X!TandemPipeline

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 12/09/12
  • Correction mineure : 26/10/13
Mots-clés

X!TandemPipeline : filtrage, édition, regroupement de résultats d'identifications MS

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 3.3.0 - 7 juillet 2012
  • Licence(s) : GPL - v3
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Benoit Valot, Olivier Langella
  • Contact concepteur(s) : benoit.valot@moulon.inra.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : Génétique Végétale

 

Une fiche logiciel décrit plus en détail ce développement, consultez la pour plus d’informations : X!TandemPipeline
Fonctionnalités générales du logiciel

X!TandemPipeline est un logiciel libre qui propose une interface graphique pour visualiser et manipuler des résultats d'identifications de protéines par spectrométrie de masse (MS/MS).

Les principales fonctionnalités sont :

  • Identification de protéines avec le logiciel X!Tandem
  • Chargement de résultats d'identification au format Mascot (.dat) ou X!Tandem
  • Application de filtres statistiques sur les peptides ou les protéines
  • Calcul de taux de faux positifs (FDR)
  • Filtrage de la redondance, regroupement des protéines par fonction
  • Mode "Phopshoprotéomique" pour traiter efficacement les peptides phosphorylés
  • Interface graphique pour visualiser, filtrer, éditer les résultats
  • Export des données au format Open Document (compatible MS Office 2010 ou LibreOffice)
  • Support de la quantification avec l'export au format MassChroQml (MassChroQ)
  • Facile à installer sur tous les systèmes
  • Support via la liste "pappso-tools [at] listes [dot] inra [dot] fr"
Contexte d’utilisation du logiciel

X!TandemPipeline est utilisé au quotidien dans plusieurs plateformes de protéomique. Il permet de fournir des résultats d'identification pertinents très rapidement. Sa faible emprunte de mémoire et sa rapidité d'exécution pour le filtrage et le regroupement des données permettent son utilisation avec les données de spectrométrie les plus récentes (haute résolution, plusieurs Giga octets de données).

Note aux développeurs : la conception de X!TandemPipeline est très modulaire. De nombreux outils utilisés dans ce logiciel sont développés de manière indépendante et peuvent être facilement réutilisés (libodsstream, libproteomicsvg). Ils sont déjà partagés en interne pour le développement des logiciels PAPPSO et toute idée de réutilisation sera la bienvenue... voire même de contributions sur le site SourceSup.

Publications liées au logiciel

Ludovic Bonhomme, Benoit Valot, Francois Tardieu, Michel Zivy. “Phosphoproteome Dynamics Upon Changes in Plant Water Status Reveal Early Events Associated with Rapid Growth Adjustment in Maize Leaves.” Molecular & Cellular Proteomics: MCP (July 10, 2012). http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22787273.