autre format d'image lisible par Fabio
Formats de sortie : ASCII 2 colonnes pour les fichiers 1D et binaires EDF pour les fichiers 2D

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 16/11/11
  • Correction mineure : 07/09/13
  • Auteur de la fiche : Jérôme Kieffer (ESRF)
  • Responsable thématique : Dirk Hoffmann (Centre de Physique des Particules de Marseille (CPPM-IN2P3))
Mots-clés

pyFAI : integration azimuthale pour diffraction X avec détecteur 2D

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 0.9.0 - 30 Juillet 2013
  • Licence(s) : GPL
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Jérôme Kieffer (implémentation python), Dimitris Karkoulis (implémentations parallèle OpenMP et OpenCL), Peter Bösecke (Géométrie utilisée), V. Armando Solé (traitement d'images), Manuel Sánchez del Río (idée originale). Jonathan P. Wright (idées) Frédéric-Emmanuel Picca (Documentation, idées)
  • Contact concepteur(s) : Jerome.Kieffer@esrf.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : ESRF, Soleil

 

Une fiche logiciel décrit plus en détail ce développement, consultez la pour plus d’informations : pyFAI
Fonctionnalités générales du logiciel

PyFAI est un outil qui permet de convertir les clichés de diffraction SAXS / WAXS obtenus avec des détecteur 2D type CCD en diffractogrammes utilisables avec les logiciels de diffraction de poudre : quantification de phases, analyse de textures...

PyFAI est une bibliothèque Python, elle a pour but d'être intégrée dans d'autres logiciels (comme PyMca ou EDNA). Pour permettre l'analyse de données en ligne, la géométrie de l'expérience doit être connue dès que possible, c'est pourquoi pyFAI intègre une grande partie du code qui permet la calibration de la position du détecteur à l'aide d'échantillons de référence. PyFAI sait aussi convertir d'autres géométries si elles sont connues (comme celle utilisée par Fit2D).

PyFAI sait intégrer toutes les images prises avec des détecteurs plans (pas les "Imaging Plate" courbes) dans toutes les géométries possibles : transmission, réflexion, dans l'axe ou en dehors de l'axe, quel que soit l'angle du faisceau incident avec la normale du détecteur. Il utilise Fabio pour lire les images des détecteurs ce qui garantit la compatibilité avec une vingtaine de formats d'image différents.

Contexte d’utilisation du logiciel

Les détecteurs bi-dimensionnels (caméras CCD ou CMOS, Pixel Detectors, ...) ont petit à petit remplacé les détecteurs ponctuels pour la diffraction X (sur monocristal, sur poudre, ou diffusion aux petits angles) depuis 15 ans. Ces détecteurs offrent des surfaces sensibles étendues avec des résolutions spatiales de quelques dizaines de microns et proposent plusieurs millions de photo-sites (0.1-16 Mpix). PyFAI se limite à la diffraction sur poudre (WAXS) et à la diffusion aux petits angles (SAXS).

Pour transformer les images provenant de ces capteurs en données utilisables pour le scientifique il faut (cas SAXS / WAXS) :

  • Corriger du bruit de fond électronique (dark-current)
  • Corriger de la sensibilité relative des photo-sites (flat field)
  • Corriger la distorsion géométrique de l'optique utilisé (taper)
  • Appliquer un masque pour cacher les pixels défectueux (ou cachés, inactifs, ...)
  • Convertir la position des pixels en coordonnées utilisables par d'autres programmes (2theta / chi)

PyFAI propose de faire ces différentes corrections en plus de la transformation polaire. Comme il faut conserver la totalité du signal et la densité surfacique au cours de la transformation, la transformation polaire est faite par une sorte d'histogramme (avec découpage de pixels).

Publications liées au logiciel
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 16/05/13
  • Correction mineure : 16/05/13
Mots-clés

Avogadro : éditeur et visualiseur de molécules

Description
Fonctionnalités générales

Avogadro est un logiciel multi-plateforme conçu pour l'édition et la visualisation avancée de molécules. Imaginé pour le calcul scientifique, la modélisation moléculaire, la bio-informatique, la science des matériaux ainsi que pour quelques autres activités de recherche connexes, Avogadro se démarque par sa flexibilité et son caractère évolutif de par son robuste système de plugins.

Une description du logiciel est aussi donnée sur le site de Framasoft : http://www.framasoft.net/article5022.html

Autres fonctionnalités

Ce logiciel permet également de se familiariser avec les bases de la mécanique moléculaire en proposant différents champs de force (MMFF94, MMFF 94s, UFF et Ghemical) et deux types d'optimisations de géometrie, comme la méthode du gradient conjugué, ou la méthode de la plus grande pente.

Il permet de faire des recherches de conformères de façon systèmatique ou aléatoire, avec ou sans contraintes sur les différents atomes des molécules étudiées (mais pas de rotation dans les cycles), ainsi que de visualisation des spectres infrarouges (format .out ou turbomole).

