résumé

Résumé, fiche descriptive

Format BAR : Binary ARchive (Génome)

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 15/02/10
  • Correction mineure : 30/03/10
  • Fiches logiciel PLUME connexes : MACS
Mots-clés

Format BAR : Binary ARchive (Génome)

Acronyme : BAR

Nom complet : Binary ARchive

Description courte : Fichier binaire.
Format pour décrire des informations d'analyse (signal, p-value pour des positions génomiques) de tiling array. Ce format a été créé par Affymetrix mais d'autres logiciels se le sont appropriés.

Extension par convention : .bar

Document de standardisation : http://www.affymetrix.com/support/developer/powert...

Avantages : Est peu volumineux comparé à un fichier texte.

Inconvénients :

  • La lecture du fichier n'est pas aussi aisée pour que un fichier texte.
  • Dépend de la norme utilisée pour lire le fichier bar.

Utilisations recommandées :
Souvent utilisé pour des données de ChIP on Chip (Chromatin ImmunoPrecipitation on Chip) ou de chIP-seq (ChIP-Sequencing)

Logiciels de traitement les plus connus :

  • Tiling Analysis Software d'Affymetrix, format accepté en entrée et en sortie

  • IGB, format accepté en entrée
  • Cisgenome, format généré

Format GFF : General Feature Format (Génome)

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 07/02/10
  • Correction mineure : 25/03/10
Mots-clés

Format GFF : General Feature Format (Génome)

Acronyme : GFF

Nom complet : General Feature Format

Description courte :
Fichier texte tabulé de 9 colonnes.
Format pour décrire les coordonnées d'éléments du génome (gènes, transcrits, séquences ...).

Extension par convention: .gff

Version actuelle : 3

Document de standardisation : sur le site sequenceontology

Avantages :

  • A été développé par le Sanger Institut mais est un standard pour beaucoup d'autres logiciels.
  • Ce format contient des informations complètes ('chromosome', 'position', 'start','end','strand').

Inconvénients : Peut devenir vite volumineux.

Logiciels de traitement les plus connus :

Formats connexes : BED (Browser Extensible Data) Fiche Plume

Commentaires :
Pour valider son format GFF (existe une version online limitée à 3.000.000 de lignes, sinon télécharger le script pour l'utiliser en ligne de commande)

URL pour plus d'informations : http://biowiki.org/GffFormat

Bilan 2009 et projets 2010 du projet et de la plate-forme PLUME

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  • Création ou MAJ importante : 13/01/10
  • Correction mineure : 14/12/10

Bilan 2009 et projets 2010 du projet et de la plate-forme PLUME

BILAN 2009 de la plate-forme et du projet PLUME

  • Evolution de la production : en savoir plus En savoir plus

    251 nouvelles fiches pour atteindre un total de 529 (+ 90 % par rapport à 2008)

    121 anciennes fiches mises à jour par leurs rédacteurs

    19 fiches en anglais (aucune en 2008)

    168 nouveaux contributeurs (rédacteurs ou relecteurs) pour un total de 438 (+ 60 %)

    1 millions de hits / mois en moyenne (+ 65 %)

 

PROJETS pour 2010

Organisation : En savoir plus

  • Mettre en place un comité stratégique, avec un groupe représentatif des soutiens-partenaires actuels
  • Créer un comité éditorial : informations mises en ligne et diffusées, présentation-ergonomie, mots-clés
  • Stabiliser et renforcer l'organisation qui repose sur quelques personnes

Développements internes (Ens Sup - Recherche) En savoir plus

  • Référencer tous les développements des laboratoires CNRS avec la valorisation associée. Un ingénieur valorisation, Samuel Godey, financé par la DPI du CNRS, sera en CDD pour un an à partir de mi janvier 2010
  • Pour le référencement des développements logiciels, continuer les actions de promotion au niveau des délégations régionales et services de valorisation du CNRS, organismes-départements-instituts, laboratoires, universités
  • Pages de développements internes / laboratoire, organisme de recherche, institut, université

Projets connexes En savoir plus

  • Aider à la mise en place d'un réseau national de compétences pour les développeurs : DEVLOG
  • Lancer et participer au projet de Forge Ens Sup Recherche nationale dont le périmètre est à définir

