serial cloner

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 07/03/12
  • Correction mineure : 11/09/12
  • Auteur de la fiche : Franck Perez (Institut Curie - Dynamique et Compartimentation Cellulaires)
  • Responsable thématique : Christelle Dantec (CRBM)
Mots-clés

serial cloner : manipuler & visualiser des séquences d'ADN, préparer des projets de clonage

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.

 

Une fiche logiciel décrit plus en détail ce développement, consultez la pour plus d’informations : Serial Cloner
Fonctionnalités générales du logiciel

Serial Cloner permet de produire :

  • des cartes de restriction graphiques et textuelles où les sites de restrictions et 'Features' sont visibles,
  • de trouver les sites uniques, absents,
  • de produire des cartes de restriction "silencieuses".

Il est aussi possible de réaliser des restrictions et PCR virtuelles, de préparer des adaptateurs ou shRNA et de réaliser des clonages par ligation ou par recombinaisons homologues. Serial cloner produit aussi des alignements de séquences en local ou via le NCBI. Une interface Web est incluse, utile notamment pour récupérer des séquences sur les serveurs de l'EBI ou du NCBI. La version 2.5 gère aussi les séquences protéiques.

L'interface a été pensée pour permettre un accès rapide aux paramètres de présentation et aux différentes fonctions.

Les fichiers produits sont lisibles par DNA Strider et un export au format GenBank et Fasta est possible. Les fichiers au format texte, fasta, GenBank, EMBL, Ape, pDRAW MacVector et Vector NTI peuvent être importés.

Serial Cloner existe pour MacOSX et WIndows (XP, Vista, Seven). Une version Linux, moins avancée, est aussi disponible.

Contexte d’utilisation du logiciel

Serial Cloner est utile pour prévoir et mener à bien des projets de biologie moléculaire et pour garder les références des constructions utilisées au laboratoire.

Publications liées au logiciel

Site hébergeur : http://www.serialbasics.com/Serial_Cloner.html

  • Cité dans le livre "Plasmids: Current Research and Future Trends", par Georg Lipps, Caister Academic Press, 2008
  • Cité dans le livre "Advanced Intelligent Computing Theories and Applications", Springer-Verlag Berlin and Heidelberg GmbH & Co. K, 201
  • Une critique sur BiteSizeBio : http://bitesizebio.com/2009/10/08/free-molecular-b...