Interopérabilité

Les formats de fichier suivants sont supportés en entrée et en sortie :

  • CML (en entrée et en sortie)
  • CIF (en entrée)
  • GAMESS-US (en entrée et en sortie)
  • GAUSSIAN (en entrée et en sortie)
  • HyperChem (en entrée)
  • MDL Mol (en entrée et en sortie)
  • NWChem (en entrée et en sortie)
  • PDB (en entrée et en sortie)
  • PDF (en sortie)
  • PNG (en sortie)
  • Pov-Ray (en sortie)
  • SVG (en sortie)
  • Sybyl Mol2 (en entrée et en sortie)
  • XYZ (en entrée et en sortie)

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Le logiciel est utilisé pour la visualisation et l'édition de structures moléculaires obtenues dans le cadre du projet Chemical Structures.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Problème de locale

Problème rencontré sur les plateformes linux nativement installées en français concernant l'interprétation du point et de la virgule, qui entraine un bug graphique, ce problème peut être réglé en re-initalisant la locale:

$ LANG=C LC_ALL=C LC_NUMERIC=C avogadro

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré
  • Debian
  • Ubuntu
  • Gentoo
  • Fedora
  • FreeBSD
  • OpenSUSE
  • ArchLinux
  • Mandriva

La page Distribution du Wiki Avogadro donne plus de détails sur les distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré.

Plates-formes
  • FreeBSD
  • Linux
  • Mac OS X
  • Microsoft Windows
Logiciels connexes
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Le logiciel Avogadro est développé et maintenu par un groupe de développeurs dont plusieurs sont issus du laboratoire de Geoffrey Hutchison.

Eléments de pérennité

Le code source du logiciel est librement accessible depuis la plate-forme SourceForge et est activement maintenu. Ce logiciel est également l'une des briques d'un laboratoire de recherche. Enfin, l'équipe de développement est ouverte à de nouveaux contributeurs (la page Developer sur le wiki Avogadro leur est destinée). Ces trois éléments constituent une base très importante pour la pérennité d'un logiciel.

Références d'utilisateurs institutionnels

Le nombre de téléchargement du logiciel Avogadro a été estimé l'an dernier à un peu plus de 4300 par mois.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Il existe quatre listes de diffusion :

  • avogadro-announce
  • avogadro-devel
  • avogadro-discuss
  • avogadro-translations

Les bugs peuvent être remontés à l'équipe de développement via le gestionnaire de ticket de la plate-forme SourceForge.

Documentation utilisateur

De nombreuses documentations sont disponibles sur la page Documentation du Wiki Avogadro (en anglais).

Contributions

La page Developer sur le wiki Avogadro explique comment contribuer au logiciel.

 

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 28/09/11
  • Correction mineure : 28/09/11
Mots-clés

MoPro : analyse de la structure et densité électronique moléculaire (cristallographie)

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows
  • Version actuelle : 2011 - septembre 2011
  • Licence(s) : Licence propriétaire - Le logiciel (binaires seuls) est téléchargeable après enregistrement sur le site de mopro pour un usage non commercial.
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Christian Jelsch
  • Contact concepteur(s) : christian.jelsch@uhp-nancy.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : CRM2

 

Fonctionnalités générales du logiciel
  • Affinement de la structure cristallographique et de la densité électronique à très haute résolution (d=0.5 Angstrom)
  • Affinement de la structure cristallographique des petites molécules à résolution usuelle

La densité électronique est alors modélisée avec un modèle d'atomes multipolaires, ce qui est plus précis que le modèle d'atomes sphériques et neutres. Il en résulte une meilleure estimation des coordonnées atomiques et facteurs de température, le facteur R est meilleur.

Le logiciel comprend une banque de données ELMAM2 qui décrit la densité électronique des fonctions chimiques communes.

MoProSuite comprend :

  • MoProGUI interface graphique du logiciel (langage JAVA)
  • Import2Mopro, MoPro (affinement cristallographique) & VMoPro (visualisation des propriétés moléculaires)
  • MoProViewer (visualisation des molécules et interface graphique)
Contexte d’utilisation du logiciel

MpPro est utilisé pour :

  • Les structures cristallographies de petites molécules et protéines. Toutefois, pour ce qui est des macromolécules, MoPro n'est pas encore mûr pour une utilisation en routine. Les auteurs sont ouverts à l'établissement de collaborations avec les biologistes pour approfondir ce point.
  • Détermination de la densité électronique moléculaire.
  • Calcul de propriétés moléculaires : potentiel électrostatique avec modèle d'atome multipolaire, moment dipolaire, énergies d'interaction électrostatique.
Publications liées au logiciel
  • Jelsch, C., Guillot, B., Lagoutte, A. & Lecomte, C., (2005). J. Appl. Cryst. 38, 38-54.
    Advances in Proteins and Small Molecules. Charge Density Refinement Methods using software MoPro.
  • Guillot B., Viry L., Guillot R., Lecomte C. & Jelsch C. J. Applied Crystallography (2001). 34, 214-223.
    Refinement of proteins at subatomic resolution with MOPRO.
  • Domagala, S. & Jelsch, C. (2008). J. Applied Cryst. 41, 1140–1149
    Optimal local axes and symmetry assignment for charge-density refinement
Syndiquer le contenu