Formation En savoir plus

 Plate-forme

  • Réorganiser les mots-clés existants et ajouter un nouvel ensemble de mots-clés 'scientifiques'
  • Mettre en place le processus de mise à jour des fiches ressources, des fiches dév ESR, logiciels à valider et logiciels en tests
  • Mise en place de nouveaux thèmes : chimie, électroniciens, astronomie...
  • Positionner le portail anglophone dans les serveurs internationaux et dans des projets européens

Travail 'de fond'

  • Enrichir la base des descriptions de logiciels validés, à valider, en tests, dév ESR et les ressources associées en motivant des contributeurs. Mettre en place de nouveaux thèmes avec des responsables thématiques
  • Tenir à jour la base existante
  • Rechercher de nouveaux soutiens et réaliser des partenariats à ce projet et à cette plateforme
  • Mettre en place de nouveaux projets connexes et aider à l'évolution de ceux déjà lancés

Diffusion de fichiers : comparatif

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 14/05/12
  • Correction mineure : 10/06/13
Mots-clés

Diffusion de fichiers : comparatif

Les Passe-Plats Web ("uploaders")

Face aux limitations de taille des pièces jointes dans les courriers électroniques, de nombreux utilisateurs sont confrontés au besoin d'échanger de gros fichiers à l'extérieur de leur site.

D'où ces applications de "passe-plats".

Etant à la recherche d'une telle application pour notre établissement, l'IMFT, j'ai établi rapidement un petit comparatif des principales solutions.

Ce comparatif a été complété par Thierry Dostes... mais il n'est pas exhaustif : il est à compléter, étant donné qu'il existe quasiment autant de scripts de téléchargement de fichiers qu'il existe de développeurs...

  1. FileChucker

Présentation :http://encodable.com/filechucker/

Demo : http://encodable.com/uploaddemo/

Les + :

- interface "Web 2.0" AJAX Powered

- script Perl derrière

- très 'customisable'

Les - :

- pas de support LDAP

- non libre, payant (40$ pour une utilisation "Non-Personnal")

  • FILEX

Présentation : http://www.csiesr.fr/IMG/pdf/FILEX-Assises-2006.pdf

Téléchargement : http://sourcesup.cru.fr/projects/filex/

Fiche PLUME  : https://www.projet-plume.org/fiche/filex

Les + :

- issu du monde universitaire (INSA)

- utilisation de Perl

- support LDAP

Les - :

- fin de vie ? (dernière mise à jour novembre 2006)

  •  FILEZ

Le petit frère de FileX...

Présentation : http://gpl.univ-avignon.fr/filez/

Téléchargement :  https://github.com/UAPV/FileZ

Fiche PLUME  : https://www.projet-plume.org/fiche/filez

Les + :

- issu du monde universitaire (UAPV)

- interface "Web 2.0" AJAX Powered

- support LDAP/CAS

Les - :

- ?

  • PakNPost

Présentation : http://www.paknpost.com/

Demo : http://www.paknpost.com/demo/cgi-bin/pnp/index.cgi

Téléchargement : http://sourceforge.net/projects/paknpost

Les + :

- Perl

- open-source

- support de plugins de toutes sortes

Les - :

- plugin LDAP nécessite une donation au projet

  •  XUpload

Présentation : http://www.sibsoft.net/xupload.html

Demo :

-version gratuite : http://www.sibsoft.net/upload_form.html

-version payante : http://www.sibsoft.net/upload_form_pro.html

Les + :

- produit professionnel

- Perl

- interface "Web 2.0" AJAX Powered

Les - :

- produit pro :) (40$)

- version gratuite vraiment limitée (pas de notification par email, pas d'internationalisation, pas de stats, pas de barre d'upload, ...etc.)

  • BigFileSharing

Présentation : http://bigfilesharing.sourceforge.net/

Fiche PLUME  : https://www.projet-plume.org/fiche/bigfilesharing

Les + :

- OpenSource

- issu du monde universitaire (Univ Grenoble)

Les - :

- Fin de vie (dernière archive disponible date de 2008)

Notre choix à l'IMFT s'est finalement porté sur FileZ, bien conçu, bien codé, sans fioriture et utilisant un framework PHP, permettant facilement du développement "en local" si besoin...

