chimie

Logiciels (logiciels libres en majorité) ou ressources (liées aux logiciels) utiles aux chercheurs et enseignants en chimie
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 30/01/12
  • Correction mineure : 03/09/12
  • Rédacteur de la fiche : Catherine Schmechtig - OOV Observatoire Océanologique de Villefranche-sur-mer (CNRS, UPMC)
  • Relecteur(s) : Maurice Libes (OSU Institut Pytheas - UMS 3470 CNRS)
    Pascal Dayre (IRIT)
  • Contributions importantes : Maurice Libes
  • Responsable thématique : Hervé Parmentier (Environnement Ville Société)
Mots-clés
Pour aller plus loin
  • Mots-clés principaux : SIG

Generic Mapping Tools (GMT) : génération de cartes géographiques, affichage de données scientifiques géographiques et cartésiennes

Description
Fonctionnalités générales

GMT ("Generic Mapping Tool") est composé d'un ensemble de commandes qui permettent de manipuler des fichiers de données géographiques et cartésiennes et de réaliser divers types de projections, calculer des tendances, faire des filtrages, des maillages...

Le paquetage GMT est livré avec une base de données de traits de côtes GSHHS (Global Self-consistent, Hierarchical, High-resolution Shoreline Database) qui permet de tracer les contours des côtes, les rivières, et les frontières politiques de n'importe quelle partie du monde. GMT produit des cartes géographiques affichées selon tous les types de projection cartographiques (mercator, ...).

Les commandes de GMT produisent divers types d'illustrations tels que des isocontours, des courbes y=f(x), des contours en perspective en 3D, des champs de vecteurs, des bargraphes en 2D ou 3D.

Toutes les sorties graphiques des commandes de GMT sont au format Encapsulated PostScript File prêtes à être imprimées.

Autres fonctionnalités

Voici le détail de quelques fonctionnalités :

  • affichage des contours de différentes cartes mondiales ou parties du globe
  • images de cartes en couleur à partir de données discrètes
  • affichage et comparaisons de données spectrales
  • affichage de courbes y=f(x)
  • affichage de surfaces maillées
  • affichage en perspective 3-D de surfaces artificiellement éclairées
  • superposition d'une carte géographique et d'un histogramme 3D
  • différents types d'histogrammes
  • graphique à barres en 3D
  • affichage de séries spatio-temporelles
  • triangulation de Delaunay, affichage d'isocontours
  • tracé de champs de vecteurs
  • maillage avec extrapolation par calcul de données manquantes
  • etc.
Interopérabilité
  • En entrée, GMT travaille sur de simples fichiers de données en texte ASCII
  • En sortie, GMT produit uniquement des fichiers au format Postscript .ps .eps
Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Ce logiciel est largement utilisé dans le monde scientifique (géologie, océanographie, ...) pour élaborer tout type de représentations graphiques notamment des projections cartographiques de champs de polluants, champs météorologiques (vent, pluie, ...), des champs de vecteurs, des profils de température, de coupes, des répartitions spatiales de divers éléments et données scientifiques mesurés.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

GMT est composé d'une soixantaine de commandes.
Toutes ces commandes sont appelées par défaut en ligne de commande depuis un shell sous Unix. Il n'y a pas d'interface graphique dans GMT.
Chaque commande de GMT comporte un grand nombre d'options et d'arguments ce qui entraine une syntaxe assez complexe et qui n'est pas très intuitive...
Exemple :
- grdimage mars.nc -Imars_i.nc -Cmars.cpt -B30g30Wsne -J -O -K -Y3.6i -Ei --ANNOT_FONT_SIZE=12 >> $ps
- grdcontour mars.nc -J -O -K -C1 -A5 -Glz+/z- >> $ps
Néanmoins le site officiel propose une contribution vers une interface graphique écrite en Tcl/Tk et une interface graphique pour Windows.

GMT fait partie de la famille des SIGs (Systèmes d'Information Géographique). Une information géographique est soit RASTER (image, tableau de points), soit vectorielle et est organisée par couches. Il s'avère que GMT ne sait traiter que des données RASTER. GMT offre un ensemble de projections géographiques et affiche une information spatiale sur une couche. Ces manques limitent les analyses géographiques par recoupements d'informations contenues dans plusieurs couches RASTERs ou vectorielles faites usuellement par les SIGs. D'autre part, les formats les plus courants de données géographiques pour l'import et l'export ne sont pas disponibles, d'où une limitation pour l'interopérabilité. GMT est très utilisé par les physiciens en sciences de l'univers. D'autres SIGs libres existent pour d'autres usages. Nous pouvons citer GRASS pour la prise en compte des données vectorielles. Voici des liens forts utiles pour un compléments d'information :

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

Ce logiciel est notamment disponible dans les paquets de diverses distributions GNU/Linux par exemple les dernières Fedora et Debian.

Plates-formes

GMT tourne sous toutes les plateformes Unix et notamment GNU/Linux : Fedora core (depuis core5), Debian (Lenny) mais également sous Windows et MacOS X.

Logiciels connexes
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
  • IDL, licence propriétaire
  • Matlab, licence propriétaire
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

GMT est développé par un ensemble de scientifiques dont les principaux proviennent de la "School of Ocean and Earth Sciences and Technology" de l'Université de Hawaii.
GMT est également supporté par la "National Science Foundation".

Eléments de pérennité

Le système GMT vient de féter ses 20 ans, il est très largement utilisé et mis à jour régulièrement (Dernière version du 15 Juillet 2011). De plus, il a le support de la "National Science Foundation".

