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MODELIA : Modélisation et Logiciels d’intérêt commun appliqués à l’Agriculture

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  • Création ou MAJ importante : 05/12/08
  • Correction mineure : 09/11/12

MODELIA : Modélisation et Logiciels d’intérêt commun appliqués à l’Agriculture

Ce site est le site de travail du Réseau Mixte Technologique Modélisation et Logiciels d'intérêt commun appliqués à l'Agriculture. Ce réseau a pour vocation à organiser les échanges autour de la modélisation pour l'agriculture entre la recherche publique, les instituts et centres techniques agricoles et l'enseignement.

Les ressources informatiques du site modelia sont diffusées dans sa rubrique « Ingénierie d’un projet informatique ». Elles concernent la valorisation et le transfert des modèles agronomiques issus de travaux de recherche.

Ces ressources informatiques comprennent des fiches (fiches d'informations, de synthèse, de recommandations…) traitant de thèmes d'ingénierie de projet informatique, génie logiciel, méthodologie de développement, technologies informatiques.

A titre d’illustration, quelques sujets abordés : réutilisation logicielle, qualification logicielle, valorisation, transfert, modélisation, UML, aspects juridiques et licences informatiques, méthodologie et processus de développement, avant-projet, montage de projet, développement logiciel, documentation, choix informatiques, forge, dispositifs d’accompagnement en développement informatique et en valorisation logicielle…

Ces ressources informatiques comprennent également quelques supports de formation.

Liste des sites Drupal Ens Sup - Recherche

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  • Création ou MAJ importante : 28/11/08
  • Correction mineure : 12/07/11
  • Fiches logiciel PLUME connexes : Drupal
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Liste des sites Drupal Ens Sup - Recherche

Ci-dessous des sites Ens Sup - Recherche qui utilisent le CMS Drupal (cf fiche PLUME) (si vous en connaissez d'autres, signalez-les dans un commentaire en bas de page) :

SITES EN PRODUCTION

PLUME - http://www.projet-plume.org - Version: 5.x - Geneviève Romier

BIBNUM - http://www.bibnum.education.fr - Version: 5.7 - Emmanuel Quillet

LCMCP - http://www.labos.upmc.fr/lcmcp/newsite/ - Version: ? - Alban Politi

RI3 - Réseau des Informaticiens de l'IN2P3 et de l'IRFU - http://ccri.in2p3.fr - Version: 5.12 - Éric Legay, David Chamont, Christian Helft

FPL - Fédération de mathématiques des Pays de Loire - http://fpl.math.cnrs.fr/ - Version: ? - Jacquelin Charbonnel

MUTEC - http://www.mutec-shs.fr/ - Version : 7 - http://www.mutec-shs.fr/contact

CIAM - Collectif d'Informaticiens du Département Mathématiques et Informatique Appliquée de l'INRA - http://ciam.inra.fr/ciam/index.php - Version: ? - Mark Hoebeke

SITES EN DEVELOPPEMENT

ATELIERS CRDP - http://ateliers.crdp-limousin.fr/ - Version: 6.6 - Cédric Peyronnet

COLLEGE JULES MAROUZEAU - http://test.crdp-limousin.fr/puccini/ - Version: 5.12 - Cédric Peyronnet

SITES ETRANGERS

PKP - Public Knowledge Projet - http://pkp.sfu.ca/ - Version: ? - http://pkp.sfu.ca/contact

 

GMOD : Generic Model Organism Database (pour la biologie)

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  • Création ou MAJ importante : 06/11/08
  • Correction mineure : 01/12/11
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GMOD : Generic Model Organism Database (pour la biologie)

Description brève

GMOD est un projet qui regroupe une collection de bases de données et de logiciels libres interconnectés dédiés aux données biologiques.

