Journée PLUME biologie 2012

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  • Création ou MAJ importante : 08/04/12
  • Correction mineure : 09/11/12
Mots-clés

Journée PLUME biologie 2012

  • Type de ressource : événement
  • Date de publication du document ou de l'événement : 15 mai 2012
  • Auteur(s) ou responsable(s) : Jean-Luc Archimbaud, Emmanuel Courcelle, Christelle Dantec, Teresa Gomez-Diaz, David Rousse
  • Contact pour plus d'informations : Emmanuel Courcelle, Christelle Dantec

Logiciels issus de la recherche publique utilisés dans les sciences de la vie

L'objectif de cette journée PLUME est de braquer les projecteurs sur quelques logiciels développés pour les sciences de la vie, par des chercheurs ou des ingénieurs travaillant dans la recherche publique. Tous les logiciels présentés ici font l'objet d'une fiche PLUME "Développements ESR".

Cette journée s'adresse en premier lieu aux utilisateurs de logiciels : la plupart des logiciels présentés ici sont utilisés quotidiennement dans les laboratoires de biologie, les utilisateurs biologistes sont donc les premiers concernés. Le panel exposé est extrêmement large, puisqu'il va de la biologie moléculaire à la génomique, en passant par la spectrométrie de masse ou la biologie structurale : chacun devrait y trouver son compte.

Mais cette journée s'adresse aussi aux développeurs de logiciels : les logiciels présentés ici sont parfois le fruit de petites équipes, voire de développeurs solitaires, ou alors au contraire le résultat d'un travail collectif sur de nombreuses années. Chacun pourra confronter ses expériences, que nous souhaitons aussi diversifiées que possible. Nous aborderons également la question des licences: les logiciels "métiers" doivent-ils être obligatoirement des logiciels libres ?

Programme définitif

Matinée

9h30-10h00 - Accueil

10h00-10h15 - Présentation de PLUME

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par Emmanuel Courcelle, CNRS

10h15-10h30 - L'informatique à l'INRA

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par Laurent Perochon, INRA

10h30-11h00 - TASE

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Outil en ligne permettant la recherche de régions candidates par analyse de données SNP
Maxime Hébrard, INSERM

11h00-11h30 - ez-Rhizo

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Analyse de l'architecture racinaire de plantes en boite de Pétri
Patrick Armengaud, INRA

11h30-12h00 - serial cloner

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Manipuler & visualiser des séquences d'ADN, préparer des projets de clonage
Franck Perez, CNRS

12h00-12h30 - Licence libre ou propriétaire pour votre logiciel ?

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Teresa Gomez-Diaz, CNRS
Pour plus d'information, voir FAQ : licence & copyright pour les développements de logiciels libres de laboratoires de recherche et le thème PLUME patrimoine logiciel d'un laboratoire.

13h00 - 14h15 : Repas pris au restaurant du campus + café offert à l'entrée de l'amphi

Après-midi

14h15-14h45 - masschroq

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Analyse et quantification de données issues de la spectrométrie de masse
Olivier Langella, INRA

14h45-15h15 - eugene

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Prédicteur de gènes pour les organismes eucaryotes et procaryotes
Erika Sallet, INRA

15h15-15h45 - aniseed

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Modélisateur du développement de l'ascidie
Cyril Martin, CNRS

15h45-16h15 - carthagene

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Logiciel de cartographie génétique

Damien Leroux, INRA

16h15-16h45 - edna

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Environnement pour réaliser des programmes d'analyses de données en ligne
Jérôme Kieffer, ESRF

16h45-17h15 - Discussion finale. intérêt (ou non) de la thématique biologie de PLUME, d'autres journées, etc.

Vidéo

Comité de programme et d’organisation de cette journée PLUME

Informations pratiques

Date

Mardi 15 mai 2012

Lieu

Montpellier, amphithéâtre de la Délégation Régionale du CNRS, situé à environ 30-40 minutes de la gare.

Accès

Accès au CNRS (Bâtiment D)

Transports en commun depuis la gare SNCF: Tramway ligne 1, direction Mosson, arrêt St Eloi, puis bus ligne 22, direction Clapiers-Jacou, arrêt CNRS. (environ 40mn en tout)

Horaires de train : les horaires de la journée ont été choisis afin qu'il soit possible de faire le retour en train (et même éventuellement l'aller), au moins pour les personnes venant de Paris, Toulouse, Lyon, Marseille, ...

Support vidéo

L'ensemble de la journée sera retransmis en direct sur internet. Il sera possible de participer à distance via le chat.
Connectez-vous sur http://webcast.in2p3.fr/live/journee_plume_biologie_2012

Toutes les présentations seront filmées. Vidéos et présentations seront par la suite disponibles en vidéo à la demande à partir de cette fiche.

Inscriptions

Les inscriptions, closes à présent, étaient gratuites, repas compris via ce questionnaire.