Références d'utilisateurs institutionnels

Le site officiel recense sur une carte (faite avec GMT) quelques 25000 utilisateurs répartis à travers le monde.
Étant donné son utilité pour cartographier toutes sortes de données scientifiques géophysiques, océanographiques (vent, pluie, polluants, champs de vecteurs, ...), il est largement utilisé dans les laboratoires rattachés au département MPPU du CNRS.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
  • gmt-help [at] hawaii [dot] edu est un forum pour les utilisateurs de GMT permettant les échanges sur l'utilisation de GMT, l'installation, etc.
  • gmt-group [at] hawaii [dot] edu est une liste d'information à sens unique pour informer de l'apparition de nouvelles versions
Documentation utilisateur
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 31/03/11
  • Correction mineure : 12/02/13
Mots-clés
Pour aller plus loin

dot (Graphviz) : pour dessiner des graphes

Description
Fonctionnalités générales

Dot est à la fois le nom d'un langage et d'un utilitaire de la suite Graphviz, développé par AT&T. Le langage permet de décrire de façon simple un graphe (une liste de nœuds, une liste d'arcs pour relier les nœuds). L'utilitaire lit un fichier au format dot, le compile, et écrit un fichier graphique représentant le graphe.
Des attributs permettent de décrire les propriétés des nœuds et des arcs (comme la couleur, les textes associés, les polices de textes, la forme des nœuds, le graphisme des arcs, la transparence ...).

Les nœuds des graphes sont organisés de manière hiérarchiques (en couches).
L'algorithme de dessin repère l'ensemble des arcs qui ont la même direction (de haut en bas, de gauche à droite) et minimise (par programmation linéaire) les croisements entre arcs et leur longueur.
De nombreuses options permettent de modifier le comportement de cet algorithme.

Interopérabilité

L'entrée de dot est un simple fichier texte, mais il y a beaucoup d'interfaces qui permettent d'utiliser dot (et autres outils de Graphviz) depuis perl, java, python, matlab, R...
Plusieurs formats sont possibles pour les fichiers produits (ps, pdf, jpeg, svg, tiff...); voir http://www.graphviz.org/doc/info/output.html pour une liste complète des formats de sortie.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Graphviz est par exemple utilisé comme composant de MuPAD-Combinat ou de Sage-Combinat pour le tracé de graphes (graphes cristallins, système des catégories et autres).
Mais l'utilisation des graphes est universelle, et on trouve facilement des exemples de graphes dot pour la représentation d'un réseau informatique, celle d'automates, les relations entre cellules, etc.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Le programme dot2tex développé par Kjell Magne Fauske permet d'intégrer des formules mathématiques complexes en LaTEX dans les labels des nœuds et des arêtes.

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

AT&T produit des paquets officiels pour des versions de Linux : Debian, Fedora, Ubuntu ; pour Windows et Mac OS.
Il y a aussi des versions pour FreeBSD, Solaris et autres : http://www.graphviz.org/Resources.php

Plates-formes

Toutes les plateformes.

Logiciels connexes

Dot est une partie de Graphviz, qui est un ensemble d'utilitaires pour visualiser et dessiner des graphes. Citons également l'utilitaire dotty, qui permet de visualiser directement un graphe en langage dot.

Le programme dot2tex développé par Kjell Magne Fauske permet d'intégrer des formules mathématiques complexes en LaTeX dans les labels des nœuds et des arcs.

Des informations sur d'autres logiciels et ressources externes qui completent parfois graphviz : http://www.graphviz.org/Resources.php

PyGraphviz (interface avec python) : http://networkx.lanl.gov/pygraphviz/

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement
Eléments de pérennité
Références d'utilisateurs institutionnels

La communauté est très active, et en plus dot est utilisé dans de nombreux laboratoires et interagit avec beaucoup de logiciels.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur

http://www.graphviz.org/Documentation.php

La documentation principale est en anglais, mais il est possible de trouver de l'aide en français ; voir par exemple
http://www.linuxfocus.org/Francais/August2005/arti...

Des informations sur des algorithmes et la theorie : http://www.graphviz.org/Theory.php

Dot a aussi une page Wikipedia : http://en.wikipedia.org/wiki/DOT_language

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 03/05/12
  • Correction mineure : 03/05/12
  • Rédacteur de la fiche : Lionel Nauton - Institut de Chimie De Clermont-Ferrand (ICCF) (Univ. Blaise Pascal de Clermont-Ferrand, CNRS)
  • Relecteur(s) : Lionel Mourey (IPBS)
  • Responsable thématique : Emmanuel Courcelle (LIPM)
Mots-clés

chimera : visualisation de protéines, petites molécules...

  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Téléchargement
  • Version évaluée : chimera-1.6.1
  • Langue(s) de l'interface : anglais
  • Licence : Licence propriétaire

    Ce logiciel est mis à disposition gratuitement pour le monde académique, la seule contrainte est de respecter les modalités de citation du programme en cas de publication. Le logiciel est téléchargeable, après acceptation de la licence, avec les sources.

Description
Fonctionnalités générales

Chimera est un logiciel de manipulation et visualisation de protéines et de petites molécules, permettant de visualiser des structures et des cartes de densité électronique dans de nombreux formats différents. Il permet de produire des images et des animations de haute qualité (voir la galerie sur le site). Il a de plus l’avantage d’être disponible pour de nombreuses plateformes (Windows, Mac OS X, GNU/Linux, IRIX) et architectures (intel, ppc, X86_64, ia64).
Il est de prise en main facile et rapide, grâce à de nombreux tutoriels disponibles, tout en permettant aussi de faire des choses très sophistiquées.

Autres fonctionnalités
  • Les fichiers PDB : un grand nombre de visualisations différentes, Stick, Wire, ribbons, sont disponibles, la gestion des couleurs permet une discrimination des différents modèles très aisée.
  • La superposition de modèles est facile grâce à un module "match align" qui fait de l'alignement de séquences, et permet donc de faire de la comparaison de structure de façon simple et rapide.
  • Les cartes de densité électronique : plusieurs types de formats de cartes sont accessibles, en mode mesh ou solid, avec des options de transparence très performantes.
  • Chimera permet également de visualiser des trajectoires de dynamique moléculaire, des résultats d'amarrage moléculaire (docking), des structures complexes (architectures supramoléculaires).
Interopérabilité

Les formats donnés en exemple sont ceux les plus utilisés dans notre laboratoire (ICCF) mais il existe près de 50 formats différents.

Les formats lus sont :

  • pour les séquences, FASTA, .fasta , .afa, .afasta, .fa ;
  • pour les fichiers de structures, .pdb, .mol, .imol, .mol2 ;
  • les cartes de densité électronique XPLOR, CCP4, CNS, MRC ;
  • les fichiers de docking, type gaussian, dock.