Le projet GMOD :

Les techniques modernes, en biologie (séquençage, transcriptome, …), génèrent aujourd’hui des quantités de données de plus en plus importantes. Et la plupart des petites communautés n’ont pas les moyens matériels/humains de recréer leur propre système de gestion de données. De plus le développement d’une nouvelle base de données communautaire, ayant pour vocation de non seulement rendre disponible les données associées au génome, mais aussi rendre possible une curation de ces données par les biologistes, représente un coût non négligeable. De cette idée est né le projet GMOD.

L’objectif du projet GMOD est de fournir une série d’outils génériques, clé en main, pour gérer et visualiser tous types de données biologiques. Derrière le projet GMOD, il y a environ une centaine de développeurs répartis dans le monde, qui améliorent les différents logiciels, mais également aident les utilisateurs à la mise en place de ces outils.

Quelques composants du projet GMOD :

  • chado est le nom du schéma relationnelle (implémenté en PostgreSQL) permettant de stocker, potentiellement, tous les types de données biologiques. Ce schéma modulaire utilise les ontologies (Sequence Ontology, Gene Ontology, …), ce qui le rend extrêmement flexible mais également compatible avec les autres bases de données.
  • Gbrowse, pour Generic Genome Browser, est probablement le plus populaire des composants du projet GMOD. Cette application web interactive permet de visualiser des annotations sur un génome sous forme graphique.
  • Apollo est un éditeur graphique d’annotation de génome implémenté en Java.
  • La description des autres composants du projet GMOD est disponible sur le site web http://www.gmod.org

PLUME : 1er anniversaire

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  • Création ou MAJ importante : 05/11/08
  • Correction mineure : 14/12/10
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PLUME : 1er anniversaire

La plate-forme PLUME fête son 1er anniversaire

Il y a un an, le 5 novembre 2007, la plate-forme PLUME était ouverte. Ce projet, initialisé par le CNRS à travers l'UREC, Unité Réseaux du CNRS, a rapidement été soutenu par un certain nombre d'acteurs (Centre de calcul de l'IN2P3, LAAS, INIST, INSA Lyon, CNAM, RENATER...). Destiné à Promouvoir les Logiciels Utiles Maîtrisés et Economiques dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche (CNRS, universités et autres EPST), son objectif est triple :

Cette plate-forme publique présente aujourd'hui plus de 151 logiciels validés, 5 logiciels à valider, 5 logiciels en test, 33 développements Ens Sup - Recherche, sauf exceptions des logiciels libres et gratuits, 45 ressources (articles, cours...). La communauté Plume comporte 532 membres dont 238 contributeurs. L'ensemble des documents est indexé pour permettre des recherches thématiques, par métier... La consultation du serveur a doublé entre mai et octobre 2008 (près de 800 000 accès). En parallèle, différents projets connexes (apprentissage en ligne, école thématique...) sont lancés.

L'année écoulée a été principalement consacrée à mettre en production les bases techniques et organisationnelles de la plate-forme. Les mois qui arrivent seront destinés à :

  • enrichir la base des descriptions de logiciels et autres documents associés, en particulier sur les développements internes avec un objectif de valorisation au sens large (projet RELIER avec une partie du site en anglais),
  • organiser des actions de formation pour permettre une meilleure utilisation de ces logiciels,
  • aider la communauté des développeurs par des formations, documents de référence, groupes d'échanges régionaux ou thématiques,
  • stabiliser et renforcer l'organisation qui repose sur quelques personnes,
  • mettre en place et organiser de nouveaux soutiens et partenariats à ce projet et à cette plate-forme.

L'objectif général est de rendre un service global d'information sur les logiciels, la plupart libres, d'un côté utilisés et de l'autre produits par l'Enseignement Supérieur et la Recherche.

N'hésitez pas à consulter le site. Les membres de la communauté Enseignement Supérieur et Recherche sont invités à contribuer.

