Le logiciel libre dans un laboratoire de recherche en chimie

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  • Création ou MAJ importante : 16/02/10
  • Correction mineure : 01/12/11
Mots-clés

Le logiciel libre dans un laboratoire de recherche en chimie

Cette fiche se veut non exhaustive et traite des possibilités d'utilisation et du retour d'expérience de l'utilisation de logiciels libres dans un laboratoire.

Son unique but est de donner quelques pistes pour le déploiement de ressources informatiques dans le monde de la recherche en chimie.

On peut distinguer 3 principaux domaines :

  • les applications purement scientifiques ;
  • les applications liés à la « gestion administrative scientifique » : référencement, édition de documents scientifiques, etc ;
  • la gestion et l'administration d'un réseau dans un laboratoire de recherche.

1. Les applications scientifiques

Elles sont liées au domaine de recherche et aux équipements utilisés. Pour un équipement "commercial" et dans le cadre d'une acquisition de données, l'application principale est généralement un logiciel dit « constructeur ». Cela peut également être un développement local mais il s'agit plus rarement d'un logiciel dit « libre » et le système d'exploitation est le plus souvent basé sur Windows. Par contre, pour la partie traitement, il existe toute une panoplie de logiciels libres à disposition des utilisateurs et qui sont spécifiques pour chaque discipline ou chaque traitement. Entre autres, on trouvera des "outils" Open Source dans le cadre de la modélisation moléculaire, de la simulation, de l'analyse, etc… (développements pour tous les systèmes d'exploitation). Il est difficile de tous les lister, tant les spécialités sont nombreuses.

Quelques sites web qui répertorient les logiciels libres en chimie (il y en a beaucoup d'autres....) :

Une piste de recherche : dans un navigateur, taper « logiciel libre » + domaine (par exemple « spectroscopie ») ou type de traitement .....

2. Les applications de gestion administrative scientifique

Mots clés : bureautique, communication internet, bibliographie, graphisme

Les "puristes" choisiront bien entendu des suites LaTEX et autres TEX pour éditer leurs documents scientifiques.

Les outils classiques de bureautique et d'accès à internet sont également très utilisés (Firefox, Thunderbird, OpenOffice, Gimp, PDFCreator, etc).

L'aspect "gestion bibliographique" a été très bien traité lors d'une journée "Plume" :

http://www.projet-plume.org/fr/ressource/journee-plume-biblio-2009

Concernant la partie graphique, il existe une multitude d'outils de dessin de molécules dans tous leurs états.

Remarque : Pour ce qui est de notre propre expérience, le couple "Windows/Office" est préféré au package "Linux/OpenOffice" du fait des habitudes des chercheurs et d'importants échanges de documents avec l'extérieur, notamment le monde industriel (problèmes de compatibilité). Par contre, on trouvera du "Libre" dans tous les autres domaines.

3. Logiciels Open Source utilisés dans le cadre de la gestion et de l'administration réseau (cette rubrique n'est pas propre à un laboratoire de recherche en chimie)

L'utilisation des logiciels Open Source offre des services très intéressants dans la gestion et l'administration d'un réseau de laboratoire, notamment dans le cas d'une petite entité (une cinquantaine de personnes). Ces services ne sont pas spécifiques au domaine "chimie" et sont utilisés par beaucoup d'Administrateurs Systèmes et Réseaux.

Entre autres, on peut citer :

  • OCS Inventory NG : solution puissante d’inventaire du parc informatique via notamment la récuperation automatique de la configuration matérielle et logicielle des ordinateurs
  • GLPI : helpdesk, système de suivi des demandes, couplé avec OCS Inventory NG il facilite la gestion de parc
  • Syslog NG : gestion de traces (variante php-syslog-ng : interface web basée sur un script php qui permet de lire les logs générés par un serveur local ou une machine distante)
  • CUPS : serveurs d'impression
  • Apache : serveur http
  • Php : langage informatique orienté programmation Web
  • MySql : serveur de bases de données relationnelles

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Remarque 1 : Dans le cadre de la gestion et de l'administration d'une Unité de Recherche, il y a lieu de déployer les applications spécifiques à cet effet (par exemple catalogue de la DSI pour les unités CNRS).

Remarque 2 : Un aspect particulier, le développement d'applications dans un laboratoire de recherche(cf. http://www.projet-plume.org/relier - http://www.projet-plume.org/fr/breve/plume-juin-juillet-2009)

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Avez-vous un complément d'informations ou des références intéressantes à
nous signaler?

Merci de les indiquer dans un commentaire au bas de cette page ou d'écrire à plume [at] services [dot] cnrs [dot] fr (plume).

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