 

A lire également, la fiche PLUME sur les services de transfert de fichiers volumineux.

Format BED : Browser Extensible Data (Génome)

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 05/12/09
  • Correction mineure : 20/10/10
Mots-clés

Format BED : Browser Extensible Data (Génome)

Version : pas de version

Extension (importante sous Windows) : .bed

Type de document : Fichier texte tabulé : Browser Extensible Data

Document de standardisation : Page descriptive sur le site de UCSC

Description courte :

Format pour décrire les coordonnées d'éléments du génome (gènes, transcrits, séquences ...).

Avantages :

  • A été développé par UCSC (University of California Santa Cruz) mais est un standard pour beaucoup d'autres logiciels.
  • Ce format est modulable et peut contenir plus ou moins d'informations (minimum : chromosome, position 'start' et 'end').
  • Permet de représenter graphiquement de manière très simple des profils de plusieurs millions de séquences.
  • Permet d'associer des scores et lors de l'affichage de moduler la couleur.

Inconvénients:

Lorsqu'on récupère un fichier bed, on ne sait pas automatiquement quelles informations seront présentes.

Logiciels de traitement les plus connus :

  • UCSC
  • Ensembl
  • GBrowse Fiche Plume
  • Les logiciels d'alignement et d'analyse de séquençage fournissent souvent des résultats au format .bed

Format connexe :

  • GFF (General Feature Format)

Commentaire :

UCSC, qui a développé ce format, numérote la première position sur un génome à 0 et non à 1. Les fichiers bed peuvent donc avoir un décalage de 1 dans les positions 'start' et 'end' selon le logiciel qui l'aura généré. Toujours vérifier le système de numérotation.

Documents de référence PLUME pour mieux gérer les développements logiciel, les diffuser et les valoriser dans un laboratoire

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 19/04/10
  • Correction mineure : 01/04/13

Documents de référence PLUME pour mieux gérer les développements logiciel, les diffuser et les valoriser dans un laboratoire

  • Type de ressource : article, référentiel, résumé
  • Date de publication du document ou de l'événement : Oct 2009
  • Auteur(s) ou responsable(s) : Contributeurs PLUME

Les documents ci-dessous sont destinés principalement aux développeurs dans les laboratoires pour mieux gérer leur code, le diffuser et le faire connaître. Nous pensons que ce sont des documents de référence que tout développeur, responsable de projet, chargé de valorisation devrait lire :

Plusieurs de ces documents ont été présentés lors d'une journée PLUME, avec transparents et vidéos disponibles.

Pourquoi référencer son développement logiciel dans une fiche PLUME

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 26/10/09
  • Correction mineure : 26/10/09
Mots-clés

Pourquoi référencer son développement logiciel dans une fiche PLUME

Ce court texte explique, de manière synthétique pourquoi il peut être intéressant pour vous, développeur dans un laboratoire de recherche ou une université, de décrire votre logiciel dans une fiche PLUME. Il s'inscrit dans l'objectif du projet RELIER de PLUME de référencer les développements de laboratoires et d'universités. Pour être clair, c'est un document promotionnel pour PLUME-RELIER.

Il est aussi destiné aux responsables de laboratoires, d'universités ou aux chargés de valorisation car faire connaitre les logiciels développés dans un environnement contribue à élargir les possibilités de collaboration avec d'autres entités : organismes de recherche et industriels.

En résumé, publier une fiche PLUME vous permet de faire connaître votre logiciel (donc de le valoriser). Etant contributeur PLUME il vous permet aussi d'intégrer une communauté de développeurs avec des outils et des documents de référence pour ce métier. Si vous êtes convaincu de l'intérêt : après être devenu membre (si vous ne l'êtes pas encore), proposez votre logiciel...