Les formats d'enregistrements sont :

  • pour les fichiers de structures, .pdb, .mol2 ;
  • pour les images, .tiff, .jpg... ;
  • pour les videos, .mov, .mpeg(2,3,4).
Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Ce logiciel est utilisé dans notre laboratoire ICCF de façon quotidienne pour la visualisation de structures de protéine et de résultats de docking. Notre choix s'est porté sur ce logiciel pour plusieurs raisons : la première étant sa gratuité pour le milieu académique, la deuxième sa prise en main plus simple que des logiciels déjà existants (tels que Pymol ou Swisspdbviewer), et troisièmement des tutoriels très bien faits qui montrent le potentiel du logiciel.

Le gros avantage de ce produit est sa prise en main très rapide, grâce à une logique de fenêtre bien pensée. Les plus gros utilisateurs pouvant comme avec Pymol se lancer petit à petit dans un système de ligne de commande, l'avantage par rapport à Pymol est que toutes les commandes sont accessibles par menu déroulant, les novices ne sont donc pas obligés d'apprendre le langage du programme pour avoir accès à toutes les fonctionnalités.

Environnement du logiciel
Plates-formes

Programme fonctionnant sous :

  • environnements Windows (XP et vista), Mac OS X, GNU/Linux (Red Hat ou Fedora), IRIX (mips)
  • architectures intel, ppc, amdX86_64, ia64 (version IRIX avec l'émulateur quicktransit)
Logiciels connexes
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Ce logiciel est développé par le laboratoire Resource for biocomputing, visualization, and informatics (RBVI) de l'Université San Francisco Californie : http://www.cgl.ucsf.edu/

Eléments de pérennité

Il s'agit d'un développement suivi, mené par une équipe de scientifiques reconnus du Computer Graphics Laboratory à l'UCSF. Il a fait l'objet de plusieurs publications (citées sur le site).

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Une "mailing list" est en place, avec une bonne réactivité, qui permet de poser des questions sur l'utilisation du logiciel, son installation et sur son évolution, cette "mailing list" est une aide précieuse dés que l'on avance dans la prise en main du logiciel : http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/feedback.html

Documentation utilisateur

Nombreux tutoriels disponibles sur le site de l’ UCSF : http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/

Divers (astuces, actualités, sécurité)

Depuis la version 1.5, de nombreuses fonctionalités concernant la géométrie ont fait leur apparition, il est ainsi possible de calculer, entre autres,les écarts par rapport à un plan.

Le mode Ortep, apprécié des chimistes, se retrouve sous le nom de "Thermal ellipsoids" avec un rendu pour les publications de très bonne facture.

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 02/03/16
  • Correction mineure : 09/06/16
  • Auteur de la fiche : Alban Politi (LCMCP)
  • Responsable thématique : Damien Ferney (Laboratoire de mathématiques - Clermont-Ferrand)
Mots-clés

ASPiC2 :

gestion de stock de produits chimiques et commandes

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows
  • Version actuelle : 2.6.1 - Mai 2016
  • Licence(s) : CeCILL
  • Etat : utilisé en interne
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Alban POLITI
  • Contact concepteur(s) : alban.politi@upmc.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : LCMCP

 

Fonctionnalités générales du logiciel

ASPiC2 répond aux besoins de tous les laboratoires utilisant des produits chimiques :

  • optimiser la consommation des produits grâce au suivi des demandes
  • localiser précisément les produits dans le(s) lieu(x) de stockage (pièce, meuble, etc.) ou dans les lieux de manipulation
  • mieux maîtriser les risques chimiques en imposant des lieux dédiés (CMR, explosif, etc.)
  • identifier les conteneurs (référence, demandeur, date, lot, etc.)
  • mieux informer les utilisateurs sur la toxicité des produits (lien vers FDS)
  • répondre aux exigences en matière de sécurité (pouvoir fournir un inventaire détaillé des risques)
  • remplacer le cahier de commande papier

 

Historique des dernières versions :

Version 2.6 (mai 2016)

  • Gestion des entrées-sorties du stock central vers les lieux de manip
    • Emprunts, retours
    • Possibilité d'historique pour le suivi d'exposition des personnes
  • Gestion d'inventaire sous 2 formes :
    • 1. Inventaire "automatisé" d'un ensemble de conteneurs via leurs codes-barres
      • à partir d'une feuille excel listant les conteneurs d'un lieu
      • une feuille excel peut résulter d'un scan de codes-barres
      • controle de la compatibilité lieu/risques chimiques
      • modification automatique du lieu de stockage ou message de consigne
      • génération d'un fichier de consignes
    • 2. Inventaire manuel (conteneur par conteneur) réservé au gestionnaire de produits :
    • Pour inventorier un conteneur, on clique sur sa case 'inventaire' (en rouge)

      => la couleur passe en vert

Version 2.5 (juin 2015)

  • Gestion des risques chimiques
    • Nouvel étiquetage des risques chimiques (CLP)
    • Gestion des risques repensée et plus complète (réservée au gestionnaire de produits)
    • Accès direct aux fiches de sécurité (FDS) via la colonne no. CAS
    • Gestion du stockage des produits dangereux dans des lieux dédiés
    • Gestion des lieux réservée au gestionnaire de produits
  • Possibilité d'organisation en équipes / plateformes indépendantes :
    • Gestion séparée de chaque plateforme (avec protection des droits d'accès)
    • Consultation possible cross- plateformes
    • Supervision des plateformes par l'instance hiérarchique (base de données commun

 

  • Raccourcis rapides
    • Edition directe du lieu de stockage
    • Possibilité de suivi / modification directe de la quantité de produit restant

  • Autres fonctionnalités
    • Sélection de lignes pour appliquer d'un coup une même action (Supprimer, Changer de lieu, Régénérer etc.)
    • Controle des "dépendances" avant la suppression de références de produits
    • Controle de la compatibilité risques-lieu avant changement groupé de lieu (sur une sélection)
    • Opérateurs de recherche plus complets
    • Possibilité de "régénérer" des conteneurs supprimés par erreur (réservée au gestionnaire de produits)

 

Version 2.4 (juin 2013)