Ce communiqué de presse est accessible : en français en format texte, en anglais en format texte et PDF

Fichier attachéTaille
PLUME_1_an.txt3 Ko
PLUME Anniversary.txt2.77 Ko
PLUME Anniversary.pdf65.71 Ko

Une mine de ressources pour développeurs francophones

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  • Création ou MAJ importante : 23/10/08
  • Correction mineure : 01/12/11

Une mine de ressources pour développeurs francophones

Un site très complet où le contenu est plus important que l'esthétique, la navigation est aisée, l'affichage des pages est rapide, les contributions des membres sont régulières, les réponses aux questions posées dans les forums semblent être rapides et pertinentes : que des qualités !

En détail, les thèmes abordés (la liste est longue, une copie d'écran aurait été plus rapide, mais les moteurs d'indexation ne sont pas encore assez performants pour indexer les images) : Conception, Java, DotNet, VisualBasic, C, C++, Delphi, Ms-Office, SQL & SGBD, Oracle, 4D, Business Intelligence, Développement Web, PHP, XML, Python, Les Autres (Ada, Algo, Assembleur, Basic, Cobol, Fortran, Latex, MATLAB, Pascal, Perl, Prolog, PureBasic, Réseaux, Ruby, Systèmes, XMLRAD), 2D-3D Jeux, Sécurité, Windows, Linux, PC, Mac.

La plupart des rubriques comportent les sections Forum, FAQ, Cours et Tutoriels, Livres et quelques sections liées au thème.

Pour sortir un peu du code pur, une section blog et une section emploi donnent des informations sur l'actualités du développement.

Utilisez et participez !

Distributions de logiciels libres proposées aux étudiants par les universités

Distributions de logiciels libres proposées aux étudiants par les universités

Certaines universités souhaitent sensibiliser les étudiants aux logiciels libres. Un moyen facile est de leur proposer une sélection de logiciels qui semblent particulièrement intéressants.

La forme peut être différente : un CD ou un DVD remis à l'étudiant ou bien une image ISO à télécharger sur le site de l'université.

5 grands domaines les composent : outils bureautique (OpenOffice.org, Scribus, Inkscape), communication internet (Firefox, Thunderbird, Lightning, Filezilla), graphisme (The Gimp), multimédia (VLC, Audacity) et utilitaires (7-Zip, Notepad++).

Certaines universités proposent leur compilation sous forme d'un live CD qui, couplé à une clé USB, permet de travailler dans un environnement numérique de travail identique quelle que soit la machine utilisée.

  • Les logiciels libres à l'Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines : la liste des logiciels est définie conjointement par les enseignants et les étudiants. Outre les classiques outils de bureautique et de communication internet, le DVD contient des outils de statistiques, de géométrie, de programmation, des utilitaires et mêmes des jeux !
  • Kit liberté distribué par l'Université du Havre : c'est une distribution Live de Ubuntu ("The Breezy Badger") qui peut être utilisée sous Windows pour installer les logiciels ou bien de manière ponctuelle en bootant sur le CD et obtenir ainsi un environnement Linux temporaire.
  • Artouste, Live CD de l'Université de Pau (distribution Knoppix).
  • Le Bureau libre Free OS distribué par les Universités de Rennes 1 et Rennes 2 : "ce projet de diffusion accompagnée des outils bureautiques et multimédias libres a pour objectif de poursuivre l'accompagnement des utilisateurs et de leur permettre de partager leur expérience et leurs usages de ces logiciels".
  • L'UNR Nord Pas-de-Calais propose une sélection de logiciels sous la forme d'un site web en ligne ou bien, initiative originale, sous la forme d'une archive auto-extractible, permettant d'installer une copie de ce site sur un réseau local, un ordinateur personnel ou un media amovible.

Avez-vous des références intéressantes à nous signaler?

Merci de les indiquer dans un commentaire au bas de cette page ou d'écrire à plume [at] services [dot] cnrs [dot] fr (plume).