Faire connaître et valoriser votre logiciel

Si c'est un logiciel libre, le document Fiche Plume 'Pourquoi diffuser un logiciel développé dans un laboratoire ou une université avec une licence libre ?' explicite les raisons pour diffuser en libre. La plupart des arguments de ce document peuvent être repris pour montrer l'intérêt de publier une fiche PLUME :

  • Participer à la recherche sur le modèle des publications scientifiques.
  • Lier des contacts, initier des coopérations.
  • Améliorer la qualité de votre développement grâce aux utilisateurs qui vont le tester dans des contextes divers.
  • Améliorer les fonctionnalités du programme grâce à des utilisateurs qui proposeront des améliorations.
  • Continuer et pérenniser votre travail.
  • Mutualiser les efforts de développement.
  • Diffuser vos connaissances, ce qui est une des missions des organismes de recherche publique.
  • Avoir une notoriété engendrant une reconnaissance implicite de la qualité de votre travail.
  • Toucher les entreprises.
  • Avoir des retours économiques.
  • Elargir l'environnement de travail : toucher d'autres communautés de recherche, des entreprises...

On se référera au document ci-dessus qui développe ces points.

Si votre logiciel est développé sous licence propriétaire, PLUME vous donne une vitrine pour des cliénts potentiel et vous aidera à lier des contacts et elargir les possibilites de collaboration.

Les avantages de PLUME pour valoriser un logiciel

A noter que sauf à travers une fiche PLUME, il n'y a actuellement pas vraiment de moyen très efficace pour faire connaître vos développements. Vous pouvez le décrire sur le Web du laboratoire mais il ne sera pas très visible sur les moteurs de recherche, comme une aiguille dans une meule de foin. Vous pouvez aussi penser que la forge est un bon moyen de le faire connaître mais ce n'est pas vraiment un outil de diffusion d'information : généralement 80 à 90 % des projets dans les forges sont morts (données de sourceforge), cela limite la pertinence des informations.
Il faut évidemment déposer son logiciel sur une forge et le référencer sur le Web de son laboratoire ou de son université mais ce ne sera pas très efficace pour le faire connaître.

Revenons aux points forts de PLUME :

  • Un outil disponible
    En effet, cette plateforme est ouverte depuis novembre 2008. Y sont décrits, en octobre 2009, déjà 217 logiciels validés (qui peuvent être des développements de laboratoires), 78 développement Ens Sup - Recherche et une dizaine de fiches en anglais. Tout est en place pour vous permettre de rédiger et publier une fiche descriptive de votre logiciel : consulter cette page d'aide.
  • Un soutien officiel de plusieurs entités importantes du monde de la recherche
  • Une centralisation, élément essentiel pour une bonne promotion
    Sont décrits sur le serveur PLUME des logiciels de toutes les disciplines scientifiques et de tous les métiers de l'Enseignement Supérieur et la Recherche. Ces logiciels sont dans différents états (de 'en projet' jusqu'à 'validés' car en fonctionnement sur plus de 3 sites). Cette concentration fait que PLUME est devenu un serveur de référence connu par les personnes qui recherchent un logiciel. Avec cette concentration, PLUME est aussi pointé par de nombreux autres sites et Google qui met en avant ce qui est le plus référencé indexe maintenant très bien les fiches PLUME qui apparaissent souvent en première page des réponses (tapez 'plume' sur google par exemple). Quand on veut faire connaitre son logiciel, c'est un argument...
  • Des processus simples pour publier avec efficacité
    La plateforme PLUME dispose de workflows de saisie de la fiche en ligne, relecture par d'autres personnes, demande de Bon à publier à l'auteur, publication...avec mise à jour par l'auteur au bout de quelques mois. De plus, en bas de chaque fiche figure le nombre de lectures pour évaluer sa diffusion.
  • Un outil professionnel avec des descriptifs de qualité
    Les fiches PLUME sont rédigées et relues par des professionnels du monde de l'Enseignement Supérieur et la Recherche, les noms de ces contributeurs sont indiqués, les fiches sont classées avec des labels simples mais efficaces (validé, à valider...) et elles sont mises à jour régulièrement. Ces principes garantissent une bonne qualité des informations, produites par des personnes qui utilisent les logiciels dans leur activité professionnelle. De plus ces informations sont à jour. Ces principes font que PLUME est vu comme un serveur professionnel avec des informations de très bonne qualité.
  • Un guide de description
    Lorsque vous décrivez un logiciel dans PLUME, les champs imposés que vous devez saisir vous obligent à donner toutes les informations nécessaires aux personnes potentiellement intéressés. En effet, souvent sur les sites de téléchargement de logiciel il est difficile d'avoir une description concise, pertinente et utile à l'utilisateur potentiel du logiciel. La grille de saisie PLUME permet de 'ne rien oublier'.
  • Des mot-clés
    Toutes les fiches dans PLUME sont tagguées avec des mots-clés choisis car utilisés par les professionnels et enrichis quand de nouvelles fiches logiciels apparaissent. Cela permet une recherche par mot clé très performante et des sélections faciles.
  • Des outils de diffusion
    PLUME a mis en place des outils de diffusion : listes, fils RSS (qui annoncent les nouvelles fiches...),... maintenant très connus par les professionnels. Ces outils augmentent la diffusion d'information.
  • Un portail anglophone
    Le portail PLUME-FEATHER permet de diffuser les fiches en anglais, fiches traduites par leurs auteurs, et indexées avec des mots-clés anglais. Ce portail est destiné spécifiquement aux anglophones et n'affiche que des informations en anglais. Inutile de détailler l'intérêt de cette ouverture internationnale.
  • Pages de présentation par laboratoire, institut, organisme...
    L'indexation avec des mots-clés permet de créer simplement des pages qui listent les fiches PLUME de développements pour un laboratoire (exemple : page laboratoire LIGM), une université, un institut... Le Web du laboratoire, les rapports scientifiques peuvent pointer vers les URL de ces pages.

