base de données

Base de données ou ensemble de données

PLUME et ses documents de référence

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 20/01/12
  • Correction mineure : 20/01/12

PLUME et ses documents de référence

Le projet PLUME devenu plate-forme de service, Promouvoir les Logiciels Utiles Maîtrisés et Economiques dans l'Enseignement Supérieur et la Recherche, lancé en 2007 est construit autour d'une plateforme Web avec 4 objectifs :

  • Mutualiser les compétences sur les logiciels qui sont utilisés dans les laboratoires et les universités en publiant des fiches de logiciels validés ou à valider ou en test, en grande majorité des logiciels libres.
  • Faire connaître les développements de logiciels réalisés dans cette communauté en publiant des fiches appelées Développements Enseignement Supérieur - Recherche (Dév ESR).
  • Créer une communauté d'informaticiens ou d'utilisateurs éclairés qui connaissent bien les logiciels libres ou les développent à travers des échanges : formations, journées, documents de références...
  • Promouvoir l'usage et la contribution aux logiciels libres.

Documents de référence pour vous permettre d'utiliser et de comprendre la plate-forme PLUME :

GMOD : Generic Model Organism Database (pour la biologie)

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 06/11/08
  • Correction mineure : 01/12/11
Mots-clés

GMOD : Generic Model Organism Database (pour la biologie)

Description brève

GMOD est un projet qui regroupe une collection de bases de données et de logiciels libres interconnectés dédiés aux données biologiques.

Le projet GMOD :

Les techniques modernes, en biologie (séquençage, transcriptome, …), génèrent aujourd’hui des quantités de données de plus en plus importantes. Et la plupart des petites communautés n’ont pas les moyens matériels/humains de recréer leur propre système de gestion de données. De plus le développement d’une nouvelle base de données communautaire, ayant pour vocation de non seulement rendre disponible les données associées au génome, mais aussi rendre possible une curation de ces données par les biologistes, représente un coût non négligeable. De cette idée est né le projet GMOD.

L’objectif du projet GMOD est de fournir une série d’outils génériques, clé en main, pour gérer et visualiser tous types de données biologiques. Derrière le projet GMOD, il y a environ une centaine de développeurs répartis dans le monde, qui améliorent les différents logiciels, mais également aident les utilisateurs à la mise en place de ces outils.

Quelques composants du projet GMOD :

  • chado est le nom du schéma relationnelle (implémenté en PostgreSQL) permettant de stocker, potentiellement, tous les types de données biologiques. Ce schéma modulaire utilise les ontologies (Sequence Ontology, Gene Ontology, …), ce qui le rend extrêmement flexible mais également compatible avec les autres bases de données.
  • Gbrowse, pour Generic Genome Browser, est probablement le plus populaire des composants du projet GMOD. Cette application web interactive permet de visualiser des annotations sur un génome sous forme graphique.
  • Apollo est un éditeur graphique d’annotation de génome implémenté en Java.
  • La description des autres composants du projet GMOD est disponible sur le site web http://www.gmod.org

Le web BioInformatique

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 15/09/08
  • Correction mineure : 01/12/11
Mots-clés

Le web BioInformatique

Beaucoup de logiciels développés en bioinformatique disposent d'interfaces web. Il y a donc d'une part le programme à télécharger, mais celui-ci est souvent associé à un service en ligne. D'où l'importance pour les biologistes des ressources disponibles sur internet.
Les quelques sites suivants (essentiellement anglophones) sont autant de points de départ pour une exploration du web bioinformatique :

  • Les logiciels et les banques de données utilisés à l'Institut Pasteur.
  • European Bioinformatics Institute situé en Angleterre et en Allemagne, l'EBI maintient une des grandes banques internationales de séquence nucléique (EMBL), ainsi que la banque de domaines protéiques interpro. L'EBI est par ailleurs associé à l'Institut de bioinformatique Suisse (SIB), qui maintient la banque de données de protéines uniprot (autrefois appelée swissprot), ainsi que le serveur protéomique Expasy.
  • National Center for Biotechnology Information: situé aux U.S.A., le NCBI maintient Genbank, une autre banque de données de séquences nucléiques, et développe de nombreux logiciels d'analyse de séquence, à commencer par le plus connu d'entre eux: BLAST.
  • La Protein Data Bank est une banque de données de structures protéiques: toutes les structures protéiques publiées dans les revues scientifiques sont systématiquement déposées dans cette banque de données.
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