Le web BioInformatique

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  • Création ou MAJ importante : 15/09/08
  • Correction mineure : 01/12/11
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Le web BioInformatique

Beaucoup de logiciels développés en bioinformatique disposent d'interfaces web. Il y a donc d'une part le programme à télécharger, mais celui-ci est souvent associé à un service en ligne. D'où l'importance pour les biologistes des ressources disponibles sur internet.
Les quelques sites suivants (essentiellement anglophones) sont autant de points de départ pour une exploration du web bioinformatique :

  • Les logiciels et les banques de données utilisés à l'Institut Pasteur.
  • European Bioinformatics Institute situé en Angleterre et en Allemagne, l'EBI maintient une des grandes banques internationales de séquence nucléique (EMBL), ainsi que la banque de domaines protéiques interpro. L'EBI est par ailleurs associé à l'Institut de bioinformatique Suisse (SIB), qui maintient la banque de données de protéines uniprot (autrefois appelée swissprot), ainsi que le serveur protéomique Expasy.
  • National Center for Biotechnology Information: situé aux U.S.A., le NCBI maintient Genbank, une autre banque de données de séquences nucléiques, et développe de nombreux logiciels d'analyse de séquence, à commencer par le plus connu d'entre eux: BLAST.
  • La Protein Data Bank est une banque de données de structures protéiques: toutes les structures protéiques publiées dans les revues scientifiques sont systématiquement déposées dans cette banque de données.

Groupe de travail sur les SIGB libres

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  • Création ou MAJ importante : 25/08/08
  • Correction mineure : 17/08/09
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Groupe de travail sur les SIGB libres

En 2005, les acteurs de la documentation de l'Université Lumière Lyon 2 ou proches de l'Université Lyon 2 (Service Commun de la Documentation, Bibliothèque de la Maison de l'Orient Méditerrannéen, Service d'Ingénierie Documentaire de l'Institut des Sciences de l'Homme, et Centre de documentation de l'Institut d'Etudes Politiques) ont initié un groupe de réflexion sur les SIGB libres. Ce groupe mène un travail de veille de réflexion et d'études sur les systèmes intégrés de gestion de bibliothèques libres.

RESINFO : réseau métier d’administrateurs systèmes et réseaux

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  • Création ou MAJ importante : 05/08/08
  • Correction mineure : 22/03/13

RESINFO : réseau métier d’administrateurs systèmes et réseaux

Définition donnée sur le site de RESINFO :

RESINFO est une fédération des réseaux (métiers) d’Administrateurs Systèmes et Réseaux (ASR). Cette fédération est soutenue / reconnue par la MRCT, sous la tutelle du CNRS. Les administrateurs systèmes et réseaux de plusieurs départements scientifiques et régions se sont organisés en réseaux de compétence, avec les objectifs communs suivants :

  • faciliter la communication entre leurs membres
  • échanger les compétences, mutualiser les expériences

dans le but d’améliorer le service rendu aux utilisateurs de l’enseignement supérieur et de la recherche, à court, moyen et long terme.

Ces réseaux concernent toutes les personnes exerçant des fonctions relatives à l’administration des systèmes et réseaux dans le contexte de la recherche et de l’enseignement supérieur.

RESINFO organise des journées JoSy qui sont référencées dans des fiches PLUME.

En juin 2008, 13 réseaux font partie de cette fédération qui est un lieu d'échange entre ces réseaux et qui pilote différentes actions : formation, journée thématiques JoSy, groupes de travail, compilation de documents, ...

OpenOffice.org Education

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  • Création ou MAJ importante : 28/07/08
  • Correction mineure : 10/09/08
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OpenOffice.org Education

Le projet Education est un projet dédié dans le projet OpenOffice.org . Il a pour but de "créer un lien entre OpenOffice.org et le monde de l'enseignement". Un des objectifs, pour le groupe francophone, est de créer un réseau de correspondants locaux dans les académies chargés de travailler à la mutualisation des développements faits autour d'OpenOffice.org : plus d'informations sur le wiki francophone.

Ce projet s’appuie sur une jeune association, EducOOo, membre de l’AFUL.

Quelques liens utiles :

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