Intégrer une communauté de développeurs avec des outils et des documents de références à travers PLUME

De fait, PLUME regroupe les développeurs Enseignement  Supérieur - Recherche
Les contributeurs de fiches dév ESR dans PLUME sont les développeurs des logiciels décrits. Les logiciels qu'ils ont développé sont diffusés, donc ils ont un critère de qualité. Ils viennent de toutes les disciplines scientifiques. Et de fait, à travers des listes de diffusions, des actions spécifiques (ci-dessous) PLUME met en relation ces développeurs performants.

A travers PLUME vous pouvez accéder mais aussi participer à la rédaction et à la mise en oeuvre de

Donc, rédigez une fiche...

Si cet argumentaire vous a convaincu, devenez membre  et  proposez votre logiciel...

FAQ : hébergement des développements logiciels de laboratoire : forges

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 14/09/09
  • Correction mineure : 04/03/11
Mots-clés

FAQ : hébergement des développements logiciels de laboratoire : forges

  • Type de ressource : référentiel, résumé
  • Date de publication du document ou de l'événement : Septembre 2009

Cette FAQ est destinée à informer de manière pratique sur les questions liées à l'hébergement des projets logiciels.
Elle est destinée aux développeurs de logiciels dans les laboratoires de recherche (CNRS, universités, INRA…). Elle peut aussi s’appliquer aux développeurs dans les services de ces organismes (services informatiques, CRI, DSI…).

Cette FAQ n’est pas un document officiel d’un organisme ou d’un autre.

L'auteur principal est Violaine Louvet (ICJ). Elle a été relue et complétée par Jean-Luc Archimbaud (UREC), Matthieu Herrb (LAAS), Sébastien Campion (INRIA), François Elie (ADULACT).
Elle va évoluer avec d’autres contributions. Si vous voulez contribuer, contactez l’auteur. 

Autres documents PLUME

Ce document est une des fiches d'information et de recommandations rédigées par des responsables thématiques PLUME et destinées aux développeurs (et personnes en charge de la valorisation) dans les laboratoires de recherche et les universités. Les autres sont :

Qu'est-ce qu'une forge (informatique) ?

Définition

Une forge ou plate-forme d'hébergement de projets logiciels désigne un environnement Web constitué d'un ensemble d'outils du travail coopératif et du génie logiciel pour le développement collaboratif et distribué de logiciels.