  • Ajout de rôles avec des pouvoirs spécifiques
    • simple user
    • gestionnaire produits
    • gestionnaire commandes
    • SUPER USER
  • Recherche simplifiée dans les listes de données ("in situ"):
    • formulaire de filtre placé en haut de chaque liste
    • recherche possible sur chaque champ de la liste (et plus)
    • choix de l'opérateur de recherche
  • Export des listes de résultats dans tableur (XLS)
  • Demandes en cours regroupables par Distributeur, Demandeur ou Date
  • Produits de références
    • Suppression sécurisée (impossible si référencé par des conteneurs)
  • Caractères accentués et spéciaux mieux gérés (ex.: 1 1' 4' 1''-terphenyl-4-thiol)
  • Controles de validité plus poussés (no. CAS, etc.)
Contexte d’utilisation du logiciel

ASPiC2 est utilisé dans notre laboratoire de Chimie depuis mars 2006 (actuellement plus de 4000 conteneurs pour plus de 2000 références de produits).

ASPiC2 a permis de générer le document-type demandé par l'EPA pour notre déménagement en 2009.

Le dernier  inventaire a été réalisé en mars 2016 avec la version 2.6.0 avant notre retour sur le site de Jussieu. Nous avons pu mettre à profit la  gestion des risques intégrée au logiciel pour réaliser le tri des conteneurs et leur affectation vers les nouvelles armoires de stockage.

Le stockage étant maintenant centralisé dans une pièce dédiée, le logiciel (version 2.6.1) offre une gestion rapide des entrées-sorties (emprunts et retour au stock après utilisation dans les pièces de manipulation).

ASPiC2 est développé en étroite collaboration avec les "A.P." du labo pour l'ajout de nouvelles fonctionnalités, ou les demandes d'améliorations, par exemple la mise en place d'étiquettes à code-barre.

Le logiciel est conçu pour être aisément paramétrable via des fichiers PHP simples:

=> paramétrage des rôles (droits), de l'affichage des listes, des actions possibles.

On peut ainsi activer ou non des fonctionnalités optionnelles du logiciel :
- cycle demande, commande, réception
- structure avec équipes indépendantes (hiérarchie),
- suivi de la consommation,
- gestion d'inventaires,
- gestion des entrées-sorties du stock

Langages : PHP5, HTML, Javascript, JQuery, MySQL

 

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 14/05/13
  • Correction mineure : 15/11/13
  • Rédacteur de la fiche : Thomas Boudier - Institut de Biologie Intégrative (Université Pierre et Marie Curie)
  • Relecteur(s) : Eddie Iannuccelli (LGC INRA Toulouse)
    Nicole Quenech'du (LPPA)
  • Contributions importantes : Nicolas Lebas, contributeur initial de la fiche ImageJ, a souhaité passer la main en Mars 2013.
  • Responsable thématique : Emmanuel Courcelle (LIPM)
Mots-clés

ImageJ : analyse d'images multiplateformes

Description
Fonctionnalités générales

ImageJ est un logiciel libre multiplateforme d’analyse et de traitement d’images, inspiré à l’origine du logiciel NIH Image pour Macintosh.

Un certain nombre de traitements d'images basiques sont disponibles par défaut : seuillage, filtrage, morphologie mathématique, comptage d'objets... Beaucoup d'autres fonctionnalités sont disponibles sur le web sous forme de plugins ou de macros.

Autres fonctionnalités

ImageJ est un logiciel évolutif pour lequel il est possible d’ajouter des fonctionnalités sous la forme de plugins Java, de javascripts ou de macros (instructions propres à ImageJ). De nombreux plugins sont disponibles sur différents sites. Outre le site principal qui regroupe de nombreux plugins, un site wiki communautaire est disponible sur le site de TUDOR. La distribution Fiji vise à faciliter l'installation de ces plugins et à ajouter des fonctionnalités de scriptings dans d'autres langages (closure, python, ruby, ...). Des modules de visualisation 3D sont présents comme VolumeViewer ou 3D Viewer qui utilise Java3D pour un rendu interactif. Pour la partie filtrage et analyse 3D, une suite 3D a été développée.

Interopérabilité

Le logiciel lit et exporte les images dans les formats les plus courants (TIFF, BMP, JPG, GIF, PNG, PGM, FITS et ASCII...). L'ouverture des fichiers aux formats propriétaires de microscopie (Leica, Zeiss, ...) ainsi que DICOM sont disponibles avec le plugin LOCI-bioformats, ce plugin lit les données images ainsi que les métadonnées (longueur d'ondes, objectifs, ...) associées aux images.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

ImageJ est devenu de fait la référence en traitement et analyse d'images en biologie. Il fait l'objet de nombreuses formations, une conférence internationale lui est consacrée tous les deux ans. Nous l'utilisons quotidiennement pour l'analyse automatique 3D en utilisant et développant nos propres plugins et macros. ImageJ n'ayant pas été développé à la base pour une utilisation multidimensionnelle (3D, 4D et 5D), les bibliothèques de classes ne sont pas très faciles à utiliser dans ce cas ; les programmeurs chevronnés apprécieront la nouvelle mouture ImageJ2, toujours en version beta.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Les limitations sont surtout dues au langage de programmation dans lequel ImageJ a été écrit : Java.
Il est donc un peu lent (surtout pour de gros traitements) et parfois gourmand en mémoire. De plus, certains systèmes limitent la taille maximum de mémoire allouée pour la machine virtuelle Java.

La possibilité d'écrire soi-même ses propres plugins est un plus mais demande une connaissance du langage Java.

Environnement du logiciel
Plates-formes

Toutes les plate-formes sur lesquelles Java est utilisable.

Logiciels connexes

Fiji (intègre de nombreux plugins et une installation simplifiée)

MacBiophotonics distribution (seulement pour Windows)

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

BioImageXD (licence GPLv2)

ICY (licence GPLv3)

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Développement principalement académique, avec quelques développements industriels.

Eléments de pérennité

Large communauté d'utilisateurs et de contributeurs à travers le monde.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Les différentes listes de diffusion sont disponibles ici.

