Le web BioInformatique

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  • Création ou MAJ importante : 15/09/08
  • Correction mineure : 01/12/11
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Le web BioInformatique

Beaucoup de logiciels développés en bioinformatique disposent d'interfaces web. Il y a donc d'une part le programme à télécharger, mais celui-ci est souvent associé à un service en ligne. D'où l'importance pour les biologistes des ressources disponibles sur internet.
Les quelques sites suivants (essentiellement anglophones) sont autant de points de départ pour une exploration du web bioinformatique :

  • Les logiciels et les banques de données utilisés à l'Institut Pasteur.
  • European Bioinformatics Institute situé en Angleterre et en Allemagne, l'EBI maintient une des grandes banques internationales de séquence nucléique (EMBL), ainsi que la banque de domaines protéiques interpro. L'EBI est par ailleurs associé à l'Institut de bioinformatique Suisse (SIB), qui maintient la banque de données de protéines uniprot (autrefois appelée swissprot), ainsi que le serveur protéomique Expasy.
  • National Center for Biotechnology Information: situé aux U.S.A., le NCBI maintient Genbank, une autre banque de données de séquences nucléiques, et développe de nombreux logiciels d'analyse de séquence, à commencer par le plus connu d'entre eux: BLAST.
  • La Protein Data Bank est une banque de données de structures protéiques: toutes les structures protéiques publiées dans les revues scientifiques sont systématiquement déposées dans cette banque de données.