Objectifs

L'objectif d'une forge est d'offrir un espace d’échange permanent et de collaboration en ligne aux développeurs de logiciels, et un espace de distribution (versions publiques des logiciels développés : paquets sources, pages web) pour les utilisateurs (pour tout un chacun si la forge est publique). Elle permet ainsi de rassembler des projets et des développeurs, mais aussi d'autres personnes travaillant sur ces projets (utilisateurs, traducteurs...).

Quels sont les services potentiellement disponibles dans une forge ?

Les outils offerts par une forge sont principalement :

  • système de gestion des versions,
  • gestionnaire de listes de discussion (et/ou de forums),
  • outil de suivi des bugs,
  • gestionnaire de documentation (souvent sur le principe du wiki),
  • gestionnaire de tâches,
  • gestionnaire des traductions en ligne.

La forge rassemble ces outils en un seul ensemble cohérent facilement accessible. Elle peut aussi permettre de présenter les projets grâce à des outils comme :

  • la présentation de copies d'écrans,
  • l'écriture de nouvelles,
  • la mise à disposition d'un hébergement ou de quelques pages descriptives,

qui peuvent être organisés comme une page de présentation du projet, rassemblant aussi la licence, les technologies utilisées, la compatibilité...

Sur quelle forge puis-je héberger mon projet?

Dans la communauté Enseignement Supérieur et Recherche en France, il existe un certain nombre de forges permettant d'héberger des projets logiciels. En voici quelques unes, sans être exhaustif. Attention, cela ne veut pas dire que toutes les forges ci-dessous acceptent tous les projets. Chacune a ses règles que nous avons essayé de résumer, mais il faut s'adresser au gestionnaire de la forge pour avoir une réponse claire.

La forge SourceSup : Ens Sup - Recherche

  • Cible : SourceSup est destinée aux établissements d'enseignement supérieur (universités, écoles d'ingénieurs, ...) et aux organismes de recherche français.

La forge INRIAGForge : INRIA

  • Cible : l'objectif de InriaGForge est de fournir à toutes les personnes travaillant à l'INRIA une infrastructure pour leurs collaborations scientifiques avec les partenaires internes ou extérieurs à l'institut.
  • Contraintes : tout projet hébergé sur InriaGForge doit donc être ouvert par un membre de l'INRIA. Pour plus d'informations, se reporter à la charte d'utilisation

La forge Adullact.net : administrations et collectivités françaises

  • Cible : toute personne peut ouvrir un compte, et proposer un projet, si celui-ci présente un intérêt pour la sphère du domaine public au sens large, c'est-à-dire principalement les administrations centrales ou territoriales.
  • Contraintes : ADULLACT est l'Association des Développeurs et des Utilisateurs de Logiciels Libres pour l'Administration et les Collectivités Territoriales. Adullact.net est un service d'hébergement et de travail collaboratif consacré au développement de logiciels libres métiers. L'Adullact se réserve le droit de refuser l'hébergement d'un projet qui ne serait pas sous une licence GPL-compatible ou reconnue par l'OSI.

La forge AdmiSource : n'existe plus

http://admisource.gouv.fr/
était une forge créée pour l'administration dans le cadre du projet Adèle. Elle n'existe plus, tous les projets ont été transférés sur Adullact.net (par convention DGME-ADULLACT).

La forge Mulcyber : INRA

  • Cible : Mulcyber est destinée aux membres du département MIA (Mathématiques et Informatique Appliquée) de l’INRA (Institut National de la Recherche Agronomique) et à leurs collaborateurs.
  • Contraintes : tout projet hébergé sur Mulcyber doit donc être porté par un membre du département MIA de l'INRA.

La forge de l'Ifremer

  • Cible : destiné aux membres de l'IFREMER.
  • Contraintes : les projets hébergés sur cette forge sont internes à l'IFREMER.

Espace de discussion sur les forges francophones : PlanetForge

Ce n'est pas une forge mais le wiki de PlanetForge est un espace de collaboration documentaire sur les forges.