Documentation utilisateur

http://imagej.nih.gov/ij/docs/index.html

Les éditions Springer proposent des livres de traitement et analyse d'images basés sur ImageJ, pour à la fois les utilisateurs et les développeurs Java (voir le site des auteurs).

Contributions

Le site Wiki de TUDOR permet facilement de contribuer soit en rédigeant de la documentation (tutorial, vidéo, ...) soit en déposant son plugin ou sa macro. Les développeurs chevronnés apprécieront le GIT de Fiji.

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 11/10/11
  • Correction mineure : 11/10/11
Mots-clés
Pour aller plus loin

Coot : modélisation et validation de structures de protéines

Description
Fonctionnalités générales

Ce logiciel libre de biologie permet la visualisation, la construction et la validation de structures macromoléculaire issues de données cristallographiques ou de RMN. L'intérêt tout particulier est la facilité d'ajustement, d'affinement et de régularisation d'éléments de structures et de ligands dans l'espace réel. Une palette d'outils permet d'automatiser cet affinement. Le traitement de systèmes volumineux est réalisé en un temps très raisonnable.

Autres fonctionnalités
  • Visualisation de cartes de densité électronique, soit par lecture directe de carte au format .map soit par calcul de transformée de Fourier directement à partir des fichiers .mtz (pour les facteurs de structure) et de la PDB visualisée (pour les phases)
  • Superposition de structures
  • Mutation de résidus très simplifiée
  • Navigation dans la structure très facile grâce à une bonne gestion de la souris
  • Validation des structures (exemple : diagramme de Ramachandran)
Interopérabilité

Ce logiciel est compatible au niveau des formats avec la grande majorité des programmes de cristallographie, et plus particulièrement bien adapté pour la suite CCP4 (REFMAC) et pour le programme Phenix, qui l'intègre dans son interface graphique, au même titre que Pymol.

Les formats des fichiers d'entrée sont ceux utilisés en biologie structurale (exemple : PDB, mmCIF, MTZ, phs).
Le programme peut générer des cartes de densité électronique directement à partir des fichiers .mtz ou lire des cartes au format ccp4 ou CNS.
La visualisation stéréoscopique est très simple à mettre en place sur les stations graphiques.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Ce logiciel est utile dans la modélisation et l'affinement de structures cristallographiques ou pour la visualisation de structures de macromolécules déjà déposée dans la "Protein Data Bank" (PDB). Il est parfaitement adapté au monde de la biologie et de la chimie. Nous l'utilisons pour visualiser les macromolécules de nos projets et améliorer éventuellement leur affinement (dans le cas de structures anciennes), et ce en un temps très rapide. Il permet également de générer des modèles de variants par mutation ponctuelle.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Bien que très généraliste, ce programme ne prend pas en compte l'ensemble des formats utilisés en biologie structurale. Il faut donc parfois faire des conversions via des programmes comme OpenBabel.

Sur certaines machines Linux dont l'installation a été faite en français, il faut parfois redéfinir certaines variables d'environnement, notamment pour que la visualisation 3D fonctionne correctement. il suffit pour cela de rajouter les lignes suivantes dans le fichier : /usr/bin/coot.
Avant de modifier ce fichier, vérifiez que le programme ne fonctionne pas correctement, ceci est surtout valable pour les binaires installés via les dépôts officiels des distribution linux.

LANG=C
LC_ALL=C
LC_NUMERIC=ALL
export LANG
export LC_ALL
export LC_NUMERIC
Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

Le logiciel peut également être obtenu via le site de CCP4.
il existe des binaires disponibles sur le site de téléchargement pour les distributions suivantes :
RHEL4, Fedora, Centos, Ubuntu

Certaines distributions l'intègrent désormais directement dans leur dépot. ainsi pour installer Coot sur fedora (de 13 à 15), la commande suivante suffit :

yum install coot

Plates-formes

Toutes plates-formes. Pour les inconditionnels de windows, une version sous cygwin existe, ou alors la version wincoot

les dernières versions présentent des solutions précompilées, pour les systèmes linux ( ubuntu, fedora, red-hat) ainsi que pour window et mac

Logiciels connexes

La suite CCP4 ( http://www.ccp4.ac.uk/ ) est une suite de logiciels libres pour le traitement de données et la manipulation de fichiers issus de la cristallographie, cette suite est aussi sous licence GPL.

Phenix, est une nouvelle suite d'outils cristallographiques, trés bien intégrés dans une interface graphique, pour les novices, mais chaque outil, peut être utilisé, de façon indépendantes en mode texte, pour les utilisateurs avertis.

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

Pymol, licence GPL
chimera, licence GPL
turbo, licence payante
Quanta, licence payante

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

York Structural Biology Laboratory, University of York, Heslington, York YO10 5YW, England

Eléments de pérennité
  • liste de diffusion d'utilisateurs avec un bon retour d'expérience
  • intégration du logiciel dans des suites dédiées à la cristallographie telles que :CCP4, Phenix
  • intégration du logiciel dans les dépots officiels de distribution Linux de renom : RedHat, Fedora.
Références d'utilisateurs institutionnels
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Archive de la liste de diffusion : http://www.biop.ox.ac.uk/coot/doc/coot-faq.html
Support, manuel d'utilisation : http://www.biop.ox.ac.uk/coot/tutorials.html

Documentation utilisateur
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 12/10/11
  • Correction mineure : 17/02/12
  • Rédacteur de la fiche : Jérôme Pansanel - IPHC (CNRS / Université de Strasbourg)
  • Relecteur(s) : Caroline Bidot (MIA Jouy-en-Josas)
    Mark Hoebeke (Laboratoire Mathématique, Informatique & Génome)
    François Moreews (SIGENAE)
  • Contributions importantes : Marc Wessner a rédigé la première version de cette fiche, puis il a été remplacé par Raphaël Flores, qui a passé le flambeau en Septembre 2011 à Jérôme Pansanel
  • Responsable thématique : Emmanuel Courcelle (LIPM)

Taverna : Conception de workflows et moteur d'exécution

Description
Fonctionnalités générales

Taverna est une application qui permet de construire et d'exécuter des workflows (enchaînements de tâches élémentaires). Chaque étape de ces chaînes de traitements correspond à l'exécution d'un outil disponible localement ou sous forme de service web. L'outil, fortement typé bio-informatique, propose en standard de nombreux services spécifiques, tels que NCBI, Kegg, SoapLab, BioMoby, Biomart et WSDL.

