Catégories de logiciels utilisés dans la recherche en chimie

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  • Création ou MAJ importante : 22/06/11
  • Correction mineure : 04/01/12
Mots-clés

Catégories de logiciels utilisés dans la recherche en chimie

  • Type de ressource : résumé
  • Auteur(s) ou responsable(s) : Jérôme Kieffer
  • Dessin de molécules en 2D

    • ChemSketch : logiciel Pro en licence académique
    • bkchem
    • chemtool
  • Visualisation de protéines

    • Coot : le visualiseur du CCP4
    • PyMol : visualiseur open-source très avancé (avec scripting)
    • Chimera : visualisation protéines, petites molécules...
  • Éditeur / visualiseur de molécules en 3D

    • Pymol : visualiseur open source pour les (bio-) molécules
    • Avogadro : un des éditeurs 3D open-source les plus aboutis
    • Gabedit : visualiseur de résultats de simulation DFT & ab-initio
    • Jmol : à embarquer dans une page web
    • Mercury : pour les structures cristalines
    • Chimera : visualisation protéines, petites molécules...
  • Modélisation moléculaire (optimisation 3D,calculs ab-initio, DFT, ...)

    • OpenBabel: boite à outils pour logiciels de chimie
    • Molecular Modelling Toolkit : bibliothèque de simulation moléculaire
    • HuLiS : méthode Hückel simple et mésomérie
    • TONTO : boite à outils de chimie computationnelle
    • pDynamo : modélisation moléculaire et simulation des protéines
    • NWChem
    • BigDFT : ondelettes et cartes graphiques
    • MOPAC2009 : licence académique
  • Visualisation / Simulation spectroscopique (RMN, RPE, fluorescence ...)

    • MassXpert: interprétation des données de spectrométrie de masse
    • Gabedit : visualisation des propriétés spectroscopiques calculés ab-initio
    • PyMca : analyse des spectres de fluorescence X
  • Visualisation scientifique (plot 2D / 3D):

    • Qtiplot : tableur et traceur de graphes 2D et 3D
    • VTK : The Visualization ToolKit, visualisation de gros volumes de données 2D ou 3D
    • Grace : graphique 2D pour système X Window
    • ParaView : visualisalisation interactive de gros volumes de données
    • gnuplot : traceur de courbes 2D / 3D
    • mayavi
  • Gestion de stock de produits chimique et gestion de laboratoire

  • Cristallographie:

    • Fox : résolution de structures cristallines sur poudre
    • MoPro : analyse de la structure et densité électronique moléculaire
    • SHELX : résolution et affinement de structures cristallographiques
    • pyFAI : intégration azimuthale pour détecteurs 2D
  • Moteur de workflow d'analyse de données:

    • Taverna : Conception de workflows et moteur d'exécution
    • BioMAJ : moteur de workflows pour la synchronisation des données (en biologie notamment)
    • EDNA : environnement pour réaliser des programmes d'analyses de données en ligne
    • DAWB
    • orange2
    • vistrails
  • Tableaux périodiques

    • Kalzium : pour l'environnement KDE sous linux
    • GPeriodic : pour l'environnement Gnome sous linux