Forge OSOR : administrations européennes (Open Source Observatory and Repository)

  • http://forge.osor.eu/
    OSOR.eu est une sorte de méta-forge de forges nationales en Europe, créant ainsi une fédération européenne de référentiel de logiciels open-source financés par de l'argent public (comprenant la forge Adullact.net, l'Adullact a inspiré ce projet à IDABC).
  • Cible : la forge OSOR.eu forge est ouverte aux projets de logiciels libres open-source à destination des administrations publiques, permettant ainsi le partage et la ré-utilisation de ces logiciels dans d'autres administrations publiques à travers toute l'Europe.
    Cette forge est donc réservée aux projets ayant un intérêt particulier pour les administrations publiques européennes et/ou développés dans ou pour le secteur public.
  • Contraintes: la forge OSOR.eu et l'ensemble de ses services sont exclusivement réservés aux échanges et collaborations sur des logiciels libres et open-source. Cette forge concerne les logiciels liés aux Systèmes d'Information des administrations.

Forge Sourceforge : Open source international

  • Cible : tout projet de développement. Cette forge est certainement la plus connue au niveau international.
  • Contraintes : le développement doit être OpenSource.

Autres forges internationales

(qui méritent peut être d'être mieux connues mais que nous n'avons pas étudiées)

Il existe un tableau comparatif sur wikipedia des principaux hébergeurs de projets open source.

Quelle forge choisir ?

Le choix doit être fait en concertation avec votre direction (du laboratoire, de l'université...) car ce n'est pas uniquement un choix technique, les aspects stratégiques et de visibilité peuvent aussi être importants dans le cas de développements majeurs.

Quelques réflexions :

  • Actuellement le CNRS n'a donné aucune directive à ses laboratoires, donc le choix est ouvert. PLUME envisage de proposer un projet de forge au CNRS en s'associant avec plusieurs partenaires.
  • Les forges correspondent généralement à une communauté (métier...) où les processus et les outils sont adaptés aux pratiques de cette communauté. Donc tournez-vous plutôt vers des environnements proches de vous.
  • Assurez-vous des services rendus par la forge, pas uniquement sur les outils techniques disponibles mais aussi sur l'équipe en place pour la gérer, à la garantie de service, aux délais de réponses...
  • Assurez vous de la pérennité de la forge. Si le projet est d'envergure, il sera très difficile de le migrer d'une forge à une autre.
  • Si votre développement est intégré dans un projet hors laboratoire, avec des partenaires (industriels, européens...), il est évident que le choix va être guidé par l'ensemble de ces partenaires.

Aucune de ces solutions ne me convient, que dois-je faire?

Si les hébergements existants ne conviennent pas, vous pouvez monter une forge (tout ou partie) au niveau de votre laboratoire, université... Deux choix :

  • Installer un logiciel complet de forge qui va permettre de déployer une plateforme importante. La page http://wiki.planetforge.org/index.php/Forges recense une liste non exhaustive de ces logiciel de forge, forge pris au sens d'outil de déploiement d'une forge.
  • Evitez d'installer un logiciel complet de forge mais très complexe, en ciblant précisément vos besoins et n'installez unitairement que les logiciels nécessaires. L'installation et l'administration seront beaucoup plus simples. Plume référence un certain nombre de ces outils (cf les liens ci-dessous), les plus utilisés dans notre communauté.

Outils de gestion de versions

Si votre besoin est essentiellement de gérer des versions successives de sources ou de documents, l'utilisation d'un outil de gestion de version peut suffire. Il en existe deux grandes classes : les outils traditionnels complètement centralisés et les outils décentralisés :

  • Outils à fonctionnement centralisé : subversion Fiche Plume , CVS...
  • Outils à fonctionnement plus décentralisé : mercurial, Fiche Plume git...

Le mot clé Fiche Plume "gestion de versions" permet d'identifier sur le serveur Plume les ressources liées à cette problématique.
Une liste non exhaustive des logiciels de gestion de versions est aussi accessible sur wikipedia

.

Outils de suivi de bogues et de tâches

Si votre besoin correspond plutôt à du suivi de problèmes (bug tracking) sur un logiciel ou du suivi de tâches sur un projet, des logiciels spécifiques existent.
Les plus connus sont :

Redmine et TRAC sont plus complets qu'un simple outil de suivi de bugs.
Une liste non exhaustive de ces logiciels est aussi accessible sur wikipedia

.