Autres fonctionnalités
  • Exécution des workflows depuis le workbench, la ligne de commande, ou bien à distance sur un serveur Taverna.
  • Plusieurs types de services compatibles : web-services de type WSDL, BioMart, BioMoby, SoapLab, R, Beanshell, REST, XPath services...
  • Suivi détaillé de l'exécution d'un workflow (statut, temps d'exécution des différents processus) et de ses résultats (avec entrées/sorties intermédiaires).
  • Recherche et chargement des workflows stockés sur le site MyExperiment depuis une perspective dédiée.
  • Partage de workflows sur le site MyExperiment.
  • Recherche et chargement des services web recensés sur le site BioCatalogue depuis une perspective dédiée.
  • Ouverture d'un workflow à partir d'une URL ou d'un fichier local.
  • Interface organisée en perspectives (Design, Results, myExperiment, BioCatalogue, etc.)
  • Personnalisation poussée des fonctionnalités et de l'interface (ie. création de nouvelles perspectives).
  • Support des services sécurisés.
  • L'architecture par plugin garantit l'intégration des développements externes.
  • Mise à jour automatique possible des plugins et composants internes, intégrée à l'application.
  • La plupart des services web utilisant WSDL peut être exécutée dans un workflow Taverna (voir exceptions).
  • Les résultats typés par MIME sont directement visualisés dans Taverna si un plugin est disponible (HTML, molécule 3D, text brut...).
Interopérabilité
  • Les workflows créés sont sauvegardés sous un format XML propre à Taverna : le SCUFL2 (Simple Conceptual Unified Flow Language).
  • La version 2 de Taverna reste compatible avec la version 1 du format SCUFL.
  • Il est possible de générer automatiquement des outils Galaxy à partir d'un workflow Taverna 2 via l'outil associé Taverna-Galaxy.
  • Les API Java tierces peuvent être intégrées dans des workflows Taverna en utilisant l'API Consumer Tool.
  • Les autres langages de description de workflows ne sont pas gérés.
  • L'export des formats de provenance OPM et Janus est disponible, à titre expérimental.
Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service
  • Au CNRS, Taverna est utilisé par un public de bio-informaticiens et d'informaticiens.
  • A l'IPHC, Taverna est utilisé pour la soumission de calculs sur la grille de calcul EGI, ainsi que pour le traitement automatique de données en chémoinformatique.
  • Une liste des organisations / laboratoires utilisateurs de Taverna est disponible, précisant le contexte scientifique.
Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes
  • Les webservices déjà intégrés sont souvent peu documentés. Il n'est pas toujours évident de comprendre les données d'entrée attendues ni le format des données de sortie.
  • Le format de certaines données d'entrée spécifiques (ie. objets BioMoby) reste peu intuitif.
  • Toute mise à jour ou installation d'un plugin nécessite le redémarrage de l'application pour être prise en compte.
Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

Taverna est distribué avec la distribution Bio-Linux.

Plates-formes

Linux & Unix-like : Taverna 2.3.0 - anglais
Windows : Taverna 2.3.0 - anglais
Mac OS X : Taverna 2.3.0 - anglais

Logiciels connexes
  • SoapLab est la solution serveur proposée par Martin Senger. Elle permet le déploiement d'outils sous la forme de web services à partir d'un fichier ACD les décrivant. Une fois déployés, ces services peuvent être intégrés dans un workflow en tant qu' étape de traitement, viaTaverna.

    De nombreux plugins sont disponibles pour Taverna (Feta, LogBook, SoapLab, ...)
    Certains plugins apportent de nouvelles fonctionnalités(recherche...), d'autres des nouveaux types de services.

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

L'Université de Manchester (UK) est principalement impliquée dans le développement de Taverna (plus de détails).

Eléments de pérennité

Le développement de Taverna est mené par Tom OINN à l'EBI (European Bioinformatics Institute, Cambridge UK).
Le projet est une collaboration qui fait intervenir les entités suivantes : School of Computer Science Université de Manchester, IT Innovation, the School of Computer Science, Université de Newcastle, Newcastle Centre for Life, Nottingham University Mixed Reality Lab.
Les contributions communautaires sont intégrées notamment sous la forme de plugins.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur

La documentation écrite en anglais est disponible sur le site du logiciel (FAQ, doc pour Taverna 1.7 et 2.x, plugins). Elle comporte également un guide de démarrage rapide.
Des tutoriels (pdf & video) et webinars sont recensés dans la partie dédiée.
Un pack de démarrage est mis à la disposition des nouveaux utilisateurs.

Divers (astuces, actualités, sécurité)

L'activité autour de ce logiciel reste toujours importante :

  • La version 2.3 workbench a été publiée en juillet 2011.
  • La version 3 beta a été publiée en avril 2011.
  • La version 2.3 server est prévue pour octobre 2011.
  • La version 3 finale est prévue pour novembre 2011.
  • L'équipe de développement est très réactive aux besoins des utilisateurs, surtout sur la mailing list. La roadmap, qui montre les objectifs à venir du projet, est très chargée.
Contributions
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 18/11/10
  • Correction mineure : 18/11/10
Mots-clés

Qtiplot : tableur et traceur de graphes 2D et 3D

Description
Fonctionnalités générales

Qtiplot est un logiciel qui implémente d'abord les fonctionnalités d'un tableur : à partir d'une table de 2 colonnes et plus, on pourra tracer des graphes 2D de corrélation entre les valeurs respectives des paramètres contenues dans ces colonnes.
Il permet également, en utilisant du calcul matriciel de tracer des graphes 3D, possède des fonctions d'analyse des données : statistiques par colonnes, par rangées, tri des données, de lissage, permet de dériver ou d'intégrer des données, de calculer et tracer des transformées de Fourier rapides.

Autres fonctionnalités
  • Importation de projets Origin
  • Utilisation de scrypts Python ou muParser
  • Une fonctionnalité intéressante pour les biochimistes est de pouvoir faire des régressions non linéaires de données expérimentales pondérées par les barres d’erreurs (permet de déterminer des paramètres de fixation protéine/ligand ou des paramètres de cinétique enzymatique).
Interopérabilité

Les scripts muParser sont inclus dans plusieurs logiciels scientifiques du domaine public :

  • kst : traceur de données scientifiques pour Linux KDE, muParser est utilisé par le plugin Marquardt Levenberg
  • Transition Maker 2 : crée des séquences de transition pour le traitement video (MS Windows)
  • Trininaut : un lanceur de programmes avec des extra features (Platform: WinXP, Win2K)
  • muParser est utilisé dans l'application DS4' MatriX , un logiciel pour gérer les systèmes de laser. (Platform: Linux)
  • Geodes Geodes est un nouveau logiciel dynamique géometrie pour Mac OS X.

Les projets et fichiers matrices, feuilles de calcul et graphes d'Origin (*.OPJ, *.OGM, *.OGW et *.OGG, ) peuvent être importés sous Qtiplot ; en revanche l'exportation de fichiers Qtiplot vers d'autres formats, si elle est prévue (il existe une option de menu pour cela) ne semble pas encore implémentée dans la version décrite.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

QtIplot est utilisé en remplacement d'Origin sur les machines Linux ou sous Windows quand il y a trop d'utilisateurs pour le nombre de licences.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Problèmes liés à l'installation :

  1. Installation à partir d'installeurs binaires

    • Il n'est possible de télécharger des binaires pour Linux, Windows et Mac-OS qu'en souscrivant un contrat de maintenance "single-user binaries maintenance contract" ou "multi-user binaries maintenance contract" pour un coût assez faible (20 € pour une licence seule , 150 € pour 10 licences, 250 € pour un nombre illimité d'installations) avec un support technique minime (respectivement 2 heurs, 12 heures et 24 heures par an).
    • Installation sous Windows : la version QtiPlot 0.9.2 nécessite l'installation préalable de Python 2.5 ;
    • lors de l'installation de la version 0.9.7.3 , j'avais déjà Python 2.5 préinstallé mais je suppose qu'il est toujours nécessaire d'installer Python 2.5 préalablement.
    • Installation sous Linux : des binaires aux formats RPM ou DEB sont téléchargeables, pour les versions 0.9 , 0.9.1 et 0.9.2 . Pour Fedora 6 et 7 il est indispensable d'installer Python 2.5 au préalable car la version disponible dans la distribution est antérieure.
    • même remarque pour l'installation des versions 0.9.7 sous Linux que pour l'installeur Windows.
  2. Installation par compilation de l'application
    Qtiplot est disponible gratuitement à partir des sources, toutefois sa compilation sous Linux n'est pas triviale et nécessite un grand nombre de dépendances dont beaucoup ne sont pas fournies selon les distributions.

Dépendances:
QtiPlot utilise les bibliothèques : Qt (4.4.0), Qwt (5.1.1), QwtPlot3D, GSL, muParser, zlib (1.2.3), et liborigin.
Pour permettre l'utilisations de scripts Python, QtiPlot utilise Python 2.5, SIP (4.7.6) et PyQt (4.4.2).

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

Disponible dans les dépôts universe d’Ubuntu.
Les versions 0.9.7.3 sont téléchargeables sous forme binaire pour Windows, MacOS X et linux (tar.bz2) , pour Linux les installeurs 0.9.7.1 sont disponibles en fichiers rpm et deb.

Plates-formes

Windows, Linux, MacOS-X, systèmes i386 et x86_64

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Ce projet a été initié par Ion Vasilief en 2000. Depuis 2006, de nouveaux contributeurs l'ont rejoint et le projet est hébergé par BerliOS Developper.

Eléments de pérennité

Alors que les premières versions n'existaient qu'en anglais et en allemand, puis en russe et en espagnol, les versions 0.9.7 de Qtiplot sont disponibles également en français, en suédois en bientôt en japonais.
Qtiplot 0.9.8.3 existe aussi en version beta pour Windows et MacOS-X.
Sous Debian et les distributions qui en dérivent (Ubuntu / kubuntu ...) qtiplot peut être installé automatiquement avec la commande "apt-get install qtiplot"

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Il existe 3 forums anglophones hébergés par l'Université de Berlin : https://developer.berlios.de/forum/?group_id=6626

  • Developers : relatif à la programmation,
  • General Discussion : pour tous les sujets,
  • Help : pour les besoins d'aide et partager les "trucs et astuces".
Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)

QtiPlot peut être integré à LaTeX, standard de fait de publication scientifique: les feuilles de calcul peuvent être exportées sous forme de tables .tex et les plots peuvent être exporté comme figures .tex utilisant les systèmes graphiques TikZ/Pgf .

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 03/12/10
  • Correction mineure : 03/12/10
Mots-clés
Pour aller plus loin

ParaView : visualisalisation interactive de gros volumes de données

Description
Fonctionnalités générales

ParaView (Parallel Visualization Application) est un logiciel multi-plateformes basé sur VTK permettant la visualisation interactive de gros volumes de données scientifiques 2D et 3D. L'utilisateur construit interactivement le pipeline graphique (succession de filtres agissant sur les données) de son choix. L'interface est ergonomique et elle est facile a prendre en main. Il suffit d'apprendre progressivement à connaître les actions des filtres sur les données (possibilité d'en ajouter de nouveaux). Ce logiciel permet de visualiser des données provenant de domaines très variés : écoulements, images médicales, molécules,...