Outils de communication

Si vos besoins se limitent à la communication autour des logiciels, il existe de nombreux outils à finalités un peu différentes qui permettent d'y répondre :

Et plus globalement sur PLUME, une liste de fiches avec le mot-clé Fiche Plume outils de diffusion de l'information.

Conversion de fichiers sons

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 31/08/09
  • Correction mineure : 22/10/12
Mots-clés

Conversion de fichiers sons

Conversion de fichiers son

Voici quelques logiciels permettant de convertir simplement des fichiers son d'un format dans un autre :

  • ffmpeg ( http://ffmpeg.org/ ). Libre, multiplateforme. Le couteau suisse des bidouilleurs du son. Très puissant, permet toutes les conversions possibles et imaginables, ainsi que les montages pour les fichiers son et vidéo. Exclusivement en ligne de commande (donc d'un emploi pas très simple). Pour convertir un son de wma vers ogg, taper :
    ffmpeg -i son.wma son.ogg
  • audacity. Libre, multiplateforme. Permet entre autres choses la conversion de formats, mais pas le format wma.
  • vlc ( http://www.projet-plume.org/fr/fiche/videolan-vlc ). Multiplateforme. Permet de convertir des fichiers son ou vidéo d'un format vers un autre (notamment wma vers mp3).
  • cdex ( http://cdexos.sourceforge.net ). Libre, pour Windows seulement. CDex est un utilitaire permettant l'extraction de CD audio sur le disque dur et la conversion des fichiers dans de nombreux formats, dont le ogg et le mp3. NB : choisir l'encodeur Lame plutôt que Fraunhofer.
  • format factory ( http://format-factory.softonic.fr ). Freeware pour Windows, permet de lire et convertir tout fichier vidéo, image ou son, musique.
  • AVS4YOU ( http://support.avs4you.com ). Pour windows. Cet éditeur produit de nombreux logiciels pour travailler sur le son, mais ceux-ci ne sont ni libres ni gratuits.
  • mediaconvert ( http://media-convert.com/convertir/ ) est enfin un service en ligne qui permet de faire toutes sortes de conversions de formats (entre autres entre formats de fichiers son, mais pas seulement).

Sauvegarde de fichiers de streaming

Real audio notamment : le programme mencoder (logiciel d'encodage compagnon de mplayer, cf. http://www.projet-plume.org/fr/fiche/mplayer ), libre et multiplateforme, permet de lire un très grand nombre de formats vidéo ou son. Il permet également de lire les fichiers en "streaming" et de les sauvegarder. Ainsi, pour enregistrer et sauvegarder en .ogg une émission de radio en "écoute à la demande", les deux lignes de commande suivantes sont suffisantes :

mplayer -nocache -dumpstream rtsp://streaming.od.tv-radio.com/....rm -dumpfile fichier.rm
ffmpeg -i fichier.rm fichier.ogg

Sauvegarde de fichiers de streaming

Ce site compare entre eux les différents décodeurs mp3, sous l'angle de leur précision de décodage: http://mp3decoders.mp3-tech.org

Format CSV (Comma Separated Values)

Fiche ressource Article, événement, site web...
  • Création ou MAJ importante : 30/07/09
  • Correction mineure : 10/12/12
Mots-clés

Format CSV (Comma Separated Values)

Version :

Extension par convention (importante sous Windows) : .csv

Type de documents : Fichier texte

Document de standardisation :

Description courte : Format d’échanges et de stockage de tables de données

Avantages : Ouvert, permet l’interopérabilité et la pérennité, souple, léger

Inconvénients : Assez primaire, ne permet pas la création d’une base de données mise en forme, l’encodage comprend celui du séparateur de colonne, de ligne et décimal, erreurs possibles entre le CSV américain (séparateur :virgule) et le CSV européen (séparateur :point-virgule)

Utilisation recommandée : Modifications ou concaténations de bases de données de toute origine grâce à l’import/export en CSV

Logiciels de traitement :

  • OpenOffice.org Calc
  • Microsoft Office Excel
  • MySQL (Import ou export)

Format connexe : SYLK (concurrent)

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