Autres fonctionnalités
  • Interface utilisateur écrite en TcL permettant l'accès aux fonctionnalités de la librairie VTK (Visualization ToolKit).
  • La librairie OpenGL est donc utilisée pour le rendu des images.
  • Utilisable sur une architecture parallèle, mode client/serveur.
  • Gestion du niveau de détails (LOD) des images produites.
  • Possibilité d'incorporer des scripts Python.
Interopérabilité

Formats de données compatibles (liste tirée de la doc de ParaView, voir à "Readers") :

  • Dataset in AVS UCD format.
  • Movie BYU files.
  • Cosmology file (COSMO).
  • Comma-separated values (CSV) file.
  • Dataset in DEM format.
  • EnSight files and Parallel EnSight files.
  • Exodus II files.
  • Dataset in Fluent file format.
  • Dataset in Facet format.
  • Gaussian Cube data files.
  • Raw regular rectilinear grid data from a file.
  • LS-Dyna databases (d3plot).
  • Legacy VTK files.
  • Dataset in MFIX file format.
  • UNC meta image data.
  • Regular arrays from netCDF files.
  • Dataset in OpenFOAM format.
  • PDB files.
  • PLOT3D files.
  • PLY polygonal files.
  • PNG file.
  • POP data files.
  • PVD file.
  • Partitioned legacy VTK files.
  • Datasets stored in the Phasta format.
  • Exodus files from simulation restarts.
  • SPCTH files from simulation restarts.
  • SESAME data files.
  • STL files.
  • Files in the Spy Plot format.
  • TIFF file.
  • VRML 2.0 files.
  • XDMF data files.
  • VTK data file containing a hierarchical box dataset.
  • VTK XML image data files.
  • VTK XML multi-block datasets.
  • Partitioned VTK XML image data files.
  • Partitioned VTK XML polydata files.
  • Partitioned VTK XML rectilinear grid data files.
  • Partitioned VTK XML structured grid data files.
  • Partitioned VTK XML unstructured grid data files.
  • VTK XML polydata files.
  • VTK XML rectilinear grid data files.
  • VTK XML structured grid data files.
  • VTK XML unstructured grid data files.
  • XYZ molecular data files.
Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Au laboratoire nous utilisons ParaView pour visualiser les résultats de nos simulations numériques (2D ou 3D) issues de codes éléments finis, différences finies, volumes finis ou encore de méthodes particulaires.
Quand on veut faire de la visualisation très spécifique comme une visualisation en temps réel de l'évolution d'un calcul, nous utilisons directement la librairie VTK via le langage C++.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Relativement peu de documentation : la documentation intégrée au logiciel (de plus en plus détaillée au fil des versions), un petit tutoriel téléchargeable sur le site du logiciel et un livre à acheter.

Environnement du logiciel
Plates-formes

Il est donc multi-plateforme : Unix/Linux, Windows, MAC OS X
Les versions les plus récentes de ParaView nécessitent Qt : http://trolltech.com/products/qt/

Logiciels connexes
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Collaborations entre différents laboratoires : http://www.paraview.org/HTML/Contributors.html

Eléments de pérennité

Logiciel très utilisé avec une grosse communauté de développeurs.

Références d'utilisateurs institutionnels
  • Université Paris-Sud XI : Laboratoire de Mathématiques, Institut de Chimie Moléculaire et des Matériaux d'Orsay (ICMMO),...
  • Université Paris XIII : Laboratoire de Mathématiques.
  • CEA.
  • Logiciel disponible sur de très nombreux centres de calcul : IDRIS, TeraGrid,...
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

paraview [at] paraview [dot] org : http://public.kitware.com/mailman/listinfo/paraview

Documentation utilisateur
Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 15/02/12
  • Correction mineure : 15/02/12
Mots-clés
Pour aller plus loin

Grace : graphique 2D pour système X Window

Description
Fonctionnalités générales

Grace est un logiciel de graphique en 2D WYSIWYG (What You See Is What You Get). Acceptant en entrée n'importe quel fichier ASCII multicolonne ou Netcdf 1D, il permet de configurer précisément le résultat final voulu. Absolument tous les paramètres d'un graphique en 2D sont présents : 256 couleurs, 10 types de motifs 'built-in' et la possibilité d'utiliser n'importe quel caractère de police comme motif, caractères grecs et mathématiques inclus, 9 types de lignes, axes entièrement configurables, légendes, taille physique du graphique etc.
Les graphiques sont exportables en différents formats : (e)ps, png, jpg, svn, mif, pnm. Le réglage de la résolution est laissé aux soins de l'utilisateur permettant d'exporter des graphiques de qualité "publication". Possibilité de sauvegarder les graphiques au format Grace (*.agr) ou alors seulement des jeux de paramètres personnalisés. Il est aussi possible de tracer plusieurs graphiques différents sur un même canevas. Enfin, les utilisateurs avisés peuvent écrire des scripts permettant d'obtenir des graphiques parfaits en une ligne de commande.

Autres fonctionnalités

En plus des fonctions purement graphiques, le logiciel propose une large gamme de fonctions mathématiques : ajustement linéaire ou non contraignable à certaines régions du domaine définies par l'utilisateur. Les capacités d'analyse sont multiples: FFT, intégration, différentiation, histogrammes, interpolation, lissage, convolution, corrélation et bien d'autres encore.

Interopérabilité

Il est possible d'utiliser des modules externes C/Fortran/Python interagissant avec le logiciel (utilisateurs avertis). Le logiciel intègre des fonctions de lecture/écriture Ascii ou Netcdf.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Ce logiciel est utilisé par nombre de chercheurs pour leurs publications, malheureusement beaucoup d'utilisateurs Windows ignorent son existence. Il satisfera les esthètes les plus pointilleux du graphique 2D.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Le logiciel n'est pas très 'user-friendly', l'interface est un peu austère. Les nouveaux utilisateurs pourront être perdus dans la masse de sous-menus et d'onglets que présente l'interface. Néanmoins, des raccourcis pas toujours évidents à trouver facilitent la tâche avec un minimum d'expérience (ex : Ctrl+L pour déplacer la boîte de légende à la souris).

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

Disponible en dépôt (installation automatisée par internet : Yast, Yum, Apt etc.) sur la plupart des distributions Linux.

Plates-formes

J'ai personnellement testé le logiciel sur : Suze, Fedora, Debian (x86 et ppc), Windows (grace est l'un des paquetages de Cygwin).

Logiciels connexes

TRIP : logiciel de calcul formel et numérique : http://www.projet-plume.org/fiche/trip

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

gnuplot

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Projet développement libre

Eléments de pérennité

Fortes interactions entre utilisateurs et développeurs sur le forum du site web.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)

Nombre de raccourcis clavier relevant parfois de la magie noire.

Syndiquer le contenu